# TARGET T0263 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1225 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.481 0.171 0.140 0.101 0.042 0.025 0.018 0.006 0.013 0.003 0.001 2 A 0.499 0.142 0.192 0.093 0.035 0.014 0.010 0.004 0.006 0.003 0.001 3 T 0.171 0.556 0.139 0.029 0.063 0.019 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 4 L 0.107 0.572 0.251 0.006 0.009 0.029 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 5 L 0.088 0.712 0.117 0.022 0.021 0.018 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 6 Q 0.035 0.534 0.262 0.010 0.031 0.064 0.010 0.001 0.054 0.001 0.001 7 L 0.058 0.633 0.151 0.026 0.081 0.027 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 8 H 0.058 0.486 0.222 0.039 0.037 0.090 0.015 0.001 0.051 0.001 0.001 9 F 0.026 0.531 0.240 0.017 0.079 0.035 0.010 0.001 0.059 0.001 0.001 10 A 0.111 0.187 0.546 0.032 0.014 0.079 0.006 0.002 0.019 0.002 0.003 11 F 0.161 0.277 0.265 0.096 0.084 0.046 0.027 0.009 0.022 0.011 0.001 12 N 0.160 0.100 0.109 0.397 0.032 0.057 0.090 0.011 0.039 0.004 0.001 13 G 0.087 0.066 0.255 0.011 0.237 0.006 0.023 0.028 0.025 0.262 0.001 14 P 0.413 0.007 0.340 0.073 0.003 0.035 0.004 0.002 0.001 0.002 0.120 15 F 0.262 0.097 0.250 0.209 0.041 0.049 0.024 0.021 0.033 0.012 0.002 16 G 0.764 0.020 0.115 0.024 0.022 0.006 0.005 0.008 0.004 0.031 0.001 17 D 0.982 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.978 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 M 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.947 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.940 0.001 0.003 0.049 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.983 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 P 0.992 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.867 0.001 0.001 0.129 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.937 0.004 0.029 0.015 0.001 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 28 E 0.984 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 S 0.959 0.002 0.003 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.850 0.011 0.021 0.106 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 31 N 0.861 0.009 0.020 0.080 0.001 0.012 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 32 Q 0.371 0.047 0.076 0.466 0.010 0.012 0.007 0.003 0.007 0.001 0.001 33 E 0.065 0.147 0.494 0.003 0.012 0.015 0.023 0.001 0.239 0.001 0.001 34 P 0.197 0.002 0.747 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 35 G 0.126 0.015 0.060 0.049 0.076 0.003 0.038 0.520 0.003 0.109 0.001 36 F 0.257 0.156 0.383 0.076 0.031 0.065 0.007 0.002 0.019 0.002 0.001 37 L 0.208 0.439 0.219 0.067 0.022 0.025 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 38 W 0.246 0.405 0.209 0.060 0.046 0.019 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 39 K 0.101 0.473 0.278 0.012 0.064 0.033 0.009 0.001 0.027 0.001 0.001 40 V 0.199 0.424 0.238 0.039 0.024 0.048 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 41 W 0.135 0.466 0.211 0.040 0.082 0.039 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 42 T 0.079 0.595 0.108 0.073 0.104 0.018 0.002 0.001 0.018 0.002 0.001 43 E 0.110 0.413 0.243 0.101 0.088 0.022 0.005 0.001 0.014 0.002 0.001 44 S 0.029 0.206 0.435 0.019 0.183 0.047 0.008 0.003 0.059 0.009 0.001 45 E 0.807 0.017 0.061 0.078 0.009 0.009 0.006 0.005 0.003 0.004 0.001 46 K 0.484 0.034 0.059 0.366 0.012 0.011 0.017 0.005 0.008 0.003 0.001 47 N 0.189 0.076 0.129 0.440 0.057 0.022 0.048 0.015 0.019 0.004 0.001 48 H 0.227 0.117 0.265 0.154 0.046 0.042 0.096 0.016 0.028 0.008 0.001 49 E 0.243 0.234 0.274 0.163 0.039 0.022 0.008 0.003 0.012 0.002 0.001 50 A 0.113 0.231 0.272 0.163 0.140 0.016 0.021 0.014 0.014 0.016 0.001 51 G 0.043 0.115 0.139 0.048 0.423 0.002 0.024 0.076 0.004 0.124 0.001 52 G 0.026 0.101 0.193 0.025 0.500 0.004 0.011 0.031 0.002 0.105 0.001 53 I 0.018 0.721 0.174 0.008 0.053 0.014 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 54 Y 0.011 0.755 0.116 0.003 0.048 0.027 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 55 L 0.043 0.589 0.259 0.015 0.008 0.062 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 56 F 0.053 0.389 0.297 0.015 0.113 0.095 0.008 0.002 0.024 0.003 0.001 57 T 0.533 0.102 0.045 0.223 0.068 0.011 0.005 0.001 0.007 0.003 0.001 58 D 0.063 0.170 0.175 0.026 0.488 0.029 0.004 0.001 0.030 0.012 0.001 59 E 0.973 0.004 0.003 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.987 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 S 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.898 0.001 0.002 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.911 0.005 0.013 0.057 0.001 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 67 E 0.932 0.003 0.016 0.030 0.003 0.004 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 68 K 0.840 0.004 0.010 0.110 0.005 0.010 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 69 H 0.847 0.007 0.008 0.125 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 70 T 0.953 0.006 0.009 0.023 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.947 0.005 0.009 0.027 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 72 R 0.946 0.002 0.006 0.033 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.958 0.003 0.004 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.953 0.008 0.011 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 N 0.819 0.010 0.015 0.131 0.003 0.005 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 76 L 0.378 0.026 0.071 0.500 0.004 0.004 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 77 G 0.131 0.014 0.041 0.065 0.035 0.009 0.217 0.375 0.005 0.108 0.001 78 V 0.102 0.309 0.420 0.041 0.037 0.036 0.006 0.001 0.043 0.004 0.001 79 E 0.459 0.059 0.349 0.053 0.029 0.010 0.007 0.007 0.003 0.022 0.003 80 E 0.167 0.277 0.271 0.112 0.090 0.043 0.015 0.004 0.017 0.001 0.003 81 V 0.018 0.740 0.160 0.009 0.037 0.018 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 82 V 0.016 0.786 0.104 0.011 0.030 0.031 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 83 A 0.012 0.701 0.164 0.005 0.084 0.016 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 84 K 0.014 0.726 0.144 0.003 0.056 0.030 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 85 V 0.027 0.674 0.200 0.010 0.013 0.042 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 86 F 0.021 0.673 0.145 0.017 0.078 0.022 0.004 0.001 0.039 0.001 0.001 87 D 0.033 0.293 0.382 0.017 0.045 0.149 0.029 0.003 0.045 0.003 0.001 88 V 0.186 0.473 0.156 0.091 0.046 0.022 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 89 N 0.213 0.083 0.202 0.239 0.024 0.105 0.072 0.012 0.039 0.008 0.002 90 E 0.045 0.436 0.335 0.003 0.049 0.014 0.014 0.001 0.103 0.001 0.001 91 P 0.164 0.009 0.674 0.004 0.001 0.099 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 92 L 0.560 0.125 0.191 0.052 0.009 0.045 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 93 S 0.867 0.038 0.038 0.041 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 94 Q 0.377 0.074 0.061 0.355 0.037 0.026 0.023 0.010 0.036 0.001 0.001 95 I 0.156 0.260 0.441 0.037 0.007 0.063 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 96 N 0.374 0.161 0.095 0.263 0.035 0.040 0.011 0.002 0.014 0.003 0.001 97 Q 0.169 0.187 0.086 0.343 0.063 0.020 0.068 0.013 0.049 0.002 0.001 98 A 0.104 0.215 0.480 0.027 0.093 0.012 0.016 0.013 0.018 0.022 0.001 99 K 0.205 0.181 0.454 0.052 0.012 0.068 0.006 0.001 0.017 0.001 0.003 100 L 0.135 0.281 0.317 0.123 0.037 0.053 0.013 0.003 0.033 0.003 0.001 101 A 0.110 0.217 0.293 0.046 0.153 0.018 0.026 0.038 0.020 0.077 0.001