# TARGET T0263 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1225 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.240 0.208 0.174 0.168 0.125 0.072 0.013 2 A 0.109 0.179 0.215 0.215 0.176 0.090 0.017 3 T 0.100 0.173 0.219 0.241 0.160 0.093 0.015 4 L 0.025 0.055 0.096 0.169 0.285 0.303 0.067 5 L 0.014 0.026 0.045 0.107 0.206 0.420 0.183 6 Q 0.011 0.039 0.068 0.127 0.200 0.334 0.221 7 L 0.005 0.013 0.024 0.063 0.176 0.408 0.311 8 H 0.010 0.082 0.208 0.303 0.231 0.127 0.039 9 F 0.008 0.021 0.050 0.158 0.365 0.347 0.052 10 A 0.060 0.251 0.321 0.232 0.099 0.032 0.004 11 F 0.049 0.088 0.151 0.259 0.310 0.133 0.009 12 N 0.229 0.345 0.260 0.117 0.037 0.010 0.002 13 G 0.185 0.207 0.223 0.242 0.113 0.028 0.002 14 P 0.412 0.335 0.142 0.070 0.029 0.010 0.002 15 F 0.179 0.197 0.202 0.224 0.151 0.043 0.003 16 G 0.108 0.172 0.223 0.261 0.171 0.060 0.005 17 D 0.545 0.342 0.087 0.021 0.004 0.001 0.001 18 A 0.136 0.327 0.306 0.171 0.049 0.009 0.001 19 M 0.026 0.038 0.069 0.230 0.401 0.225 0.012 20 A 0.046 0.228 0.377 0.259 0.079 0.011 0.001 21 E 0.295 0.518 0.153 0.030 0.004 0.001 0.001 22 Q 0.011 0.068 0.209 0.368 0.270 0.072 0.002 23 L 0.003 0.009 0.035 0.172 0.434 0.330 0.017 24 K 0.091 0.327 0.364 0.175 0.038 0.005 0.001 25 P 0.278 0.437 0.206 0.066 0.012 0.002 0.001 26 L 0.016 0.058 0.133 0.283 0.333 0.171 0.006 27 A 0.012 0.028 0.100 0.313 0.404 0.139 0.005 28 E 0.264 0.509 0.180 0.040 0.006 0.001 0.001 29 S 0.173 0.391 0.276 0.134 0.023 0.003 0.001 30 I 0.013 0.034 0.100 0.330 0.409 0.111 0.003 31 N 0.195 0.387 0.284 0.108 0.024 0.003 0.001 32 Q 0.519 0.361 0.093 0.023 0.004 0.001 0.001 33 E 0.085 0.219 0.313 0.253 0.111 0.019 0.001 34 P 0.157 0.287 0.271 0.188 0.073 0.021 0.002 35 G 0.059 0.168 0.241 0.259 0.179 0.083 0.011 36 F 0.006 0.018 0.051 0.161 0.310 0.368 0.086 37 L 0.008 0.026 0.061 0.170 0.305 0.345 0.085 38 W 0.004 0.011 0.024 0.060 0.148 0.449 0.304 39 K 0.005 0.015 0.025 0.063 0.171 0.425 0.296 40 V 0.003 0.015 0.046 0.113 0.238 0.389 0.196 41 W 0.002 0.012 0.047 0.161 0.326 0.357 0.094 42 T 0.007 0.017 0.032 0.093 0.260 0.482 0.110 43 E 0.012 0.090 0.211 0.376 0.238 0.067 0.006 44 S 0.077 0.259 0.279 0.218 0.118 0.042 0.007 45 E 0.092 0.244 0.308 0.245 0.092 0.018 0.001 46 K 0.521 0.304 0.107 0.048 0.016 0.004 0.001 47 N 0.389 0.272 0.182 0.107 0.040 0.009 0.001 48 H 0.239 0.255 0.237 0.171 0.076 0.020 0.001 49 E 0.134 0.256 0.243 0.198 0.103 0.055 0.011 50 A 0.038 0.068 0.121 0.228 0.293 0.212 0.040 51 G 0.024 0.047 0.105 0.202 0.280 0.273 0.068 52 G 0.021 0.030 0.054 0.106 0.198 0.415 0.176 53 I 0.015 0.027 0.045 0.082 0.201 0.417 0.214 54 Y 0.010 0.025 0.048 0.122 0.274 0.383 0.137 55 L 0.008 0.026 0.060 0.154 0.290 0.370 0.091 56 F 0.020 0.039 0.086 0.212 0.369 0.259 0.015 57 T 0.142 0.342 0.297 0.155 0.051 0.011 0.001 58 D 0.234 0.332 0.225 0.143 0.053 0.012 0.001 59 E 0.210 0.298 0.266 0.148 0.061 0.016 0.001 60 K 0.575 0.288 0.085 0.035 0.013 0.003 0.001 61 S 0.080 0.209 0.282 0.266 0.123 0.038 0.002 62 A 0.021 0.031 0.071 0.271 0.427 0.172 0.007 63 L 0.102 0.374 0.366 0.137 0.019 0.002 0.001 64 A 0.350 0.453 0.147 0.041 0.008 0.001 0.001 65 Y 0.047 0.062 0.139 0.278 0.342 0.126 0.005 66 L 0.041 0.079 0.201 0.348 0.263 0.066 0.002 67 E 0.440 0.395 0.126 0.032 0.006 0.001 0.001 68 K 0.265 0.363 0.233 0.111 0.024 0.003 0.001 69 H 0.036 0.066 0.126 0.266 0.342 0.158 0.007 70 T 0.123 0.266 0.289 0.228 0.080 0.014 0.001 71 A 0.370 0.423 0.144 0.048 0.012 0.002 0.001 72 R 0.055 0.164 0.315 0.321 0.124 0.019 0.001 73 L 0.041 0.043 0.083 0.263 0.381 0.181 0.008 74 K 0.179 0.394 0.285 0.114 0.024 0.003 0.001 75 N 0.456 0.371 0.116 0.042 0.012 0.003 0.001 76 L 0.074 0.177 0.249 0.275 0.164 0.057 0.005 77 G 0.086 0.124 0.194 0.291 0.216 0.082 0.007 78 V 0.103 0.167 0.219 0.258 0.188 0.059 0.006 79 E 0.242 0.392 0.228 0.098 0.032 0.008 0.001 80 E 0.141 0.365 0.289 0.151 0.044 0.010 0.001 81 V 0.011 0.023 0.067 0.215 0.409 0.255 0.019 82 V 0.024 0.145 0.293 0.313 0.164 0.056 0.006 83 A 0.016 0.026 0.053 0.146 0.318 0.379 0.062 84 K 0.033 0.144 0.234 0.302 0.195 0.080 0.012 85 V 0.023 0.066 0.122 0.210 0.266 0.258 0.054 86 F 0.019 0.048 0.084 0.166 0.280 0.323 0.079 87 D 0.072 0.206 0.259 0.234 0.144 0.069 0.016 88 V 0.025 0.036 0.076 0.207 0.334 0.272 0.050 89 N 0.087 0.155 0.200 0.243 0.195 0.105 0.015 90 E 0.196 0.322 0.243 0.146 0.065 0.023 0.004 91 P 0.165 0.212 0.228 0.214 0.128 0.046 0.006 92 L 0.109 0.106 0.147 0.227 0.255 0.140 0.016 93 S 0.370 0.281 0.172 0.108 0.047 0.020 0.003 94 Q 0.373 0.303 0.174 0.097 0.037 0.014 0.002 95 I 0.203 0.135 0.150 0.213 0.193 0.093 0.013 96 N 0.352 0.282 0.186 0.112 0.046 0.018 0.003 97 Q 0.470 0.247 0.132 0.085 0.043 0.020 0.004 98 A 0.413 0.211 0.153 0.121 0.073 0.026 0.003 99 K 0.379 0.291 0.180 0.096 0.038 0.014 0.002 100 L 0.372 0.201 0.163 0.138 0.086 0.034 0.005 101 A 0.525 0.213 0.126 0.078 0.039 0.016 0.004