# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.007 0.006 0.023 0.231 0.725 2 P 0.016 0.030 0.009 0.044 0.128 0.772 3 S 0.024 0.023 0.011 0.141 0.156 0.645 4 S 0.038 0.009 0.019 0.301 0.218 0.416 5 S 0.018 0.007 0.016 0.726 0.116 0.116 6 Q 0.027 0.009 0.036 0.754 0.133 0.041 7 Y 0.035 0.006 0.051 0.774 0.100 0.034 8 R 0.060 0.007 0.075 0.688 0.121 0.048 9 R 0.109 0.021 0.059 0.606 0.118 0.087 10 Y 0.120 0.042 0.018 0.464 0.173 0.184 11 Q 0.055 0.047 0.009 0.164 0.262 0.462 12 D 0.010 0.037 0.007 0.018 0.822 0.106 13 P 0.005 0.007 0.019 0.006 0.912 0.052 14 H 0.003 0.004 0.029 0.003 0.910 0.051 15 H 0.014 0.046 0.020 0.002 0.866 0.052 16 P 0.036 0.015 0.011 0.003 0.379 0.556 17 S 0.073 0.108 0.022 0.004 0.360 0.433 18 I 0.081 0.049 0.019 0.003 0.374 0.474 19 P 0.054 0.055 0.015 0.002 0.207 0.666 20 T 0.042 0.031 0.010 0.003 0.246 0.668 21 P 0.032 0.010 0.011 0.005 0.181 0.761 22 T 0.102 0.074 0.015 0.009 0.277 0.524 23 T 0.133 0.052 0.017 0.009 0.390 0.399 24 L 0.055 0.023 0.013 0.005 0.289 0.615 25 F 0.023 0.024 0.004 0.003 0.206 0.740 26 S 0.016 0.005 0.002 0.002 0.066 0.909 27 Q 0.087 0.051 0.007 0.005 0.100 0.750 28 P 0.115 0.014 0.009 0.006 0.130 0.726 29 S 0.239 0.021 0.023 0.022 0.144 0.552 30 L 0.421 0.038 0.029 0.030 0.136 0.345 31 E 0.566 0.040 0.020 0.034 0.099 0.241 32 I 0.442 0.037 0.043 0.037 0.170 0.273 33 L 0.199 0.033 0.031 0.024 0.369 0.345 34 G 0.054 0.014 0.017 0.018 0.452 0.445 35 G 0.013 0.004 0.006 0.008 0.487 0.481 36 G 0.011 0.021 0.036 0.034 0.467 0.431 37 V 0.011 0.016 0.226 0.190 0.409 0.146 38 A 0.006 0.002 0.297 0.292 0.337 0.065 39 E 0.014 0.009 0.151 0.353 0.342 0.131 40 E 0.019 0.011 0.064 0.494 0.235 0.177 41 L 0.032 0.012 0.025 0.496 0.151 0.283 42 P 0.038 0.007 0.070 0.571 0.144 0.171 43 E 0.074 0.020 0.122 0.630 0.094 0.060 44 L 0.082 0.008 0.143 0.681 0.056 0.030 45 A 0.078 0.004 0.135 0.661 0.077 0.044 46 L 0.149 0.009 0.092 0.564 0.096 0.089 47 C 0.193 0.035 0.043 0.429 0.172 0.129 48 C 0.141 0.022 0.023 0.312 0.255 0.247 49 D 0.054 0.007 0.026 0.089 0.516 0.308 50 G 0.059 0.012 0.049 0.064 0.550 0.266 51 T 0.151 0.055 0.060 0.061 0.430 0.242 52 V 0.131 0.057 0.069 0.058 0.405 0.281 53 V 0.088 0.022 0.056 0.042 0.428 0.364 54 E 0.056 0.036 0.051 0.037 0.416 0.405 55 G 0.040 0.019 0.038 0.028 0.438 0.437 56 R 0.058 0.056 0.032 0.024 0.378 0.452 57 S 0.048 0.042 0.029 0.022 0.493 0.365 58 N 0.043 0.036 0.039 0.029 0.572 0.282 59 C 0.040 0.028 0.038 0.044 0.569 0.280 60 R 0.044 0.015 0.022 0.023 0.528 0.369 61 C 0.084 0.049 0.032 0.034 0.416 0.384 62 K 0.104 0.038 0.059 0.060 0.412 0.327 63 A 0.153 0.017 0.096 0.064 0.400 0.270 64 R 0.215 0.029 0.107 0.069 0.325 0.255 65 A 0.325 0.046 0.082 0.064 0.247 0.236 66 V 0.322 0.060 0.044 0.052 0.221 0.301 67 L 0.141 0.026 0.008 0.025 0.295 0.505 68 P 0.041 0.007 0.011 0.054 0.618 0.268 69 G 0.008 0.002 0.061 0.323 0.530 0.077 70 G 0.018 0.003 0.050 0.313 0.526 0.090 71 M 0.073 0.015 0.052 0.434 0.311 0.115 72 R 0.180 0.017 0.016 0.486 0.079 0.222 73 V 0.235 0.029 0.017 0.584 0.040 0.095 74 R 0.224 0.012 0.024 0.543 0.048 0.149 75 L 0.089 0.005 0.032 0.749 0.029 0.096 76 S 0.039 0.002 0.023 0.873 0.015 0.049 77 K 0.014 0.001 0.016 0.952 0.006 0.011 78 T 0.006 0.001 0.008 0.975 0.004 0.005 79 L 0.003 0.001 0.004 0.988 0.002 0.002 80 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 81 G 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 82 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 83 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.003 84 R 0.004 0.001 0.006 0.942 0.026 0.021 85 H 0.003 0.002 0.006 0.692 0.083 0.214 86 H 0.010 0.007 0.012 0.113 0.217 0.641 87 P 0.010 0.008 0.349 0.208 0.349 0.078 88 G 0.008 0.003 0.583 0.122 0.253 0.031 89 R 0.009 0.002 0.647 0.147 0.179 0.016 90 Y 0.021 0.004 0.467 0.238 0.200 0.069 91 G 0.060 0.003 0.034 0.040 0.261 0.603 92 V 0.325 0.030 0.013 0.011 0.122 0.500 93 R 0.535 0.027 0.005 0.007 0.082 0.345 94 L 0.568 0.108 0.007 0.013 0.081 0.222 95 T 0.127 0.030 0.017 0.018 0.751 0.056 96 R 0.031 0.004 0.033 0.022 0.879 0.031 97 E 0.021 0.002 0.020 0.008 0.922 0.028 98 G 0.102 0.017 0.019 0.015 0.796 0.051 99 W 0.403 0.048 0.005 0.020 0.164 0.361 100 A 0.528 0.201 0.005 0.014 0.065 0.188 101 R 0.521 0.053 0.008 0.040 0.075 0.303 102 V 0.008 0.001 0.057 0.871 0.042 0.021 103 S 0.001 0.001 0.047 0.929 0.021 0.003 104 E 0.001 0.001 0.038 0.945 0.015 0.001 105 V 0.001 0.001 0.011 0.960 0.022 0.005 106 V 0.003 0.001 0.006 0.938 0.034 0.019 107 E 0.005 0.001 0.007 0.889 0.067 0.031 108 G 0.002 0.001 0.008 0.892 0.069 0.027 109 L 0.002 0.003 0.017 0.873 0.076 0.028 110 R 0.002 0.002 0.072 0.685 0.167 0.072 111 K 0.001 0.001 0.088 0.669 0.178 0.063 112 A 0.003 0.001 0.054 0.590 0.197 0.156 113 G 0.006 0.006 0.019 0.096 0.316 0.558 114 W 0.031 0.013 0.046 0.046 0.454 0.410 115 S 0.073 0.009 0.077 0.052 0.487 0.303 116 W 0.111 0.016 0.109 0.057 0.432 0.273 117 V 0.123 0.077 0.020 0.046 0.261 0.473 118 E 0.049 0.016 0.006 0.079 0.109 0.741 119 E 0.001 0.001 0.019 0.962 0.010 0.007 120 W 0.001 0.001 0.010 0.979 0.007 0.003 121 H 0.001 0.001 0.011 0.981 0.005 0.002 122 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 123 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 124 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 125 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 126 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.001 127 L 0.003 0.001 0.009 0.972 0.012 0.004 128 H 0.007 0.003 0.008 0.823 0.069 0.091 129 D 0.007 0.005 0.007 0.083 0.535 0.362 130 P 0.003 0.004 0.072 0.041 0.813 0.067 131 K 0.008 0.004 0.118 0.020 0.807 0.043 132 G 0.041 0.006 0.142 0.013 0.741 0.057 133 R 0.428 0.017 0.018 0.007 0.238 0.291 134 Y 0.878 0.033 0.005 0.003 0.035 0.045 135 E 0.918 0.009 0.005 0.003 0.034 0.031 136 L 0.842 0.010 0.009 0.006 0.076 0.056 137 R 0.422 0.017 0.014 0.010 0.487 0.050 138 N 0.040 0.001 0.029 0.011 0.880 0.038 139 G 0.085 0.003 0.010 0.004 0.822 0.075 140 E 0.562 0.027 0.005 0.002 0.252 0.153 141 I 0.701 0.029 0.001 0.001 0.033 0.235 142 R 0.806 0.015 0.002 0.001 0.024 0.152 143 A 0.765 0.035 0.011 0.003 0.053 0.134 144 R 0.549 0.008 0.015 0.004 0.166 0.259 145 Y 0.497 0.018 0.015 0.003 0.254 0.213 146 G 0.225 0.015 0.012 0.004 0.345 0.400 147 H 0.261 0.037 0.017 0.008 0.352 0.324 148 S 0.238 0.079 0.031 0.015 0.309 0.329 149 I 0.212 0.015 0.047 0.028 0.387 0.311 150 P 0.183 0.020 0.048 0.028 0.413 0.308 151 V 0.134 0.022 0.036 0.032 0.411 0.364 152 N 0.084 0.015 0.034 0.036 0.377 0.454 153 V 0.067 0.017 0.057 0.055 0.365 0.439 154 E 0.069 0.015 0.047 0.042 0.374 0.453 155 P 0.066 0.024 0.051 0.054 0.316 0.489 156 L 0.057 0.024 0.029 0.051 0.323 0.516 157 P 0.046 0.014 0.066 0.074 0.379 0.420 158 G 0.051 0.012 0.075 0.087 0.375 0.400 159 E 0.045 0.018 0.033 0.041 0.318 0.545 160 P 0.031 0.025 0.010 0.020 0.198 0.716 161 P 0.029 0.005 0.018 0.022 0.173 0.753 162 P 0.180 0.012 0.055 0.058 0.188 0.507 163 I 0.570 0.017 0.046 0.072 0.102 0.192 164 L 0.765 0.025 0.022 0.051 0.052 0.086 165 Y 0.773 0.013 0.009 0.041 0.049 0.116 166 H 0.559 0.007 0.010 0.069 0.111 0.244 167 G 0.151 0.009 0.013 0.064 0.234 0.528 168 T 0.070 0.024 0.011 0.049 0.247 0.600 169 T 0.026 0.006 0.073 0.240 0.240 0.414 170 E 0.007 0.002 0.256 0.484 0.163 0.088 171 E 0.004 0.002 0.250 0.605 0.107 0.033 172 A 0.004 0.003 0.151 0.675 0.118 0.048 173 L 0.002 0.001 0.029 0.864 0.068 0.035 174 P 0.002 0.001 0.016 0.930 0.038 0.013 175 L 0.002 0.002 0.013 0.956 0.022 0.005 176 I 0.002 0.001 0.018 0.954 0.021 0.004 177 M 0.002 0.001 0.017 0.968 0.010 0.003 178 E 0.002 0.001 0.010 0.969 0.012 0.006 179 R 0.003 0.001 0.007 0.851 0.044 0.095 180 G 0.006 0.001 0.002 0.028 0.115 0.848 181 I 0.024 0.017 0.004 0.013 0.159 0.783 182 M 0.070 0.044 0.016 0.017 0.298 0.555 183 R 0.073 0.020 0.103 0.016 0.457 0.331 184 G 0.067 0.010 0.135 0.017 0.452 0.319 185 R 0.122 0.017 0.146 0.016 0.463 0.235 186 R 0.273 0.012 0.065 0.016 0.400 0.235 187 L 0.374 0.006 0.042 0.017 0.323 0.238 188 K 0.762 0.034 0.012 0.012 0.097 0.083 189 V 0.757 0.012 0.008 0.016 0.088 0.120 190 H 0.731 0.010 0.009 0.014 0.089 0.147 191 L 0.648 0.016 0.012 0.011 0.125 0.188 192 T 0.437 0.023 0.017 0.015 0.244 0.262 193 S 0.185 0.025 0.018 0.022 0.344 0.406 194 S 0.099 0.021 0.014 0.024 0.500 0.341 195 L 0.027 0.005 0.145 0.183 0.568 0.073 196 E 0.023 0.003 0.181 0.222 0.506 0.065 197 D 0.068 0.008 0.193 0.185 0.477 0.068 198 A 0.245 0.012 0.075 0.172 0.293 0.202 199 V 0.634 0.015 0.025 0.089 0.112 0.125 200 S 0.824 0.006 0.018 0.049 0.056 0.047 201 T 0.789 0.006 0.014 0.053 0.069 0.070 202 G 0.712 0.006 0.016 0.056 0.115 0.094 203 R 0.648 0.005 0.018 0.045 0.170 0.113 204 R 0.670 0.029 0.009 0.026 0.134 0.133 205 H 0.363 0.036 0.007 0.018 0.510 0.066 206 G 0.060 0.007 0.013 0.028 0.789 0.102 207 N 0.034 0.003 0.002 0.002 0.705 0.253 208 L 0.154 0.028 0.001 0.001 0.499 0.317 209 V 0.208 0.002 0.001 0.001 0.036 0.754 210 A 0.967 0.004 0.001 0.001 0.003 0.026 211 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 212 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 213 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 214 V 0.962 0.004 0.001 0.001 0.002 0.032 215 D 0.757 0.008 0.001 0.001 0.029 0.206 216 V 0.027 0.001 0.070 0.532 0.298 0.073 217 E 0.004 0.001 0.056 0.738 0.190 0.011 218 C 0.003 0.001 0.046 0.782 0.163 0.004 219 L 0.007 0.001 0.018 0.836 0.118 0.020 220 R 0.005 0.001 0.008 0.941 0.035 0.010 221 R 0.012 0.001 0.019 0.876 0.074 0.018 222 R 0.012 0.001 0.017 0.584 0.200 0.188 223 G 0.006 0.001 0.001 0.005 0.152 0.836 224 L 0.070 0.004 0.001 0.002 0.124 0.798 225 K 0.602 0.006 0.003 0.002 0.091 0.296 226 V 0.903 0.007 0.003 0.002 0.032 0.053 227 E 0.963 0.003 0.002 0.001 0.014 0.017 228 R 0.940 0.005 0.004 0.001 0.032 0.017 229 M 0.689 0.008 0.018 0.007 0.231 0.048 230 S 0.098 0.003 0.022 0.007 0.844 0.027 231 K 0.037 0.002 0.033 0.007 0.894 0.027 232 T 0.226 0.012 0.011 0.004 0.623 0.125 233 V 0.842 0.005 0.001 0.001 0.057 0.094 234 Y 0.948 0.009 0.001 0.001 0.007 0.035 235 T 0.904 0.034 0.001 0.001 0.015 0.045 236 V 0.640 0.023 0.013 0.002 0.187 0.136 237 D 0.198 0.004 0.015 0.002 0.423 0.357 238 W 0.027 0.004 0.011 0.003 0.460 0.495 239 V 0.016 0.121 0.002 0.003 0.245 0.612 240 P 0.005 0.005 0.002 0.010 0.070 0.910 241 P 0.001 0.001 0.138 0.768 0.044 0.049 242 E 0.003 0.001 0.113 0.829 0.041 0.014 243 C 0.003 0.001 0.053 0.926 0.013 0.005 244 I 0.016 0.002 0.026 0.917 0.017 0.022 245 A 0.037 0.003 0.026 0.899 0.020 0.016 246 E 0.046 0.002 0.024 0.874 0.027 0.028 247 V 0.068 0.003 0.020 0.803 0.045 0.061 248 R 0.093 0.014 0.022 0.712 0.057 0.102 249 R 0.120 0.005 0.018 0.386 0.127 0.345 250 E 0.044 0.017 0.028 0.277 0.215 0.418 251 S 0.036 0.025 0.029 0.081 0.636 0.194 252 L 0.024 0.003 0.030 0.047 0.730 0.166 253 G 0.016 0.006 0.017 0.026 0.708 0.227 254 R 0.053 0.072 0.012 0.017 0.526 0.321 255 S 0.036 0.032 0.003 0.012 0.113 0.804 256 L 0.001 0.002 0.002 0.005 0.036 0.954