# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.979 2 P 0.002 0.016 0.001 0.009 0.037 0.019 0.917 3 S 0.004 0.049 0.002 0.083 0.288 0.022 0.553 4 S 0.001 0.002 0.012 0.881 0.026 0.032 0.048 5 S 0.002 0.002 0.017 0.895 0.016 0.039 0.030 6 Q 0.005 0.002 0.019 0.922 0.013 0.022 0.018 7 Y 0.015 0.002 0.013 0.919 0.019 0.013 0.019 8 R 0.028 0.001 0.012 0.902 0.009 0.020 0.028 9 R 0.037 0.008 0.017 0.814 0.013 0.092 0.018 10 Y 0.029 0.004 0.016 0.720 0.029 0.144 0.057 11 Q 0.028 0.054 0.026 0.500 0.062 0.228 0.101 12 D 0.012 0.010 0.019 0.056 0.104 0.080 0.719 13 P 0.003 0.003 0.063 0.025 0.071 0.781 0.055 14 H 0.003 0.007 0.051 0.017 0.109 0.768 0.045 15 H 0.006 0.009 0.043 0.009 0.343 0.085 0.505 16 P 0.015 0.006 0.049 0.016 0.218 0.413 0.283 17 S 0.073 0.046 0.089 0.014 0.204 0.287 0.288 18 I 0.091 0.048 0.044 0.016 0.267 0.031 0.503 19 P 0.121 0.033 0.022 0.019 0.067 0.022 0.716 20 T 0.126 0.071 0.036 0.027 0.091 0.037 0.613 21 P 0.117 0.045 0.056 0.028 0.141 0.082 0.532 22 T 0.113 0.026 0.045 0.018 0.174 0.106 0.517 23 T 0.107 0.135 0.021 0.012 0.197 0.055 0.474 24 L 0.032 0.023 0.008 0.002 0.077 0.034 0.823 25 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.969 26 S 0.011 0.064 0.004 0.001 0.128 0.044 0.747 27 Q 0.006 0.012 0.003 0.002 0.542 0.015 0.421 28 P 0.014 0.007 0.009 0.005 0.207 0.028 0.730 29 S 0.147 0.050 0.022 0.008 0.147 0.044 0.583 30 L 0.420 0.104 0.025 0.018 0.074 0.048 0.311 31 E 0.522 0.104 0.017 0.021 0.042 0.041 0.252 32 I 0.308 0.041 0.016 0.013 0.086 0.078 0.457 33 L 0.098 0.015 0.011 0.005 0.319 0.154 0.397 34 G 0.049 0.026 0.005 0.005 0.466 0.081 0.369 35 G 0.026 0.024 0.021 0.019 0.359 0.103 0.450 36 G 0.017 0.026 0.112 0.076 0.204 0.159 0.405 37 V 0.017 0.018 0.197 0.177 0.161 0.186 0.245 38 A 0.012 0.007 0.175 0.402 0.081 0.146 0.176 39 E 0.024 0.012 0.119 0.445 0.060 0.152 0.187 40 E 0.025 0.016 0.068 0.510 0.092 0.121 0.168 41 L 0.043 0.013 0.032 0.244 0.224 0.048 0.397 42 P 0.016 0.004 0.168 0.495 0.056 0.167 0.094 43 E 0.029 0.006 0.197 0.493 0.043 0.138 0.095 44 L 0.049 0.010 0.213 0.544 0.024 0.075 0.085 45 A 0.115 0.009 0.150 0.500 0.039 0.093 0.094 46 L 0.154 0.011 0.108 0.473 0.051 0.128 0.074 47 C 0.128 0.027 0.068 0.414 0.087 0.135 0.141 48 C 0.077 0.016 0.034 0.287 0.167 0.182 0.237 49 D 0.042 0.008 0.021 0.093 0.292 0.308 0.235 50 G 0.042 0.012 0.039 0.056 0.207 0.371 0.272 51 T 0.090 0.036 0.052 0.056 0.230 0.205 0.330 52 V 0.110 0.042 0.049 0.078 0.222 0.188 0.312 53 V 0.088 0.030 0.045 0.080 0.214 0.195 0.347 54 E 0.075 0.037 0.036 0.094 0.192 0.253 0.312 55 G 0.065 0.039 0.030 0.068 0.218 0.209 0.372 56 R 0.077 0.030 0.029 0.046 0.212 0.190 0.416 57 S 0.057 0.038 0.040 0.043 0.248 0.205 0.369 58 N 0.046 0.026 0.047 0.051 0.220 0.177 0.433 59 C 0.038 0.015 0.056 0.057 0.155 0.388 0.291 60 R 0.052 0.016 0.051 0.048 0.239 0.224 0.371 61 C 0.080 0.027 0.050 0.075 0.305 0.097 0.365 62 K 0.121 0.034 0.072 0.194 0.134 0.100 0.345 63 A 0.154 0.018 0.101 0.200 0.083 0.115 0.329 64 R 0.229 0.019 0.130 0.186 0.088 0.116 0.231 65 A 0.372 0.026 0.077 0.180 0.079 0.066 0.201 66 V 0.262 0.050 0.045 0.183 0.120 0.071 0.269 67 L 0.123 0.019 0.016 0.063 0.181 0.077 0.521 68 P 0.021 0.004 0.020 0.026 0.200 0.359 0.370 69 G 0.005 0.002 0.030 0.038 0.179 0.686 0.059 70 G 0.026 0.004 0.040 0.085 0.282 0.336 0.228 71 M 0.074 0.015 0.035 0.273 0.143 0.070 0.390 72 R 0.158 0.024 0.014 0.457 0.076 0.025 0.246 73 V 0.119 0.008 0.010 0.631 0.039 0.019 0.174 74 R 0.090 0.006 0.010 0.776 0.018 0.026 0.074 75 L 0.036 0.002 0.009 0.878 0.013 0.027 0.035 76 S 0.017 0.001 0.007 0.925 0.012 0.012 0.026 77 K 0.014 0.001 0.003 0.946 0.012 0.007 0.017 78 T 0.004 0.001 0.002 0.977 0.006 0.004 0.006 79 L 0.004 0.001 0.001 0.983 0.003 0.004 0.004 80 A 0.002 0.001 0.002 0.984 0.002 0.007 0.002 81 G 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.014 0.002 82 I 0.001 0.001 0.005 0.958 0.003 0.030 0.003 83 L 0.001 0.001 0.005 0.892 0.008 0.086 0.007 84 R 0.002 0.002 0.012 0.611 0.057 0.254 0.061 85 H 0.003 0.005 0.020 0.488 0.141 0.166 0.177 86 H 0.004 0.007 0.012 0.291 0.166 0.054 0.466 87 P 0.001 0.001 0.121 0.634 0.052 0.142 0.048 88 G 0.002 0.003 0.258 0.475 0.058 0.166 0.038 89 R 0.007 0.009 0.327 0.388 0.049 0.162 0.058 90 Y 0.010 0.003 0.116 0.119 0.066 0.612 0.075 91 G 0.018 0.002 0.028 0.014 0.040 0.824 0.075 92 V 0.069 0.020 0.007 0.003 0.098 0.014 0.788 93 R 0.205 0.198 0.006 0.002 0.051 0.007 0.530 94 L 0.211 0.192 0.004 0.003 0.042 0.011 0.536 95 T 0.025 0.009 0.007 0.001 0.070 0.038 0.850 96 R 0.005 0.003 0.008 0.003 0.189 0.759 0.033 97 E 0.012 0.008 0.012 0.012 0.181 0.706 0.069 98 G 0.073 0.007 0.006 0.025 0.557 0.075 0.257 99 W 0.318 0.040 0.001 0.017 0.089 0.036 0.498 100 A 0.543 0.163 0.001 0.011 0.055 0.006 0.221 101 R 0.367 0.070 0.001 0.018 0.039 0.003 0.503 102 V 0.004 0.001 0.009 0.960 0.006 0.006 0.013 103 S 0.001 0.001 0.013 0.973 0.004 0.006 0.003 104 E 0.001 0.001 0.018 0.974 0.001 0.005 0.001 105 V 0.001 0.001 0.008 0.983 0.001 0.005 0.002 106 V 0.001 0.001 0.007 0.955 0.004 0.025 0.006 107 E 0.002 0.001 0.010 0.875 0.010 0.091 0.012 108 G 0.001 0.001 0.009 0.844 0.026 0.087 0.032 109 L 0.006 0.009 0.036 0.704 0.052 0.086 0.106 110 R 0.007 0.009 0.090 0.562 0.051 0.143 0.138 111 K 0.004 0.009 0.100 0.519 0.085 0.189 0.094 112 A 0.003 0.003 0.065 0.317 0.094 0.442 0.077 113 G 0.005 0.005 0.045 0.112 0.067 0.611 0.154 114 W 0.008 0.009 0.053 0.029 0.189 0.117 0.594 115 S 0.035 0.005 0.092 0.040 0.409 0.183 0.237 116 W 0.088 0.024 0.063 0.048 0.151 0.239 0.386 117 V 0.061 0.063 0.005 0.014 0.181 0.017 0.660 118 E 0.073 0.035 0.001 0.012 0.056 0.004 0.820 119 E 0.001 0.001 0.014 0.963 0.005 0.009 0.007 120 W 0.001 0.001 0.015 0.966 0.003 0.010 0.004 121 H 0.001 0.001 0.019 0.966 0.002 0.008 0.003 122 I 0.004 0.001 0.004 0.979 0.003 0.005 0.004 123 V 0.012 0.001 0.003 0.965 0.004 0.009 0.007 124 G 0.013 0.001 0.005 0.952 0.003 0.020 0.006 125 V 0.010 0.002 0.008 0.934 0.007 0.030 0.009 126 A 0.026 0.006 0.013 0.875 0.017 0.047 0.016 127 L 0.028 0.003 0.017 0.697 0.050 0.163 0.042 128 H 0.020 0.005 0.012 0.308 0.218 0.289 0.148 129 D 0.023 0.004 0.008 0.050 0.271 0.148 0.497 130 P 0.030 0.007 0.019 0.018 0.187 0.290 0.449 131 K 0.053 0.016 0.140 0.039 0.209 0.409 0.135 132 G 0.070 0.008 0.117 0.034 0.350 0.215 0.207 133 R 0.339 0.021 0.080 0.025 0.108 0.064 0.363 134 Y 0.812 0.026 0.006 0.009 0.012 0.007 0.130 135 E 0.887 0.012 0.003 0.006 0.009 0.007 0.075 136 L 0.844 0.016 0.002 0.007 0.013 0.010 0.108 137 R 0.547 0.012 0.008 0.013 0.060 0.067 0.293 138 N 0.135 0.004 0.033 0.043 0.238 0.392 0.154 139 G 0.188 0.004 0.043 0.064 0.234 0.294 0.174 140 E 0.697 0.020 0.015 0.038 0.036 0.025 0.169 141 I 0.832 0.025 0.006 0.036 0.015 0.007 0.079 142 R 0.848 0.011 0.008 0.031 0.020 0.013 0.070 143 A 0.715 0.006 0.035 0.050 0.044 0.058 0.092 144 R 0.548 0.006 0.041 0.045 0.127 0.099 0.135 145 Y 0.417 0.010 0.039 0.043 0.136 0.155 0.199 146 G 0.394 0.012 0.024 0.022 0.192 0.120 0.235 147 H 0.469 0.014 0.017 0.013 0.114 0.051 0.322 148 S 0.537 0.021 0.013 0.011 0.086 0.034 0.298 149 I 0.600 0.030 0.010 0.013 0.091 0.027 0.229 150 P 0.616 0.016 0.006 0.008 0.035 0.016 0.303 151 V 0.244 0.013 0.006 0.009 0.024 0.009 0.695 152 N 0.386 0.025 0.012 0.016 0.039 0.025 0.497 153 V 0.259 0.020 0.026 0.025 0.089 0.042 0.538 154 E 0.243 0.022 0.029 0.025 0.113 0.063 0.504 155 P 0.160 0.029 0.020 0.022 0.232 0.033 0.504 156 L 0.082 0.027 0.022 0.013 0.105 0.028 0.723 157 P 0.025 0.011 0.120 0.021 0.118 0.318 0.387 158 G 0.022 0.009 0.087 0.008 0.165 0.368 0.341 159 E 0.027 0.069 0.014 0.005 0.458 0.050 0.377 160 P 0.034 0.033 0.003 0.003 0.220 0.011 0.696 161 P 0.035 0.004 0.023 0.020 0.168 0.057 0.693 162 P 0.183 0.003 0.022 0.021 0.530 0.043 0.197 163 I 0.897 0.026 0.011 0.020 0.011 0.005 0.030 164 L 0.946 0.004 0.003 0.020 0.002 0.003 0.022 165 Y 0.913 0.003 0.002 0.022 0.008 0.010 0.041 166 H 0.654 0.004 0.004 0.026 0.066 0.022 0.223 167 G 0.181 0.005 0.010 0.033 0.281 0.091 0.400 168 T 0.081 0.024 0.036 0.062 0.310 0.096 0.390 169 T 0.040 0.010 0.137 0.140 0.143 0.120 0.411 170 E 0.020 0.005 0.217 0.385 0.078 0.176 0.120 171 E 0.015 0.010 0.118 0.462 0.096 0.198 0.102 172 A 0.007 0.011 0.025 0.611 0.084 0.107 0.155 173 L 0.002 0.002 0.009 0.809 0.037 0.022 0.117 174 P 0.001 0.001 0.005 0.962 0.008 0.013 0.010 175 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.004 0.009 0.005 176 I 0.001 0.001 0.003 0.984 0.003 0.005 0.003 177 M 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.013 0.003 178 E 0.001 0.001 0.005 0.895 0.005 0.090 0.004 179 R 0.001 0.001 0.004 0.366 0.013 0.608 0.008 180 G 0.004 0.003 0.006 0.096 0.053 0.710 0.128 181 I 0.026 0.024 0.011 0.042 0.119 0.042 0.736 182 M 0.089 0.029 0.045 0.047 0.175 0.040 0.576 183 R 0.086 0.022 0.133 0.051 0.130 0.175 0.401 184 G 0.060 0.019 0.185 0.037 0.126 0.405 0.169 185 R 0.130 0.009 0.099 0.021 0.223 0.277 0.241 186 R 0.328 0.010 0.028 0.007 0.194 0.089 0.344 187 L 0.561 0.007 0.005 0.002 0.117 0.027 0.280 188 K 0.896 0.005 0.002 0.001 0.022 0.007 0.067 189 V 0.945 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.041 190 H 0.947 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.038 191 L 0.889 0.007 0.001 0.002 0.013 0.004 0.084 192 T 0.620 0.009 0.003 0.003 0.050 0.017 0.298 193 S 0.250 0.013 0.019 0.018 0.257 0.136 0.307 194 S 0.109 0.014 0.024 0.016 0.328 0.154 0.356 195 L 0.063 0.012 0.184 0.110 0.187 0.256 0.188 196 E 0.048 0.007 0.169 0.125 0.223 0.315 0.114 197 D 0.096 0.008 0.143 0.136 0.197 0.266 0.154 198 A 0.321 0.018 0.062 0.104 0.130 0.099 0.265 199 V 0.572 0.024 0.033 0.080 0.074 0.041 0.176 200 S 0.709 0.026 0.035 0.067 0.032 0.031 0.099 201 T 0.712 0.013 0.034 0.051 0.026 0.037 0.126 202 G 0.568 0.012 0.049 0.063 0.059 0.103 0.146 203 R 0.564 0.013 0.036 0.041 0.071 0.087 0.188 204 R 0.424 0.040 0.036 0.043 0.092 0.115 0.250 205 H 0.297 0.043 0.042 0.029 0.105 0.123 0.360 206 G 0.066 0.016 0.037 0.015 0.222 0.450 0.194 207 N 0.033 0.009 0.015 0.003 0.316 0.464 0.161 208 L 0.099 0.006 0.001 0.001 0.455 0.019 0.419 209 V 0.318 0.006 0.001 0.001 0.182 0.010 0.483 210 A 0.933 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.054 211 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 212 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 213 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 214 V 0.935 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.055 215 D 0.441 0.007 0.001 0.002 0.029 0.001 0.520 216 V 0.018 0.003 0.042 0.619 0.047 0.092 0.179 217 E 0.002 0.001 0.045 0.841 0.047 0.051 0.013 218 C 0.002 0.001 0.045 0.921 0.007 0.020 0.005 219 L 0.002 0.001 0.024 0.954 0.005 0.008 0.006 220 R 0.005 0.005 0.023 0.920 0.005 0.033 0.010 221 R 0.009 0.001 0.024 0.789 0.017 0.145 0.016 222 R 0.001 0.001 0.007 0.161 0.016 0.812 0.003 223 G 0.004 0.001 0.002 0.004 0.045 0.884 0.061 224 L 0.058 0.001 0.001 0.001 0.038 0.004 0.897 225 K 0.660 0.013 0.001 0.001 0.064 0.002 0.259 226 V 0.932 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.059 227 E 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 228 R 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 229 M 0.800 0.002 0.005 0.001 0.026 0.055 0.111 230 S 0.188 0.003 0.025 0.002 0.207 0.501 0.074 231 K 0.007 0.001 0.008 0.001 0.164 0.808 0.013 232 T 0.110 0.001 0.011 0.001 0.218 0.547 0.113 233 V 0.939 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 234 Y 0.983 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 235 T 0.978 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 236 V 0.773 0.007 0.003 0.001 0.020 0.004 0.192 237 D 0.249 0.003 0.027 0.003 0.248 0.192 0.277 238 W 0.103 0.012 0.029 0.003 0.295 0.275 0.283 239 V 0.061 0.069 0.009 0.004 0.291 0.030 0.535 240 P 0.030 0.010 0.007 0.012 0.164 0.015 0.762 241 P 0.002 0.002 0.287 0.441 0.049 0.182 0.038 242 E 0.004 0.003 0.319 0.475 0.028 0.150 0.021 243 C 0.007 0.003 0.357 0.528 0.018 0.062 0.025 244 I 0.026 0.013 0.095 0.737 0.015 0.041 0.073 245 A 0.047 0.002 0.077 0.725 0.023 0.089 0.037 246 E 0.055 0.006 0.082 0.728 0.016 0.090 0.022 247 V 0.053 0.006 0.035 0.801 0.017 0.044 0.044 248 R 0.078 0.010 0.034 0.735 0.039 0.052 0.053 249 R 0.080 0.010 0.028 0.600 0.085 0.074 0.123 250 E 0.043 0.008 0.064 0.351 0.138 0.109 0.288 251 S 0.032 0.011 0.036 0.080 0.124 0.148 0.569 252 L 0.016 0.006 0.049 0.045 0.114 0.579 0.191 253 G 0.011 0.002 0.017 0.009 0.302 0.447 0.213 254 R 0.029 0.016 0.009 0.009 0.469 0.039 0.430 255 S 0.044 0.072 0.003 0.009 0.008 0.015 0.849 256 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999