# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.811 0.148 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 2 P 0.745 0.146 0.061 0.035 0.011 0.002 0.001 3 S 0.738 0.150 0.058 0.034 0.015 0.004 0.001 4 S 0.707 0.177 0.072 0.029 0.011 0.003 0.001 5 S 0.525 0.217 0.125 0.083 0.034 0.012 0.004 6 Q 0.525 0.207 0.110 0.076 0.050 0.026 0.006 7 Y 0.617 0.199 0.110 0.054 0.016 0.003 0.001 8 R 0.683 0.223 0.062 0.025 0.007 0.001 0.001 9 R 0.723 0.185 0.057 0.025 0.008 0.002 0.001 10 Y 0.751 0.157 0.052 0.030 0.008 0.001 0.001 11 Q 0.672 0.197 0.068 0.042 0.017 0.003 0.001 12 D 0.689 0.167 0.077 0.044 0.018 0.004 0.001 13 P 0.706 0.182 0.062 0.031 0.013 0.005 0.001 14 H 0.602 0.205 0.104 0.058 0.021 0.008 0.003 15 H 0.429 0.246 0.148 0.091 0.055 0.023 0.008 16 P 0.517 0.241 0.109 0.067 0.038 0.022 0.006 17 S 0.420 0.241 0.160 0.116 0.043 0.016 0.004 18 I 0.495 0.234 0.123 0.088 0.043 0.013 0.004 19 P 0.496 0.210 0.119 0.103 0.051 0.017 0.004 20 T 0.512 0.221 0.130 0.084 0.036 0.012 0.005 21 P 0.389 0.232 0.150 0.116 0.061 0.029 0.023 22 T 0.412 0.181 0.118 0.106 0.085 0.062 0.036 23 T 0.133 0.103 0.103 0.139 0.160 0.202 0.160 24 L 0.205 0.165 0.143 0.155 0.121 0.115 0.097 25 F 0.190 0.136 0.122 0.130 0.146 0.153 0.123 26 S 0.156 0.096 0.089 0.127 0.167 0.243 0.122 27 Q 0.143 0.136 0.143 0.179 0.188 0.152 0.059 28 P 0.391 0.256 0.153 0.114 0.057 0.022 0.007 29 S 0.378 0.255 0.158 0.108 0.061 0.029 0.010 30 L 0.382 0.178 0.133 0.150 0.096 0.049 0.012 31 E 0.465 0.235 0.137 0.095 0.047 0.017 0.004 32 I 0.575 0.192 0.104 0.076 0.039 0.013 0.002 33 L 0.416 0.211 0.148 0.107 0.071 0.038 0.008 34 G 0.558 0.220 0.094 0.063 0.037 0.022 0.006 35 G 0.410 0.255 0.175 0.107 0.039 0.013 0.003 36 G 0.391 0.281 0.160 0.104 0.047 0.014 0.003 37 V 0.392 0.324 0.157 0.083 0.032 0.010 0.002 38 A 0.250 0.198 0.200 0.215 0.106 0.027 0.003 39 E 0.313 0.323 0.188 0.112 0.050 0.012 0.002 40 E 0.320 0.317 0.192 0.121 0.040 0.010 0.001 41 L 0.079 0.139 0.193 0.249 0.210 0.108 0.022 42 P 0.153 0.277 0.219 0.183 0.100 0.055 0.013 43 E 0.077 0.176 0.206 0.230 0.183 0.106 0.021 44 L 0.018 0.030 0.061 0.136 0.248 0.425 0.082 45 A 0.018 0.057 0.106 0.227 0.281 0.261 0.049 46 L 0.045 0.068 0.093 0.153 0.237 0.324 0.080 47 C 0.025 0.079 0.153 0.273 0.295 0.159 0.016 48 C 0.037 0.110 0.178 0.288 0.265 0.110 0.012 49 D 0.180 0.289 0.239 0.170 0.087 0.032 0.003 50 G 0.251 0.336 0.210 0.132 0.054 0.016 0.001 51 T 0.192 0.260 0.241 0.196 0.086 0.022 0.001 52 V 0.363 0.289 0.185 0.107 0.045 0.011 0.001 53 V 0.378 0.263 0.186 0.122 0.043 0.008 0.001 54 E 0.542 0.273 0.120 0.049 0.013 0.002 0.001 55 G 0.502 0.287 0.130 0.059 0.018 0.003 0.001 56 R 0.403 0.275 0.176 0.104 0.036 0.006 0.001 57 S 0.505 0.272 0.135 0.067 0.019 0.003 0.001 58 N 0.529 0.271 0.123 0.057 0.017 0.003 0.001 59 C 0.493 0.259 0.140 0.082 0.022 0.003 0.001 60 R 0.566 0.253 0.111 0.053 0.016 0.002 0.001 61 C 0.525 0.234 0.133 0.079 0.025 0.004 0.001 62 K 0.617 0.233 0.091 0.042 0.014 0.003 0.001 63 A 0.317 0.233 0.196 0.164 0.074 0.014 0.001 64 R 0.399 0.307 0.182 0.082 0.025 0.004 0.001 65 A 0.388 0.303 0.162 0.105 0.037 0.006 0.001 66 V 0.348 0.320 0.206 0.099 0.023 0.002 0.001 67 L 0.380 0.244 0.198 0.140 0.035 0.003 0.001 68 P 0.803 0.159 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 69 G 0.856 0.114 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 70 G 0.806 0.150 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 71 M 0.571 0.262 0.109 0.048 0.010 0.001 0.001 72 R 0.383 0.317 0.169 0.095 0.030 0.005 0.001 73 V 0.208 0.239 0.237 0.198 0.096 0.022 0.001 74 R 0.178 0.277 0.246 0.196 0.082 0.020 0.002 75 L 0.060 0.091 0.129 0.255 0.286 0.161 0.017 76 S 0.075 0.119 0.145 0.225 0.246 0.162 0.028 77 K 0.081 0.145 0.164 0.212 0.217 0.145 0.035 78 T 0.056 0.086 0.120 0.191 0.241 0.229 0.077 79 L 0.019 0.027 0.042 0.106 0.216 0.406 0.186 80 A 0.022 0.039 0.064 0.130 0.222 0.342 0.182 81 G 0.036 0.075 0.098 0.149 0.200 0.304 0.137 82 I 0.017 0.026 0.053 0.137 0.238 0.388 0.141 83 L 0.009 0.015 0.028 0.082 0.192 0.451 0.223 84 R 0.033 0.094 0.164 0.257 0.260 0.160 0.033 85 H 0.071 0.134 0.144 0.206 0.259 0.168 0.018 86 H 0.078 0.213 0.283 0.284 0.118 0.023 0.001 87 P 0.171 0.245 0.228 0.225 0.106 0.024 0.002 88 G 0.493 0.321 0.128 0.047 0.010 0.002 0.001 89 R 0.458 0.318 0.136 0.064 0.020 0.003 0.001 90 Y 0.149 0.266 0.293 0.203 0.073 0.015 0.001 91 G 0.231 0.396 0.228 0.105 0.033 0.006 0.001 92 V 0.019 0.042 0.111 0.299 0.361 0.160 0.009 93 R 0.136 0.366 0.300 0.149 0.043 0.007 0.001 94 L 0.036 0.079 0.166 0.356 0.286 0.072 0.004 95 T 0.208 0.396 0.232 0.124 0.034 0.006 0.001 96 R 0.402 0.351 0.159 0.069 0.016 0.002 0.001 97 E 0.397 0.415 0.133 0.041 0.011 0.003 0.001 98 G 0.024 0.139 0.241 0.339 0.195 0.059 0.002 99 W 0.005 0.062 0.201 0.359 0.296 0.074 0.002 100 A 0.007 0.031 0.070 0.156 0.333 0.379 0.025 101 R 0.005 0.099 0.345 0.424 0.114 0.013 0.001 102 V 0.002 0.008 0.028 0.130 0.401 0.391 0.040 103 S 0.067 0.399 0.317 0.160 0.047 0.010 0.001 104 E 0.025 0.296 0.376 0.220 0.067 0.014 0.001 105 V 0.003 0.017 0.064 0.215 0.428 0.266 0.007 106 V 0.005 0.041 0.138 0.358 0.348 0.107 0.002 107 E 0.197 0.507 0.192 0.070 0.025 0.008 0.001 108 G 0.046 0.199 0.350 0.289 0.099 0.017 0.001 109 L 0.022 0.066 0.144 0.347 0.338 0.080 0.002 110 R 0.170 0.366 0.269 0.141 0.046 0.008 0.001 111 K 0.394 0.300 0.158 0.106 0.033 0.008 0.001 112 A 0.337 0.329 0.203 0.093 0.031 0.007 0.001 113 G 0.350 0.312 0.182 0.100 0.044 0.011 0.001 114 W 0.117 0.148 0.225 0.296 0.178 0.035 0.002 115 S 0.361 0.362 0.169 0.080 0.022 0.005 0.001 116 W 0.167 0.253 0.216 0.207 0.117 0.037 0.002 117 V 0.027 0.030 0.073 0.206 0.369 0.267 0.029 118 E 0.160 0.405 0.257 0.129 0.040 0.008 0.001 119 E 0.079 0.215 0.309 0.260 0.114 0.021 0.002 120 W 0.294 0.431 0.176 0.070 0.023 0.006 0.001 121 H 0.044 0.161 0.305 0.298 0.154 0.035 0.003 122 I 0.014 0.025 0.051 0.163 0.380 0.335 0.033 123 V 0.064 0.220 0.321 0.265 0.109 0.021 0.001 124 G 0.158 0.349 0.279 0.145 0.052 0.016 0.001 125 V 0.052 0.094 0.101 0.187 0.303 0.243 0.021 126 A 0.024 0.052 0.163 0.335 0.306 0.113 0.008 127 L 0.311 0.402 0.194 0.069 0.019 0.004 0.001 128 H 0.559 0.290 0.106 0.037 0.007 0.001 0.001 129 D 0.458 0.250 0.149 0.097 0.036 0.009 0.001 130 P 0.578 0.263 0.106 0.041 0.010 0.002 0.001 131 K 0.445 0.320 0.143 0.072 0.019 0.002 0.001 132 G 0.416 0.305 0.150 0.084 0.035 0.009 0.001 133 R 0.107 0.231 0.277 0.247 0.111 0.024 0.002 134 Y 0.130 0.173 0.170 0.236 0.205 0.080 0.006 135 E 0.197 0.342 0.244 0.151 0.053 0.013 0.001 136 L 0.064 0.082 0.137 0.298 0.304 0.108 0.005 137 R 0.327 0.337 0.193 0.104 0.033 0.006 0.001 138 N 0.495 0.313 0.118 0.055 0.016 0.003 0.001 139 G 0.377 0.334 0.181 0.084 0.020 0.003 0.001 140 E 0.138 0.275 0.252 0.212 0.098 0.023 0.001 141 I 0.029 0.052 0.104 0.219 0.335 0.237 0.024 142 R 0.070 0.148 0.172 0.228 0.239 0.130 0.013 143 A 0.068 0.101 0.123 0.167 0.191 0.254 0.096 144 R 0.041 0.059 0.089 0.167 0.230 0.278 0.136 145 Y 0.046 0.057 0.083 0.143 0.220 0.285 0.165 146 G 0.064 0.085 0.114 0.167 0.206 0.222 0.143 147 H 0.058 0.091 0.130 0.186 0.214 0.236 0.086 148 S 0.074 0.106 0.129 0.174 0.222 0.233 0.062 149 I 0.067 0.103 0.168 0.265 0.246 0.126 0.025 150 P 0.207 0.279 0.249 0.161 0.077 0.025 0.003 151 V 0.115 0.176 0.227 0.263 0.169 0.046 0.004 152 N 0.391 0.342 0.172 0.070 0.020 0.004 0.001 153 V 0.296 0.242 0.217 0.172 0.063 0.010 0.001 154 E 0.547 0.263 0.124 0.052 0.013 0.002 0.001 155 P 0.473 0.266 0.140 0.083 0.031 0.007 0.001 156 L 0.612 0.216 0.100 0.051 0.016 0.004 0.001 157 P 0.707 0.206 0.058 0.023 0.005 0.001 0.001 158 G 0.611 0.268 0.082 0.031 0.007 0.001 0.001 159 E 0.289 0.364 0.204 0.112 0.028 0.003 0.001 160 P 0.159 0.340 0.271 0.177 0.048 0.005 0.001 161 P 0.066 0.206 0.280 0.295 0.131 0.022 0.001 162 P 0.083 0.292 0.290 0.230 0.087 0.017 0.001 163 I 0.010 0.070 0.166 0.318 0.305 0.122 0.010 164 L 0.004 0.009 0.023 0.081 0.237 0.522 0.124 165 Y 0.004 0.011 0.031 0.096 0.227 0.454 0.178 166 H 0.005 0.016 0.035 0.075 0.160 0.440 0.269 167 G 0.009 0.026 0.051 0.115 0.228 0.391 0.181 168 T 0.016 0.061 0.107 0.210 0.273 0.244 0.089 169 T 0.019 0.064 0.111 0.203 0.282 0.248 0.073 170 E 0.068 0.195 0.255 0.257 0.151 0.063 0.012 171 E 0.139 0.309 0.262 0.168 0.084 0.033 0.005 172 A 0.044 0.096 0.144 0.234 0.272 0.188 0.023 173 L 0.033 0.061 0.098 0.232 0.358 0.203 0.015 174 P 0.106 0.357 0.293 0.173 0.056 0.015 0.001 175 L 0.088 0.224 0.307 0.248 0.106 0.026 0.001 176 I 0.049 0.068 0.081 0.189 0.335 0.257 0.020 177 M 0.096 0.190 0.262 0.282 0.132 0.036 0.002 178 E 0.446 0.369 0.124 0.046 0.013 0.003 0.001 179 R 0.228 0.336 0.254 0.128 0.044 0.009 0.001 180 G 0.192 0.287 0.229 0.177 0.086 0.027 0.002 181 I 0.058 0.086 0.169 0.312 0.289 0.082 0.004 182 M 0.304 0.366 0.184 0.101 0.035 0.009 0.001 183 R 0.190 0.305 0.240 0.178 0.070 0.015 0.001 184 G 0.054 0.098 0.150 0.267 0.294 0.125 0.012 185 R 0.164 0.331 0.249 0.158 0.072 0.024 0.003 186 R 0.068 0.136 0.188 0.256 0.224 0.111 0.016 187 L 0.050 0.150 0.180 0.235 0.218 0.143 0.024 188 K 0.017 0.069 0.141 0.234 0.269 0.225 0.046 189 V 0.004 0.006 0.017 0.067 0.183 0.473 0.251 190 H 0.010 0.032 0.067 0.148 0.241 0.345 0.157 191 L 0.006 0.010 0.026 0.081 0.224 0.460 0.193 192 T 0.015 0.053 0.097 0.184 0.310 0.275 0.066 193 S 0.080 0.180 0.232 0.267 0.151 0.071 0.019 194 S 0.305 0.327 0.173 0.107 0.059 0.024 0.005 195 L 0.274 0.242 0.204 0.168 0.082 0.026 0.003 196 E 0.420 0.272 0.157 0.095 0.039 0.014 0.003 197 D 0.390 0.275 0.173 0.098 0.044 0.017 0.003 198 A 0.176 0.191 0.192 0.199 0.154 0.074 0.014 199 V 0.166 0.230 0.208 0.194 0.130 0.059 0.013 200 S 0.132 0.177 0.180 0.205 0.163 0.105 0.038 201 T 0.101 0.093 0.107 0.172 0.218 0.222 0.087 202 G 0.075 0.083 0.106 0.174 0.208 0.235 0.119 203 R 0.145 0.182 0.170 0.179 0.155 0.120 0.050 204 R 0.098 0.132 0.157 0.222 0.206 0.143 0.042 205 H 0.069 0.121 0.139 0.204 0.231 0.189 0.047 206 G 0.098 0.178 0.192 0.218 0.193 0.101 0.020 207 N 0.151 0.331 0.262 0.162 0.064 0.026 0.004 208 L 0.016 0.060 0.118 0.250 0.319 0.206 0.031 209 V 0.006 0.038 0.099 0.226 0.298 0.272 0.060 210 A 0.001 0.002 0.007 0.030 0.146 0.497 0.318 211 V 0.001 0.001 0.004 0.018 0.077 0.361 0.539 212 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.221 0.754 213 L 0.001 0.005 0.026 0.089 0.149 0.336 0.395 214 V 0.001 0.003 0.008 0.030 0.119 0.491 0.349 215 D 0.001 0.014 0.050 0.186 0.296 0.324 0.128 216 V 0.001 0.003 0.009 0.057 0.255 0.545 0.130 217 E 0.023 0.197 0.223 0.251 0.222 0.077 0.007 218 C 0.012 0.100 0.300 0.378 0.163 0.045 0.003 219 L 0.005 0.026 0.055 0.167 0.417 0.318 0.012 220 R 0.011 0.086 0.217 0.413 0.227 0.045 0.002 221 R 0.232 0.476 0.184 0.074 0.025 0.008 0.001 222 R 0.084 0.290 0.371 0.191 0.053 0.010 0.001 223 G 0.055 0.188 0.221 0.248 0.196 0.083 0.008 224 L 0.010 0.038 0.116 0.258 0.378 0.184 0.017 225 K 0.012 0.057 0.147 0.337 0.302 0.134 0.012 226 V 0.004 0.009 0.017 0.051 0.169 0.561 0.188 227 E 0.007 0.026 0.059 0.162 0.268 0.351 0.127 228 R 0.013 0.051 0.109 0.222 0.302 0.255 0.048 229 M 0.013 0.038 0.080 0.202 0.390 0.245 0.032 230 S 0.086 0.281 0.298 0.221 0.084 0.027 0.004 231 K 0.082 0.320 0.273 0.191 0.092 0.037 0.005 232 T 0.010 0.087 0.197 0.349 0.249 0.097 0.012 233 V 0.002 0.005 0.019 0.088 0.267 0.509 0.109 234 Y 0.002 0.005 0.016 0.059 0.217 0.509 0.192 235 T 0.002 0.005 0.014 0.035 0.116 0.482 0.345 236 V 0.004 0.018 0.052 0.151 0.306 0.366 0.104 237 D 0.018 0.106 0.218 0.288 0.207 0.133 0.029 238 W 0.082 0.215 0.222 0.220 0.165 0.083 0.013 239 V 0.014 0.070 0.161 0.286 0.299 0.154 0.016 240 P 0.051 0.140 0.189 0.258 0.215 0.134 0.012 241 P 0.094 0.203 0.272 0.240 0.147 0.041 0.004 242 E 0.199 0.453 0.231 0.087 0.024 0.006 0.001 243 C 0.018 0.074 0.165 0.301 0.317 0.117 0.008 244 I 0.009 0.025 0.069 0.232 0.405 0.245 0.014 245 A 0.119 0.402 0.297 0.141 0.035 0.006 0.001 246 E 0.160 0.364 0.329 0.121 0.024 0.003 0.001 247 V 0.049 0.081 0.132 0.294 0.352 0.090 0.003 248 R 0.176 0.235 0.297 0.221 0.064 0.007 0.001 249 R 0.647 0.282 0.058 0.011 0.002 0.001 0.001 250 E 0.522 0.279 0.144 0.047 0.008 0.001 0.001 251 S 0.639 0.210 0.097 0.041 0.011 0.001 0.001 252 L 0.735 0.164 0.065 0.028 0.008 0.001 0.001 253 G 0.811 0.138 0.034 0.013 0.004 0.001 0.001 254 R 0.741 0.168 0.059 0.025 0.006 0.001 0.001 255 S 0.759 0.163 0.051 0.021 0.005 0.001 0.001 256 L 0.725 0.149 0.063 0.040 0.018 0.005 0.001