# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.9813 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.007 0.005 0.005 0.129 0.843 2 P 0.023 0.018 0.033 0.015 0.264 0.648 3 S 0.018 0.024 0.078 0.019 0.360 0.501 4 S 0.017 0.027 0.113 0.024 0.461 0.358 5 S 0.019 0.008 0.078 0.031 0.457 0.407 6 Q 0.038 0.009 0.063 0.059 0.384 0.448 7 Y 0.106 0.049 0.042 0.068 0.339 0.397 8 R 0.263 0.042 0.045 0.056 0.252 0.342 9 R 0.493 0.069 0.059 0.050 0.143 0.186 10 Y 0.422 0.068 0.048 0.046 0.203 0.212 11 Q 0.298 0.043 0.034 0.034 0.301 0.291 12 D 0.047 0.017 0.007 0.005 0.685 0.239 13 P 0.007 0.007 0.052 0.015 0.820 0.099 14 H 0.010 0.019 0.050 0.017 0.794 0.111 15 H 0.005 0.017 0.032 0.009 0.873 0.065 16 P 0.003 0.009 0.085 0.019 0.712 0.173 17 S 0.016 0.070 0.076 0.031 0.495 0.312 18 I 0.023 0.037 0.037 0.018 0.479 0.407 19 P 0.019 0.037 0.013 0.025 0.233 0.674 20 T 0.019 0.043 0.012 0.017 0.317 0.591 21 P 0.027 0.032 0.020 0.028 0.470 0.423 22 T 0.049 0.041 0.035 0.028 0.456 0.390 23 T 0.080 0.041 0.056 0.032 0.440 0.351 24 L 0.078 0.038 0.061 0.045 0.321 0.456 25 F 0.064 0.023 0.036 0.042 0.379 0.455 26 S 0.046 0.021 0.028 0.064 0.336 0.505 27 Q 0.034 0.018 0.015 0.029 0.297 0.608 28 P 0.038 0.016 0.054 0.067 0.365 0.460 29 S 0.053 0.027 0.150 0.113 0.327 0.330 30 L 0.128 0.040 0.161 0.087 0.271 0.312 31 E 0.210 0.041 0.163 0.121 0.249 0.215 32 I 0.172 0.043 0.110 0.108 0.343 0.223 33 L 0.099 0.037 0.052 0.086 0.461 0.266 34 G 0.081 0.013 0.030 0.058 0.506 0.312 35 G 0.070 0.018 0.024 0.046 0.375 0.468 36 G 0.086 0.072 0.037 0.111 0.252 0.443 37 V 0.077 0.068 0.108 0.126 0.306 0.315 38 A 0.011 0.004 0.611 0.148 0.173 0.054 39 E 0.017 0.005 0.542 0.179 0.187 0.071 40 E 0.028 0.010 0.413 0.251 0.208 0.089 41 L 0.036 0.017 0.060 0.115 0.359 0.414 42 P 0.019 0.003 0.273 0.227 0.317 0.161 43 E 0.047 0.007 0.392 0.237 0.241 0.076 44 L 0.088 0.010 0.374 0.279 0.192 0.058 45 A 0.138 0.011 0.167 0.338 0.188 0.158 46 L 0.199 0.024 0.084 0.288 0.178 0.228 47 C 0.316 0.047 0.041 0.111 0.268 0.218 48 C 0.277 0.029 0.041 0.075 0.430 0.148 49 D 0.118 0.010 0.033 0.047 0.616 0.177 50 G 0.089 0.004 0.020 0.018 0.674 0.194 51 T 0.339 0.015 0.011 0.009 0.405 0.220 52 V 0.633 0.053 0.009 0.012 0.127 0.165 53 V 0.660 0.048 0.008 0.012 0.139 0.133 54 E 0.470 0.018 0.011 0.012 0.243 0.246 55 G 0.262 0.016 0.019 0.011 0.351 0.340 56 R 0.279 0.038 0.039 0.017 0.360 0.268 57 S 0.305 0.047 0.058 0.029 0.288 0.274 58 N 0.199 0.019 0.074 0.034 0.412 0.262 59 C 0.140 0.011 0.075 0.044 0.417 0.313 60 R 0.154 0.016 0.055 0.051 0.336 0.389 61 C 0.186 0.023 0.039 0.057 0.327 0.368 62 K 0.190 0.019 0.036 0.047 0.290 0.418 63 A 0.253 0.018 0.084 0.072 0.237 0.335 64 R 0.390 0.024 0.114 0.072 0.162 0.238 65 A 0.605 0.012 0.069 0.046 0.100 0.168 66 V 0.667 0.037 0.017 0.022 0.058 0.199 67 L 0.507 0.049 0.007 0.011 0.256 0.169 68 P 0.117 0.009 0.009 0.009 0.800 0.055 69 G 0.017 0.002 0.011 0.012 0.912 0.046 70 G 0.023 0.006 0.009 0.020 0.884 0.058 71 M 0.228 0.044 0.007 0.068 0.369 0.283 72 R 0.355 0.032 0.006 0.278 0.051 0.278 73 V 0.264 0.007 0.009 0.643 0.023 0.055 74 R 0.213 0.005 0.014 0.692 0.016 0.061 75 L 0.141 0.004 0.013 0.768 0.019 0.055 76 S 0.034 0.002 0.009 0.865 0.029 0.061 77 K 0.004 0.001 0.008 0.972 0.009 0.006 78 T 0.003 0.001 0.008 0.981 0.005 0.003 79 L 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.001 80 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 81 G 0.002 0.001 0.003 0.990 0.004 0.001 82 I 0.002 0.001 0.003 0.989 0.004 0.002 83 L 0.005 0.001 0.008 0.975 0.009 0.003 84 R 0.015 0.001 0.003 0.955 0.019 0.007 85 H 0.016 0.003 0.004 0.847 0.038 0.092 86 H 0.013 0.015 0.007 0.094 0.256 0.615 87 P 0.008 0.005 0.194 0.087 0.507 0.199 88 G 0.044 0.005 0.363 0.052 0.426 0.109 89 R 0.227 0.018 0.360 0.058 0.271 0.066 90 Y 0.334 0.013 0.074 0.107 0.230 0.241 91 G 0.452 0.004 0.021 0.022 0.168 0.332 92 V 0.747 0.006 0.004 0.006 0.054 0.183 93 R 0.872 0.004 0.001 0.002 0.021 0.100 94 L 0.747 0.038 0.002 0.002 0.029 0.183 95 T 0.224 0.011 0.008 0.002 0.727 0.028 96 R 0.033 0.002 0.054 0.007 0.887 0.016 97 E 0.004 0.001 0.026 0.008 0.952 0.009 98 G 0.100 0.008 0.011 0.003 0.855 0.022 99 W 0.513 0.015 0.001 0.002 0.048 0.421 100 A 0.813 0.071 0.001 0.003 0.012 0.102 101 R 0.396 0.009 0.001 0.011 0.018 0.566 102 V 0.018 0.001 0.007 0.945 0.005 0.025 103 S 0.006 0.001 0.018 0.958 0.010 0.008 104 E 0.003 0.001 0.045 0.939 0.010 0.003 105 V 0.005 0.001 0.018 0.957 0.008 0.009 106 V 0.002 0.001 0.006 0.985 0.003 0.003 107 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 108 G 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.004 109 L 0.001 0.001 0.006 0.980 0.009 0.004 110 R 0.001 0.001 0.012 0.970 0.012 0.004 111 K 0.001 0.001 0.012 0.958 0.017 0.012 112 A 0.001 0.001 0.017 0.847 0.036 0.098 113 G 0.001 0.001 0.006 0.022 0.075 0.895 114 W 0.008 0.011 0.040 0.015 0.381 0.545 115 S 0.040 0.007 0.047 0.011 0.427 0.468 116 W 0.114 0.017 0.067 0.021 0.387 0.393 117 V 0.188 0.062 0.008 0.014 0.223 0.505 118 E 0.198 0.019 0.004 0.015 0.050 0.714 119 E 0.013 0.001 0.073 0.880 0.017 0.017 120 W 0.013 0.001 0.080 0.873 0.024 0.010 121 H 0.013 0.001 0.062 0.909 0.011 0.004 122 I 0.027 0.001 0.012 0.944 0.008 0.008 123 V 0.013 0.001 0.004 0.972 0.005 0.005 124 G 0.027 0.001 0.004 0.959 0.005 0.003 125 V 0.040 0.001 0.003 0.948 0.005 0.004 126 A 0.078 0.002 0.005 0.890 0.014 0.010 127 L 0.164 0.006 0.008 0.690 0.090 0.040 128 H 0.178 0.016 0.006 0.261 0.251 0.288 129 D 0.018 0.008 0.001 0.011 0.397 0.565 130 P 0.013 0.008 0.022 0.035 0.779 0.143 131 K 0.048 0.006 0.033 0.020 0.787 0.106 132 G 0.091 0.006 0.054 0.026 0.717 0.106 133 R 0.233 0.013 0.070 0.066 0.396 0.222 134 Y 0.646 0.039 0.031 0.071 0.081 0.131 135 E 0.769 0.034 0.012 0.048 0.058 0.079 136 L 0.561 0.058 0.012 0.033 0.256 0.080 137 R 0.281 0.017 0.010 0.013 0.629 0.050 138 N 0.037 0.002 0.012 0.006 0.903 0.040 139 G 0.079 0.004 0.006 0.003 0.813 0.095 140 E 0.641 0.044 0.004 0.002 0.125 0.184 141 I 0.832 0.030 0.003 0.002 0.033 0.101 142 R 0.789 0.025 0.009 0.005 0.053 0.118 143 A 0.667 0.016 0.031 0.013 0.105 0.167 144 R 0.539 0.009 0.051 0.012 0.199 0.190 145 Y 0.395 0.011 0.075 0.021 0.287 0.210 146 G 0.318 0.017 0.067 0.021 0.305 0.272 147 H 0.375 0.018 0.050 0.028 0.254 0.275 148 S 0.315 0.021 0.020 0.016 0.218 0.409 149 I 0.301 0.020 0.008 0.012 0.185 0.475 150 P 0.338 0.011 0.004 0.005 0.159 0.483 151 V 0.446 0.035 0.004 0.007 0.086 0.422 152 N 0.403 0.027 0.005 0.007 0.147 0.411 153 V 0.362 0.031 0.008 0.004 0.145 0.450 154 E 0.224 0.016 0.014 0.004 0.188 0.553 155 P 0.107 0.025 0.023 0.006 0.222 0.616 156 L 0.036 0.011 0.015 0.003 0.408 0.526 157 P 0.022 0.010 0.032 0.008 0.443 0.486 158 G 0.014 0.011 0.031 0.009 0.392 0.543 159 E 0.020 0.016 0.016 0.006 0.321 0.620 160 P 0.015 0.015 0.007 0.004 0.171 0.788 161 P 0.019 0.020 0.043 0.013 0.293 0.612 162 P 0.068 0.009 0.077 0.020 0.379 0.448 163 I 0.399 0.021 0.077 0.017 0.254 0.232 164 L 0.646 0.033 0.021 0.013 0.142 0.146 165 Y 0.655 0.028 0.011 0.010 0.132 0.164 166 H 0.458 0.019 0.011 0.016 0.231 0.265 167 G 0.141 0.018 0.012 0.015 0.324 0.490 168 T 0.056 0.038 0.011 0.030 0.299 0.565 169 T 0.014 0.012 0.144 0.280 0.274 0.276 170 E 0.001 0.001 0.414 0.494 0.072 0.019 171 E 0.001 0.001 0.342 0.602 0.043 0.011 172 A 0.001 0.002 0.204 0.760 0.019 0.014 173 L 0.001 0.001 0.012 0.968 0.007 0.011 174 P 0.001 0.001 0.011 0.972 0.010 0.006 175 L 0.001 0.001 0.009 0.981 0.007 0.002 176 I 0.001 0.001 0.006 0.983 0.008 0.001 177 M 0.001 0.001 0.007 0.986 0.006 0.001 178 E 0.001 0.001 0.007 0.982 0.008 0.003 179 R 0.001 0.001 0.010 0.941 0.021 0.027 180 G 0.003 0.002 0.011 0.067 0.117 0.801 181 I 0.037 0.035 0.022 0.026 0.183 0.697 182 M 0.119 0.029 0.034 0.031 0.293 0.494 183 R 0.097 0.017 0.038 0.036 0.396 0.416 184 G 0.057 0.008 0.057 0.021 0.428 0.430 185 R 0.142 0.016 0.099 0.029 0.387 0.327 186 R 0.222 0.020 0.110 0.035 0.383 0.231 187 L 0.325 0.012 0.048 0.019 0.283 0.313 188 K 0.686 0.025 0.024 0.015 0.097 0.153 189 V 0.757 0.019 0.014 0.019 0.066 0.126 190 H 0.682 0.025 0.022 0.016 0.078 0.178 191 L 0.407 0.025 0.027 0.017 0.161 0.364 192 T 0.153 0.022 0.031 0.017 0.296 0.482 193 S 0.061 0.020 0.018 0.015 0.312 0.575 194 S 0.021 0.008 0.007 0.019 0.176 0.769 195 L 0.005 0.002 0.041 0.877 0.048 0.027 196 E 0.013 0.002 0.043 0.846 0.070 0.026 197 D 0.016 0.002 0.045 0.854 0.070 0.014 198 A 0.059 0.002 0.037 0.834 0.046 0.022 199 V 0.066 0.003 0.020 0.875 0.022 0.014 200 S 0.066 0.002 0.011 0.866 0.028 0.028 201 T 0.085 0.003 0.010 0.751 0.051 0.100 202 G 0.236 0.007 0.019 0.347 0.117 0.275 203 R 0.506 0.023 0.026 0.132 0.136 0.177 204 R 0.504 0.025 0.020 0.078 0.246 0.128 205 H 0.253 0.014 0.015 0.034 0.489 0.195 206 G 0.054 0.006 0.018 0.007 0.612 0.303 207 N 0.086 0.012 0.011 0.001 0.533 0.356 208 L 0.365 0.017 0.005 0.001 0.279 0.333 209 V 0.665 0.003 0.001 0.001 0.075 0.256 210 A 0.968 0.002 0.001 0.001 0.007 0.023 211 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 212 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 213 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 214 V 0.908 0.002 0.001 0.001 0.007 0.081 215 D 0.386 0.003 0.001 0.004 0.025 0.581 216 V 0.004 0.001 0.020 0.955 0.007 0.015 217 E 0.001 0.001 0.030 0.958 0.008 0.003 218 C 0.001 0.001 0.046 0.943 0.009 0.001 219 L 0.001 0.001 0.012 0.979 0.007 0.001 220 R 0.001 0.001 0.012 0.980 0.006 0.001 221 R 0.001 0.001 0.011 0.980 0.006 0.002 222 R 0.001 0.001 0.008 0.956 0.016 0.019 223 G 0.008 0.002 0.006 0.073 0.096 0.816 224 L 0.100 0.003 0.002 0.004 0.063 0.829 225 K 0.789 0.003 0.003 0.005 0.035 0.166 226 V 0.931 0.002 0.004 0.005 0.014 0.043 227 E 0.952 0.002 0.002 0.004 0.011 0.029 228 R 0.897 0.004 0.007 0.005 0.048 0.039 229 M 0.626 0.016 0.017 0.006 0.290 0.045 230 S 0.197 0.007 0.026 0.003 0.716 0.052 231 K 0.118 0.002 0.019 0.002 0.774 0.085 232 T 0.738 0.006 0.003 0.001 0.176 0.076 233 V 0.974 0.002 0.001 0.001 0.007 0.017 234 Y 0.992 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 235 T 0.970 0.002 0.001 0.001 0.006 0.020 236 V 0.846 0.003 0.003 0.001 0.074 0.072 237 D 0.473 0.002 0.012 0.001 0.326 0.186 238 W 0.126 0.008 0.025 0.002 0.474 0.365 239 V 0.128 0.070 0.004 0.001 0.340 0.456 240 P 0.057 0.014 0.001 0.001 0.083 0.844 241 P 0.009 0.001 0.233 0.658 0.063 0.035 242 E 0.021 0.001 0.262 0.649 0.055 0.014 243 C 0.038 0.001 0.195 0.727 0.033 0.005 244 I 0.126 0.003 0.014 0.808 0.023 0.025 245 A 0.105 0.001 0.008 0.852 0.015 0.020 246 E 0.155 0.001 0.005 0.805 0.015 0.019 247 V 0.214 0.002 0.004 0.722 0.022 0.036 248 R 0.204 0.007 0.006 0.708 0.024 0.050 249 R 0.353 0.009 0.014 0.429 0.072 0.122 250 E 0.273 0.009 0.039 0.297 0.207 0.175 251 S 0.094 0.011 0.036 0.274 0.320 0.265 252 L 0.042 0.006 0.034 0.122 0.504 0.291 253 G 0.077 0.015 0.012 0.022 0.358 0.518 254 R 0.094 0.032 0.010 0.029 0.131 0.704 255 S 0.074 0.033 0.005 0.022 0.105 0.761 256 L 0.022 0.004 0.002 0.010 0.059 0.903