# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.9813 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.005 0.006 0.008 0.038 0.013 0.921 2 P 0.008 0.008 0.038 0.022 0.024 0.063 0.838 3 S 0.015 0.017 0.108 0.054 0.129 0.228 0.449 4 S 0.020 0.008 0.118 0.056 0.178 0.154 0.466 5 S 0.020 0.005 0.109 0.163 0.211 0.099 0.392 6 Q 0.039 0.009 0.126 0.237 0.111 0.154 0.324 7 Y 0.076 0.029 0.163 0.331 0.070 0.130 0.201 8 R 0.153 0.033 0.100 0.363 0.067 0.071 0.213 9 R 0.297 0.029 0.068 0.287 0.070 0.086 0.164 10 Y 0.291 0.039 0.032 0.122 0.134 0.140 0.242 11 Q 0.175 0.090 0.021 0.054 0.232 0.118 0.308 12 D 0.044 0.041 0.006 0.003 0.168 0.014 0.724 13 P 0.007 0.005 0.028 0.004 0.092 0.774 0.090 14 H 0.006 0.025 0.023 0.004 0.116 0.731 0.096 15 H 0.020 0.042 0.053 0.005 0.284 0.104 0.492 16 P 0.019 0.034 0.027 0.004 0.121 0.184 0.612 17 S 0.045 0.060 0.035 0.004 0.223 0.222 0.411 18 I 0.090 0.055 0.004 0.001 0.491 0.016 0.344 19 P 0.087 0.124 0.003 0.002 0.088 0.011 0.686 20 T 0.080 0.048 0.005 0.001 0.175 0.009 0.682 21 P 0.062 0.022 0.052 0.007 0.169 0.338 0.350 22 T 0.073 0.038 0.054 0.009 0.198 0.266 0.362 23 T 0.101 0.128 0.040 0.011 0.224 0.068 0.428 24 L 0.053 0.067 0.015 0.003 0.139 0.041 0.682 25 F 0.038 0.026 0.019 0.002 0.190 0.272 0.452 26 S 0.032 0.054 0.016 0.002 0.344 0.207 0.345 27 Q 0.022 0.017 0.003 0.001 0.387 0.005 0.565 28 P 0.023 0.015 0.011 0.004 0.053 0.030 0.865 29 S 0.065 0.082 0.059 0.017 0.122 0.112 0.543 30 L 0.158 0.044 0.103 0.039 0.145 0.099 0.411 31 E 0.278 0.037 0.068 0.064 0.128 0.058 0.365 32 I 0.316 0.069 0.064 0.079 0.089 0.080 0.303 33 L 0.161 0.029 0.042 0.055 0.104 0.197 0.411 34 G 0.070 0.026 0.026 0.055 0.218 0.264 0.341 35 G 0.026 0.017 0.029 0.052 0.269 0.210 0.397 36 G 0.021 0.009 0.070 0.078 0.253 0.186 0.382 37 V 0.065 0.029 0.171 0.187 0.100 0.184 0.263 38 A 0.062 0.029 0.283 0.242 0.095 0.124 0.165 39 E 0.029 0.016 0.212 0.230 0.082 0.304 0.127 40 E 0.022 0.015 0.099 0.254 0.091 0.352 0.167 41 L 0.017 0.009 0.029 0.105 0.196 0.018 0.627 42 P 0.011 0.003 0.257 0.350 0.036 0.209 0.133 43 E 0.028 0.009 0.303 0.292 0.042 0.268 0.059 44 L 0.074 0.025 0.332 0.300 0.031 0.126 0.112 45 A 0.171 0.019 0.114 0.342 0.069 0.112 0.173 46 L 0.260 0.028 0.061 0.310 0.058 0.103 0.180 47 C 0.203 0.028 0.030 0.156 0.073 0.084 0.426 48 C 0.177 0.027 0.023 0.091 0.143 0.163 0.375 49 D 0.055 0.006 0.023 0.030 0.131 0.656 0.100 50 G 0.039 0.003 0.022 0.018 0.308 0.467 0.144 51 T 0.200 0.023 0.024 0.030 0.180 0.091 0.453 52 V 0.569 0.064 0.016 0.030 0.057 0.031 0.234 53 V 0.672 0.057 0.013 0.028 0.039 0.023 0.167 54 E 0.473 0.030 0.015 0.042 0.067 0.192 0.182 55 G 0.170 0.010 0.013 0.015 0.204 0.297 0.291 56 R 0.173 0.028 0.022 0.018 0.200 0.100 0.458 57 S 0.146 0.030 0.065 0.040 0.195 0.283 0.241 58 N 0.083 0.030 0.078 0.036 0.157 0.355 0.261 59 C 0.072 0.024 0.061 0.056 0.156 0.313 0.318 60 R 0.083 0.023 0.039 0.086 0.198 0.220 0.351 61 C 0.115 0.031 0.033 0.120 0.260 0.073 0.367 62 K 0.136 0.023 0.061 0.222 0.121 0.110 0.327 63 A 0.182 0.023 0.101 0.321 0.063 0.091 0.220 64 R 0.275 0.025 0.118 0.306 0.052 0.055 0.170 65 A 0.464 0.016 0.062 0.229 0.049 0.040 0.140 66 V 0.496 0.087 0.030 0.174 0.050 0.057 0.106 67 L 0.130 0.018 0.011 0.017 0.127 0.025 0.672 68 P 0.031 0.003 0.036 0.029 0.082 0.594 0.225 69 G 0.005 0.002 0.017 0.012 0.091 0.824 0.049 70 G 0.015 0.002 0.019 0.036 0.392 0.382 0.153 71 M 0.072 0.016 0.010 0.213 0.134 0.064 0.492 72 R 0.329 0.059 0.007 0.383 0.030 0.020 0.172 73 V 0.288 0.015 0.004 0.594 0.024 0.006 0.069 74 R 0.132 0.004 0.005 0.801 0.015 0.009 0.033 75 L 0.038 0.001 0.011 0.905 0.011 0.014 0.019 76 S 0.006 0.001 0.006 0.962 0.005 0.007 0.012 77 K 0.001 0.001 0.006 0.985 0.002 0.005 0.001 78 T 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.005 0.001 79 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 81 G 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.009 0.001 82 I 0.001 0.001 0.007 0.963 0.001 0.029 0.001 83 L 0.001 0.001 0.020 0.895 0.005 0.073 0.006 84 R 0.003 0.002 0.043 0.508 0.031 0.381 0.032 85 H 0.011 0.019 0.032 0.259 0.202 0.296 0.180 86 H 0.014 0.011 0.009 0.031 0.255 0.016 0.663 87 P 0.005 0.003 0.163 0.074 0.061 0.640 0.055 88 G 0.008 0.002 0.233 0.036 0.024 0.663 0.035 89 R 0.099 0.027 0.433 0.039 0.115 0.129 0.158 90 Y 0.132 0.018 0.104 0.020 0.132 0.473 0.121 91 G 0.092 0.002 0.026 0.003 0.091 0.689 0.098 92 V 0.426 0.028 0.001 0.003 0.022 0.004 0.516 93 R 0.765 0.041 0.001 0.001 0.007 0.001 0.184 94 L 0.672 0.078 0.001 0.001 0.017 0.003 0.228 95 T 0.183 0.008 0.004 0.001 0.039 0.021 0.745 96 R 0.016 0.002 0.029 0.011 0.107 0.801 0.035 97 E 0.010 0.003 0.025 0.013 0.132 0.780 0.038 98 G 0.075 0.015 0.029 0.040 0.287 0.172 0.382 99 W 0.286 0.063 0.002 0.013 0.066 0.019 0.551 100 A 0.503 0.154 0.001 0.006 0.048 0.001 0.288 101 R 0.479 0.076 0.001 0.020 0.030 0.002 0.392 102 V 0.003 0.001 0.007 0.979 0.001 0.003 0.007 103 S 0.001 0.001 0.013 0.982 0.001 0.001 0.002 104 E 0.001 0.001 0.020 0.978 0.001 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.014 0.982 0.001 0.002 0.001 106 V 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.004 0.001 107 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.011 0.001 108 G 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.013 0.002 109 L 0.001 0.001 0.004 0.978 0.002 0.009 0.006 110 R 0.001 0.001 0.013 0.935 0.003 0.044 0.005 111 K 0.001 0.001 0.022 0.841 0.015 0.109 0.011 112 A 0.001 0.001 0.022 0.266 0.020 0.677 0.013 113 G 0.001 0.001 0.005 0.022 0.016 0.912 0.043 114 W 0.008 0.006 0.013 0.010 0.087 0.025 0.850 115 S 0.080 0.016 0.068 0.033 0.253 0.111 0.438 116 W 0.184 0.035 0.065 0.030 0.187 0.140 0.359 117 V 0.208 0.053 0.005 0.014 0.137 0.007 0.576 118 E 0.129 0.024 0.003 0.015 0.038 0.003 0.787 119 E 0.004 0.001 0.053 0.923 0.002 0.013 0.004 120 W 0.002 0.001 0.045 0.936 0.002 0.013 0.002 121 H 0.011 0.001 0.109 0.841 0.004 0.019 0.017 122 I 0.026 0.002 0.019 0.920 0.003 0.011 0.019 123 V 0.031 0.001 0.008 0.940 0.005 0.006 0.009 124 G 0.015 0.001 0.006 0.970 0.001 0.005 0.002 125 V 0.027 0.001 0.006 0.947 0.002 0.014 0.003 126 A 0.069 0.003 0.007 0.895 0.004 0.017 0.005 127 L 0.070 0.004 0.005 0.837 0.006 0.062 0.016 128 H 0.052 0.016 0.006 0.518 0.080 0.280 0.047 129 D 0.023 0.007 0.002 0.010 0.344 0.018 0.597 130 P 0.003 0.001 0.037 0.008 0.053 0.878 0.019 131 K 0.004 0.003 0.028 0.001 0.045 0.908 0.013 132 G 0.053 0.004 0.078 0.001 0.381 0.313 0.169 133 R 0.325 0.027 0.013 0.002 0.095 0.016 0.523 134 Y 0.886 0.024 0.004 0.002 0.014 0.003 0.068 135 E 0.953 0.023 0.003 0.002 0.003 0.001 0.016 136 L 0.910 0.014 0.002 0.005 0.002 0.007 0.060 137 R 0.717 0.007 0.007 0.005 0.017 0.113 0.133 138 N 0.052 0.001 0.006 0.002 0.083 0.840 0.016 139 G 0.044 0.001 0.007 0.001 0.180 0.733 0.035 140 E 0.734 0.030 0.004 0.001 0.072 0.027 0.132 141 I 0.944 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 142 R 0.928 0.003 0.002 0.001 0.027 0.002 0.039 143 A 0.890 0.002 0.007 0.001 0.012 0.016 0.071 144 R 0.876 0.008 0.005 0.002 0.026 0.011 0.071 145 Y 0.815 0.023 0.007 0.002 0.029 0.017 0.106 146 G 0.447 0.005 0.007 0.002 0.088 0.234 0.216 147 H 0.475 0.019 0.003 0.001 0.103 0.092 0.306 148 S 0.511 0.051 0.003 0.001 0.057 0.034 0.343 149 I 0.444 0.013 0.004 0.001 0.212 0.027 0.299 150 P 0.370 0.019 0.004 0.001 0.037 0.015 0.554 151 V 0.383 0.020 0.003 0.001 0.030 0.006 0.558 152 N 0.528 0.043 0.003 0.001 0.025 0.004 0.397 153 V 0.341 0.033 0.004 0.001 0.036 0.005 0.580 154 E 0.243 0.027 0.005 0.001 0.137 0.016 0.572 155 P 0.106 0.062 0.003 0.001 0.180 0.020 0.628 156 L 0.025 0.012 0.002 0.001 0.069 0.014 0.877 157 P 0.013 0.013 0.010 0.001 0.219 0.428 0.316 158 G 0.010 0.012 0.010 0.001 0.365 0.355 0.247 159 E 0.023 0.008 0.001 0.001 0.351 0.006 0.610 160 P 0.012 0.017 0.001 0.001 0.021 0.001 0.949 161 P 0.059 0.015 0.001 0.001 0.021 0.002 0.902 162 P 0.152 0.005 0.006 0.001 0.398 0.018 0.420 163 I 0.909 0.003 0.006 0.001 0.024 0.005 0.051 164 L 0.974 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 165 Y 0.984 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 166 H 0.914 0.003 0.002 0.005 0.006 0.012 0.058 167 G 0.295 0.005 0.003 0.002 0.208 0.114 0.372 168 T 0.099 0.017 0.005 0.002 0.419 0.058 0.399 169 T 0.065 0.026 0.084 0.038 0.346 0.069 0.374 170 E 0.005 0.002 0.513 0.376 0.020 0.070 0.014 171 E 0.001 0.002 0.480 0.413 0.007 0.091 0.006 172 A 0.001 0.001 0.314 0.608 0.003 0.060 0.013 173 L 0.001 0.001 0.037 0.940 0.005 0.008 0.010 174 P 0.001 0.001 0.013 0.981 0.001 0.003 0.002 175 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 176 I 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 177 M 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.006 0.001 178 E 0.001 0.001 0.004 0.957 0.001 0.037 0.001 179 R 0.001 0.001 0.006 0.394 0.003 0.595 0.002 180 G 0.001 0.001 0.005 0.045 0.019 0.897 0.032 181 I 0.017 0.013 0.007 0.011 0.104 0.020 0.829 182 M 0.086 0.034 0.028 0.015 0.078 0.023 0.736 183 R 0.095 0.029 0.131 0.036 0.131 0.136 0.442 184 G 0.081 0.007 0.121 0.018 0.136 0.223 0.415 185 R 0.187 0.015 0.077 0.007 0.235 0.185 0.293 186 R 0.583 0.021 0.026 0.006 0.055 0.062 0.246 187 L 0.721 0.006 0.017 0.007 0.063 0.017 0.170 188 K 0.897 0.006 0.009 0.006 0.015 0.005 0.063 189 V 0.922 0.005 0.003 0.004 0.003 0.004 0.059 190 H 0.891 0.018 0.004 0.004 0.016 0.006 0.061 191 L 0.649 0.016 0.010 0.006 0.035 0.028 0.257 192 T 0.196 0.011 0.015 0.004 0.133 0.059 0.582 193 S 0.078 0.023 0.020 0.012 0.554 0.145 0.168 194 S 0.053 0.030 0.022 0.013 0.404 0.069 0.410 195 L 0.007 0.002 0.267 0.574 0.017 0.089 0.043 196 E 0.007 0.002 0.280 0.626 0.013 0.055 0.018 197 D 0.013 0.003 0.293 0.619 0.012 0.028 0.032 198 A 0.052 0.006 0.150 0.716 0.011 0.036 0.029 199 V 0.153 0.008 0.048 0.675 0.022 0.058 0.036 200 S 0.339 0.006 0.025 0.517 0.016 0.060 0.037 201 T 0.406 0.006 0.018 0.367 0.024 0.095 0.084 202 G 0.425 0.013 0.022 0.175 0.093 0.175 0.097 203 R 0.380 0.015 0.044 0.204 0.102 0.121 0.134 204 R 0.507 0.041 0.030 0.099 0.075 0.110 0.137 205 H 0.216 0.030 0.034 0.027 0.115 0.252 0.326 206 G 0.062 0.004 0.018 0.006 0.170 0.559 0.181 207 N 0.058 0.006 0.014 0.001 0.319 0.246 0.355 208 L 0.247 0.014 0.004 0.001 0.258 0.029 0.448 209 V 0.401 0.005 0.001 0.001 0.144 0.014 0.435 210 A 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 211 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 212 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 213 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 214 V 0.956 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.034 215 D 0.549 0.007 0.001 0.001 0.032 0.002 0.409 216 V 0.003 0.001 0.061 0.878 0.003 0.042 0.013 217 E 0.001 0.001 0.044 0.935 0.004 0.014 0.003 218 C 0.001 0.001 0.053 0.935 0.001 0.004 0.005 219 L 0.002 0.001 0.019 0.969 0.002 0.005 0.003 220 R 0.002 0.001 0.013 0.956 0.002 0.026 0.002 221 R 0.002 0.001 0.015 0.888 0.006 0.087 0.002 222 R 0.002 0.001 0.010 0.205 0.015 0.763 0.006 223 G 0.015 0.002 0.005 0.012 0.061 0.852 0.054 224 L 0.120 0.006 0.003 0.004 0.049 0.011 0.808 225 K 0.774 0.030 0.003 0.003 0.018 0.003 0.169 226 V 0.918 0.005 0.006 0.004 0.008 0.003 0.057 227 E 0.910 0.006 0.007 0.004 0.026 0.003 0.043 228 R 0.850 0.008 0.014 0.004 0.014 0.007 0.103 229 M 0.594 0.024 0.026 0.008 0.044 0.048 0.257 230 S 0.213 0.013 0.072 0.009 0.129 0.410 0.154 231 K 0.049 0.001 0.029 0.003 0.201 0.658 0.059 232 T 0.217 0.005 0.037 0.003 0.207 0.312 0.218 233 V 0.836 0.036 0.002 0.001 0.010 0.003 0.111 234 Y 0.939 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.042 235 T 0.926 0.010 0.006 0.002 0.006 0.006 0.043 236 V 0.642 0.012 0.040 0.004 0.036 0.038 0.228 237 D 0.278 0.006 0.038 0.002 0.332 0.132 0.211 238 W 0.124 0.018 0.053 0.002 0.312 0.192 0.299 239 V 0.056 0.031 0.001 0.001 0.529 0.002 0.382 240 P 0.023 0.009 0.001 0.001 0.018 0.001 0.949 241 P 0.004 0.003 0.483 0.392 0.011 0.084 0.023 242 E 0.005 0.001 0.435 0.450 0.008 0.094 0.007 243 C 0.010 0.002 0.419 0.507 0.003 0.033 0.026 244 I 0.047 0.004 0.077 0.778 0.010 0.030 0.053 245 A 0.145 0.004 0.049 0.681 0.027 0.036 0.057 246 E 0.300 0.005 0.020 0.585 0.015 0.043 0.032 247 V 0.482 0.010 0.006 0.387 0.019 0.025 0.071 248 R 0.580 0.016 0.006 0.270 0.017 0.022 0.088 249 R 0.464 0.010 0.016 0.235 0.043 0.060 0.172 250 E 0.180 0.011 0.030 0.170 0.125 0.174 0.310 251 S 0.092 0.006 0.039 0.096 0.155 0.283 0.329 252 L 0.084 0.009 0.034 0.080 0.141 0.310 0.342 253 G 0.098 0.011 0.030 0.031 0.178 0.211 0.441 254 R 0.151 0.025 0.027 0.020 0.213 0.100 0.464 255 S 0.114 0.027 0.005 0.010 0.044 0.022 0.778 256 L 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.980