# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 28.9813 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.510 0.224 0.122 0.084 0.042 0.017 0.002 2 P 0.562 0.209 0.106 0.070 0.036 0.015 0.003 3 S 0.593 0.207 0.098 0.063 0.029 0.010 0.001 4 S 0.504 0.244 0.136 0.074 0.031 0.010 0.001 5 S 0.408 0.227 0.175 0.116 0.054 0.016 0.003 6 Q 0.423 0.298 0.161 0.078 0.029 0.010 0.002 7 Y 0.174 0.200 0.205 0.213 0.146 0.055 0.007 8 R 0.120 0.132 0.168 0.226 0.211 0.119 0.023 9 R 0.127 0.235 0.240 0.207 0.115 0.061 0.016 10 Y 0.057 0.067 0.099 0.203 0.276 0.235 0.063 11 Q 0.132 0.212 0.209 0.199 0.139 0.084 0.026 12 D 0.190 0.175 0.174 0.187 0.149 0.097 0.028 13 P 0.343 0.267 0.180 0.115 0.059 0.029 0.007 14 H 0.244 0.180 0.162 0.170 0.139 0.085 0.021 15 H 0.293 0.197 0.156 0.149 0.115 0.071 0.019 16 P 0.316 0.205 0.157 0.138 0.100 0.064 0.020 17 S 0.255 0.167 0.147 0.170 0.139 0.087 0.034 18 I 0.231 0.251 0.214 0.151 0.085 0.048 0.020 19 P 0.294 0.217 0.161 0.142 0.104 0.060 0.022 20 T 0.246 0.207 0.181 0.167 0.118 0.063 0.018 21 P 0.192 0.180 0.172 0.174 0.144 0.103 0.035 22 T 0.164 0.166 0.171 0.190 0.157 0.114 0.039 23 T 0.177 0.161 0.149 0.183 0.167 0.121 0.042 24 L 0.215 0.230 0.194 0.172 0.105 0.061 0.023 25 F 0.238 0.216 0.189 0.171 0.111 0.060 0.017 26 S 0.419 0.286 0.154 0.083 0.037 0.016 0.005 27 Q 0.274 0.247 0.200 0.149 0.086 0.036 0.008 28 P 0.275 0.170 0.166 0.167 0.130 0.075 0.018 29 S 0.263 0.262 0.196 0.139 0.083 0.046 0.012 30 L 0.130 0.153 0.181 0.219 0.183 0.110 0.023 31 E 0.173 0.239 0.212 0.178 0.121 0.065 0.013 32 I 0.162 0.122 0.141 0.190 0.208 0.146 0.031 33 L 0.279 0.246 0.196 0.150 0.083 0.038 0.008 34 G 0.288 0.219 0.178 0.156 0.102 0.047 0.009 35 G 0.350 0.239 0.173 0.131 0.070 0.031 0.008 36 G 0.333 0.240 0.168 0.136 0.080 0.036 0.007 37 V 0.275 0.277 0.201 0.139 0.071 0.031 0.007 38 A 0.116 0.117 0.152 0.244 0.237 0.116 0.018 39 E 0.218 0.295 0.243 0.150 0.064 0.024 0.006 40 E 0.204 0.308 0.221 0.149 0.075 0.035 0.007 41 L 0.061 0.116 0.198 0.278 0.230 0.104 0.013 42 P 0.172 0.272 0.245 0.179 0.091 0.035 0.007 43 E 0.205 0.263 0.211 0.158 0.092 0.057 0.013 44 L 0.064 0.086 0.129 0.222 0.259 0.204 0.035 45 A 0.129 0.183 0.205 0.207 0.154 0.101 0.021 46 L 0.191 0.235 0.202 0.176 0.112 0.070 0.014 47 C 0.130 0.132 0.163 0.213 0.219 0.126 0.018 48 C 0.224 0.184 0.201 0.197 0.133 0.054 0.008 49 D 0.538 0.245 0.113 0.059 0.029 0.013 0.003 50 G 0.427 0.232 0.166 0.109 0.050 0.014 0.002 51 T 0.416 0.276 0.152 0.097 0.043 0.014 0.002 52 V 0.228 0.211 0.204 0.198 0.115 0.040 0.004 53 V 0.264 0.250 0.217 0.160 0.084 0.023 0.002 54 E 0.386 0.297 0.177 0.099 0.034 0.007 0.001 55 G 0.524 0.234 0.121 0.079 0.034 0.008 0.001 56 R 0.401 0.304 0.184 0.083 0.024 0.004 0.001 57 S 0.572 0.272 0.102 0.040 0.011 0.002 0.001 58 N 0.420 0.286 0.159 0.092 0.033 0.008 0.001 59 C 0.258 0.232 0.220 0.179 0.088 0.022 0.002 60 R 0.406 0.296 0.158 0.092 0.035 0.011 0.002 61 C 0.176 0.203 0.239 0.222 0.119 0.037 0.004 62 K 0.296 0.329 0.201 0.107 0.046 0.018 0.002 63 A 0.251 0.151 0.160 0.213 0.161 0.058 0.006 64 R 0.234 0.273 0.248 0.159 0.067 0.019 0.002 65 A 0.315 0.275 0.195 0.134 0.062 0.017 0.002 66 V 0.216 0.279 0.241 0.172 0.073 0.019 0.001 67 L 0.210 0.252 0.260 0.186 0.076 0.016 0.001 68 P 0.732 0.189 0.051 0.020 0.006 0.001 0.001 69 G 0.786 0.157 0.040 0.013 0.003 0.001 0.001 70 G 0.764 0.172 0.046 0.015 0.004 0.001 0.001 71 M 0.326 0.304 0.211 0.114 0.036 0.008 0.001 72 R 0.155 0.267 0.262 0.198 0.095 0.021 0.001 73 V 0.090 0.142 0.239 0.308 0.178 0.040 0.003 74 R 0.135 0.251 0.266 0.202 0.108 0.034 0.004 75 L 0.028 0.046 0.102 0.218 0.301 0.260 0.044 76 S 0.015 0.040 0.088 0.197 0.282 0.288 0.090 77 K 0.016 0.065 0.146 0.215 0.219 0.225 0.113 78 T 0.015 0.028 0.051 0.137 0.239 0.349 0.181 79 L 0.004 0.008 0.015 0.038 0.103 0.342 0.491 80 A 0.005 0.015 0.025 0.048 0.074 0.262 0.570 81 G 0.002 0.008 0.028 0.082 0.167 0.314 0.399 82 I 0.001 0.004 0.010 0.039 0.128 0.422 0.397 83 L 0.001 0.003 0.005 0.020 0.097 0.504 0.371 84 R 0.002 0.019 0.040 0.119 0.247 0.455 0.118 85 H 0.003 0.014 0.048 0.175 0.383 0.324 0.053 86 H 0.017 0.128 0.254 0.295 0.209 0.089 0.007 87 P 0.128 0.240 0.227 0.230 0.131 0.039 0.003 88 G 0.167 0.294 0.284 0.177 0.062 0.014 0.001 89 R 0.302 0.336 0.220 0.104 0.032 0.006 0.001 90 Y 0.106 0.176 0.250 0.267 0.157 0.042 0.002 91 G 0.082 0.269 0.317 0.207 0.092 0.030 0.003 92 V 0.010 0.023 0.066 0.207 0.393 0.278 0.023 93 R 0.058 0.267 0.311 0.236 0.095 0.029 0.003 94 L 0.027 0.059 0.112 0.259 0.344 0.186 0.013 95 T 0.140 0.255 0.286 0.205 0.089 0.023 0.002 96 R 0.305 0.377 0.204 0.085 0.023 0.005 0.001 97 E 0.208 0.329 0.249 0.142 0.056 0.014 0.002 98 G 0.028 0.112 0.190 0.261 0.258 0.138 0.013 99 W 0.009 0.078 0.188 0.305 0.261 0.142 0.018 100 A 0.004 0.023 0.065 0.157 0.336 0.355 0.061 101 R 0.002 0.034 0.157 0.317 0.306 0.163 0.021 102 V 0.001 0.002 0.005 0.039 0.239 0.596 0.118 103 S 0.014 0.171 0.381 0.311 0.100 0.021 0.001 104 E 0.019 0.256 0.424 0.239 0.055 0.007 0.001 105 V 0.001 0.004 0.017 0.105 0.355 0.467 0.052 106 V 0.002 0.016 0.064 0.260 0.444 0.201 0.013 107 E 0.076 0.437 0.318 0.129 0.032 0.007 0.001 108 G 0.014 0.092 0.276 0.404 0.174 0.037 0.002 109 L 0.007 0.015 0.038 0.151 0.364 0.370 0.055 110 R 0.075 0.256 0.293 0.247 0.104 0.023 0.002 111 K 0.287 0.378 0.188 0.096 0.038 0.012 0.001 112 A 0.139 0.219 0.269 0.224 0.112 0.034 0.003 113 G 0.228 0.263 0.245 0.172 0.069 0.020 0.002 114 W 0.269 0.216 0.195 0.173 0.107 0.037 0.004 115 S 0.387 0.295 0.165 0.098 0.042 0.012 0.001 116 W 0.119 0.209 0.229 0.220 0.138 0.076 0.009 117 V 0.013 0.025 0.062 0.199 0.378 0.288 0.036 118 E 0.072 0.232 0.281 0.210 0.127 0.063 0.014 119 E 0.085 0.231 0.261 0.237 0.129 0.050 0.007 120 W 0.089 0.244 0.281 0.214 0.120 0.046 0.006 121 H 0.012 0.078 0.225 0.338 0.249 0.091 0.006 122 I 0.006 0.007 0.018 0.098 0.336 0.469 0.064 123 V 0.036 0.152 0.256 0.302 0.182 0.067 0.005 124 G 0.046 0.165 0.266 0.266 0.165 0.083 0.008 125 V 0.016 0.026 0.050 0.145 0.308 0.395 0.060 126 A 0.015 0.040 0.099 0.229 0.344 0.244 0.029 127 L 0.097 0.222 0.244 0.230 0.141 0.058 0.007 128 H 0.237 0.343 0.248 0.124 0.037 0.009 0.001 129 D 0.326 0.296 0.210 0.115 0.042 0.010 0.001 130 P 0.599 0.268 0.079 0.035 0.014 0.004 0.001 131 K 0.129 0.193 0.283 0.248 0.122 0.024 0.001 132 G 0.293 0.358 0.204 0.096 0.035 0.013 0.001 133 R 0.077 0.177 0.268 0.299 0.142 0.035 0.002 134 Y 0.012 0.029 0.066 0.225 0.438 0.215 0.014 135 E 0.056 0.266 0.365 0.226 0.071 0.014 0.002 136 L 0.084 0.196 0.224 0.262 0.175 0.056 0.003 137 R 0.523 0.317 0.115 0.037 0.007 0.001 0.001 138 N 0.753 0.143 0.056 0.035 0.012 0.001 0.001 139 G 0.710 0.204 0.068 0.014 0.003 0.001 0.001 140 E 0.239 0.329 0.246 0.141 0.036 0.007 0.001 141 I 0.095 0.097 0.107 0.204 0.288 0.194 0.014 142 R 0.040 0.148 0.299 0.287 0.169 0.050 0.007 143 A 0.069 0.076 0.107 0.240 0.232 0.217 0.059 144 R 0.044 0.092 0.133 0.184 0.204 0.241 0.102 145 Y 0.067 0.105 0.122 0.163 0.179 0.220 0.144 146 G 0.173 0.151 0.160 0.164 0.138 0.130 0.084 147 H 0.113 0.112 0.114 0.140 0.187 0.250 0.084 148 S 0.106 0.114 0.155 0.215 0.218 0.148 0.044 149 I 0.074 0.115 0.141 0.211 0.255 0.179 0.026 150 P 0.202 0.309 0.263 0.151 0.057 0.015 0.003 151 V 0.066 0.093 0.151 0.279 0.279 0.125 0.007 152 N 0.295 0.365 0.203 0.089 0.035 0.011 0.002 153 V 0.082 0.131 0.206 0.299 0.214 0.063 0.005 154 E 0.201 0.295 0.254 0.165 0.068 0.015 0.001 155 P 0.212 0.328 0.260 0.147 0.046 0.008 0.001 156 L 0.387 0.287 0.180 0.102 0.036 0.007 0.001 157 P 0.634 0.227 0.086 0.038 0.012 0.002 0.001 158 G 0.633 0.215 0.097 0.042 0.012 0.002 0.001 159 E 0.477 0.326 0.131 0.051 0.012 0.002 0.001 160 P 0.205 0.294 0.246 0.183 0.063 0.008 0.001 161 P 0.223 0.277 0.261 0.170 0.061 0.008 0.001 162 P 0.352 0.410 0.168 0.054 0.014 0.003 0.001 163 I 0.027 0.087 0.248 0.362 0.210 0.063 0.005 164 L 0.007 0.015 0.028 0.085 0.266 0.508 0.091 165 Y 0.008 0.034 0.086 0.218 0.303 0.259 0.092 166 H 0.010 0.030 0.043 0.081 0.159 0.397 0.281 167 G 0.009 0.031 0.054 0.119 0.220 0.354 0.214 168 T 0.006 0.018 0.047 0.141 0.254 0.357 0.177 169 T 0.027 0.086 0.155 0.252 0.267 0.170 0.043 170 E 0.166 0.312 0.261 0.169 0.070 0.020 0.003 171 E 0.153 0.336 0.297 0.145 0.054 0.014 0.002 172 A 0.050 0.149 0.214 0.241 0.213 0.121 0.012 173 L 0.011 0.019 0.057 0.198 0.396 0.292 0.027 174 P 0.117 0.361 0.303 0.160 0.047 0.012 0.001 175 L 0.033 0.127 0.277 0.334 0.173 0.052 0.003 176 I 0.006 0.010 0.022 0.111 0.354 0.448 0.048 177 M 0.040 0.115 0.232 0.305 0.221 0.080 0.008 178 E 0.295 0.386 0.184 0.088 0.035 0.012 0.001 179 R 0.247 0.330 0.247 0.129 0.038 0.008 0.001 180 G 0.119 0.184 0.224 0.245 0.159 0.066 0.004 181 I 0.144 0.109 0.128 0.225 0.243 0.137 0.013 182 M 0.315 0.297 0.199 0.119 0.051 0.017 0.002 183 R 0.334 0.314 0.197 0.106 0.036 0.012 0.002 184 G 0.206 0.170 0.197 0.220 0.149 0.051 0.007 185 R 0.470 0.311 0.145 0.050 0.018 0.005 0.001 186 R 0.190 0.184 0.200 0.227 0.143 0.049 0.007 187 L 0.105 0.147 0.183 0.214 0.199 0.133 0.020 188 K 0.116 0.149 0.176 0.218 0.186 0.124 0.031 189 V 0.039 0.057 0.085 0.167 0.226 0.308 0.119 190 H 0.029 0.059 0.079 0.143 0.221 0.306 0.162 191 L 0.026 0.041 0.064 0.149 0.254 0.334 0.133 192 T 0.079 0.121 0.152 0.208 0.210 0.172 0.058 193 S 0.164 0.261 0.235 0.190 0.100 0.041 0.010 194 S 0.285 0.340 0.199 0.108 0.047 0.017 0.005 195 L 0.168 0.194 0.212 0.230 0.138 0.049 0.008 196 E 0.325 0.301 0.179 0.107 0.058 0.025 0.005 197 D 0.209 0.305 0.251 0.148 0.058 0.023 0.006 198 A 0.055 0.063 0.100 0.217 0.290 0.233 0.041 199 V 0.065 0.132 0.202 0.235 0.194 0.137 0.035 200 S 0.133 0.183 0.174 0.178 0.156 0.141 0.036 201 T 0.065 0.064 0.089 0.159 0.243 0.278 0.103 202 G 0.048 0.074 0.109 0.175 0.230 0.253 0.111 203 R 0.073 0.176 0.195 0.197 0.159 0.148 0.052 204 R 0.058 0.137 0.182 0.262 0.242 0.106 0.013 205 H 0.087 0.172 0.258 0.267 0.171 0.042 0.004 206 G 0.402 0.313 0.159 0.082 0.034 0.009 0.001 207 N 0.350 0.408 0.175 0.053 0.011 0.002 0.001 208 L 0.015 0.066 0.176 0.346 0.299 0.093 0.006 209 V 0.007 0.037 0.126 0.284 0.356 0.171 0.018 210 A 0.001 0.003 0.010 0.037 0.171 0.592 0.187 211 V 0.001 0.002 0.005 0.017 0.080 0.383 0.513 212 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.051 0.323 0.614 213 L 0.001 0.006 0.031 0.113 0.214 0.344 0.291 214 V 0.001 0.003 0.010 0.040 0.139 0.478 0.330 215 D 0.004 0.036 0.079 0.150 0.210 0.357 0.165 216 V 0.005 0.021 0.057 0.168 0.318 0.349 0.082 217 E 0.082 0.288 0.280 0.191 0.090 0.052 0.016 218 C 0.029 0.127 0.236 0.316 0.205 0.080 0.007 219 L 0.015 0.026 0.057 0.206 0.408 0.266 0.022 220 R 0.077 0.225 0.319 0.254 0.104 0.019 0.001 221 R 0.437 0.377 0.127 0.042 0.013 0.003 0.001 222 R 0.161 0.308 0.294 0.175 0.051 0.010 0.001 223 G 0.071 0.173 0.229 0.251 0.182 0.084 0.009 224 L 0.037 0.061 0.100 0.195 0.301 0.265 0.042 225 K 0.020 0.087 0.220 0.320 0.231 0.108 0.013 226 V 0.009 0.014 0.024 0.071 0.224 0.514 0.145 227 E 0.016 0.078 0.154 0.287 0.285 0.160 0.020 228 R 0.022 0.118 0.230 0.260 0.234 0.119 0.017 229 M 0.025 0.059 0.130 0.304 0.340 0.130 0.011 230 S 0.250 0.359 0.215 0.116 0.044 0.014 0.002 231 K 0.075 0.226 0.306 0.247 0.114 0.030 0.003 232 T 0.076 0.190 0.264 0.267 0.146 0.051 0.005 233 V 0.007 0.018 0.038 0.088 0.252 0.480 0.116 234 Y 0.006 0.027 0.060 0.134 0.258 0.377 0.138 235 T 0.003 0.008 0.022 0.083 0.235 0.463 0.187 236 V 0.009 0.037 0.083 0.193 0.313 0.282 0.084 237 D 0.114 0.241 0.216 0.195 0.129 0.086 0.018 238 W 0.085 0.230 0.267 0.225 0.129 0.055 0.008 239 V 0.025 0.041 0.091 0.241 0.334 0.241 0.029 240 P 0.146 0.252 0.242 0.180 0.109 0.058 0.013 241 P 0.250 0.302 0.225 0.140 0.060 0.020 0.003 242 E 0.190 0.333 0.271 0.139 0.048 0.016 0.002 243 C 0.035 0.069 0.139 0.275 0.325 0.149 0.008 244 I 0.031 0.057 0.129 0.283 0.335 0.155 0.010 245 A 0.235 0.440 0.208 0.084 0.027 0.006 0.001 246 E 0.080 0.193 0.339 0.284 0.088 0.014 0.001 247 V 0.051 0.074 0.139 0.294 0.326 0.112 0.004 248 R 0.239 0.288 0.253 0.157 0.053 0.009 0.001 249 R 0.587 0.286 0.087 0.030 0.008 0.001 0.001 250 E 0.495 0.253 0.155 0.073 0.020 0.003 0.001 251 S 0.745 0.172 0.049 0.025 0.007 0.001 0.001 252 L 0.677 0.195 0.082 0.035 0.010 0.002 0.001 253 G 0.713 0.180 0.066 0.030 0.009 0.001 0.001 254 R 0.656 0.203 0.087 0.041 0.012 0.002 0.001 255 S 0.694 0.183 0.075 0.034 0.011 0.002 0.001 256 L 0.656 0.185 0.093 0.047 0.016 0.003 0.001