# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.015 0.011 0.038 0.473 0.122 0.341 2 S 0.023 0.007 0.046 0.603 0.081 0.238 3 K 0.013 0.003 0.054 0.818 0.037 0.074 4 T 0.007 0.003 0.029 0.912 0.017 0.034 5 L 0.008 0.001 0.012 0.948 0.013 0.019 6 A 0.006 0.001 0.005 0.977 0.006 0.006 7 G 0.005 0.001 0.007 0.976 0.007 0.004 8 I 0.009 0.001 0.010 0.954 0.018 0.008 9 L 0.015 0.001 0.011 0.939 0.023 0.011 10 R 0.026 0.004 0.012 0.803 0.090 0.066 11 H 0.008 0.004 0.007 0.471 0.143 0.367 12 H 0.012 0.007 0.008 0.068 0.197 0.708 13 P 0.013 0.010 0.318 0.225 0.340 0.093 14 G 0.010 0.004 0.556 0.140 0.253 0.036 15 R 0.011 0.003 0.642 0.163 0.163 0.017 16 Y 0.025 0.004 0.440 0.258 0.202 0.071 17 G 0.053 0.003 0.029 0.038 0.251 0.626 18 V 0.279 0.031 0.012 0.010 0.123 0.545 19 R 0.499 0.027 0.006 0.007 0.095 0.367 20 L 0.554 0.111 0.007 0.013 0.087 0.228 21 T 0.125 0.030 0.015 0.016 0.764 0.050 22 R 0.033 0.004 0.028 0.022 0.884 0.029 23 E 0.021 0.001 0.015 0.006 0.929 0.028 24 G 0.121 0.020 0.013 0.011 0.782 0.053 25 W 0.431 0.051 0.003 0.015 0.131 0.369 26 A 0.568 0.210 0.004 0.011 0.049 0.159 27 R 0.582 0.049 0.006 0.030 0.055 0.278 28 V 0.009 0.001 0.042 0.891 0.038 0.020 29 S 0.001 0.001 0.029 0.948 0.019 0.003 30 E 0.001 0.001 0.026 0.959 0.014 0.001 31 V 0.001 0.001 0.009 0.961 0.025 0.004 32 V 0.002 0.001 0.004 0.932 0.037 0.024 33 E 0.003 0.001 0.006 0.882 0.072 0.036 34 G 0.002 0.001 0.008 0.901 0.066 0.023 35 L 0.001 0.003 0.018 0.899 0.063 0.017 36 R 0.001 0.002 0.080 0.708 0.152 0.057 37 K 0.001 0.001 0.091 0.687 0.166 0.054 38 A 0.002 0.001 0.052 0.594 0.194 0.157 39 G 0.004 0.006 0.016 0.085 0.299 0.590 40 W 0.025 0.017 0.054 0.035 0.495 0.374 41 S 0.047 0.006 0.099 0.037 0.568 0.244 42 W 0.075 0.012 0.149 0.041 0.508 0.214 43 V 0.118 0.087 0.024 0.032 0.315 0.424 44 E 0.047 0.019 0.005 0.055 0.113 0.761 45 E 0.001 0.001 0.018 0.966 0.009 0.006 46 W 0.001 0.001 0.009 0.982 0.006 0.002 47 H 0.001 0.001 0.009 0.985 0.005 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 49 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 50 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 52 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.002 53 L 0.003 0.001 0.010 0.960 0.019 0.007 54 H 0.008 0.003 0.010 0.758 0.096 0.125 55 D 0.006 0.004 0.011 0.068 0.602 0.309 56 P 0.003 0.004 0.097 0.036 0.781 0.078 57 K 0.014 0.006 0.107 0.015 0.793 0.065 58 G 0.069 0.006 0.115 0.010 0.704 0.097 59 R 0.491 0.017 0.013 0.004 0.171 0.305 60 Y 0.897 0.031 0.003 0.001 0.030 0.038 61 E 0.923 0.007 0.003 0.001 0.031 0.036 62 L 0.862 0.016 0.004 0.002 0.056 0.060 63 R 0.355 0.020 0.006 0.003 0.583 0.034 64 N 0.025 0.001 0.016 0.003 0.936 0.019 65 G 0.071 0.002 0.008 0.002 0.886 0.032 66 E 0.655 0.027 0.003 0.001 0.255 0.059 67 I 0.799 0.018 0.001 0.001 0.021 0.161 68 R 0.893 0.016 0.001 0.001 0.015 0.075 69 A 0.830 0.025 0.007 0.001 0.041 0.095 70 R 0.602 0.008 0.011 0.002 0.148 0.230 71 Y 0.482 0.017 0.014 0.001 0.265 0.221 72 G 0.234 0.015 0.010 0.002 0.329 0.410 73 H 0.277 0.039 0.015 0.004 0.342 0.323 74 S 0.244 0.079 0.024 0.008 0.337 0.308 75 I 0.229 0.015 0.042 0.021 0.405 0.288 76 P 0.198 0.019 0.041 0.027 0.435 0.281 77 V 0.161 0.023 0.043 0.042 0.435 0.296 78 N 0.096 0.014 0.039 0.050 0.375 0.426 79 V 0.080 0.015 0.057 0.067 0.345 0.436 80 E 0.068 0.013 0.042 0.049 0.375 0.454 81 P 0.060 0.024 0.052 0.075 0.308 0.481 82 L 0.059 0.019 0.069 0.106 0.325 0.422 83 P 0.043 0.011 0.129 0.147 0.347 0.322 84 G 0.046 0.011 0.123 0.162 0.349 0.310 85 E 0.042 0.016 0.052 0.094 0.331 0.465 86 P 0.034 0.018 0.017 0.036 0.262 0.633 87 P 0.039 0.007 0.041 0.044 0.266 0.603 88 P 0.174 0.012 0.095 0.086 0.244 0.389 89 I 0.563 0.017 0.062 0.089 0.117 0.151 90 L 0.743 0.022 0.026 0.067 0.058 0.084 91 Y 0.752 0.014 0.009 0.057 0.051 0.117 92 H 0.541 0.008 0.011 0.098 0.113 0.229 93 G 0.149 0.009 0.018 0.104 0.235 0.484 94 T 0.080 0.022 0.018 0.081 0.260 0.539 95 T 0.032 0.007 0.083 0.270 0.234 0.375 96 E 0.010 0.002 0.246 0.495 0.164 0.083 97 E 0.005 0.002 0.238 0.607 0.112 0.036 98 A 0.006 0.004 0.134 0.689 0.116 0.051 99 L 0.003 0.001 0.032 0.858 0.073 0.033 100 P 0.002 0.001 0.016 0.929 0.039 0.013 101 L 0.003 0.002 0.014 0.954 0.023 0.005 102 I 0.003 0.001 0.018 0.953 0.021 0.005 103 M 0.002 0.001 0.018 0.964 0.012 0.004 104 E 0.002 0.001 0.012 0.965 0.014 0.007 105 R 0.003 0.001 0.008 0.844 0.046 0.099 106 G 0.006 0.001 0.002 0.023 0.107 0.861 107 I 0.019 0.017 0.004 0.011 0.144 0.806 108 M 0.052 0.036 0.018 0.016 0.295 0.585 109 R 0.058 0.017 0.159 0.016 0.480 0.270 110 G 0.063 0.006 0.190 0.017 0.466 0.258 111 R 0.137 0.014 0.174 0.016 0.436 0.223 112 R 0.333 0.013 0.046 0.013 0.338 0.257 113 L 0.442 0.007 0.029 0.015 0.245 0.262 114 K 0.779 0.033 0.010 0.013 0.076 0.090 115 V 0.701 0.015 0.008 0.021 0.108 0.147 116 H 0.602 0.010 0.010 0.019 0.137 0.223 117 L 0.409 0.014 0.014 0.015 0.209 0.338 118 T 0.266 0.019 0.014 0.020 0.289 0.391 119 S 0.115 0.011 0.023 0.055 0.337 0.459 120 S 0.079 0.016 0.012 0.077 0.282 0.534 121 L 0.008 0.003 0.127 0.685 0.158 0.019 122 E 0.001 0.001 0.161 0.753 0.076 0.008 123 D 0.002 0.001 0.299 0.605 0.085 0.009 124 A 0.004 0.004 0.100 0.745 0.080 0.067 125 V 0.005 0.006 0.023 0.519 0.036 0.412 126 S 0.001 0.001 0.001 0.022 0.016 0.958