# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.011 0.621 0.001 0.006 0.286 0.001 0.001 0.005 0.026 0.013 0.006 0.023 2 S 0.002 0.017 0.223 0.001 0.008 0.693 0.001 0.001 0.005 0.022 0.013 0.004 0.012 3 K 0.001 0.002 0.019 0.001 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.001 0.002 4 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 5 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 6 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 7 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 8 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 9 L 0.002 0.001 0.007 0.001 0.011 0.899 0.001 0.001 0.001 0.010 0.066 0.001 0.001 10 R 0.001 0.002 0.028 0.001 0.008 0.663 0.001 0.001 0.001 0.019 0.274 0.001 0.002 11 H 0.001 0.019 0.339 0.001 0.006 0.374 0.001 0.001 0.002 0.129 0.122 0.001 0.006 12 H 0.001 0.005 0.765 0.001 0.011 0.107 0.001 0.001 0.001 0.085 0.023 0.001 0.002 13 P 0.001 0.001 0.026 0.001 0.211 0.494 0.001 0.001 0.001 0.028 0.240 0.001 0.001 14 G 0.001 0.002 0.006 0.001 0.367 0.383 0.001 0.001 0.001 0.009 0.232 0.001 0.001 15 R 0.001 0.002 0.024 0.001 0.581 0.300 0.001 0.001 0.001 0.031 0.056 0.001 0.003 16 Y 0.001 0.004 0.024 0.004 0.211 0.122 0.001 0.001 0.006 0.018 0.604 0.001 0.005 17 G 0.001 0.005 0.057 0.016 0.041 0.010 0.001 0.001 0.008 0.050 0.802 0.004 0.007 18 V 0.001 0.022 0.574 0.002 0.006 0.004 0.002 0.001 0.028 0.133 0.007 0.062 0.159 19 R 0.001 0.071 0.492 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.179 0.012 0.002 0.054 0.179 20 L 0.003 0.375 0.286 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.142 0.014 0.005 0.048 0.110 21 T 0.001 0.013 0.870 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.025 0.005 0.009 0.048 22 R 0.001 0.001 0.015 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.879 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.015 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.888 0.001 0.002 24 G 0.003 0.006 0.494 0.002 0.017 0.004 0.001 0.001 0.004 0.366 0.059 0.031 0.014 25 W 0.017 0.106 0.412 0.002 0.002 0.009 0.004 0.001 0.031 0.085 0.013 0.005 0.312 26 A 0.014 0.312 0.195 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.012 0.055 0.003 0.350 0.043 27 R 0.001 0.032 0.508 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.413 28 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 29 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 31 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.046 0.001 0.001 34 G 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.930 0.001 0.001 0.001 0.010 0.042 0.001 0.001 35 L 0.001 0.002 0.023 0.001 0.009 0.890 0.001 0.001 0.001 0.019 0.053 0.001 0.002 36 R 0.001 0.003 0.088 0.001 0.053 0.736 0.001 0.001 0.001 0.033 0.082 0.001 0.002 37 K 0.001 0.003 0.053 0.001 0.123 0.585 0.001 0.001 0.001 0.043 0.189 0.001 0.002 38 A 0.001 0.001 0.026 0.001 0.052 0.292 0.001 0.001 0.001 0.043 0.585 0.001 0.001 39 G 0.001 0.003 0.124 0.001 0.062 0.125 0.001 0.001 0.002 0.083 0.599 0.001 0.001 40 W 0.001 0.019 0.507 0.001 0.101 0.076 0.001 0.001 0.009 0.188 0.091 0.002 0.004 41 S 0.001 0.014 0.210 0.004 0.139 0.064 0.001 0.001 0.017 0.246 0.297 0.003 0.005 42 W 0.001 0.023 0.279 0.009 0.085 0.047 0.001 0.001 0.033 0.207 0.292 0.004 0.019 43 V 0.001 0.104 0.644 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.041 0.137 0.007 0.029 0.016 44 E 0.001 0.053 0.772 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.030 0.063 0.003 0.001 0.048 45 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 46 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 47 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 50 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 52 A 0.001 0.002 0.011 0.001 0.014 0.909 0.001 0.001 0.001 0.010 0.049 0.001 0.002 53 L 0.001 0.002 0.037 0.001 0.021 0.711 0.001 0.001 0.001 0.032 0.189 0.003 0.003 54 H 0.001 0.007 0.102 0.001 0.014 0.249 0.001 0.001 0.001 0.201 0.419 0.001 0.006 55 D 0.001 0.008 0.608 0.001 0.010 0.033 0.001 0.001 0.001 0.192 0.140 0.001 0.007 56 P 0.001 0.004 0.130 0.001 0.064 0.051 0.001 0.001 0.001 0.208 0.539 0.002 0.002 57 K 0.001 0.002 0.062 0.003 0.118 0.031 0.001 0.001 0.001 0.168 0.607 0.002 0.006 58 G 0.009 0.008 0.289 0.011 0.112 0.035 0.001 0.001 0.001 0.292 0.121 0.064 0.058 59 R 0.054 0.013 0.360 0.015 0.016 0.029 0.006 0.001 0.014 0.076 0.016 0.042 0.359 60 Y 0.208 0.021 0.114 0.029 0.004 0.010 0.016 0.002 0.020 0.020 0.003 0.255 0.297 61 E 0.225 0.010 0.054 0.004 0.001 0.003 0.012 0.001 0.011 0.004 0.002 0.360 0.312 62 L 0.159 0.012 0.131 0.012 0.003 0.005 0.007 0.001 0.007 0.005 0.004 0.042 0.612 63 R 0.102 0.016 0.182 0.072 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.058 0.022 0.376 0.157 64 N 0.009 0.002 0.080 0.031 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.292 0.478 0.029 0.057 65 G 0.012 0.001 0.114 0.010 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.289 0.511 0.024 0.023 66 E 0.200 0.011 0.107 0.002 0.002 0.011 0.019 0.002 0.016 0.048 0.022 0.193 0.368 67 I 0.490 0.006 0.061 0.011 0.001 0.018 0.041 0.017 0.012 0.009 0.002 0.106 0.226 68 R 0.699 0.003 0.017 0.013 0.001 0.012 0.039 0.009 0.007 0.006 0.001 0.114 0.079 69 A 0.692 0.002 0.021 0.008 0.007 0.024 0.047 0.006 0.004 0.005 0.004 0.052 0.128 70 R 0.508 0.004 0.051 0.011 0.019 0.045 0.047 0.008 0.014 0.017 0.017 0.110 0.150 71 Y 0.278 0.014 0.099 0.036 0.026 0.037 0.022 0.004 0.014 0.064 0.125 0.102 0.179 72 G 0.125 0.005 0.224 0.070 0.019 0.022 0.007 0.001 0.011 0.113 0.169 0.142 0.094 73 H 0.066 0.014 0.402 0.031 0.010 0.011 0.006 0.001 0.010 0.152 0.052 0.071 0.175 74 S 0.042 0.041 0.427 0.014 0.008 0.024 0.009 0.002 0.020 0.160 0.039 0.051 0.164 75 I 0.032 0.012 0.341 0.014 0.007 0.041 0.011 0.002 0.021 0.154 0.043 0.245 0.076 76 P 0.013 0.021 0.461 0.013 0.006 0.044 0.009 0.002 0.030 0.063 0.026 0.011 0.299 77 V 0.012 0.031 0.425 0.016 0.004 0.044 0.010 0.002 0.041 0.091 0.009 0.270 0.046 78 N 0.006 0.025 0.617 0.005 0.004 0.018 0.004 0.001 0.036 0.039 0.008 0.034 0.203 79 V 0.008 0.023 0.654 0.011 0.024 0.022 0.006 0.001 0.024 0.051 0.030 0.033 0.113 80 E 0.008 0.028 0.529 0.023 0.045 0.026 0.003 0.001 0.015 0.136 0.062 0.047 0.077 81 P 0.003 0.022 0.483 0.005 0.045 0.026 0.001 0.001 0.008 0.252 0.051 0.041 0.064 82 L 0.001 0.011 0.608 0.002 0.063 0.043 0.001 0.001 0.003 0.137 0.084 0.018 0.030 83 P 0.001 0.009 0.410 0.003 0.129 0.059 0.001 0.001 0.002 0.134 0.231 0.006 0.016 84 G 0.001 0.021 0.335 0.002 0.108 0.057 0.001 0.001 0.002 0.188 0.268 0.007 0.011 85 E 0.001 0.017 0.465 0.003 0.047 0.041 0.001 0.001 0.002 0.289 0.116 0.005 0.014 86 P 0.001 0.016 0.658 0.005 0.019 0.038 0.001 0.001 0.002 0.183 0.062 0.006 0.011 87 P 0.001 0.014 0.699 0.007 0.018 0.074 0.001 0.001 0.009 0.103 0.049 0.008 0.017 88 P 0.007 0.006 0.391 0.022 0.031 0.082 0.005 0.008 0.049 0.261 0.087 0.020 0.030 89 I 0.038 0.014 0.141 0.007 0.013 0.099 0.065 0.170 0.292 0.043 0.024 0.030 0.063 90 L 0.051 0.012 0.044 0.006 0.004 0.084 0.196 0.347 0.173 0.007 0.006 0.021 0.048 91 Y 0.054 0.007 0.047 0.006 0.005 0.071 0.211 0.356 0.163 0.009 0.011 0.027 0.033 92 H 0.025 0.009 0.177 0.016 0.010 0.112 0.066 0.181 0.227 0.054 0.056 0.035 0.033 93 G 0.006 0.014 0.404 0.007 0.010 0.076 0.011 0.020 0.108 0.172 0.119 0.013 0.037 94 T 0.001 0.016 0.499 0.001 0.013 0.060 0.001 0.002 0.035 0.297 0.060 0.006 0.009 95 T 0.001 0.013 0.432 0.001 0.027 0.190 0.001 0.001 0.019 0.263 0.039 0.005 0.011 96 E 0.001 0.005 0.083 0.001 0.216 0.576 0.001 0.001 0.004 0.041 0.068 0.001 0.004 97 E 0.001 0.005 0.037 0.001 0.181 0.615 0.001 0.001 0.003 0.057 0.098 0.001 0.001 98 A 0.001 0.005 0.045 0.001 0.079 0.746 0.001 0.001 0.003 0.020 0.100 0.001 0.002 99 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.011 0.930 0.001 0.001 0.001 0.016 0.018 0.001 0.001 100 P 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 101 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 102 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 103 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.018 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 104 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.915 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.014 0.001 0.019 0.713 0.001 0.001 0.001 0.028 0.225 0.001 0.001 106 G 0.001 0.003 0.114 0.001 0.016 0.205 0.001 0.001 0.001 0.097 0.562 0.001 0.002 107 I 0.001 0.021 0.523 0.001 0.039 0.099 0.001 0.001 0.004 0.164 0.143 0.002 0.004 108 M 0.001 0.008 0.664 0.001 0.065 0.039 0.001 0.001 0.005 0.178 0.028 0.006 0.005 109 R 0.001 0.003 0.234 0.001 0.492 0.043 0.001 0.001 0.002 0.089 0.128 0.001 0.007 110 G 0.001 0.007 0.086 0.005 0.450 0.065 0.001 0.001 0.004 0.134 0.238 0.003 0.006 111 R 0.001 0.028 0.218 0.013 0.330 0.041 0.001 0.003 0.018 0.148 0.172 0.011 0.014 112 R 0.002 0.027 0.516 0.020 0.057 0.013 0.002 0.002 0.074 0.144 0.086 0.014 0.043 113 L 0.010 0.009 0.286 0.026 0.035 0.008 0.008 0.029 0.160 0.147 0.215 0.033 0.034 114 K 0.033 0.024 0.060 0.001 0.018 0.005 0.052 0.243 0.407 0.025 0.036 0.025 0.071 115 V 0.043 0.014 0.090 0.032 0.021 0.005 0.083 0.290 0.338 0.019 0.012 0.021 0.033 116 H 0.066 0.014 0.064 0.013 0.021 0.005 0.077 0.199 0.369 0.027 0.023 0.087 0.035 117 L 0.063 0.019 0.160 0.010 0.023 0.004 0.045 0.116 0.257 0.048 0.054 0.021 0.181 118 T 0.015 0.041 0.551 0.004 0.007 0.005 0.005 0.005 0.073 0.155 0.025 0.052 0.063 119 S 0.002 0.039 0.303 0.002 0.007 0.023 0.001 0.001 0.007 0.478 0.099 0.018 0.021 120 S 0.001 0.020 0.551 0.001 0.006 0.035 0.001 0.001 0.001 0.326 0.036 0.001 0.025 121 L 0.001 0.001 0.031 0.001 0.063 0.792 0.001 0.001 0.001 0.035 0.077 0.001 0.001 122 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.090 0.823 0.001 0.001 0.001 0.015 0.063 0.001 0.001 123 D 0.001 0.001 0.015 0.001 0.146 0.778 0.001 0.001 0.001 0.013 0.046 0.001 0.001 124 A 0.001 0.007 0.052 0.001 0.080 0.723 0.001 0.001 0.001 0.021 0.112 0.001 0.004 125 V 0.002 0.021 0.110 0.001 0.035 0.527 0.001 0.001 0.002 0.015 0.274 0.009 0.005 126 S 0.001 0.002 0.837 0.001 0.006 0.104 0.001 0.001 0.001 0.015 0.025 0.001 0.008