# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8955 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.014 0.018 0.016 0.039 0.039 0.048 0.109 0.141 0.204 0.199 0.172 2 S 0.017 0.027 0.031 0.053 0.056 0.073 0.138 0.139 0.176 0.153 0.136 3 K 0.037 0.031 0.074 0.112 0.121 0.141 0.177 0.110 0.092 0.061 0.043 4 T 0.019 0.027 0.071 0.100 0.120 0.157 0.233 0.119 0.080 0.048 0.026 5 L 0.003 0.004 0.013 0.015 0.012 0.014 0.056 0.100 0.197 0.286 0.301 6 A 0.003 0.004 0.014 0.021 0.026 0.043 0.112 0.148 0.219 0.223 0.189 7 G 0.011 0.019 0.088 0.089 0.091 0.140 0.227 0.138 0.104 0.062 0.030 8 I 0.002 0.006 0.032 0.036 0.046 0.075 0.191 0.189 0.180 0.146 0.096 9 L 0.003 0.003 0.005 0.010 0.010 0.016 0.067 0.110 0.217 0.296 0.263 10 R 0.007 0.016 0.019 0.062 0.097 0.127 0.214 0.160 0.156 0.088 0.054 11 H 0.006 0.015 0.023 0.037 0.043 0.064 0.138 0.169 0.219 0.177 0.108 12 H 0.063 0.093 0.046 0.163 0.184 0.142 0.152 0.080 0.046 0.021 0.010 13 P 0.153 0.110 0.046 0.124 0.104 0.100 0.135 0.090 0.072 0.046 0.020 14 G 0.465 0.134 0.054 0.146 0.090 0.045 0.031 0.015 0.010 0.006 0.004 15 R 0.217 0.174 0.079 0.199 0.122 0.084 0.064 0.031 0.017 0.008 0.005 16 Y 0.036 0.042 0.019 0.075 0.099 0.151 0.209 0.156 0.111 0.071 0.032 17 G 0.261 0.236 0.076 0.201 0.109 0.060 0.034 0.012 0.007 0.003 0.002 18 V 0.003 0.003 0.003 0.006 0.010 0.016 0.061 0.107 0.221 0.279 0.291 19 R 0.085 0.276 0.145 0.298 0.131 0.042 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 20 L 0.009 0.010 0.003 0.016 0.026 0.039 0.108 0.140 0.213 0.205 0.231 21 T 0.086 0.146 0.076 0.205 0.186 0.138 0.098 0.034 0.018 0.008 0.005 22 R 0.459 0.170 0.072 0.157 0.075 0.035 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 23 E 0.307 0.171 0.062 0.167 0.104 0.070 0.059 0.027 0.017 0.011 0.006 24 G 0.043 0.071 0.026 0.114 0.123 0.152 0.185 0.118 0.081 0.058 0.030 25 W 0.011 0.028 0.025 0.117 0.161 0.202 0.228 0.103 0.068 0.036 0.022 26 A 0.004 0.004 0.009 0.013 0.022 0.041 0.143 0.173 0.235 0.199 0.158 27 R 0.006 0.125 0.080 0.350 0.234 0.109 0.061 0.020 0.009 0.004 0.002 28 V 0.001 0.002 0.001 0.004 0.009 0.018 0.075 0.129 0.241 0.278 0.242 29 S 0.197 0.131 0.143 0.258 0.168 0.071 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 30 E 0.042 0.106 0.155 0.394 0.166 0.077 0.047 0.009 0.003 0.001 0.001 31 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.011 0.063 0.125 0.229 0.301 0.261 32 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.021 0.073 0.251 0.206 0.207 0.143 0.089 33 E 0.005 0.022 0.695 0.178 0.066 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 34 G 0.004 0.015 0.053 0.104 0.149 0.269 0.277 0.079 0.030 0.015 0.005 35 L 0.002 0.002 0.007 0.006 0.006 0.011 0.062 0.141 0.286 0.292 0.185 36 R 0.014 0.022 0.051 0.113 0.158 0.217 0.251 0.095 0.048 0.021 0.010 37 K 0.033 0.065 0.636 0.137 0.066 0.032 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 38 A 0.083 0.071 0.067 0.111 0.122 0.153 0.207 0.093 0.052 0.030 0.010 39 G 0.438 0.155 0.048 0.079 0.051 0.050 0.067 0.040 0.036 0.023 0.015 40 W 0.026 0.041 0.031 0.079 0.101 0.114 0.175 0.149 0.136 0.095 0.054 41 S 0.407 0.264 0.111 0.116 0.050 0.025 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 42 W 0.114 0.070 0.039 0.131 0.138 0.145 0.170 0.089 0.062 0.029 0.013 43 V 0.022 0.020 0.010 0.029 0.045 0.072 0.147 0.170 0.203 0.165 0.119 44 E 0.045 0.198 0.143 0.232 0.135 0.100 0.074 0.033 0.022 0.011 0.005 45 E 0.046 0.051 0.062 0.171 0.190 0.186 0.155 0.069 0.041 0.019 0.009 46 W 0.179 0.094 0.103 0.138 0.106 0.099 0.121 0.070 0.047 0.025 0.017 47 H 0.003 0.012 0.029 0.138 0.155 0.182 0.255 0.115 0.067 0.032 0.013 48 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.007 0.044 0.099 0.215 0.303 0.319 49 V 0.001 0.004 0.035 0.125 0.187 0.241 0.220 0.096 0.052 0.027 0.012 50 G 0.002 0.020 0.136 0.138 0.150 0.180 0.188 0.090 0.059 0.028 0.010 51 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.026 0.127 0.183 0.237 0.240 0.166 52 A 0.002 0.003 0.007 0.014 0.019 0.028 0.124 0.177 0.250 0.234 0.141 53 L 0.006 0.026 0.081 0.189 0.220 0.172 0.161 0.074 0.046 0.018 0.008 54 H 0.079 0.133 0.136 0.192 0.147 0.136 0.110 0.038 0.019 0.007 0.002 55 D 0.142 0.130 0.049 0.122 0.108 0.108 0.148 0.097 0.054 0.032 0.010 56 P 0.596 0.157 0.029 0.070 0.046 0.032 0.033 0.016 0.010 0.006 0.005 57 K 0.134 0.138 0.058 0.185 0.158 0.116 0.108 0.053 0.030 0.014 0.005 58 G 0.336 0.234 0.071 0.170 0.087 0.051 0.029 0.011 0.006 0.003 0.002 59 R 0.010 0.024 0.026 0.130 0.149 0.166 0.185 0.134 0.092 0.054 0.028 60 Y 0.016 0.013 0.014 0.026 0.047 0.091 0.196 0.185 0.198 0.141 0.072 61 E 0.017 0.077 0.107 0.317 0.238 0.122 0.077 0.026 0.012 0.004 0.003 62 L 0.002 0.003 0.004 0.008 0.013 0.024 0.090 0.135 0.215 0.258 0.248 63 R 0.083 0.138 0.130 0.292 0.183 0.091 0.051 0.017 0.009 0.003 0.003 64 N 0.566 0.230 0.054 0.097 0.032 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 65 G 0.252 0.168 0.057 0.180 0.123 0.093 0.069 0.030 0.016 0.009 0.004 66 E 0.036 0.118 0.063 0.260 0.223 0.163 0.096 0.023 0.012 0.005 0.003 67 I 0.001 0.002 0.001 0.005 0.008 0.016 0.064 0.124 0.259 0.261 0.260 68 R 0.009 0.054 0.053 0.248 0.252 0.175 0.119 0.049 0.023 0.010 0.007 69 A 0.017 0.011 0.008 0.019 0.019 0.027 0.079 0.145 0.225 0.237 0.213 70 R 0.022 0.034 0.037 0.190 0.236 0.226 0.153 0.056 0.030 0.010 0.005 71 Y 0.010 0.022 0.020 0.048 0.043 0.050 0.114 0.146 0.188 0.196 0.162 72 G 0.056 0.055 0.028 0.098 0.102 0.096 0.127 0.119 0.129 0.113 0.078 73 H 0.043 0.062 0.033 0.086 0.103 0.123 0.191 0.130 0.112 0.070 0.047 74 S 0.057 0.058 0.028 0.074 0.077 0.078 0.128 0.135 0.143 0.125 0.097 75 I 0.093 0.063 0.033 0.105 0.125 0.128 0.157 0.107 0.083 0.061 0.045 76 P 0.228 0.215 0.083 0.182 0.114 0.063 0.054 0.025 0.018 0.011 0.007 77 V 0.043 0.030 0.019 0.045 0.057 0.093 0.156 0.151 0.172 0.145 0.089 78 N 0.301 0.266 0.085 0.160 0.085 0.042 0.031 0.013 0.008 0.005 0.004 79 V 0.038 0.041 0.024 0.063 0.085 0.102 0.186 0.146 0.135 0.106 0.073 80 E 0.356 0.274 0.076 0.131 0.072 0.035 0.026 0.012 0.008 0.005 0.004 81 P 0.241 0.143 0.051 0.152 0.139 0.095 0.087 0.039 0.027 0.016 0.010 82 L 0.178 0.144 0.048 0.117 0.101 0.090 0.116 0.073 0.058 0.044 0.030 83 P 0.454 0.178 0.057 0.118 0.067 0.043 0.040 0.017 0.013 0.008 0.005 84 G 0.586 0.142 0.044 0.080 0.045 0.035 0.031 0.015 0.011 0.007 0.005 85 E 0.274 0.248 0.053 0.138 0.083 0.059 0.057 0.034 0.025 0.017 0.012 86 P 0.165 0.143 0.044 0.130 0.119 0.110 0.106 0.063 0.056 0.038 0.026 87 P 0.078 0.084 0.035 0.135 0.163 0.135 0.154 0.094 0.064 0.035 0.022 88 P 0.157 0.132 0.083 0.210 0.155 0.103 0.082 0.040 0.021 0.011 0.006 89 I 0.007 0.021 0.019 0.098 0.159 0.193 0.222 0.140 0.082 0.040 0.018 90 L 0.001 0.002 0.002 0.009 0.015 0.030 0.089 0.177 0.226 0.245 0.203 91 Y 0.001 0.003 0.004 0.017 0.032 0.063 0.184 0.212 0.217 0.160 0.106 92 H 0.004 0.008 0.010 0.030 0.030 0.048 0.149 0.182 0.221 0.186 0.131 93 G 0.018 0.014 0.011 0.037 0.045 0.068 0.158 0.163 0.181 0.173 0.132 94 T 0.016 0.056 0.023 0.086 0.097 0.086 0.136 0.132 0.147 0.124 0.097 95 T 0.020 0.089 0.032 0.122 0.132 0.126 0.164 0.114 0.094 0.064 0.042 96 E 0.092 0.083 0.060 0.196 0.236 0.162 0.110 0.034 0.017 0.006 0.003 97 E 0.459 0.148 0.115 0.147 0.068 0.031 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 98 A 0.003 0.024 0.016 0.071 0.097 0.169 0.243 0.146 0.121 0.070 0.040 99 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.030 0.114 0.168 0.227 0.224 0.219 100 P 0.229 0.158 0.354 0.174 0.056 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.006 0.031 0.085 0.200 0.224 0.202 0.174 0.047 0.021 0.008 0.003 102 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.026 0.067 0.170 0.288 0.437 103 M 0.002 0.003 0.011 0.041 0.097 0.200 0.336 0.153 0.092 0.043 0.023 104 E 0.011 0.034 0.693 0.155 0.065 0.026 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 105 R 0.023 0.035 0.038 0.113 0.152 0.251 0.266 0.079 0.027 0.013 0.004 106 G 0.199 0.086 0.034 0.071 0.055 0.055 0.119 0.109 0.122 0.096 0.053 107 I 0.009 0.017 0.017 0.040 0.047 0.066 0.135 0.132 0.165 0.181 0.190 108 M 0.081 0.188 0.195 0.201 0.125 0.086 0.066 0.026 0.017 0.010 0.006 109 R 0.156 0.126 0.066 0.164 0.128 0.118 0.118 0.059 0.034 0.019 0.011 110 G 0.311 0.072 0.025 0.061 0.056 0.068 0.114 0.081 0.086 0.071 0.054 111 R 0.166 0.200 0.100 0.237 0.135 0.072 0.049 0.018 0.013 0.006 0.003 112 R 0.019 0.020 0.018 0.059 0.067 0.083 0.157 0.154 0.167 0.144 0.112 113 L 0.034 0.060 0.077 0.184 0.169 0.147 0.166 0.086 0.045 0.022 0.010 114 K 0.008 0.020 0.033 0.127 0.161 0.173 0.212 0.128 0.079 0.041 0.017 115 V 0.004 0.005 0.013 0.019 0.022 0.038 0.110 0.181 0.255 0.218 0.134 116 H 0.003 0.009 0.017 0.052 0.086 0.124 0.225 0.190 0.155 0.090 0.049 117 L 0.003 0.008 0.017 0.019 0.017 0.022 0.081 0.140 0.219 0.267 0.205 118 T 0.012 0.022 0.023 0.070 0.086 0.105 0.218 0.166 0.158 0.087 0.053 119 S 0.135 0.120 0.087 0.148 0.133 0.108 0.123 0.070 0.042 0.023 0.012 120 S 0.170 0.358 0.098 0.180 0.101 0.047 0.026 0.010 0.005 0.003 0.002 121 L 0.047 0.062 0.058 0.122 0.138 0.154 0.178 0.100 0.078 0.042 0.021 122 E 0.523 0.146 0.084 0.113 0.065 0.034 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 123 D 0.105 0.161 0.242 0.258 0.117 0.063 0.035 0.010 0.005 0.002 0.001 124 A 0.062 0.027 0.046 0.048 0.050 0.093 0.163 0.135 0.146 0.136 0.093 125 V 0.057 0.054 0.105 0.120 0.131 0.150 0.171 0.090 0.067 0.037 0.017 126 S 0.136 0.196 0.339 0.162 0.078 0.039 0.026 0.012 0.008 0.004 0.002