# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8955 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.852 0.041 0.050 0.038 0.003 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 2 S 0.916 0.016 0.047 0.008 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 T 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 G 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.969 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.766 0.009 0.021 0.197 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 R 0.643 0.015 0.042 0.231 0.005 0.011 0.039 0.009 0.003 0.002 0.001 11 H 0.203 0.092 0.210 0.349 0.011 0.065 0.031 0.009 0.027 0.002 0.001 12 H 0.041 0.251 0.237 0.004 0.055 0.030 0.049 0.002 0.323 0.009 0.001 13 P 0.420 0.004 0.457 0.016 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.076 14 G 0.452 0.055 0.092 0.111 0.082 0.013 0.036 0.129 0.004 0.025 0.001 15 R 0.395 0.188 0.129 0.158 0.046 0.042 0.014 0.002 0.021 0.001 0.002 16 Y 0.061 0.186 0.093 0.558 0.042 0.009 0.030 0.004 0.017 0.001 0.001 17 G 0.014 0.015 0.040 0.028 0.095 0.012 0.541 0.163 0.007 0.084 0.001 18 V 0.011 0.686 0.208 0.010 0.053 0.016 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 19 R 0.007 0.362 0.317 0.010 0.022 0.191 0.014 0.001 0.076 0.001 0.001 20 L 0.022 0.433 0.414 0.030 0.024 0.058 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 21 T 0.010 0.285 0.508 0.008 0.113 0.034 0.002 0.001 0.035 0.004 0.001 22 R 0.766 0.034 0.056 0.081 0.020 0.013 0.012 0.008 0.004 0.006 0.001 23 E 0.240 0.035 0.081 0.598 0.007 0.007 0.018 0.002 0.012 0.001 0.001 24 G 0.026 0.007 0.040 0.028 0.100 0.001 0.045 0.469 0.001 0.283 0.001 25 W 0.108 0.289 0.326 0.097 0.077 0.035 0.028 0.003 0.013 0.011 0.013 26 A 0.013 0.564 0.299 0.005 0.084 0.016 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 27 R 0.007 0.062 0.790 0.001 0.004 0.119 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 28 V 0.993 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.966 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 35 L 0.954 0.001 0.007 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 R 0.962 0.005 0.008 0.015 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.870 0.017 0.017 0.084 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 38 A 0.338 0.017 0.048 0.580 0.004 0.002 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 39 G 0.033 0.003 0.011 0.023 0.011 0.003 0.311 0.565 0.004 0.035 0.001 40 W 0.061 0.202 0.556 0.055 0.022 0.074 0.008 0.001 0.019 0.002 0.001 41 S 0.297 0.150 0.298 0.133 0.060 0.021 0.014 0.008 0.007 0.011 0.001 42 W 0.205 0.192 0.146 0.223 0.092 0.049 0.044 0.013 0.030 0.004 0.001 43 V 0.101 0.428 0.329 0.051 0.044 0.026 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 44 E 0.067 0.365 0.345 0.018 0.103 0.062 0.003 0.001 0.031 0.006 0.001 45 E 0.936 0.019 0.016 0.016 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 46 W 0.950 0.006 0.009 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 H 0.891 0.013 0.010 0.072 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 48 I 0.903 0.035 0.043 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 V 0.974 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 G 0.869 0.062 0.019 0.011 0.031 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.925 0.037 0.010 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 52 A 0.690 0.128 0.050 0.087 0.015 0.013 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 53 L 0.570 0.158 0.121 0.101 0.029 0.010 0.004 0.001 0.005 0.002 0.001 54 H 0.218 0.111 0.086 0.481 0.043 0.025 0.011 0.008 0.014 0.003 0.001 55 D 0.004 0.120 0.343 0.003 0.039 0.058 0.017 0.001 0.413 0.002 0.001 56 P 0.883 0.002 0.023 0.066 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 57 K 0.358 0.029 0.093 0.461 0.017 0.004 0.022 0.007 0.003 0.005 0.001 58 G 0.088 0.013 0.052 0.154 0.074 0.005 0.177 0.398 0.004 0.034 0.001 59 R 0.195 0.354 0.246 0.123 0.041 0.022 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 60 Y 0.025 0.668 0.127 0.024 0.096 0.019 0.005 0.001 0.035 0.002 0.001 61 E 0.021 0.642 0.263 0.006 0.018 0.034 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 62 L 0.059 0.423 0.399 0.024 0.018 0.050 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 63 R 0.074 0.566 0.180 0.022 0.050 0.028 0.008 0.002 0.063 0.008 0.001 64 N 0.084 0.038 0.144 0.113 0.043 0.017 0.504 0.019 0.017 0.018 0.002 65 G 0.030 0.011 0.047 0.026 0.057 0.001 0.070 0.664 0.001 0.093 0.001 66 E 0.069 0.518 0.311 0.036 0.026 0.024 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 67 I 0.013 0.632 0.297 0.002 0.012 0.026 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 68 R 0.065 0.665 0.175 0.008 0.014 0.041 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 69 A 0.062 0.485 0.345 0.005 0.058 0.032 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 70 R 0.144 0.550 0.130 0.028 0.078 0.039 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 71 Y 0.059 0.337 0.177 0.283 0.043 0.020 0.012 0.001 0.065 0.001 0.001 72 G 0.021 0.020 0.053 0.007 0.116 0.003 0.054 0.408 0.003 0.315 0.001 73 H 0.073 0.332 0.208 0.216 0.079 0.039 0.020 0.003 0.022 0.007 0.001 74 S 0.060 0.101 0.249 0.102 0.205 0.022 0.056 0.074 0.010 0.116 0.004 75 I 0.017 0.554 0.258 0.003 0.080 0.013 0.006 0.001 0.068 0.001 0.001 76 P 0.029 0.014 0.823 0.005 0.001 0.072 0.001 0.001 0.005 0.001 0.050 77 V 0.049 0.553 0.251 0.037 0.046 0.034 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 78 N 0.027 0.219 0.344 0.032 0.021 0.228 0.059 0.002 0.065 0.001 0.001 79 V 0.063 0.476 0.270 0.081 0.040 0.031 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 80 E 0.029 0.338 0.411 0.004 0.035 0.034 0.018 0.001 0.129 0.001 0.001 81 P 0.046 0.005 0.869 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 82 L 0.027 0.225 0.615 0.002 0.020 0.012 0.003 0.001 0.092 0.002 0.001 83 P 0.056 0.002 0.912 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 84 G 0.025 0.011 0.083 0.070 0.030 0.006 0.075 0.665 0.002 0.033 0.001 85 E 0.002 0.297 0.619 0.001 0.015 0.010 0.002 0.001 0.054 0.001 0.001 86 P 0.002 0.003 0.957 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 87 P 0.005 0.003 0.980 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 88 P 0.430 0.005 0.441 0.018 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 89 I 0.041 0.646 0.149 0.015 0.116 0.010 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 90 L 0.077 0.451 0.367 0.015 0.012 0.059 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 91 Y 0.073 0.583 0.090 0.048 0.046 0.080 0.004 0.001 0.073 0.001 0.001 92 H 0.050 0.459 0.112 0.082 0.106 0.062 0.031 0.003 0.092 0.003 0.001 93 G 0.083 0.069 0.217 0.075 0.255 0.025 0.045 0.104 0.008 0.118 0.003 94 T 0.146 0.262 0.291 0.065 0.151 0.036 0.005 0.004 0.015 0.023 0.001 95 T 0.723 0.053 0.099 0.035 0.021 0.035 0.007 0.002 0.018 0.006 0.001 96 E 0.954 0.002 0.007 0.030 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.931 0.004 0.006 0.051 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.749 0.005 0.015 0.201 0.001 0.009 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 99 L 0.885 0.016 0.080 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 100 P 0.990 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 I 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 M 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 E 0.985 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.325 0.002 0.005 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.043 0.001 0.005 0.007 0.004 0.001 0.226 0.658 0.002 0.054 0.001 107 I 0.283 0.156 0.364 0.114 0.016 0.053 0.003 0.001 0.007 0.003 0.001 108 M 0.231 0.241 0.283 0.072 0.073 0.047 0.016 0.003 0.026 0.008 0.001 109 R 0.303 0.086 0.342 0.159 0.029 0.038 0.013 0.004 0.019 0.003 0.003 110 G 0.106 0.036 0.109 0.054 0.151 0.005 0.091 0.350 0.008 0.089 0.001 111 R 0.231 0.156 0.181 0.195 0.050 0.083 0.070 0.008 0.020 0.004 0.002 112 R 0.070 0.393 0.413 0.026 0.027 0.043 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 113 L 0.311 0.198 0.126 0.292 0.021 0.028 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 114 K 0.022 0.610 0.174 0.019 0.116 0.021 0.015 0.001 0.022 0.001 0.001 115 V 0.023 0.791 0.104 0.007 0.024 0.020 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 116 H 0.020 0.499 0.185 0.006 0.026 0.103 0.006 0.001 0.154 0.001 0.001 117 L 0.071 0.160 0.481 0.069 0.010 0.169 0.010 0.002 0.023 0.001 0.004 118 T 0.046 0.344 0.300 0.030 0.171 0.046 0.012 0.006 0.035 0.008 0.001 119 S 0.481 0.034 0.106 0.274 0.068 0.010 0.009 0.006 0.001 0.012 0.001 120 S 0.017 0.234 0.250 0.019 0.371 0.048 0.004 0.001 0.051 0.005 0.001 121 L 0.931 0.010 0.011 0.035 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 122 E 0.985 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 D 0.852 0.001 0.005 0.137 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 124 A 0.883 0.003 0.027 0.072 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 125 V 0.649 0.034 0.061 0.238 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 126 S 0.613 0.049 0.129 0.099 0.027 0.008 0.030 0.014 0.007 0.024 0.001