# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.007 0.019 0.013 0.004 0.009 0.004 0.009 0.706 0.178 0.046 0.005 2 S 0.006 0.014 0.005 0.002 0.010 0.001 0.003 0.838 0.109 0.009 0.002 3 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.898 0.079 0.004 0.001 4 T 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.010 0.914 0.057 0.008 0.001 5 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.883 0.102 0.009 0.001 6 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.896 0.085 0.004 0.001 7 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.849 0.120 0.011 0.001 8 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.894 0.068 0.003 0.001 9 L 0.005 0.010 0.002 0.002 0.010 0.006 0.050 0.716 0.152 0.043 0.003 10 R 0.013 0.010 0.003 0.003 0.020 0.011 0.087 0.641 0.118 0.085 0.009 11 H 0.050 0.092 0.061 0.026 0.076 0.011 0.026 0.295 0.124 0.195 0.044 12 H 0.024 0.122 0.143 0.041 0.091 0.014 0.019 0.391 0.112 0.031 0.011 13 P 0.005 0.011 0.005 0.003 0.010 0.003 0.021 0.662 0.248 0.028 0.004 14 G 0.003 0.014 0.011 0.004 0.007 0.007 0.070 0.576 0.269 0.037 0.002 15 R 0.025 0.013 0.004 0.004 0.022 0.017 0.214 0.535 0.091 0.061 0.011 16 Y 0.011 0.658 0.181 0.010 0.097 0.015 0.008 0.006 0.005 0.006 0.002 17 G 0.146 0.008 0.006 0.008 0.036 0.002 0.001 0.003 0.011 0.305 0.474 18 V 0.176 0.300 0.066 0.002 0.413 0.001 0.002 0.004 0.004 0.010 0.022 19 R 0.090 0.434 0.055 0.001 0.398 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.014 20 L 0.055 0.518 0.038 0.007 0.326 0.010 0.004 0.010 0.003 0.009 0.020 21 T 0.006 0.103 0.794 0.076 0.007 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 22 R 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.010 0.051 0.561 0.360 0.002 0.001 23 E 0.001 0.775 0.186 0.008 0.009 0.001 0.001 0.004 0.007 0.009 0.001 24 G 0.008 0.026 0.020 0.019 0.020 0.006 0.004 0.009 0.019 0.527 0.342 25 W 0.130 0.353 0.064 0.002 0.283 0.004 0.009 0.017 0.020 0.068 0.049 26 A 0.039 0.581 0.093 0.002 0.258 0.002 0.005 0.004 0.003 0.003 0.009 27 R 0.052 0.589 0.201 0.002 0.132 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.010 28 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.608 0.372 0.008 0.002 29 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.893 0.098 0.002 0.001 30 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.937 0.039 0.008 0.001 31 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.061 0.010 0.001 32 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.883 0.096 0.008 0.002 33 E 0.001 0.005 0.003 0.001 0.003 0.003 0.019 0.860 0.086 0.019 0.001 34 G 0.002 0.007 0.005 0.002 0.006 0.003 0.023 0.764 0.128 0.056 0.003 35 L 0.024 0.029 0.005 0.002 0.033 0.005 0.036 0.623 0.191 0.036 0.017 36 R 0.012 0.013 0.004 0.002 0.013 0.003 0.023 0.437 0.294 0.177 0.022 37 K 0.022 0.055 0.009 0.004 0.049 0.008 0.056 0.506 0.195 0.086 0.012 38 A 0.016 0.187 0.080 0.024 0.072 0.029 0.086 0.269 0.166 0.060 0.009 39 G 0.063 0.027 0.021 0.015 0.035 0.008 0.019 0.072 0.080 0.507 0.153 40 W 0.126 0.239 0.046 0.010 0.282 0.007 0.007 0.061 0.083 0.093 0.046 41 S 0.015 0.056 0.028 0.020 0.054 0.058 0.117 0.394 0.214 0.036 0.010 42 W 0.075 0.037 0.015 0.003 0.052 0.003 0.012 0.065 0.086 0.562 0.090 43 V 0.064 0.377 0.064 0.004 0.311 0.004 0.017 0.058 0.031 0.053 0.017 44 E 0.013 0.539 0.362 0.007 0.041 0.001 0.001 0.017 0.005 0.009 0.005 45 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.740 0.245 0.005 0.001 46 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.061 0.001 0.001 47 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.924 0.056 0.014 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.080 0.004 0.001 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.917 0.074 0.001 0.001 50 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.918 0.057 0.007 0.001 51 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 0.883 0.076 0.009 0.001 52 A 0.008 0.007 0.001 0.002 0.015 0.005 0.044 0.726 0.141 0.046 0.005 53 L 0.006 0.033 0.008 0.005 0.022 0.021 0.120 0.658 0.086 0.038 0.003 54 H 0.033 0.066 0.027 0.018 0.059 0.036 0.087 0.202 0.117 0.315 0.039 55 D 0.089 0.306 0.250 0.034 0.179 0.009 0.016 0.046 0.026 0.018 0.025 56 P 0.012 0.013 0.008 0.014 0.012 0.026 0.071 0.410 0.346 0.070 0.019 57 K 0.019 0.333 0.107 0.045 0.090 0.039 0.063 0.140 0.091 0.064 0.009 58 G 0.101 0.084 0.045 0.030 0.127 0.024 0.022 0.057 0.067 0.294 0.149 59 R 0.266 0.146 0.031 0.009 0.351 0.010 0.016 0.036 0.038 0.040 0.057 60 Y 0.194 0.217 0.037 0.007 0.449 0.006 0.006 0.012 0.011 0.021 0.040 61 E 0.255 0.120 0.012 0.001 0.574 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.023 62 L 0.484 0.071 0.020 0.015 0.243 0.018 0.008 0.012 0.010 0.018 0.101 63 R 0.021 0.079 0.150 0.384 0.049 0.173 0.075 0.032 0.016 0.012 0.008 64 N 0.029 0.058 0.039 0.331 0.026 0.085 0.053 0.073 0.104 0.163 0.038 65 G 0.027 0.048 0.038 0.102 0.035 0.030 0.062 0.080 0.137 0.377 0.065 66 E 0.087 0.350 0.145 0.025 0.279 0.007 0.011 0.023 0.022 0.030 0.022 67 I 0.321 0.166 0.025 0.009 0.369 0.006 0.012 0.021 0.011 0.010 0.050 68 R 0.194 0.105 0.058 0.059 0.204 0.045 0.035 0.034 0.037 0.082 0.147 69 A 0.121 0.208 0.157 0.070 0.157 0.032 0.029 0.057 0.076 0.046 0.047 70 R 0.124 0.110 0.111 0.044 0.140 0.033 0.059 0.083 0.107 0.126 0.064 71 Y 0.041 0.245 0.166 0.141 0.108 0.071 0.057 0.043 0.047 0.050 0.031 72 G 0.089 0.082 0.053 0.053 0.128 0.029 0.024 0.055 0.083 0.267 0.136 73 H 0.145 0.182 0.071 0.021 0.269 0.012 0.019 0.041 0.054 0.117 0.068 74 S 0.150 0.151 0.065 0.028 0.254 0.019 0.037 0.052 0.070 0.108 0.067 75 I 0.076 0.294 0.145 0.037 0.256 0.012 0.012 0.036 0.040 0.061 0.030 76 P 0.211 0.137 0.042 0.007 0.383 0.007 0.019 0.045 0.029 0.053 0.067 77 V 0.158 0.245 0.049 0.007 0.424 0.007 0.006 0.019 0.014 0.028 0.043 78 N 0.152 0.200 0.055 0.005 0.500 0.003 0.006 0.023 0.013 0.015 0.028 79 V 0.154 0.201 0.077 0.014 0.282 0.012 0.021 0.099 0.057 0.045 0.037 80 E 0.099 0.201 0.091 0.020 0.232 0.019 0.042 0.117 0.055 0.083 0.041 81 P 0.106 0.237 0.158 0.031 0.195 0.017 0.023 0.081 0.040 0.068 0.044 82 L 0.031 0.352 0.267 0.045 0.108 0.015 0.021 0.077 0.041 0.028 0.015 83 P 0.057 0.215 0.093 0.015 0.149 0.013 0.036 0.210 0.141 0.051 0.021 84 G 0.062 0.105 0.074 0.024 0.099 0.025 0.074 0.180 0.141 0.174 0.043 85 E 0.039 0.283 0.280 0.058 0.102 0.022 0.050 0.078 0.032 0.041 0.016 86 P 0.029 0.381 0.324 0.039 0.077 0.016 0.022 0.046 0.023 0.024 0.018 87 P 0.058 0.416 0.122 0.011 0.206 0.007 0.015 0.062 0.066 0.019 0.017 88 P 0.070 0.067 0.031 0.013 0.117 0.021 0.065 0.220 0.274 0.083 0.040 89 I 0.089 0.108 0.022 0.005 0.201 0.009 0.070 0.257 0.139 0.071 0.030 90 L 0.174 0.057 0.012 0.015 0.237 0.032 0.077 0.170 0.087 0.083 0.055 91 Y 0.099 0.130 0.061 0.057 0.262 0.048 0.051 0.119 0.072 0.060 0.042 92 H 0.105 0.106 0.062 0.047 0.144 0.042 0.050 0.129 0.085 0.136 0.093 93 G 0.034 0.172 0.190 0.078 0.091 0.020 0.026 0.107 0.077 0.154 0.051 94 T 0.056 0.196 0.107 0.022 0.098 0.010 0.032 0.226 0.111 0.084 0.057 95 T 0.014 0.123 0.074 0.013 0.039 0.006 0.013 0.419 0.212 0.076 0.011 96 E 0.007 0.011 0.002 0.001 0.015 0.005 0.020 0.611 0.305 0.019 0.004 97 E 0.004 0.011 0.003 0.003 0.009 0.006 0.029 0.806 0.118 0.007 0.003 98 A 0.014 0.009 0.004 0.001 0.007 0.003 0.011 0.485 0.129 0.319 0.020 99 L 0.014 0.049 0.009 0.001 0.036 0.001 0.003 0.690 0.151 0.037 0.009 100 P 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.882 0.097 0.003 0.001 101 L 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.930 0.055 0.004 0.001 102 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.930 0.052 0.008 0.001 103 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.782 0.193 0.006 0.002 104 E 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.040 0.847 0.092 0.007 0.001 105 R 0.001 0.549 0.412 0.008 0.016 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.001 106 G 0.072 0.014 0.010 0.014 0.017 0.005 0.005 0.012 0.013 0.504 0.335 107 I 0.131 0.325 0.083 0.012 0.243 0.010 0.012 0.032 0.036 0.056 0.060 108 M 0.049 0.424 0.165 0.030 0.246 0.010 0.010 0.025 0.013 0.011 0.017 109 R 0.221 0.085 0.028 0.016 0.222 0.029 0.051 0.128 0.114 0.050 0.055 110 G 0.064 0.089 0.073 0.123 0.141 0.080 0.101 0.114 0.088 0.087 0.040 111 R 0.149 0.134 0.065 0.030 0.263 0.025 0.055 0.052 0.039 0.127 0.059 112 R 0.300 0.088 0.014 0.009 0.324 0.019 0.038 0.039 0.038 0.063 0.069 113 L 0.173 0.092 0.020 0.043 0.301 0.041 0.049 0.045 0.038 0.098 0.100 114 K 0.211 0.112 0.014 0.007 0.548 0.004 0.008 0.016 0.010 0.024 0.046 115 V 0.190 0.125 0.013 0.004 0.617 0.003 0.004 0.007 0.004 0.006 0.027 116 H 0.296 0.086 0.014 0.003 0.487 0.003 0.004 0.007 0.005 0.010 0.085 117 L 0.144 0.125 0.051 0.027 0.225 0.013 0.017 0.031 0.043 0.197 0.127 118 T 0.077 0.385 0.168 0.026 0.236 0.009 0.013 0.022 0.016 0.025 0.023 119 S 0.017 0.061 0.026 0.037 0.046 0.107 0.164 0.278 0.146 0.094 0.023 120 S 0.112 0.292 0.200 0.014 0.155 0.004 0.006 0.067 0.025 0.062 0.063 121 L 0.006 0.006 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 0.576 0.356 0.036 0.005 122 E 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.003 0.009 0.830 0.138 0.006 0.001 123 D 0.001 0.005 0.003 0.002 0.003 0.002 0.011 0.814 0.122 0.036 0.002 124 A 0.002 0.004 0.003 0.002 0.004 0.003 0.013 0.806 0.126 0.036 0.002 125 V 0.012 0.023 0.007 0.005 0.023 0.004 0.023 0.614 0.211 0.068 0.011 126 S 0.008 0.028 0.008 0.004 0.023 0.012 0.123 0.610 0.136 0.042 0.006