# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.637 0.197 0.098 0.050 0.015 0.004 0.001 2 S 0.514 0.210 0.121 0.090 0.048 0.014 0.002 3 K 0.328 0.262 0.158 0.128 0.086 0.032 0.006 4 T 0.250 0.189 0.145 0.155 0.139 0.095 0.026 5 L 0.101 0.104 0.127 0.213 0.211 0.184 0.059 6 A 0.133 0.117 0.119 0.151 0.194 0.207 0.079 7 G 0.168 0.154 0.141 0.162 0.175 0.157 0.043 8 I 0.109 0.084 0.103 0.175 0.205 0.266 0.058 9 L 0.040 0.042 0.060 0.150 0.226 0.363 0.118 10 R 0.057 0.131 0.202 0.266 0.227 0.100 0.016 11 H 0.150 0.193 0.161 0.197 0.203 0.090 0.006 12 H 0.124 0.254 0.284 0.252 0.076 0.011 0.001 13 P 0.174 0.252 0.227 0.224 0.102 0.020 0.001 14 G 0.518 0.317 0.117 0.039 0.007 0.001 0.001 15 R 0.490 0.314 0.123 0.054 0.016 0.003 0.001 16 Y 0.138 0.258 0.306 0.212 0.072 0.013 0.001 17 G 0.282 0.424 0.197 0.074 0.020 0.003 0.001 18 V 0.019 0.046 0.125 0.327 0.350 0.128 0.006 19 R 0.169 0.404 0.275 0.119 0.029 0.004 0.001 20 L 0.036 0.083 0.181 0.373 0.269 0.056 0.002 21 T 0.243 0.404 0.216 0.107 0.027 0.004 0.001 22 R 0.449 0.350 0.138 0.051 0.010 0.001 0.001 23 E 0.401 0.424 0.126 0.036 0.010 0.002 0.001 24 G 0.019 0.127 0.238 0.351 0.204 0.059 0.002 25 W 0.004 0.058 0.199 0.366 0.298 0.073 0.002 26 A 0.004 0.021 0.055 0.135 0.326 0.429 0.030 27 R 0.004 0.086 0.327 0.445 0.124 0.013 0.001 28 V 0.001 0.007 0.026 0.125 0.402 0.396 0.042 29 S 0.067 0.418 0.315 0.149 0.041 0.009 0.001 30 E 0.020 0.276 0.381 0.233 0.074 0.016 0.001 31 V 0.002 0.014 0.058 0.204 0.435 0.279 0.007 32 V 0.005 0.044 0.148 0.379 0.336 0.086 0.002 33 E 0.224 0.528 0.169 0.056 0.018 0.005 0.001 34 G 0.046 0.205 0.361 0.285 0.088 0.014 0.001 35 L 0.021 0.064 0.143 0.348 0.346 0.076 0.002 36 R 0.171 0.369 0.273 0.136 0.043 0.007 0.001 37 K 0.414 0.301 0.149 0.097 0.031 0.007 0.001 38 A 0.325 0.350 0.203 0.087 0.028 0.007 0.001 39 G 0.361 0.313 0.179 0.094 0.042 0.011 0.001 40 W 0.118 0.136 0.208 0.292 0.198 0.044 0.002 41 S 0.313 0.331 0.195 0.114 0.038 0.009 0.001 42 W 0.253 0.306 0.198 0.148 0.072 0.022 0.001 43 V 0.030 0.044 0.098 0.244 0.355 0.208 0.021 44 E 0.155 0.378 0.266 0.142 0.048 0.011 0.001 45 E 0.073 0.221 0.322 0.256 0.109 0.019 0.001 46 W 0.360 0.432 0.147 0.047 0.012 0.003 0.001 47 H 0.041 0.154 0.299 0.297 0.166 0.039 0.003 48 I 0.009 0.020 0.045 0.162 0.402 0.333 0.030 49 V 0.054 0.227 0.335 0.261 0.103 0.019 0.001 50 G 0.152 0.352 0.286 0.146 0.048 0.015 0.001 51 V 0.046 0.083 0.092 0.176 0.314 0.268 0.021 52 A 0.023 0.047 0.159 0.351 0.312 0.102 0.006 53 L 0.311 0.415 0.194 0.063 0.015 0.003 0.001 54 H 0.568 0.295 0.101 0.031 0.005 0.001 0.001 55 D 0.421 0.260 0.158 0.108 0.041 0.010 0.001 56 P 0.537 0.276 0.124 0.050 0.012 0.002 0.001 57 K 0.433 0.326 0.148 0.073 0.018 0.002 0.001 58 G 0.394 0.317 0.157 0.086 0.036 0.009 0.001 59 R 0.104 0.242 0.293 0.241 0.101 0.019 0.001 60 Y 0.136 0.184 0.183 0.250 0.185 0.059 0.003 61 E 0.214 0.386 0.241 0.120 0.032 0.006 0.001 62 L 0.059 0.084 0.154 0.338 0.295 0.068 0.002 63 R 0.467 0.339 0.133 0.049 0.010 0.001 0.001 64 N 0.620 0.280 0.071 0.023 0.005 0.001 0.001 65 G 0.355 0.340 0.195 0.088 0.019 0.002 0.001 66 E 0.115 0.262 0.249 0.232 0.115 0.025 0.001 67 I 0.027 0.047 0.100 0.213 0.334 0.253 0.026 68 R 0.066 0.132 0.161 0.232 0.249 0.145 0.015 69 A 0.052 0.083 0.111 0.161 0.203 0.278 0.111 70 R 0.031 0.048 0.076 0.149 0.224 0.304 0.168 71 Y 0.041 0.058 0.089 0.153 0.222 0.274 0.162 72 G 0.059 0.088 0.119 0.174 0.204 0.218 0.136 73 H 0.053 0.086 0.127 0.188 0.223 0.239 0.084 74 S 0.079 0.111 0.133 0.175 0.220 0.224 0.058 75 I 0.060 0.103 0.175 0.274 0.244 0.121 0.022 76 P 0.194 0.294 0.255 0.157 0.074 0.024 0.003 77 V 0.065 0.120 0.197 0.299 0.238 0.076 0.006 78 N 0.320 0.362 0.208 0.083 0.023 0.004 0.001 79 V 0.250 0.235 0.226 0.197 0.080 0.012 0.001 80 E 0.544 0.279 0.120 0.045 0.010 0.002 0.001 81 P 0.454 0.266 0.147 0.093 0.033 0.006 0.001 82 L 0.653 0.217 0.084 0.035 0.009 0.002 0.001 83 P 0.715 0.204 0.055 0.021 0.005 0.001 0.001 84 G 0.593 0.271 0.091 0.036 0.008 0.001 0.001 85 E 0.311 0.357 0.194 0.107 0.028 0.003 0.001 86 P 0.167 0.315 0.269 0.188 0.055 0.006 0.001 87 P 0.095 0.246 0.278 0.257 0.106 0.018 0.001 88 P 0.086 0.287 0.285 0.232 0.092 0.017 0.001 89 I 0.012 0.074 0.170 0.322 0.299 0.115 0.008 90 L 0.005 0.010 0.025 0.086 0.241 0.513 0.120 91 Y 0.004 0.011 0.031 0.097 0.225 0.450 0.184 92 H 0.005 0.014 0.033 0.073 0.159 0.443 0.273 93 G 0.009 0.025 0.050 0.111 0.222 0.394 0.189 94 T 0.015 0.057 0.102 0.208 0.273 0.253 0.093 95 T 0.015 0.055 0.099 0.194 0.288 0.271 0.078 96 E 0.052 0.175 0.256 0.273 0.166 0.066 0.011 97 E 0.115 0.314 0.277 0.172 0.084 0.033 0.005 98 A 0.032 0.087 0.141 0.239 0.287 0.192 0.022 99 L 0.021 0.044 0.084 0.229 0.387 0.220 0.015 100 P 0.094 0.366 0.302 0.172 0.053 0.013 0.001 101 L 0.084 0.237 0.323 0.239 0.095 0.021 0.001 102 I 0.041 0.065 0.084 0.203 0.357 0.236 0.014 103 M 0.092 0.187 0.272 0.293 0.126 0.029 0.002 104 E 0.490 0.359 0.106 0.035 0.008 0.002 0.001 105 R 0.283 0.365 0.227 0.093 0.027 0.005 0.001 106 G 0.229 0.320 0.225 0.148 0.061 0.015 0.001 107 I 0.060 0.088 0.182 0.326 0.276 0.065 0.003 108 M 0.360 0.371 0.161 0.080 0.024 0.005 0.001 109 R 0.239 0.345 0.226 0.137 0.045 0.008 0.001 110 G 0.068 0.123 0.180 0.287 0.257 0.080 0.005 111 R 0.204 0.362 0.238 0.132 0.050 0.013 0.001 112 R 0.112 0.186 0.215 0.246 0.170 0.064 0.007 113 L 0.091 0.206 0.200 0.220 0.176 0.094 0.014 114 K 0.030 0.098 0.180 0.258 0.246 0.161 0.027 115 V 0.021 0.026 0.048 0.130 0.256 0.385 0.135 116 H 0.038 0.081 0.118 0.194 0.247 0.247 0.074 117 L 0.039 0.050 0.093 0.188 0.297 0.283 0.050 118 T 0.135 0.218 0.211 0.192 0.159 0.074 0.011 119 S 0.358 0.269 0.187 0.133 0.039 0.012 0.002 120 S 0.526 0.274 0.118 0.053 0.023 0.005 0.001 121 L 0.421 0.245 0.158 0.121 0.046 0.008 0.001 122 E 0.671 0.228 0.077 0.021 0.003 0.001 0.001 123 D 0.654 0.253 0.071 0.018 0.003 0.001 0.001 124 A 0.475 0.226 0.144 0.107 0.042 0.006 0.001 125 V 0.509 0.249 0.136 0.076 0.026 0.004 0.001 126 S 0.729 0.202 0.050 0.015 0.003 0.001 0.001