# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6155 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.004 0.005 0.009 0.166 0.066 0.750 2 S 0.009 0.008 0.004 0.285 0.091 0.602 3 K 0.002 0.003 0.013 0.868 0.047 0.066 4 T 0.006 0.003 0.022 0.903 0.040 0.027 5 L 0.011 0.001 0.035 0.905 0.036 0.011 6 A 0.017 0.001 0.018 0.926 0.027 0.012 7 G 0.016 0.001 0.009 0.959 0.009 0.005 8 I 0.012 0.001 0.006 0.964 0.008 0.010 9 L 0.033 0.001 0.014 0.912 0.021 0.018 10 R 0.098 0.004 0.007 0.788 0.067 0.036 11 H 0.090 0.007 0.009 0.597 0.118 0.179 12 H 0.034 0.015 0.008 0.057 0.390 0.496 13 P 0.012 0.005 0.151 0.051 0.597 0.184 14 G 0.055 0.005 0.297 0.035 0.484 0.124 15 R 0.306 0.021 0.276 0.037 0.287 0.074 16 Y 0.434 0.012 0.056 0.057 0.207 0.234 17 G 0.562 0.004 0.016 0.014 0.139 0.265 18 V 0.786 0.006 0.003 0.005 0.049 0.150 19 R 0.869 0.004 0.001 0.002 0.023 0.100 20 L 0.749 0.037 0.002 0.001 0.032 0.179 21 T 0.237 0.012 0.010 0.002 0.713 0.027 22 R 0.043 0.003 0.048 0.007 0.882 0.017 23 E 0.005 0.001 0.024 0.007 0.953 0.010 24 G 0.118 0.009 0.010 0.003 0.836 0.025 25 W 0.557 0.016 0.001 0.002 0.048 0.375 26 A 0.816 0.072 0.001 0.004 0.013 0.095 27 R 0.428 0.010 0.001 0.016 0.020 0.526 28 V 0.018 0.001 0.008 0.946 0.005 0.022 29 S 0.008 0.001 0.024 0.943 0.014 0.011 30 E 0.004 0.001 0.057 0.921 0.014 0.004 31 V 0.008 0.002 0.025 0.940 0.012 0.013 32 V 0.003 0.001 0.007 0.980 0.004 0.005 33 E 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.003 34 G 0.001 0.001 0.004 0.983 0.007 0.005 35 L 0.001 0.001 0.006 0.979 0.010 0.004 36 R 0.001 0.001 0.011 0.971 0.013 0.004 37 K 0.001 0.001 0.011 0.959 0.017 0.012 38 A 0.001 0.001 0.014 0.834 0.039 0.112 39 G 0.001 0.001 0.004 0.017 0.064 0.913 40 W 0.009 0.008 0.014 0.008 0.222 0.739 41 S 0.052 0.006 0.022 0.007 0.255 0.657 42 W 0.244 0.025 0.061 0.034 0.246 0.390 43 V 0.345 0.051 0.013 0.025 0.168 0.399 44 E 0.371 0.019 0.010 0.026 0.064 0.511 45 E 0.041 0.001 0.097 0.782 0.037 0.042 46 W 0.032 0.001 0.114 0.766 0.056 0.030 47 H 0.029 0.002 0.086 0.844 0.026 0.013 48 I 0.048 0.002 0.022 0.893 0.016 0.018 49 V 0.021 0.001 0.008 0.954 0.009 0.008 50 G 0.044 0.001 0.007 0.934 0.008 0.006 51 V 0.054 0.001 0.005 0.925 0.008 0.007 52 A 0.096 0.003 0.008 0.856 0.021 0.016 53 L 0.166 0.008 0.011 0.635 0.124 0.056 54 H 0.149 0.016 0.008 0.221 0.311 0.295 55 D 0.017 0.007 0.002 0.008 0.476 0.490 56 P 0.012 0.007 0.026 0.025 0.799 0.131 57 K 0.047 0.006 0.037 0.016 0.783 0.111 58 G 0.100 0.006 0.056 0.021 0.699 0.118 59 R 0.281 0.012 0.053 0.046 0.356 0.252 60 Y 0.713 0.034 0.019 0.042 0.065 0.127 61 E 0.805 0.032 0.007 0.028 0.052 0.077 62 L 0.594 0.048 0.009 0.021 0.256 0.072 63 R 0.313 0.015 0.009 0.008 0.591 0.064 64 N 0.045 0.002 0.012 0.005 0.886 0.050 65 G 0.119 0.005 0.006 0.002 0.747 0.122 66 E 0.680 0.032 0.003 0.001 0.084 0.199 67 I 0.876 0.022 0.002 0.001 0.025 0.075 68 R 0.839 0.017 0.006 0.003 0.038 0.096 69 A 0.738 0.012 0.026 0.010 0.078 0.136 70 R 0.607 0.007 0.046 0.010 0.160 0.170 71 Y 0.467 0.011 0.068 0.018 0.236 0.200 72 G 0.356 0.018 0.053 0.018 0.289 0.267 73 H 0.377 0.018 0.040 0.024 0.257 0.284 74 S 0.292 0.017 0.017 0.011 0.233 0.429 75 I 0.299 0.018 0.007 0.009 0.201 0.466 76 P 0.334 0.011 0.004 0.004 0.158 0.489 77 V 0.464 0.031 0.004 0.005 0.084 0.412 78 N 0.462 0.026 0.005 0.005 0.127 0.375 79 V 0.395 0.033 0.008 0.004 0.136 0.424 80 E 0.221 0.017 0.013 0.005 0.213 0.531 81 P 0.114 0.019 0.026 0.006 0.250 0.584 82 L 0.052 0.012 0.019 0.004 0.348 0.565 83 P 0.039 0.012 0.026 0.008 0.377 0.538 84 G 0.019 0.012 0.028 0.010 0.329 0.601 85 E 0.022 0.014 0.015 0.008 0.265 0.677 86 P 0.020 0.015 0.009 0.004 0.192 0.760 87 P 0.023 0.015 0.037 0.011 0.294 0.621 88 P 0.086 0.008 0.060 0.015 0.337 0.494 89 I 0.493 0.021 0.054 0.013 0.195 0.224 90 L 0.761 0.023 0.012 0.008 0.089 0.108 91 Y 0.776 0.017 0.007 0.007 0.076 0.118 92 H 0.589 0.015 0.008 0.013 0.151 0.225 93 G 0.189 0.016 0.011 0.014 0.270 0.501 94 T 0.072 0.034 0.012 0.028 0.271 0.584 95 T 0.018 0.012 0.162 0.266 0.263 0.280 96 E 0.002 0.001 0.414 0.486 0.076 0.021 97 E 0.002 0.001 0.344 0.597 0.045 0.012 98 A 0.002 0.002 0.189 0.772 0.019 0.016 99 L 0.001 0.001 0.011 0.972 0.006 0.009 100 P 0.001 0.001 0.011 0.974 0.009 0.006 101 L 0.001 0.001 0.009 0.980 0.007 0.002 102 I 0.001 0.001 0.007 0.982 0.008 0.001 103 M 0.001 0.001 0.007 0.984 0.006 0.001 104 E 0.001 0.001 0.008 0.979 0.010 0.003 105 R 0.001 0.001 0.011 0.933 0.026 0.029 106 G 0.004 0.002 0.011 0.059 0.128 0.796 107 I 0.043 0.036 0.022 0.024 0.176 0.699 108 M 0.135 0.031 0.035 0.029 0.281 0.489 109 R 0.102 0.017 0.047 0.035 0.391 0.408 110 G 0.058 0.008 0.078 0.023 0.436 0.397 111 R 0.123 0.015 0.120 0.028 0.401 0.313 112 R 0.188 0.020 0.116 0.036 0.406 0.234 113 L 0.290 0.010 0.045 0.020 0.298 0.336 114 K 0.676 0.027 0.024 0.015 0.098 0.159 115 V 0.763 0.022 0.014 0.018 0.063 0.120 116 H 0.691 0.026 0.019 0.018 0.066 0.179 117 L 0.404 0.025 0.024 0.021 0.139 0.388 118 T 0.200 0.020 0.037 0.029 0.265 0.449 119 S 0.095 0.013 0.067 0.036 0.393 0.397 120 S 0.057 0.016 0.084 0.044 0.485 0.315 121 L 0.038 0.021 0.235 0.260 0.316 0.130 122 E 0.040 0.010 0.317 0.258 0.247 0.128 123 D 0.038 0.011 0.258 0.242 0.293 0.159 124 A 0.023 0.013 0.103 0.262 0.206 0.394 125 V 0.022 0.027 0.011 0.120 0.109 0.711 126 S 0.005 0.002 0.001 0.006 0.031 0.955