# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6155 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.003 0.021 0.547 0.003 0.012 0.230 0.001 0.001 0.002 0.082 0.056 0.013 0.030 2 S 0.002 0.009 0.560 0.002 0.007 0.308 0.001 0.001 0.002 0.063 0.016 0.007 0.023 3 K 0.001 0.001 0.026 0.001 0.010 0.927 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.005 0.002 4 T 0.007 0.002 0.014 0.001 0.010 0.919 0.002 0.001 0.002 0.008 0.011 0.004 0.020 5 L 0.024 0.001 0.010 0.005 0.009 0.892 0.005 0.002 0.006 0.005 0.010 0.018 0.013 6 A 0.042 0.003 0.017 0.006 0.006 0.856 0.005 0.002 0.008 0.006 0.010 0.009 0.030 7 G 0.059 0.003 0.014 0.003 0.009 0.806 0.007 0.004 0.008 0.007 0.020 0.041 0.019 8 I 0.055 0.003 0.018 0.001 0.014 0.800 0.006 0.004 0.005 0.006 0.048 0.007 0.033 9 L 0.050 0.006 0.044 0.001 0.026 0.691 0.005 0.005 0.005 0.013 0.105 0.029 0.021 10 R 0.020 0.020 0.080 0.003 0.026 0.348 0.004 0.001 0.003 0.071 0.379 0.013 0.032 11 H 0.004 0.012 0.365 0.005 0.010 0.080 0.001 0.001 0.002 0.323 0.164 0.014 0.018 12 H 0.001 0.010 0.440 0.004 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.445 0.057 0.010 0.006 13 P 0.001 0.006 0.156 0.003 0.084 0.030 0.001 0.001 0.001 0.126 0.582 0.001 0.010 14 G 0.004 0.014 0.153 0.008 0.150 0.024 0.001 0.001 0.002 0.249 0.372 0.014 0.009 15 R 0.021 0.026 0.401 0.007 0.131 0.025 0.005 0.001 0.013 0.134 0.119 0.021 0.096 16 Y 0.025 0.028 0.343 0.038 0.049 0.020 0.010 0.002 0.023 0.173 0.159 0.066 0.065 17 G 0.155 0.011 0.200 0.055 0.021 0.006 0.017 0.003 0.017 0.108 0.107 0.147 0.153 18 V 0.202 0.016 0.203 0.007 0.004 0.002 0.031 0.006 0.038 0.033 0.008 0.151 0.299 19 R 0.100 0.016 0.148 0.005 0.001 0.001 0.025 0.005 0.065 0.012 0.004 0.439 0.179 20 L 0.056 0.024 0.243 0.027 0.004 0.002 0.024 0.004 0.037 0.018 0.012 0.034 0.517 21 T 0.014 0.012 0.438 0.061 0.026 0.004 0.005 0.001 0.015 0.098 0.072 0.175 0.080 22 R 0.001 0.001 0.046 0.021 0.054 0.005 0.001 0.001 0.003 0.244 0.594 0.013 0.016 23 E 0.003 0.003 0.055 0.017 0.026 0.005 0.001 0.001 0.005 0.143 0.715 0.007 0.021 24 G 0.018 0.012 0.262 0.007 0.022 0.008 0.006 0.001 0.028 0.168 0.170 0.183 0.114 25 W 0.090 0.019 0.162 0.007 0.001 0.003 0.029 0.002 0.028 0.026 0.015 0.017 0.600 26 A 0.014 0.009 0.030 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.006 0.001 0.922 0.008 27 R 0.003 0.007 0.112 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.863 28 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 29 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 34 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 36 R 0.001 0.001 0.018 0.001 0.022 0.932 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 37 K 0.001 0.001 0.011 0.001 0.020 0.890 0.001 0.001 0.001 0.006 0.070 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.354 0.001 0.001 0.001 0.013 0.615 0.001 0.001 39 G 0.001 0.002 0.084 0.001 0.004 0.039 0.001 0.001 0.001 0.035 0.835 0.001 0.001 40 W 0.001 0.011 0.813 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 0.004 0.108 0.019 0.004 0.009 41 S 0.001 0.015 0.419 0.005 0.029 0.040 0.001 0.001 0.023 0.260 0.163 0.022 0.022 42 W 0.004 0.029 0.389 0.006 0.048 0.054 0.005 0.002 0.039 0.099 0.196 0.024 0.104 43 V 0.006 0.050 0.604 0.008 0.014 0.038 0.005 0.003 0.027 0.100 0.025 0.080 0.038 44 E 0.004 0.014 0.683 0.002 0.009 0.062 0.001 0.002 0.017 0.067 0.012 0.018 0.110 45 E 0.001 0.001 0.013 0.002 0.042 0.897 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.002 0.003 46 W 0.005 0.001 0.018 0.006 0.063 0.803 0.002 0.001 0.003 0.019 0.060 0.011 0.007 47 H 0.030 0.005 0.042 0.005 0.079 0.676 0.012 0.004 0.018 0.012 0.041 0.023 0.052 48 I 0.061 0.009 0.047 0.007 0.020 0.587 0.015 0.009 0.065 0.005 0.007 0.023 0.145 49 V 0.061 0.001 0.033 0.412 0.014 0.353 0.010 0.005 0.022 0.023 0.005 0.033 0.029 50 G 0.258 0.003 0.014 0.014 0.019 0.266 0.050 0.017 0.038 0.017 0.011 0.150 0.143 51 V 0.377 0.003 0.015 0.003 0.012 0.242 0.067 0.040 0.013 0.004 0.015 0.038 0.170 52 A 0.411 0.006 0.031 0.008 0.006 0.195 0.058 0.045 0.028 0.012 0.030 0.100 0.070 53 L 0.223 0.007 0.128 0.008 0.006 0.083 0.024 0.016 0.027 0.066 0.056 0.181 0.177 54 H 0.137 0.045 0.180 0.011 0.005 0.043 0.007 0.001 0.005 0.246 0.079 0.049 0.191 55 D 0.001 0.009 0.755 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.191 0.011 0.009 0.017 56 P 0.001 0.001 0.077 0.002 0.047 0.016 0.001 0.001 0.001 0.093 0.760 0.001 0.002 57 K 0.002 0.006 0.036 0.001 0.093 0.016 0.001 0.001 0.001 0.066 0.763 0.009 0.007 58 G 0.008 0.008 0.116 0.005 0.121 0.015 0.001 0.001 0.001 0.342 0.331 0.038 0.014 59 R 0.077 0.013 0.295 0.015 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 0.046 0.135 0.024 0.355 60 Y 0.372 0.022 0.071 0.017 0.004 0.002 0.013 0.001 0.001 0.017 0.010 0.219 0.252 61 E 0.400 0.009 0.039 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 0.002 0.004 0.003 0.238 0.289 62 L 0.257 0.010 0.053 0.011 0.003 0.002 0.014 0.001 0.001 0.009 0.005 0.082 0.552 63 R 0.075 0.004 0.086 0.047 0.006 0.003 0.005 0.001 0.002 0.029 0.056 0.606 0.081 64 N 0.019 0.002 0.066 0.026 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.197 0.477 0.031 0.163 65 G 0.042 0.002 0.130 0.038 0.009 0.002 0.003 0.001 0.002 0.254 0.315 0.146 0.057 66 E 0.205 0.015 0.123 0.004 0.002 0.001 0.029 0.002 0.008 0.031 0.009 0.140 0.431 67 I 0.346 0.014 0.070 0.005 0.001 0.001 0.060 0.008 0.012 0.014 0.002 0.227 0.240 68 R 0.456 0.006 0.037 0.038 0.001 0.002 0.081 0.010 0.008 0.004 0.001 0.147 0.210 69 A 0.438 0.004 0.062 0.035 0.006 0.005 0.055 0.005 0.007 0.009 0.007 0.170 0.194 70 R 0.307 0.004 0.089 0.039 0.011 0.008 0.055 0.004 0.015 0.036 0.030 0.203 0.200 71 Y 0.202 0.007 0.122 0.027 0.010 0.004 0.021 0.002 0.010 0.084 0.048 0.240 0.223 72 G 0.091 0.016 0.294 0.065 0.013 0.004 0.013 0.001 0.010 0.093 0.079 0.071 0.251 73 H 0.035 0.017 0.265 0.041 0.016 0.007 0.008 0.001 0.017 0.183 0.115 0.200 0.095 74 S 0.034 0.019 0.320 0.038 0.018 0.007 0.008 0.001 0.018 0.153 0.108 0.014 0.262 75 I 0.011 0.010 0.201 0.004 0.005 0.003 0.004 0.001 0.027 0.184 0.016 0.517 0.016 76 P 0.009 0.018 0.443 0.010 0.005 0.004 0.005 0.001 0.023 0.041 0.023 0.005 0.414 77 V 0.034 0.030 0.514 0.025 0.008 0.004 0.018 0.002 0.022 0.053 0.024 0.215 0.053 78 N 0.035 0.033 0.448 0.004 0.005 0.003 0.014 0.002 0.032 0.047 0.022 0.114 0.240 79 V 0.012 0.033 0.614 0.013 0.006 0.003 0.008 0.001 0.013 0.053 0.012 0.021 0.211 80 E 0.003 0.011 0.627 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.010 0.079 0.017 0.218 0.021 81 P 0.001 0.033 0.571 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.010 0.113 0.023 0.006 0.229 82 L 0.001 0.013 0.709 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.183 0.014 0.064 0.004 83 P 0.001 0.005 0.546 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.003 0.169 0.218 0.002 0.041 84 G 0.001 0.024 0.489 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.337 0.117 0.008 0.010 85 E 0.001 0.017 0.609 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.320 0.011 0.029 0.008 86 P 0.001 0.016 0.884 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 0.006 0.001 0.032 87 P 0.001 0.022 0.894 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.033 0.012 0.015 0.008 88 P 0.005 0.018 0.540 0.030 0.029 0.005 0.004 0.003 0.041 0.191 0.056 0.025 0.054 89 I 0.065 0.020 0.226 0.040 0.039 0.010 0.060 0.049 0.138 0.099 0.045 0.094 0.116 90 L 0.138 0.020 0.098 0.007 0.011 0.011 0.123 0.133 0.198 0.011 0.008 0.110 0.133 91 Y 0.108 0.019 0.113 0.013 0.005 0.013 0.108 0.105 0.292 0.020 0.013 0.087 0.103 92 H 0.087 0.011 0.177 0.032 0.005 0.017 0.053 0.069 0.180 0.081 0.049 0.104 0.134 93 G 0.043 0.018 0.382 0.015 0.009 0.026 0.012 0.013 0.054 0.178 0.107 0.060 0.084 94 T 0.012 0.026 0.569 0.003 0.013 0.057 0.004 0.004 0.026 0.145 0.058 0.023 0.061 95 T 0.002 0.009 0.252 0.001 0.043 0.514 0.001 0.001 0.007 0.072 0.073 0.008 0.015 96 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.092 0.826 0.001 0.001 0.001 0.009 0.054 0.001 0.001 97 E 0.001 0.002 0.011 0.001 0.070 0.856 0.001 0.001 0.001 0.006 0.052 0.001 0.001 98 A 0.001 0.002 0.011 0.001 0.046 0.875 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.022 0.001 0.011 0.947 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 100 P 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 101 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 102 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 103 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 104 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.622 0.001 0.001 0.001 0.004 0.360 0.001 0.001 106 G 0.001 0.004 0.061 0.001 0.008 0.098 0.001 0.001 0.001 0.053 0.772 0.001 0.001 107 I 0.001 0.037 0.727 0.002 0.009 0.033 0.001 0.001 0.004 0.125 0.048 0.004 0.009 108 M 0.001 0.026 0.716 0.003 0.025 0.018 0.001 0.001 0.003 0.134 0.048 0.020 0.006 109 R 0.001 0.003 0.076 0.002 0.087 0.013 0.001 0.001 0.001 0.055 0.759 0.001 0.004 110 G 0.001 0.001 0.098 0.004 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 0.794 0.001 0.002 111 R 0.002 0.014 0.699 0.005 0.039 0.002 0.002 0.001 0.016 0.150 0.039 0.015 0.017 112 R 0.013 0.014 0.442 0.013 0.032 0.003 0.011 0.007 0.138 0.104 0.027 0.042 0.154 113 L 0.044 0.004 0.220 0.205 0.022 0.003 0.037 0.038 0.122 0.155 0.019 0.081 0.049 114 K 0.127 0.003 0.028 0.007 0.005 0.002 0.128 0.273 0.216 0.014 0.002 0.103 0.090 115 V 0.128 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.199 0.420 0.149 0.001 0.001 0.017 0.061 116 H 0.187 0.001 0.021 0.004 0.001 0.002 0.157 0.308 0.165 0.002 0.001 0.133 0.018 117 L 0.083 0.004 0.166 0.012 0.002 0.004 0.075 0.197 0.260 0.010 0.006 0.017 0.165 118 T 0.027 0.010 0.506 0.022 0.017 0.009 0.015 0.018 0.134 0.074 0.038 0.065 0.064 119 S 0.007 0.015 0.282 0.024 0.048 0.022 0.003 0.002 0.044 0.361 0.111 0.028 0.055 120 S 0.002 0.015 0.312 0.007 0.068 0.061 0.001 0.001 0.013 0.354 0.127 0.014 0.027 121 L 0.002 0.032 0.278 0.003 0.183 0.192 0.001 0.001 0.008 0.159 0.089 0.023 0.028 122 E 0.004 0.011 0.095 0.005 0.217 0.261 0.001 0.001 0.002 0.087 0.278 0.012 0.027 123 D 0.004 0.009 0.229 0.005 0.164 0.171 0.001 0.001 0.001 0.163 0.227 0.011 0.015 124 A 0.002 0.031 0.526 0.003 0.058 0.111 0.001 0.001 0.004 0.116 0.108 0.008 0.032 125 V 0.001 0.020 0.750 0.001 0.010 0.039 0.001 0.001 0.001 0.111 0.051 0.007 0.009 126 S 0.001 0.004 0.962 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001