# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6155 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.151 0.119 0.041 0.115 0.105 0.100 0.108 0.085 0.080 0.059 0.035 2 S 0.112 0.106 0.035 0.088 0.083 0.083 0.111 0.102 0.111 0.091 0.078 3 K 0.159 0.089 0.052 0.133 0.136 0.126 0.129 0.072 0.054 0.031 0.020 4 T 0.116 0.084 0.061 0.148 0.149 0.138 0.150 0.072 0.045 0.025 0.012 5 L 0.013 0.013 0.018 0.040 0.036 0.040 0.101 0.134 0.190 0.209 0.206 6 A 0.008 0.011 0.025 0.044 0.048 0.070 0.137 0.155 0.193 0.173 0.134 7 G 0.018 0.027 0.066 0.115 0.108 0.142 0.208 0.138 0.096 0.057 0.026 8 I 0.003 0.010 0.034 0.041 0.047 0.072 0.169 0.181 0.179 0.154 0.111 9 L 0.004 0.005 0.009 0.014 0.016 0.021 0.075 0.112 0.211 0.279 0.255 10 R 0.006 0.018 0.021 0.074 0.102 0.124 0.206 0.153 0.151 0.089 0.056 11 H 0.006 0.017 0.027 0.044 0.049 0.070 0.139 0.165 0.209 0.169 0.105 12 H 0.068 0.102 0.053 0.171 0.186 0.139 0.142 0.072 0.041 0.018 0.008 13 P 0.140 0.101 0.044 0.116 0.101 0.101 0.142 0.098 0.081 0.053 0.024 14 G 0.451 0.137 0.056 0.151 0.093 0.047 0.031 0.015 0.010 0.006 0.004 15 R 0.198 0.167 0.079 0.208 0.128 0.088 0.066 0.034 0.018 0.009 0.005 16 Y 0.029 0.036 0.018 0.076 0.105 0.158 0.211 0.158 0.110 0.068 0.032 17 G 0.253 0.232 0.079 0.211 0.111 0.060 0.032 0.011 0.006 0.003 0.002 18 V 0.002 0.002 0.002 0.005 0.008 0.014 0.057 0.104 0.222 0.284 0.300 19 R 0.072 0.264 0.143 0.313 0.140 0.045 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 20 L 0.003 0.003 0.001 0.005 0.009 0.015 0.055 0.100 0.206 0.245 0.358 21 T 0.064 0.141 0.078 0.224 0.202 0.144 0.095 0.029 0.014 0.005 0.004 22 R 0.402 0.182 0.070 0.174 0.088 0.043 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 23 E 0.334 0.165 0.061 0.164 0.099 0.067 0.053 0.024 0.015 0.010 0.007 24 G 0.039 0.061 0.023 0.109 0.122 0.152 0.191 0.123 0.087 0.061 0.032 25 W 0.010 0.028 0.023 0.108 0.152 0.199 0.234 0.109 0.074 0.039 0.025 26 A 0.004 0.005 0.009 0.013 0.021 0.041 0.137 0.165 0.231 0.202 0.172 27 R 0.006 0.114 0.071 0.326 0.239 0.123 0.075 0.026 0.012 0.005 0.003 28 V 0.001 0.002 0.001 0.004 0.009 0.017 0.072 0.125 0.239 0.280 0.251 29 S 0.198 0.123 0.134 0.254 0.175 0.080 0.029 0.005 0.002 0.001 0.001 30 E 0.029 0.089 0.135 0.404 0.184 0.089 0.054 0.011 0.003 0.001 0.001 31 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.052 0.115 0.230 0.311 0.276 32 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.022 0.078 0.250 0.201 0.205 0.142 0.091 33 E 0.006 0.023 0.687 0.180 0.070 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 34 G 0.002 0.011 0.030 0.075 0.124 0.261 0.326 0.102 0.040 0.020 0.007 35 L 0.002 0.002 0.006 0.006 0.006 0.011 0.060 0.140 0.281 0.294 0.193 36 R 0.024 0.033 0.061 0.141 0.177 0.215 0.210 0.076 0.037 0.017 0.009 37 K 0.047 0.091 0.582 0.141 0.070 0.035 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 38 A 0.100 0.063 0.053 0.098 0.105 0.138 0.215 0.106 0.066 0.041 0.016 39 G 0.640 0.143 0.037 0.059 0.032 0.026 0.028 0.014 0.011 0.007 0.005 40 W 0.024 0.045 0.030 0.088 0.108 0.118 0.168 0.147 0.132 0.091 0.049 41 S 0.292 0.285 0.087 0.138 0.075 0.048 0.036 0.017 0.012 0.007 0.004 42 W 0.113 0.059 0.032 0.109 0.128 0.145 0.176 0.102 0.077 0.039 0.019 43 V 0.024 0.022 0.011 0.035 0.058 0.087 0.171 0.174 0.186 0.141 0.092 44 E 0.039 0.175 0.133 0.239 0.139 0.100 0.079 0.041 0.030 0.016 0.009 45 E 0.056 0.054 0.054 0.162 0.177 0.175 0.156 0.077 0.050 0.026 0.013 46 W 0.187 0.094 0.123 0.143 0.105 0.095 0.111 0.064 0.042 0.022 0.015 47 H 0.003 0.013 0.033 0.134 0.150 0.184 0.264 0.113 0.063 0.030 0.012 48 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.007 0.043 0.096 0.208 0.303 0.331 49 V 0.001 0.006 0.039 0.131 0.187 0.232 0.215 0.094 0.053 0.029 0.013 50 G 0.002 0.022 0.142 0.144 0.154 0.180 0.179 0.084 0.056 0.027 0.010 51 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.012 0.026 0.124 0.182 0.238 0.241 0.167 52 A 0.002 0.003 0.008 0.015 0.021 0.031 0.132 0.179 0.248 0.226 0.136 53 L 0.006 0.026 0.085 0.187 0.216 0.170 0.161 0.075 0.047 0.019 0.008 54 H 0.076 0.129 0.131 0.193 0.148 0.138 0.114 0.040 0.021 0.008 0.003 55 D 0.155 0.130 0.049 0.122 0.106 0.104 0.145 0.095 0.053 0.032 0.009 56 P 0.598 0.153 0.028 0.070 0.045 0.032 0.034 0.016 0.011 0.007 0.005 57 K 0.121 0.133 0.055 0.182 0.159 0.120 0.115 0.059 0.034 0.017 0.006 58 G 0.328 0.229 0.067 0.172 0.090 0.055 0.033 0.013 0.007 0.004 0.002 59 R 0.010 0.026 0.027 0.145 0.161 0.172 0.181 0.124 0.082 0.047 0.024 60 Y 0.014 0.011 0.012 0.023 0.041 0.083 0.188 0.189 0.210 0.153 0.077 61 E 0.012 0.065 0.093 0.325 0.254 0.128 0.079 0.026 0.012 0.004 0.002 62 L 0.001 0.002 0.004 0.007 0.011 0.020 0.077 0.127 0.218 0.269 0.263 63 R 0.051 0.112 0.116 0.306 0.210 0.108 0.061 0.020 0.010 0.004 0.003 64 N 0.530 0.238 0.058 0.110 0.039 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 65 G 0.267 0.176 0.060 0.188 0.120 0.085 0.058 0.025 0.012 0.007 0.003 66 E 0.040 0.121 0.062 0.257 0.220 0.160 0.097 0.024 0.012 0.005 0.003 67 I 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.016 0.062 0.123 0.261 0.262 0.261 68 R 0.009 0.058 0.054 0.250 0.253 0.174 0.117 0.047 0.022 0.009 0.006 69 A 0.016 0.010 0.008 0.019 0.019 0.026 0.076 0.142 0.223 0.240 0.221 70 R 0.022 0.034 0.035 0.183 0.232 0.228 0.159 0.059 0.031 0.011 0.005 71 Y 0.011 0.022 0.019 0.049 0.044 0.051 0.114 0.146 0.186 0.194 0.164 72 G 0.058 0.053 0.027 0.098 0.100 0.096 0.128 0.120 0.129 0.113 0.078 73 H 0.041 0.059 0.033 0.091 0.109 0.128 0.189 0.126 0.110 0.068 0.046 74 S 0.055 0.057 0.028 0.074 0.076 0.076 0.125 0.135 0.143 0.127 0.104 75 I 0.087 0.056 0.029 0.097 0.119 0.129 0.162 0.113 0.090 0.067 0.049 76 P 0.180 0.214 0.085 0.201 0.129 0.071 0.059 0.026 0.018 0.011 0.006 77 V 0.023 0.018 0.013 0.029 0.038 0.065 0.129 0.152 0.202 0.193 0.137 78 N 0.265 0.277 0.107 0.184 0.087 0.038 0.024 0.009 0.005 0.003 0.002 79 V 0.028 0.034 0.021 0.057 0.081 0.103 0.196 0.156 0.146 0.110 0.069 80 E 0.379 0.274 0.073 0.125 0.066 0.032 0.023 0.011 0.008 0.005 0.004 81 P 0.236 0.128 0.044 0.135 0.132 0.095 0.104 0.049 0.038 0.024 0.015 82 L 0.185 0.143 0.047 0.119 0.101 0.090 0.117 0.072 0.058 0.043 0.028 83 P 0.479 0.176 0.053 0.116 0.064 0.040 0.034 0.015 0.011 0.007 0.005 84 G 0.420 0.130 0.043 0.096 0.066 0.063 0.071 0.040 0.032 0.022 0.015 85 E 0.377 0.262 0.051 0.118 0.063 0.040 0.035 0.021 0.015 0.011 0.007 86 P 0.162 0.128 0.040 0.121 0.115 0.115 0.116 0.072 0.063 0.042 0.027 87 P 0.095 0.090 0.035 0.132 0.154 0.124 0.144 0.096 0.067 0.038 0.025 88 P 0.215 0.161 0.089 0.211 0.139 0.079 0.056 0.026 0.013 0.007 0.004 89 I 0.010 0.026 0.022 0.109 0.171 0.198 0.212 0.129 0.073 0.034 0.014 90 L 0.001 0.002 0.002 0.010 0.016 0.032 0.092 0.182 0.227 0.239 0.197 91 Y 0.001 0.003 0.004 0.017 0.031 0.062 0.184 0.209 0.217 0.161 0.110 92 H 0.003 0.008 0.010 0.030 0.031 0.048 0.149 0.184 0.223 0.185 0.130 93 G 0.017 0.013 0.010 0.034 0.042 0.067 0.156 0.166 0.183 0.176 0.134 94 T 0.014 0.049 0.020 0.078 0.092 0.083 0.134 0.136 0.155 0.133 0.106 95 T 0.020 0.095 0.033 0.128 0.135 0.127 0.161 0.109 0.091 0.061 0.040 96 E 0.085 0.080 0.057 0.195 0.240 0.166 0.115 0.035 0.018 0.006 0.003 97 E 0.484 0.145 0.110 0.140 0.064 0.029 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 98 A 0.003 0.023 0.015 0.068 0.094 0.169 0.246 0.147 0.123 0.070 0.041 99 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.033 0.121 0.173 0.227 0.219 0.209 100 P 0.250 0.163 0.343 0.163 0.052 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.006 0.030 0.082 0.202 0.228 0.202 0.171 0.047 0.020 0.008 0.003 102 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.023 0.062 0.164 0.289 0.451 103 M 0.001 0.003 0.010 0.041 0.100 0.206 0.332 0.150 0.091 0.042 0.023 104 E 0.011 0.034 0.693 0.154 0.066 0.027 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 105 R 0.026 0.036 0.037 0.114 0.151 0.250 0.266 0.078 0.026 0.012 0.004 106 G 0.210 0.089 0.032 0.072 0.056 0.056 0.119 0.108 0.118 0.091 0.050 107 I 0.008 0.016 0.015 0.038 0.044 0.063 0.128 0.132 0.168 0.188 0.202 108 M 0.084 0.197 0.192 0.201 0.124 0.085 0.063 0.024 0.015 0.009 0.005 109 R 0.159 0.126 0.064 0.164 0.128 0.118 0.119 0.060 0.034 0.019 0.010 110 G 0.305 0.069 0.023 0.058 0.055 0.068 0.115 0.084 0.090 0.075 0.058 111 R 0.156 0.203 0.100 0.244 0.138 0.072 0.048 0.017 0.012 0.006 0.003 112 R 0.019 0.019 0.017 0.056 0.065 0.082 0.156 0.156 0.169 0.146 0.113 113 L 0.035 0.060 0.075 0.184 0.170 0.147 0.166 0.086 0.045 0.022 0.010 114 K 0.007 0.018 0.027 0.115 0.147 0.169 0.221 0.138 0.088 0.048 0.020 115 V 0.003 0.005 0.010 0.018 0.021 0.035 0.104 0.180 0.259 0.226 0.139 116 H 0.003 0.009 0.018 0.056 0.083 0.124 0.223 0.194 0.153 0.090 0.046 117 L 0.002 0.008 0.015 0.020 0.018 0.023 0.078 0.137 0.223 0.267 0.210 118 T 0.008 0.020 0.020 0.070 0.091 0.110 0.203 0.174 0.166 0.091 0.050 119 S 0.103 0.113 0.078 0.163 0.147 0.118 0.125 0.072 0.048 0.023 0.011 120 S 0.210 0.256 0.103 0.188 0.118 0.058 0.038 0.015 0.008 0.004 0.002 121 L 0.062 0.068 0.055 0.111 0.109 0.117 0.160 0.116 0.101 0.065 0.034 122 E 0.289 0.171 0.096 0.162 0.114 0.068 0.056 0.023 0.013 0.006 0.003 123 D 0.195 0.172 0.180 0.194 0.102 0.066 0.050 0.021 0.012 0.006 0.003 124 A 0.234 0.093 0.081 0.101 0.081 0.094 0.116 0.070 0.057 0.044 0.027 125 V 0.237 0.131 0.073 0.109 0.094 0.089 0.094 0.060 0.054 0.038 0.020 126 S 0.329 0.215 0.084 0.096 0.071 0.049 0.052 0.038 0.031 0.022 0.013