# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6155 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.001 0.002 0.077 0.003 0.005 0.911 2 S 0.004 0.008 0.009 0.433 0.004 0.010 0.533 3 K 0.003 0.003 0.025 0.897 0.015 0.023 0.034 4 T 0.004 0.001 0.029 0.914 0.007 0.022 0.023 5 L 0.001 0.001 0.012 0.973 0.002 0.005 0.006 6 A 0.001 0.001 0.011 0.977 0.002 0.006 0.003 7 G 0.001 0.001 0.010 0.978 0.001 0.010 0.001 8 I 0.001 0.001 0.011 0.970 0.001 0.017 0.001 9 L 0.003 0.001 0.030 0.880 0.008 0.070 0.008 10 R 0.011 0.004 0.053 0.464 0.043 0.375 0.051 11 H 0.026 0.024 0.032 0.195 0.236 0.243 0.244 12 H 0.023 0.014 0.007 0.018 0.235 0.012 0.691 13 P 0.008 0.004 0.168 0.060 0.083 0.610 0.068 14 G 0.013 0.002 0.221 0.030 0.036 0.654 0.044 15 R 0.141 0.032 0.371 0.029 0.121 0.124 0.181 16 Y 0.211 0.019 0.097 0.017 0.136 0.361 0.158 17 G 0.173 0.003 0.031 0.004 0.112 0.531 0.146 18 V 0.517 0.025 0.002 0.002 0.023 0.006 0.425 19 R 0.793 0.040 0.001 0.001 0.008 0.001 0.156 20 L 0.671 0.072 0.002 0.001 0.017 0.004 0.233 21 T 0.194 0.007 0.005 0.001 0.042 0.031 0.720 22 R 0.014 0.002 0.026 0.010 0.097 0.824 0.027 23 E 0.010 0.002 0.023 0.012 0.128 0.789 0.035 24 G 0.077 0.015 0.025 0.038 0.285 0.152 0.409 25 W 0.303 0.071 0.002 0.012 0.060 0.018 0.535 26 A 0.537 0.146 0.001 0.005 0.047 0.001 0.264 27 R 0.503 0.070 0.001 0.019 0.031 0.002 0.374 28 V 0.005 0.001 0.008 0.973 0.001 0.003 0.010 29 S 0.001 0.001 0.015 0.979 0.002 0.001 0.002 30 E 0.001 0.001 0.021 0.976 0.001 0.001 0.001 31 V 0.001 0.001 0.016 0.979 0.001 0.002 0.001 32 V 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.006 0.001 33 E 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.015 0.001 34 G 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.014 0.004 35 L 0.001 0.001 0.006 0.968 0.003 0.011 0.011 36 R 0.001 0.001 0.013 0.926 0.004 0.051 0.006 37 K 0.001 0.001 0.020 0.837 0.014 0.113 0.014 38 A 0.001 0.001 0.020 0.384 0.026 0.548 0.020 39 G 0.001 0.001 0.006 0.047 0.022 0.865 0.058 40 W 0.006 0.005 0.010 0.015 0.102 0.025 0.838 41 S 0.050 0.013 0.071 0.044 0.163 0.099 0.561 42 W 0.134 0.060 0.095 0.075 0.170 0.129 0.337 43 V 0.145 0.048 0.016 0.047 0.204 0.017 0.524 44 E 0.106 0.029 0.010 0.055 0.059 0.009 0.732 45 E 0.004 0.001 0.043 0.927 0.003 0.017 0.005 46 W 0.003 0.001 0.038 0.936 0.002 0.017 0.003 47 H 0.014 0.002 0.069 0.872 0.004 0.020 0.019 48 I 0.030 0.002 0.016 0.918 0.004 0.012 0.019 49 V 0.037 0.001 0.010 0.930 0.006 0.006 0.010 50 G 0.019 0.001 0.008 0.964 0.001 0.006 0.002 51 V 0.029 0.001 0.007 0.943 0.002 0.015 0.004 52 A 0.071 0.004 0.008 0.885 0.005 0.020 0.006 53 L 0.084 0.005 0.006 0.799 0.009 0.076 0.022 54 H 0.065 0.018 0.008 0.463 0.099 0.283 0.065 55 D 0.028 0.007 0.003 0.012 0.328 0.023 0.599 56 P 0.004 0.002 0.053 0.010 0.057 0.851 0.023 57 K 0.006 0.004 0.041 0.001 0.051 0.880 0.017 58 G 0.060 0.004 0.083 0.001 0.360 0.319 0.173 59 R 0.349 0.025 0.015 0.002 0.095 0.019 0.495 60 Y 0.889 0.021 0.004 0.002 0.013 0.003 0.068 61 E 0.959 0.018 0.002 0.002 0.002 0.001 0.016 62 L 0.921 0.013 0.002 0.004 0.002 0.006 0.053 63 R 0.757 0.007 0.006 0.004 0.014 0.083 0.130 64 N 0.066 0.001 0.007 0.002 0.091 0.814 0.019 65 G 0.047 0.001 0.008 0.001 0.163 0.748 0.034 66 E 0.777 0.026 0.004 0.001 0.062 0.027 0.103 67 I 0.955 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 68 R 0.940 0.002 0.001 0.001 0.024 0.002 0.030 69 A 0.904 0.002 0.005 0.001 0.010 0.012 0.067 70 R 0.899 0.008 0.003 0.002 0.021 0.007 0.060 71 Y 0.839 0.018 0.006 0.002 0.026 0.015 0.094 72 G 0.466 0.005 0.007 0.002 0.092 0.220 0.209 73 H 0.505 0.018 0.004 0.001 0.101 0.084 0.287 74 S 0.525 0.046 0.003 0.001 0.065 0.037 0.324 75 I 0.457 0.011 0.005 0.001 0.208 0.030 0.289 76 P 0.413 0.019 0.005 0.001 0.041 0.019 0.502 77 V 0.443 0.024 0.003 0.001 0.030 0.007 0.492 78 N 0.547 0.040 0.003 0.001 0.025 0.004 0.380 79 V 0.318 0.035 0.004 0.001 0.044 0.006 0.593 80 E 0.220 0.023 0.004 0.001 0.127 0.022 0.603 81 P 0.097 0.047 0.004 0.001 0.198 0.032 0.620 82 L 0.032 0.015 0.003 0.001 0.090 0.020 0.840 83 P 0.023 0.016 0.012 0.001 0.219 0.298 0.431 84 G 0.018 0.015 0.011 0.001 0.348 0.267 0.341 85 E 0.035 0.010 0.001 0.001 0.324 0.011 0.618 86 P 0.016 0.014 0.001 0.001 0.029 0.002 0.938 87 P 0.056 0.011 0.001 0.001 0.024 0.003 0.906 88 P 0.159 0.004 0.006 0.001 0.330 0.016 0.484 89 I 0.912 0.003 0.006 0.001 0.023 0.004 0.051 90 L 0.975 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 91 Y 0.984 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 92 H 0.925 0.002 0.002 0.006 0.005 0.010 0.049 93 G 0.338 0.005 0.004 0.003 0.197 0.109 0.345 94 T 0.112 0.015 0.006 0.002 0.402 0.065 0.397 95 T 0.073 0.023 0.090 0.048 0.359 0.073 0.334 96 E 0.007 0.002 0.481 0.401 0.023 0.070 0.016 97 E 0.001 0.002 0.450 0.434 0.008 0.097 0.007 98 A 0.001 0.001 0.275 0.642 0.003 0.064 0.013 99 L 0.001 0.001 0.031 0.945 0.005 0.007 0.010 100 P 0.001 0.001 0.011 0.982 0.001 0.003 0.002 101 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 102 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.001 103 M 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.006 0.001 104 E 0.001 0.001 0.005 0.956 0.001 0.037 0.001 105 R 0.001 0.001 0.008 0.384 0.003 0.602 0.002 106 G 0.001 0.001 0.007 0.048 0.022 0.886 0.036 107 I 0.018 0.013 0.008 0.012 0.115 0.022 0.812 108 M 0.084 0.038 0.028 0.014 0.069 0.021 0.747 109 R 0.085 0.026 0.157 0.037 0.122 0.146 0.427 110 G 0.064 0.006 0.150 0.019 0.144 0.292 0.324 111 R 0.152 0.015 0.097 0.009 0.217 0.217 0.292 112 R 0.477 0.021 0.029 0.007 0.074 0.065 0.327 113 L 0.653 0.006 0.017 0.006 0.088 0.021 0.209 114 K 0.897 0.005 0.009 0.005 0.016 0.005 0.064 115 V 0.936 0.005 0.002 0.004 0.003 0.003 0.048 116 H 0.914 0.013 0.003 0.005 0.011 0.005 0.049 117 L 0.668 0.013 0.007 0.009 0.023 0.021 0.258 118 T 0.207 0.008 0.012 0.009 0.099 0.059 0.606 119 S 0.094 0.018 0.020 0.018 0.468 0.171 0.211 120 S 0.045 0.033 0.030 0.025 0.342 0.089 0.436 121 L 0.007 0.002 0.299 0.462 0.029 0.116 0.085 122 E 0.011 0.003 0.235 0.559 0.021 0.125 0.045 123 D 0.011 0.007 0.298 0.383 0.058 0.100 0.143 124 A 0.012 0.010 0.156 0.351 0.075 0.232 0.164 125 V 0.011 0.018 0.009 0.101 0.034 0.098 0.729 126 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.994