# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6155 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.586 0.084 0.158 0.095 0.019 0.021 0.017 0.006 0.010 0.005 0.001 2 S 0.718 0.046 0.166 0.020 0.022 0.012 0.003 0.004 0.004 0.007 0.001 3 K 0.987 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 T 0.987 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 G 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.968 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.763 0.012 0.024 0.192 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 10 R 0.614 0.017 0.043 0.252 0.006 0.013 0.040 0.010 0.003 0.002 0.001 11 H 0.173 0.101 0.222 0.356 0.012 0.066 0.031 0.009 0.028 0.002 0.001 12 H 0.040 0.245 0.239 0.004 0.060 0.030 0.060 0.002 0.310 0.010 0.001 13 P 0.380 0.004 0.492 0.017 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 14 G 0.413 0.058 0.095 0.120 0.092 0.013 0.037 0.139 0.004 0.028 0.001 15 R 0.339 0.207 0.148 0.155 0.061 0.045 0.016 0.003 0.023 0.002 0.002 16 Y 0.055 0.243 0.091 0.499 0.052 0.010 0.026 0.004 0.017 0.001 0.001 17 G 0.017 0.027 0.056 0.032 0.148 0.014 0.455 0.130 0.010 0.110 0.001 18 V 0.008 0.722 0.175 0.007 0.055 0.015 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 19 R 0.006 0.324 0.314 0.008 0.014 0.229 0.014 0.001 0.089 0.001 0.002 20 L 0.014 0.429 0.430 0.023 0.022 0.061 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 21 T 0.006 0.255 0.561 0.004 0.097 0.039 0.001 0.001 0.032 0.004 0.001 22 R 0.823 0.022 0.039 0.071 0.013 0.010 0.010 0.006 0.003 0.004 0.001 23 E 0.259 0.024 0.064 0.616 0.005 0.006 0.016 0.002 0.010 0.001 0.001 24 G 0.031 0.007 0.040 0.034 0.090 0.001 0.048 0.509 0.001 0.238 0.001 25 W 0.126 0.268 0.317 0.108 0.072 0.034 0.032 0.004 0.013 0.013 0.013 26 A 0.016 0.538 0.316 0.006 0.087 0.017 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 27 R 0.008 0.053 0.784 0.001 0.004 0.132 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 28 V 0.993 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.943 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 35 L 0.935 0.003 0.017 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 R 0.939 0.007 0.017 0.021 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.830 0.025 0.027 0.101 0.004 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 38 A 0.347 0.016 0.064 0.555 0.004 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 39 G 0.017 0.001 0.006 0.025 0.005 0.004 0.384 0.540 0.003 0.014 0.001 40 W 0.034 0.213 0.602 0.043 0.018 0.065 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 41 S 0.160 0.210 0.343 0.133 0.073 0.033 0.020 0.009 0.011 0.008 0.001 42 W 0.157 0.301 0.189 0.132 0.119 0.042 0.023 0.008 0.024 0.004 0.001 43 V 0.113 0.445 0.286 0.064 0.049 0.024 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 44 E 0.047 0.397 0.335 0.015 0.124 0.047 0.002 0.001 0.027 0.005 0.001 45 E 0.934 0.021 0.018 0.014 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 46 W 0.953 0.006 0.009 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 H 0.891 0.012 0.010 0.073 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 48 I 0.908 0.032 0.042 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 V 0.975 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 G 0.871 0.061 0.018 0.011 0.032 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.927 0.036 0.010 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 52 A 0.706 0.120 0.045 0.086 0.013 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 53 L 0.571 0.158 0.119 0.101 0.029 0.010 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 54 H 0.224 0.117 0.087 0.469 0.045 0.024 0.011 0.007 0.014 0.003 0.001 55 D 0.005 0.126 0.328 0.003 0.043 0.055 0.019 0.001 0.419 0.002 0.001 56 P 0.877 0.003 0.025 0.068 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 57 K 0.339 0.031 0.097 0.469 0.018 0.005 0.023 0.007 0.004 0.005 0.001 58 G 0.084 0.015 0.056 0.153 0.082 0.005 0.174 0.392 0.004 0.035 0.001 59 R 0.171 0.389 0.244 0.112 0.045 0.022 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 60 Y 0.022 0.683 0.120 0.022 0.098 0.017 0.004 0.001 0.032 0.002 0.001 61 E 0.019 0.675 0.237 0.005 0.018 0.031 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 62 L 0.051 0.413 0.422 0.018 0.014 0.054 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 63 R 0.067 0.576 0.176 0.021 0.045 0.028 0.008 0.001 0.072 0.006 0.001 64 N 0.087 0.034 0.152 0.104 0.044 0.018 0.499 0.021 0.015 0.022 0.002 65 G 0.038 0.013 0.052 0.031 0.065 0.001 0.069 0.636 0.001 0.093 0.001 66 E 0.080 0.499 0.314 0.040 0.026 0.024 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 67 I 0.015 0.636 0.290 0.002 0.012 0.026 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 68 R 0.069 0.660 0.171 0.009 0.015 0.041 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 69 A 0.064 0.481 0.346 0.005 0.060 0.031 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 70 R 0.140 0.556 0.130 0.027 0.078 0.037 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 71 Y 0.058 0.333 0.180 0.284 0.041 0.021 0.013 0.001 0.068 0.001 0.001 72 G 0.020 0.021 0.052 0.007 0.112 0.003 0.059 0.436 0.003 0.288 0.001 73 H 0.063 0.343 0.205 0.213 0.085 0.038 0.021 0.003 0.021 0.008 0.001 74 S 0.050 0.107 0.259 0.090 0.225 0.019 0.050 0.067 0.009 0.119 0.004 75 I 0.011 0.578 0.246 0.002 0.080 0.012 0.005 0.001 0.065 0.001 0.001 76 P 0.019 0.015 0.849 0.003 0.001 0.064 0.001 0.001 0.004 0.001 0.045 77 V 0.030 0.615 0.225 0.024 0.042 0.034 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 78 N 0.023 0.269 0.366 0.021 0.016 0.213 0.034 0.001 0.055 0.001 0.001 79 V 0.050 0.567 0.202 0.064 0.050 0.028 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 80 E 0.026 0.326 0.376 0.005 0.045 0.037 0.028 0.001 0.155 0.002 0.001 81 P 0.046 0.004 0.845 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 82 L 0.022 0.225 0.632 0.001 0.021 0.010 0.002 0.001 0.084 0.001 0.001 83 P 0.051 0.003 0.910 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 84 G 0.026 0.016 0.105 0.063 0.044 0.007 0.081 0.613 0.003 0.041 0.001 85 E 0.003 0.362 0.537 0.001 0.020 0.010 0.002 0.001 0.065 0.001 0.001 86 P 0.002 0.003 0.951 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 87 P 0.005 0.003 0.982 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 88 P 0.517 0.004 0.345 0.025 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 89 I 0.030 0.658 0.124 0.014 0.145 0.007 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 90 L 0.064 0.497 0.333 0.015 0.013 0.056 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 91 Y 0.058 0.601 0.090 0.041 0.044 0.081 0.004 0.001 0.079 0.001 0.001 92 H 0.044 0.453 0.117 0.079 0.108 0.066 0.032 0.003 0.095 0.003 0.001 93 G 0.072 0.070 0.219 0.071 0.263 0.024 0.040 0.107 0.008 0.123 0.003 94 T 0.129 0.272 0.294 0.064 0.158 0.035 0.005 0.004 0.015 0.024 0.001 95 T 0.684 0.058 0.115 0.039 0.024 0.041 0.008 0.002 0.021 0.006 0.001 96 E 0.954 0.002 0.007 0.029 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.937 0.003 0.005 0.047 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.742 0.005 0.013 0.214 0.001 0.007 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 99 L 0.891 0.014 0.077 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 100 P 0.991 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 I 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 M 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 E 0.985 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.325 0.002 0.005 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.043 0.001 0.006 0.008 0.004 0.001 0.235 0.647 0.002 0.054 0.001 107 I 0.277 0.157 0.370 0.113 0.016 0.053 0.003 0.001 0.007 0.003 0.001 108 M 0.228 0.238 0.289 0.070 0.073 0.047 0.016 0.003 0.026 0.008 0.001 109 R 0.293 0.089 0.350 0.158 0.030 0.038 0.013 0.004 0.019 0.003 0.003 110 G 0.103 0.037 0.112 0.054 0.156 0.006 0.088 0.345 0.008 0.090 0.001 111 R 0.227 0.170 0.188 0.185 0.052 0.079 0.063 0.008 0.020 0.005 0.002 112 R 0.071 0.390 0.414 0.025 0.027 0.043 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 113 L 0.308 0.199 0.131 0.285 0.022 0.030 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 114 K 0.021 0.610 0.172 0.019 0.115 0.023 0.015 0.001 0.023 0.001 0.001 115 V 0.021 0.803 0.102 0.007 0.024 0.017 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 116 H 0.019 0.524 0.185 0.005 0.022 0.100 0.005 0.001 0.139 0.001 0.001 117 L 0.078 0.189 0.514 0.053 0.012 0.122 0.006 0.002 0.020 0.001 0.004 118 T 0.076 0.348 0.288 0.045 0.137 0.041 0.012 0.005 0.040 0.007 0.001 119 S 0.442 0.062 0.177 0.186 0.075 0.014 0.011 0.008 0.003 0.020 0.002 120 S 0.075 0.231 0.258 0.083 0.242 0.044 0.014 0.005 0.039 0.007 0.001 121 L 0.550 0.125 0.133 0.113 0.017 0.027 0.008 0.002 0.022 0.001 0.001 122 E 0.754 0.042 0.098 0.074 0.006 0.012 0.005 0.002 0.006 0.002 0.001 123 D 0.515 0.038 0.074 0.298 0.020 0.013 0.023 0.005 0.012 0.002 0.001 124 A 0.459 0.058 0.192 0.199 0.021 0.022 0.024 0.008 0.012 0.003 0.002 125 V 0.246 0.171 0.233 0.281 0.022 0.019 0.008 0.003 0.015 0.002 0.001 126 S 0.153 0.122 0.250 0.067 0.119 0.012 0.050 0.062 0.013 0.153 0.001