# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6155 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.040 0.149 0.061 0.012 0.067 0.007 0.021 0.428 0.119 0.075 0.020 2 S 0.026 0.190 0.060 0.006 0.063 0.005 0.009 0.515 0.090 0.026 0.010 3 K 0.002 0.006 0.002 0.001 0.006 0.004 0.009 0.807 0.154 0.008 0.002 4 T 0.003 0.008 0.004 0.001 0.006 0.001 0.007 0.919 0.041 0.008 0.001 5 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.894 0.074 0.024 0.001 6 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.929 0.059 0.003 0.001 7 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.930 0.054 0.004 0.001 8 I 0.002 0.003 0.002 0.001 0.006 0.003 0.033 0.861 0.079 0.009 0.001 9 L 0.009 0.010 0.003 0.003 0.010 0.007 0.049 0.740 0.122 0.043 0.005 10 R 0.029 0.024 0.006 0.004 0.037 0.011 0.127 0.455 0.135 0.147 0.025 11 H 0.043 0.151 0.066 0.031 0.081 0.050 0.070 0.156 0.090 0.220 0.041 12 H 0.080 0.312 0.217 0.019 0.240 0.005 0.011 0.056 0.029 0.013 0.018 13 P 0.047 0.094 0.022 0.017 0.073 0.038 0.074 0.370 0.211 0.037 0.017 14 G 0.030 0.060 0.039 0.031 0.042 0.025 0.114 0.196 0.242 0.191 0.031 15 R 0.105 0.049 0.017 0.014 0.082 0.052 0.209 0.205 0.127 0.107 0.032 16 Y 0.030 0.493 0.176 0.034 0.183 0.010 0.011 0.011 0.009 0.024 0.020 17 G 0.184 0.037 0.051 0.056 0.092 0.031 0.015 0.016 0.030 0.259 0.228 18 V 0.091 0.443 0.036 0.001 0.414 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 19 R 0.162 0.181 0.021 0.001 0.603 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 20 L 0.197 0.312 0.029 0.004 0.367 0.004 0.006 0.012 0.010 0.016 0.044 21 T 0.021 0.163 0.654 0.044 0.076 0.010 0.006 0.007 0.007 0.006 0.007 22 R 0.005 0.008 0.008 0.015 0.007 0.030 0.181 0.547 0.177 0.018 0.003 23 E 0.009 0.246 0.228 0.051 0.035 0.013 0.045 0.099 0.106 0.147 0.022 24 G 0.023 0.093 0.131 0.222 0.047 0.069 0.014 0.033 0.034 0.247 0.088 25 W 0.288 0.101 0.021 0.001 0.322 0.002 0.006 0.030 0.025 0.078 0.125 26 A 0.017 0.494 0.279 0.009 0.173 0.005 0.005 0.008 0.003 0.003 0.004 27 R 0.148 0.500 0.059 0.001 0.270 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.013 28 V 0.006 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.555 0.409 0.016 0.005 29 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.939 0.049 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.919 0.060 0.016 0.001 31 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.047 0.010 0.001 32 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.079 0.006 0.001 33 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.945 0.037 0.003 0.001 34 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.922 0.041 0.023 0.001 35 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.854 0.100 0.024 0.001 36 R 0.004 0.012 0.004 0.001 0.003 0.002 0.019 0.748 0.185 0.017 0.004 37 K 0.002 0.007 0.005 0.002 0.005 0.005 0.071 0.658 0.199 0.043 0.002 38 A 0.003 0.644 0.229 0.008 0.057 0.005 0.015 0.023 0.008 0.006 0.002 39 G 0.050 0.010 0.005 0.004 0.013 0.002 0.004 0.016 0.025 0.571 0.299 40 W 0.191 0.193 0.039 0.007 0.321 0.006 0.010 0.051 0.061 0.051 0.069 41 S 0.031 0.100 0.042 0.034 0.098 0.065 0.083 0.258 0.190 0.069 0.030 42 W 0.120 0.150 0.050 0.009 0.138 0.007 0.022 0.089 0.119 0.218 0.079 43 V 0.210 0.188 0.047 0.011 0.278 0.007 0.014 0.062 0.057 0.058 0.067 44 E 0.016 0.332 0.264 0.036 0.055 0.017 0.018 0.089 0.072 0.086 0.015 45 E 0.026 0.028 0.007 0.007 0.035 0.006 0.020 0.511 0.307 0.031 0.022 46 W 0.016 0.038 0.011 0.005 0.033 0.019 0.040 0.519 0.230 0.074 0.016 47 H 0.021 0.025 0.005 0.001 0.037 0.001 0.012 0.368 0.215 0.305 0.009 48 I 0.504 0.013 0.002 0.001 0.141 0.001 0.002 0.141 0.055 0.052 0.088 49 V 0.018 0.030 0.008 0.061 0.058 0.124 0.192 0.381 0.094 0.025 0.010 50 G 0.199 0.113 0.027 0.007 0.414 0.005 0.019 0.159 0.024 0.014 0.019 51 V 0.213 0.065 0.014 0.006 0.336 0.011 0.037 0.226 0.049 0.014 0.028 52 A 0.244 0.081 0.013 0.004 0.309 0.008 0.012 0.102 0.028 0.114 0.085 53 L 0.089 0.323 0.038 0.004 0.306 0.009 0.024 0.087 0.020 0.059 0.041 54 H 0.089 0.069 0.029 0.017 0.255 0.045 0.076 0.040 0.036 0.263 0.079 55 D 0.323 0.065 0.153 0.007 0.312 0.002 0.007 0.026 0.024 0.015 0.067 56 P 0.006 0.012 0.011 0.003 0.009 0.005 0.035 0.503 0.363 0.049 0.004 57 K 0.009 0.578 0.126 0.025 0.060 0.013 0.072 0.032 0.025 0.053 0.007 58 G 0.057 0.019 0.019 0.045 0.028 0.026 0.014 0.015 0.026 0.395 0.356 59 R 0.191 0.099 0.045 0.010 0.274 0.019 0.061 0.062 0.069 0.087 0.082 60 Y 0.258 0.149 0.023 0.002 0.492 0.003 0.002 0.005 0.007 0.015 0.045 61 E 0.143 0.260 0.026 0.001 0.542 0.001 0.002 0.005 0.003 0.006 0.012 62 L 0.572 0.055 0.016 0.005 0.233 0.004 0.004 0.010 0.006 0.012 0.083 63 R 0.013 0.015 0.084 0.521 0.016 0.261 0.045 0.024 0.010 0.005 0.005 64 N 0.002 0.016 0.020 0.532 0.003 0.134 0.166 0.091 0.019 0.014 0.004 65 G 0.007 0.023 0.030 0.089 0.008 0.014 0.003 0.017 0.040 0.709 0.060 66 E 0.031 0.438 0.106 0.011 0.317 0.009 0.008 0.027 0.026 0.023 0.003 67 I 0.461 0.040 0.004 0.001 0.432 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.054 68 R 0.278 0.101 0.022 0.026 0.420 0.017 0.018 0.005 0.003 0.018 0.093 69 A 0.313 0.130 0.044 0.011 0.371 0.005 0.002 0.005 0.005 0.034 0.081 70 R 0.171 0.113 0.052 0.042 0.221 0.089 0.095 0.054 0.032 0.069 0.061 71 Y 0.139 0.188 0.156 0.061 0.218 0.028 0.034 0.017 0.018 0.067 0.073 72 G 0.155 0.110 0.062 0.078 0.188 0.045 0.016 0.015 0.027 0.139 0.164 73 H 0.188 0.192 0.067 0.021 0.377 0.007 0.010 0.012 0.020 0.048 0.057 74 S 0.313 0.078 0.027 0.012 0.252 0.016 0.020 0.020 0.038 0.092 0.133 75 I 0.042 0.406 0.203 0.029 0.260 0.011 0.013 0.011 0.010 0.009 0.005 76 P 0.506 0.037 0.008 0.001 0.329 0.001 0.006 0.005 0.004 0.011 0.091 77 V 0.158 0.262 0.033 0.004 0.463 0.008 0.006 0.011 0.012 0.014 0.028 78 N 0.301 0.092 0.019 0.001 0.523 0.001 0.003 0.006 0.004 0.010 0.039 79 V 0.195 0.190 0.048 0.021 0.283 0.022 0.025 0.058 0.050 0.060 0.049 80 E 0.049 0.383 0.253 0.029 0.204 0.013 0.021 0.023 0.008 0.007 0.008 81 P 0.094 0.271 0.143 0.031 0.213 0.017 0.024 0.056 0.033 0.063 0.056 82 L 0.010 0.391 0.448 0.027 0.088 0.007 0.006 0.013 0.005 0.003 0.002 83 P 0.041 0.229 0.143 0.051 0.135 0.068 0.150 0.121 0.031 0.015 0.017 84 G 0.039 0.095 0.172 0.101 0.063 0.051 0.034 0.043 0.057 0.283 0.062 85 E 0.024 0.291 0.504 0.020 0.111 0.007 0.017 0.013 0.004 0.004 0.005 86 P 0.015 0.462 0.400 0.014 0.075 0.004 0.007 0.008 0.003 0.005 0.006 87 P 0.048 0.456 0.161 0.015 0.245 0.007 0.008 0.017 0.016 0.010 0.018 88 P 0.088 0.035 0.009 0.014 0.132 0.098 0.179 0.176 0.161 0.070 0.040 89 I 0.114 0.189 0.025 0.004 0.609 0.005 0.009 0.012 0.008 0.014 0.011 90 L 0.285 0.056 0.003 0.001 0.609 0.003 0.004 0.004 0.001 0.005 0.027 91 Y 0.344 0.032 0.007 0.007 0.395 0.006 0.008 0.006 0.003 0.034 0.157 92 H 0.093 0.118 0.074 0.074 0.178 0.037 0.031 0.036 0.029 0.199 0.131 93 G 0.061 0.137 0.110 0.080 0.101 0.038 0.041 0.042 0.056 0.245 0.090 94 T 0.068 0.244 0.132 0.026 0.167 0.013 0.033 0.099 0.090 0.082 0.046 95 T 0.028 0.203 0.106 0.016 0.067 0.011 0.016 0.212 0.213 0.106 0.023 96 E 0.010 0.027 0.014 0.006 0.019 0.022 0.040 0.418 0.385 0.047 0.012 97 E 0.009 0.027 0.017 0.007 0.015 0.010 0.038 0.627 0.184 0.057 0.009 98 A 0.005 0.027 0.012 0.002 0.007 0.002 0.008 0.443 0.160 0.327 0.007 99 L 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.879 0.099 0.003 0.002 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.959 0.033 0.001 0.001 101 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.022 0.003 0.001 102 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.032 0.002 0.001 103 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.844 0.138 0.006 0.001 104 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.106 0.823 0.053 0.009 0.001 105 R 0.001 0.441 0.473 0.019 0.019 0.005 0.013 0.017 0.005 0.007 0.001 106 G 0.029 0.004 0.006 0.037 0.003 0.018 0.024 0.116 0.034 0.504 0.224 107 I 0.121 0.211 0.032 0.028 0.159 0.058 0.066 0.117 0.068 0.080 0.061 108 M 0.016 0.228 0.338 0.161 0.087 0.037 0.012 0.064 0.032 0.014 0.012 109 R 0.044 0.067 0.041 0.047 0.050 0.090 0.255 0.274 0.095 0.022 0.016 110 G 0.052 0.092 0.060 0.032 0.077 0.016 0.033 0.084 0.140 0.348 0.067 111 R 0.075 0.142 0.031 0.008 0.124 0.016 0.053 0.130 0.155 0.229 0.038 112 R 0.259 0.104 0.026 0.009 0.317 0.008 0.011 0.033 0.040 0.070 0.121 113 L 0.057 0.055 0.018 0.072 0.126 0.169 0.228 0.118 0.072 0.060 0.025 114 K 0.206 0.129 0.018 0.003 0.582 0.002 0.004 0.009 0.006 0.019 0.022 115 V 0.263 0.080 0.005 0.002 0.601 0.002 0.002 0.004 0.002 0.004 0.036 116 H 0.301 0.051 0.009 0.002 0.527 0.002 0.004 0.005 0.002 0.011 0.087 117 L 0.218 0.154 0.039 0.006 0.273 0.003 0.006 0.018 0.018 0.113 0.152 118 T 0.147 0.273 0.102 0.017 0.298 0.008 0.014 0.024 0.019 0.050 0.049 119 S 0.033 0.075 0.032 0.022 0.072 0.064 0.106 0.242 0.239 0.088 0.027 120 S 0.144 0.165 0.114 0.012 0.198 0.008 0.020 0.080 0.060 0.123 0.076 121 L 0.074 0.082 0.032 0.012 0.099 0.009 0.013 0.270 0.241 0.134 0.034 122 E 0.027 0.065 0.024 0.018 0.055 0.044 0.089 0.420 0.202 0.041 0.016 123 D 0.044 0.060 0.028 0.019 0.065 0.012 0.040 0.307 0.195 0.185 0.044 124 A 0.066 0.067 0.031 0.009 0.113 0.016 0.058 0.353 0.141 0.117 0.029 125 V 0.101 0.147 0.046 0.015 0.153 0.016 0.035 0.199 0.124 0.110 0.054 126 S 0.096 0.147 0.078 0.025 0.167 0.025 0.064 0.188 0.090 0.078 0.042