# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6155 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.258 0.225 0.185 0.153 0.098 0.064 0.017 2 S 0.120 0.163 0.176 0.205 0.176 0.118 0.042 3 K 0.061 0.141 0.204 0.238 0.196 0.121 0.038 4 T 0.033 0.070 0.102 0.190 0.260 0.260 0.086 5 L 0.006 0.012 0.027 0.068 0.162 0.389 0.336 6 A 0.004 0.012 0.021 0.049 0.113 0.358 0.444 7 G 0.003 0.009 0.037 0.107 0.209 0.328 0.308 8 I 0.002 0.006 0.015 0.044 0.142 0.437 0.354 9 L 0.001 0.002 0.004 0.014 0.078 0.452 0.449 10 R 0.002 0.015 0.037 0.118 0.263 0.425 0.141 11 H 0.003 0.013 0.043 0.157 0.370 0.346 0.069 12 H 0.022 0.138 0.249 0.293 0.202 0.088 0.008 13 P 0.129 0.239 0.234 0.226 0.130 0.040 0.003 14 G 0.212 0.319 0.268 0.144 0.047 0.010 0.001 15 R 0.324 0.338 0.208 0.095 0.029 0.005 0.001 16 Y 0.099 0.170 0.252 0.271 0.163 0.043 0.002 17 G 0.081 0.272 0.317 0.210 0.090 0.027 0.003 18 V 0.010 0.025 0.072 0.213 0.392 0.269 0.020 19 R 0.052 0.278 0.323 0.233 0.087 0.024 0.002 20 L 0.019 0.048 0.111 0.283 0.368 0.162 0.008 21 T 0.149 0.276 0.292 0.192 0.073 0.015 0.001 22 R 0.394 0.376 0.161 0.054 0.012 0.002 0.001 23 E 0.239 0.351 0.247 0.118 0.036 0.007 0.001 24 G 0.031 0.121 0.206 0.279 0.248 0.108 0.007 25 W 0.010 0.078 0.185 0.300 0.266 0.145 0.016 26 A 0.005 0.027 0.072 0.166 0.336 0.336 0.057 27 R 0.003 0.049 0.184 0.320 0.280 0.145 0.019 28 V 0.001 0.002 0.008 0.053 0.276 0.559 0.101 29 S 0.021 0.208 0.390 0.275 0.085 0.019 0.001 30 E 0.026 0.305 0.410 0.207 0.045 0.006 0.001 31 V 0.002 0.005 0.025 0.158 0.429 0.357 0.023 32 V 0.004 0.024 0.098 0.321 0.422 0.126 0.005 33 E 0.147 0.513 0.249 0.073 0.015 0.003 0.001 34 G 0.038 0.188 0.354 0.313 0.092 0.015 0.001 35 L 0.017 0.046 0.122 0.288 0.356 0.161 0.010 36 R 0.188 0.348 0.256 0.150 0.048 0.009 0.001 37 K 0.532 0.292 0.108 0.048 0.016 0.003 0.001 38 A 0.350 0.274 0.209 0.117 0.041 0.009 0.001 39 G 0.501 0.283 0.129 0.063 0.019 0.005 0.001 40 W 0.231 0.207 0.236 0.206 0.098 0.021 0.001 41 S 0.490 0.314 0.124 0.052 0.016 0.004 0.001 42 W 0.124 0.192 0.220 0.244 0.151 0.064 0.006 43 V 0.022 0.039 0.086 0.232 0.358 0.237 0.025 44 E 0.093 0.267 0.293 0.197 0.101 0.042 0.008 45 E 0.098 0.248 0.272 0.229 0.111 0.037 0.005 46 W 0.105 0.271 0.275 0.194 0.107 0.043 0.006 47 H 0.014 0.079 0.220 0.331 0.254 0.096 0.006 48 I 0.007 0.009 0.022 0.110 0.339 0.456 0.058 49 V 0.042 0.168 0.268 0.296 0.166 0.056 0.004 50 G 0.048 0.157 0.253 0.266 0.177 0.092 0.007 51 V 0.023 0.030 0.054 0.152 0.319 0.372 0.050 52 A 0.018 0.047 0.117 0.261 0.342 0.198 0.018 53 L 0.117 0.255 0.267 0.212 0.111 0.035 0.004 54 H 0.282 0.368 0.226 0.094 0.024 0.005 0.001 55 D 0.428 0.304 0.167 0.074 0.022 0.005 0.001 56 P 0.658 0.229 0.066 0.031 0.013 0.003 0.001 57 K 0.183 0.228 0.287 0.204 0.085 0.013 0.001 58 G 0.420 0.348 0.150 0.058 0.018 0.005 0.001 59 R 0.127 0.257 0.292 0.230 0.078 0.016 0.001 60 Y 0.019 0.048 0.102 0.274 0.407 0.143 0.007 61 E 0.085 0.324 0.355 0.181 0.046 0.007 0.001 62 L 0.082 0.180 0.236 0.289 0.172 0.040 0.002 63 R 0.564 0.311 0.095 0.025 0.004 0.001 0.001 64 N 0.767 0.148 0.050 0.026 0.007 0.001 0.001 65 G 0.665 0.230 0.084 0.018 0.003 0.001 0.001 66 E 0.227 0.355 0.255 0.128 0.029 0.004 0.001 67 I 0.057 0.068 0.094 0.213 0.333 0.219 0.016 68 R 0.035 0.146 0.294 0.292 0.172 0.052 0.008 69 A 0.062 0.079 0.110 0.228 0.228 0.229 0.063 70 R 0.041 0.099 0.147 0.200 0.207 0.223 0.082 71 Y 0.063 0.100 0.126 0.175 0.197 0.221 0.117 72 G 0.151 0.149 0.158 0.168 0.150 0.145 0.079 73 H 0.111 0.117 0.118 0.151 0.193 0.237 0.073 74 S 0.118 0.127 0.164 0.210 0.205 0.138 0.038 75 I 0.082 0.121 0.158 0.224 0.249 0.146 0.020 76 P 0.248 0.313 0.239 0.131 0.051 0.014 0.003 77 V 0.075 0.103 0.170 0.291 0.261 0.095 0.005 78 N 0.342 0.368 0.182 0.073 0.027 0.008 0.001 79 V 0.121 0.162 0.225 0.280 0.167 0.043 0.003 80 E 0.332 0.314 0.196 0.107 0.041 0.010 0.001 81 P 0.242 0.293 0.241 0.158 0.055 0.010 0.001 82 L 0.352 0.265 0.191 0.127 0.052 0.012 0.001 83 P 0.521 0.278 0.124 0.055 0.017 0.003 0.001 84 G 0.490 0.249 0.146 0.082 0.027 0.005 0.001 85 E 0.441 0.324 0.144 0.066 0.020 0.005 0.001 86 P 0.191 0.271 0.253 0.200 0.074 0.011 0.001 87 P 0.254 0.290 0.239 0.152 0.055 0.009 0.001 88 P 0.369 0.392 0.164 0.056 0.015 0.003 0.001 89 I 0.031 0.091 0.240 0.348 0.214 0.071 0.006 90 L 0.008 0.017 0.032 0.090 0.264 0.495 0.093 91 Y 0.009 0.035 0.084 0.204 0.291 0.276 0.101 92 H 0.010 0.031 0.047 0.091 0.176 0.398 0.247 93 G 0.011 0.037 0.064 0.133 0.230 0.340 0.183 94 T 0.008 0.022 0.053 0.152 0.266 0.352 0.148 95 T 0.031 0.093 0.162 0.251 0.260 0.167 0.036 96 E 0.183 0.323 0.262 0.157 0.059 0.015 0.002 97 E 0.197 0.363 0.270 0.119 0.040 0.010 0.002 98 A 0.060 0.173 0.230 0.243 0.192 0.094 0.008 99 L 0.011 0.024 0.075 0.240 0.404 0.231 0.015 100 P 0.157 0.413 0.280 0.115 0.029 0.007 0.001 101 L 0.035 0.146 0.307 0.330 0.144 0.035 0.002 102 I 0.006 0.009 0.023 0.127 0.402 0.406 0.027 103 M 0.038 0.129 0.274 0.321 0.187 0.047 0.003 104 E 0.354 0.414 0.157 0.056 0.016 0.004 0.001 105 R 0.289 0.347 0.231 0.102 0.026 0.005 0.001 106 G 0.118 0.182 0.227 0.254 0.159 0.057 0.003 107 I 0.136 0.110 0.140 0.246 0.244 0.115 0.009 108 M 0.314 0.330 0.203 0.106 0.037 0.010 0.001 109 R 0.337 0.332 0.195 0.097 0.030 0.008 0.001 110 G 0.209 0.176 0.206 0.222 0.143 0.040 0.004 111 R 0.562 0.287 0.108 0.031 0.009 0.002 0.001 112 R 0.236 0.221 0.218 0.201 0.098 0.024 0.002 113 L 0.163 0.206 0.215 0.196 0.140 0.072 0.009 114 K 0.130 0.173 0.196 0.223 0.168 0.093 0.017 115 V 0.048 0.062 0.100 0.196 0.256 0.271 0.067 116 H 0.067 0.097 0.118 0.191 0.233 0.230 0.065 117 L 0.082 0.077 0.098 0.190 0.250 0.250 0.054 118 T 0.228 0.170 0.160 0.184 0.150 0.091 0.017 119 S 0.349 0.276 0.186 0.121 0.051 0.015 0.002 120 S 0.512 0.293 0.124 0.051 0.016 0.004 0.001 121 L 0.431 0.244 0.166 0.111 0.040 0.008 0.001 122 E 0.632 0.229 0.089 0.037 0.011 0.002 0.001 123 D 0.776 0.163 0.044 0.014 0.003 0.001 0.001 124 A 0.731 0.171 0.064 0.026 0.007 0.001 0.001 125 V 0.672 0.200 0.086 0.034 0.007 0.001 0.001 126 S 0.821 0.129 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001