# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.001 0.031 0.715 0.010 0.062 0.006 0.001 0.001 0.039 0.046 0.052 0.005 0.032 2 L 0.001 0.056 0.651 0.008 0.030 0.003 0.001 0.001 0.072 0.085 0.058 0.011 0.023 3 T 0.001 0.032 0.657 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.023 0.221 0.016 0.012 0.027 4 S 0.001 0.024 0.314 0.001 0.008 0.039 0.001 0.001 0.008 0.487 0.089 0.013 0.014 5 S 0.001 0.022 0.613 0.001 0.004 0.096 0.001 0.001 0.004 0.201 0.029 0.001 0.030 6 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.014 0.938 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.024 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.001 0.001 8 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.035 0.927 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.001 0.001 9 A 0.001 0.003 0.013 0.001 0.016 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.005 10 V 0.006 0.004 0.013 0.004 0.017 0.905 0.001 0.001 0.001 0.010 0.028 0.008 0.005 11 S 0.018 0.002 0.020 0.003 0.024 0.822 0.001 0.001 0.001 0.017 0.076 0.004 0.013 12 T 0.025 0.003 0.050 0.003 0.019 0.746 0.001 0.001 0.001 0.030 0.084 0.011 0.026 13 G 0.023 0.007 0.133 0.008 0.033 0.462 0.002 0.001 0.002 0.087 0.136 0.071 0.037 14 R 0.022 0.008 0.228 0.006 0.044 0.351 0.002 0.001 0.003 0.097 0.107 0.052 0.079 15 R 0.044 0.048 0.207 0.004 0.039 0.202 0.003 0.001 0.005 0.101 0.162 0.067 0.120 16 H 0.047 0.031 0.289 0.013 0.023 0.102 0.002 0.001 0.004 0.105 0.238 0.049 0.097 17 G 0.012 0.015 0.314 0.007 0.012 0.021 0.001 0.001 0.001 0.242 0.272 0.041 0.061 18 N 0.001 0.005 0.215 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.475 0.247 0.006 0.024 19 L 0.001 0.001 0.259 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.590 0.062 0.057 0.006 20 V 0.031 0.011 0.492 0.005 0.001 0.002 0.011 0.002 0.039 0.093 0.008 0.011 0.295 21 A 0.183 0.006 0.066 0.002 0.001 0.001 0.137 0.036 0.108 0.004 0.001 0.427 0.030 22 V 0.328 0.002 0.016 0.011 0.001 0.001 0.288 0.055 0.056 0.003 0.001 0.005 0.235 23 L 0.393 0.001 0.015 0.006 0.001 0.001 0.328 0.068 0.042 0.001 0.001 0.134 0.011 24 L 0.383 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.326 0.030 0.069 0.004 0.001 0.016 0.153 25 V 0.141 0.020 0.169 0.002 0.001 0.004 0.107 0.011 0.108 0.022 0.002 0.300 0.113 26 D 0.007 0.009 0.388 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.066 0.060 0.002 0.002 0.450 27 V 0.001 0.002 0.025 0.001 0.010 0.900 0.001 0.001 0.001 0.024 0.034 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 29 C 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 31 R 0.001 0.002 0.002 0.001 0.010 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.812 0.001 0.001 0.001 0.007 0.163 0.001 0.001 33 R 0.001 0.001 0.019 0.002 0.008 0.166 0.001 0.001 0.001 0.029 0.772 0.001 0.001 34 G 0.001 0.001 0.125 0.010 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.099 0.745 0.001 0.002 35 L 0.001 0.003 0.815 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.007 0.099 0.005 0.016 0.045 36 K 0.001 0.010 0.341 0.014 0.007 0.004 0.003 0.001 0.183 0.070 0.004 0.233 0.130 37 V 0.005 0.020 0.090 0.060 0.004 0.005 0.035 0.007 0.169 0.008 0.001 0.051 0.545 38 E 0.015 0.007 0.065 0.103 0.002 0.004 0.061 0.007 0.111 0.002 0.002 0.514 0.106 39 R 0.023 0.005 0.063 0.025 0.001 0.002 0.077 0.007 0.047 0.010 0.005 0.031 0.704 40 M 0.011 0.021 0.176 0.063 0.005 0.008 0.047 0.006 0.044 0.063 0.054 0.384 0.117 41 S 0.001 0.004 0.095 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.249 0.585 0.015 0.017 42 K 0.001 0.001 0.076 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.621 0.002 0.003 43 T 0.041 0.002 0.136 0.013 0.006 0.001 0.031 0.001 0.008 0.382 0.123 0.144 0.112 44 V 0.375 0.004 0.047 0.002 0.001 0.001 0.171 0.010 0.034 0.011 0.002 0.049 0.294 45 Y 0.481 0.005 0.012 0.004 0.001 0.001 0.239 0.010 0.032 0.003 0.001 0.179 0.034 46 T 0.242 0.006 0.077 0.008 0.002 0.001 0.152 0.009 0.105 0.005 0.002 0.041 0.350 47 V 0.065 0.007 0.386 0.208 0.004 0.002 0.020 0.001 0.075 0.043 0.011 0.050 0.127 48 D 0.011 0.012 0.298 0.020 0.027 0.016 0.003 0.001 0.023 0.328 0.119 0.098 0.046 49 W 0.002 0.020 0.304 0.024 0.056 0.025 0.001 0.001 0.012 0.357 0.115 0.003 0.080 50 V 0.001 0.024 0.593 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.007 0.264 0.005 0.082 0.009 51 P 0.001 0.017 0.868 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.003 0.040 0.003 0.001 0.056 52 P 0.001 0.001 0.010 0.001 0.103 0.758 0.001 0.001 0.001 0.011 0.116 0.001 0.001 53 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.135 0.727 0.001 0.001 0.001 0.010 0.122 0.001 0.001 54 C 0.001 0.001 0.008 0.001 0.161 0.797 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 55 I 0.001 0.001 0.016 0.001 0.039 0.911 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.001 0.006 56 A 0.005 0.004 0.017 0.002 0.027 0.872 0.001 0.001 0.001 0.008 0.043 0.014 0.006 57 E 0.012 0.002 0.024 0.001 0.018 0.815 0.001 0.001 0.001 0.010 0.098 0.004 0.016 58 V 0.025 0.009 0.091 0.006 0.012 0.696 0.001 0.001 0.002 0.043 0.049 0.013 0.052 59 R 0.007 0.012 0.200 0.005 0.012 0.458 0.002 0.001 0.004 0.062 0.035 0.157 0.045 60 R 0.004 0.010 0.206 0.005 0.026 0.430 0.001 0.001 0.002 0.066 0.078 0.007 0.166 61 E 0.001 0.008 0.284 0.008 0.040 0.408 0.001 0.001 0.002 0.112 0.033 0.088 0.016 62 S 0.003 0.022 0.264 0.003 0.057 0.293 0.001 0.001 0.007 0.056 0.104 0.012 0.179 63 L 0.004 0.007 0.163 0.009 0.085 0.244 0.001 0.001 0.004 0.106 0.344 0.016 0.016 64 G 0.006 0.007 0.212 0.005 0.052 0.126 0.001 0.001 0.007 0.202 0.325 0.028 0.029 65 R 0.010 0.015 0.431 0.002 0.038 0.098 0.002 0.001 0.003 0.196 0.109 0.028 0.068 66 S 0.005 0.044 0.618 0.001 0.014 0.086 0.001 0.001 0.011 0.062 0.061 0.029 0.067 67 L 0.001 0.003 0.952 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.003 0.009