# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.3702 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.009 0.022 0.020 0.059 0.094 0.137 0.224 0.171 0.141 0.083 0.039 2 L 0.008 0.008 0.007 0.014 0.018 0.028 0.080 0.117 0.180 0.259 0.281 3 T 0.030 0.063 0.063 0.127 0.133 0.123 0.187 0.106 0.089 0.047 0.032 4 S 0.222 0.143 0.102 0.162 0.127 0.086 0.080 0.040 0.022 0.011 0.005 5 S 0.147 0.418 0.069 0.153 0.081 0.052 0.042 0.017 0.010 0.007 0.005 6 L 0.016 0.024 0.021 0.083 0.148 0.209 0.234 0.113 0.084 0.044 0.023 7 E 0.583 0.147 0.090 0.086 0.042 0.023 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 8 D 0.024 0.087 0.162 0.386 0.189 0.092 0.044 0.011 0.003 0.001 0.001 9 A 0.004 0.003 0.004 0.007 0.010 0.022 0.083 0.147 0.227 0.279 0.215 10 V 0.004 0.007 0.022 0.119 0.209 0.259 0.210 0.087 0.052 0.022 0.009 11 S 0.016 0.071 0.460 0.187 0.103 0.079 0.052 0.017 0.009 0.004 0.002 12 T 0.003 0.015 0.017 0.066 0.081 0.122 0.245 0.183 0.126 0.096 0.046 13 G 0.037 0.013 0.011 0.018 0.022 0.035 0.116 0.160 0.207 0.213 0.168 14 R 0.049 0.105 0.095 0.301 0.211 0.114 0.072 0.028 0.014 0.007 0.004 15 R 0.017 0.042 0.094 0.125 0.121 0.139 0.159 0.107 0.100 0.058 0.037 16 H 0.018 0.035 0.020 0.089 0.112 0.175 0.251 0.134 0.089 0.048 0.028 17 G 0.414 0.178 0.057 0.107 0.062 0.051 0.058 0.030 0.022 0.013 0.008 18 N 0.304 0.197 0.104 0.179 0.104 0.057 0.032 0.012 0.007 0.003 0.002 19 L 0.009 0.045 0.027 0.172 0.203 0.191 0.196 0.082 0.043 0.022 0.010 20 V 0.001 0.003 0.004 0.017 0.038 0.076 0.163 0.203 0.225 0.168 0.104 21 A 0.001 0.002 0.004 0.017 0.039 0.077 0.251 0.238 0.175 0.121 0.075 22 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 0.029 0.092 0.187 0.236 0.251 0.180 23 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.055 0.139 0.244 0.311 0.238 24 L 0.004 0.010 0.016 0.056 0.060 0.071 0.160 0.169 0.182 0.153 0.119 25 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.009 0.054 0.119 0.252 0.307 0.247 26 D 0.005 0.102 0.047 0.305 0.226 0.131 0.110 0.042 0.020 0.008 0.003 27 V 0.001 0.002 0.002 0.009 0.022 0.045 0.139 0.160 0.253 0.209 0.158 28 E 0.324 0.131 0.107 0.211 0.126 0.058 0.029 0.007 0.004 0.001 0.001 29 C 0.009 0.039 0.016 0.175 0.189 0.213 0.217 0.085 0.040 0.013 0.004 30 L 0.003 0.002 0.007 0.007 0.006 0.009 0.029 0.076 0.192 0.310 0.358 31 R 0.002 0.005 0.013 0.074 0.149 0.244 0.284 0.127 0.059 0.026 0.017 32 R 0.014 0.049 0.591 0.201 0.087 0.033 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 33 R 0.021 0.026 0.019 0.091 0.138 0.243 0.295 0.101 0.040 0.020 0.006 34 G 0.454 0.184 0.059 0.119 0.053 0.034 0.036 0.023 0.018 0.011 0.008 35 L 0.003 0.008 0.007 0.023 0.039 0.081 0.169 0.169 0.197 0.174 0.130 36 K 0.050 0.182 0.143 0.349 0.163 0.072 0.030 0.006 0.003 0.001 0.001 37 V 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.041 0.084 0.201 0.259 0.393 38 E 0.025 0.051 0.052 0.216 0.188 0.173 0.162 0.064 0.039 0.018 0.013 39 R 0.011 0.042 0.027 0.107 0.125 0.151 0.198 0.130 0.111 0.062 0.036 40 M 0.007 0.015 0.025 0.055 0.057 0.096 0.155 0.131 0.160 0.138 0.160 41 S 0.281 0.182 0.084 0.207 0.136 0.052 0.035 0.013 0.007 0.003 0.002 42 K 0.188 0.182 0.084 0.215 0.119 0.083 0.071 0.032 0.017 0.007 0.002 43 T 0.075 0.154 0.094 0.293 0.212 0.117 0.040 0.009 0.004 0.002 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.051 0.127 0.227 0.277 0.298 45 Y 0.001 0.003 0.004 0.036 0.107 0.201 0.319 0.176 0.094 0.039 0.020 46 T 0.001 0.006 0.005 0.013 0.015 0.023 0.088 0.140 0.232 0.227 0.250 47 V 0.002 0.001 0.001 0.006 0.014 0.029 0.110 0.170 0.231 0.229 0.209 48 D 0.232 0.167 0.056 0.265 0.152 0.061 0.038 0.015 0.008 0.003 0.002 49 W 0.034 0.106 0.038 0.205 0.182 0.148 0.161 0.065 0.036 0.016 0.006 50 V 0.003 0.007 0.003 0.019 0.029 0.047 0.106 0.161 0.206 0.208 0.212 51 P 0.042 0.209 0.036 0.169 0.187 0.145 0.126 0.041 0.026 0.012 0.007 52 P 0.072 0.044 0.028 0.109 0.117 0.128 0.185 0.123 0.103 0.057 0.034 53 E 0.395 0.206 0.060 0.197 0.085 0.035 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 54 C 0.003 0.017 0.016 0.066 0.076 0.116 0.226 0.195 0.156 0.087 0.041 55 I 0.002 0.003 0.007 0.026 0.047 0.079 0.149 0.170 0.201 0.180 0.137 56 A 0.030 0.064 0.241 0.217 0.171 0.132 0.099 0.026 0.013 0.004 0.002 57 E 0.022 0.074 0.150 0.313 0.200 0.119 0.084 0.025 0.009 0.003 0.001 58 V 0.004 0.004 0.006 0.008 0.015 0.031 0.120 0.171 0.236 0.231 0.175 59 R 0.070 0.192 0.173 0.279 0.151 0.074 0.040 0.012 0.005 0.003 0.002 60 R 0.071 0.122 0.251 0.190 0.163 0.098 0.067 0.021 0.011 0.004 0.001 61 E 0.219 0.143 0.121 0.163 0.109 0.090 0.084 0.034 0.018 0.010 0.007 62 S 0.299 0.212 0.124 0.136 0.083 0.053 0.052 0.020 0.012 0.006 0.003 63 L 0.062 0.066 0.045 0.085 0.091 0.114 0.163 0.127 0.108 0.085 0.052 64 G 0.338 0.206 0.110 0.114 0.075 0.055 0.049 0.022 0.016 0.009 0.006 65 R 0.207 0.137 0.152 0.174 0.109 0.081 0.068 0.030 0.021 0.013 0.008 66 S 0.256 0.200 0.084 0.142 0.101 0.068 0.062 0.034 0.026 0.017 0.011 67 L 0.210 0.081 0.044 0.088 0.083 0.089 0.108 0.088 0.088 0.069 0.051