# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.3702 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.145 0.095 0.207 0.114 0.080 0.041 0.226 0.025 0.059 0.007 0.001 2 L 0.233 0.070 0.301 0.277 0.020 0.050 0.027 0.009 0.007 0.003 0.003 3 T 0.048 0.296 0.372 0.028 0.202 0.021 0.003 0.003 0.015 0.011 0.001 4 S 0.610 0.013 0.050 0.302 0.014 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 5 S 0.024 0.262 0.309 0.021 0.263 0.043 0.002 0.001 0.071 0.003 0.001 6 L 0.980 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.989 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 D 0.964 0.001 0.004 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.968 0.002 0.011 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.966 0.008 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 S 0.948 0.019 0.010 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 T 0.663 0.040 0.010 0.279 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 G 0.461 0.048 0.120 0.040 0.089 0.009 0.067 0.112 0.013 0.040 0.001 14 R 0.549 0.186 0.141 0.048 0.038 0.025 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 15 R 0.453 0.215 0.175 0.093 0.017 0.024 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 16 H 0.183 0.132 0.163 0.379 0.026 0.020 0.029 0.003 0.064 0.003 0.001 17 G 0.058 0.011 0.044 0.019 0.070 0.003 0.096 0.351 0.002 0.347 0.001 18 N 0.125 0.086 0.147 0.460 0.043 0.041 0.066 0.009 0.016 0.006 0.002 19 L 0.013 0.432 0.420 0.024 0.063 0.019 0.010 0.002 0.016 0.001 0.001 20 V 0.005 0.392 0.555 0.003 0.008 0.024 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 21 A 0.002 0.729 0.227 0.001 0.019 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 22 V 0.001 0.837 0.121 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 23 L 0.002 0.696 0.235 0.001 0.006 0.039 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 24 L 0.003 0.570 0.306 0.001 0.012 0.073 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 25 V 0.008 0.698 0.180 0.002 0.040 0.043 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 26 D 0.005 0.057 0.554 0.001 0.005 0.319 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 27 V 0.986 0.001 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 C 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.979 0.003 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.265 0.002 0.008 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.007 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.168 0.801 0.001 0.013 0.001 35 L 0.008 0.243 0.706 0.005 0.013 0.019 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 36 K 0.018 0.298 0.587 0.007 0.009 0.072 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 37 V 0.025 0.754 0.150 0.005 0.030 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 38 E 0.070 0.762 0.067 0.010 0.036 0.026 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 39 R 0.049 0.433 0.392 0.016 0.027 0.060 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 40 M 0.121 0.415 0.223 0.053 0.071 0.033 0.019 0.004 0.056 0.005 0.001 41 S 0.183 0.151 0.225 0.135 0.106 0.032 0.083 0.016 0.024 0.043 0.001 42 K 0.156 0.072 0.080 0.343 0.074 0.011 0.194 0.054 0.007 0.009 0.001 43 T 0.057 0.361 0.239 0.188 0.062 0.039 0.031 0.004 0.016 0.002 0.001 44 V 0.005 0.701 0.241 0.002 0.015 0.016 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 45 Y 0.010 0.743 0.160 0.003 0.015 0.036 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 46 T 0.011 0.346 0.568 0.004 0.005 0.052 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 47 V 0.084 0.561 0.162 0.025 0.066 0.036 0.004 0.001 0.060 0.001 0.001 48 D 0.222 0.210 0.353 0.075 0.038 0.056 0.025 0.004 0.010 0.007 0.001 49 W 0.086 0.291 0.180 0.216 0.092 0.037 0.057 0.009 0.026 0.004 0.001 50 V 0.009 0.610 0.299 0.001 0.018 0.010 0.002 0.001 0.051 0.001 0.001 51 P 0.012 0.005 0.942 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 52 P 0.942 0.001 0.042 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 53 E 0.947 0.006 0.008 0.033 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 54 C 0.892 0.018 0.020 0.057 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 55 I 0.858 0.053 0.052 0.017 0.004 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 56 A 0.935 0.021 0.010 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.787 0.098 0.038 0.045 0.020 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 58 V 0.643 0.145 0.055 0.119 0.007 0.011 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 59 R 0.437 0.200 0.201 0.047 0.026 0.035 0.016 0.002 0.034 0.002 0.001 60 R 0.591 0.108 0.178 0.055 0.017 0.029 0.006 0.003 0.010 0.003 0.001 61 E 0.601 0.110 0.162 0.050 0.040 0.011 0.007 0.002 0.011 0.005 0.001 62 S 0.622 0.053 0.192 0.059 0.021 0.023 0.011 0.003 0.010 0.003 0.003 63 L 0.481 0.066 0.120 0.295 0.013 0.009 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 64 G 0.253 0.016 0.058 0.069 0.053 0.007 0.084 0.298 0.005 0.157 0.001 65 R 0.303 0.216 0.305 0.089 0.033 0.027 0.006 0.002 0.017 0.002 0.001 66 S 0.249 0.168 0.351 0.088 0.027 0.054 0.025 0.005 0.029 0.003 0.002 67 L 0.367 0.163 0.220 0.136 0.029 0.043 0.015 0.003 0.023 0.002 0.001