# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.079 0.205 0.091 0.022 0.214 0.015 0.023 0.081 0.127 0.099 0.045 2 L 0.132 0.105 0.051 0.016 0.180 0.010 0.013 0.035 0.081 0.269 0.109 3 T 0.055 0.422 0.153 0.009 0.269 0.004 0.009 0.026 0.021 0.021 0.012 4 S 0.018 0.128 0.042 0.013 0.057 0.034 0.095 0.313 0.165 0.113 0.023 5 S 0.143 0.330 0.116 0.003 0.289 0.001 0.002 0.051 0.021 0.020 0.024 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.645 0.323 0.020 0.002 7 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.891 0.085 0.007 0.001 8 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.856 0.105 0.028 0.001 9 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.857 0.117 0.010 0.001 10 V 0.004 0.008 0.003 0.001 0.008 0.002 0.029 0.748 0.187 0.008 0.002 11 S 0.008 0.003 0.001 0.001 0.010 0.006 0.105 0.774 0.076 0.015 0.002 12 T 0.039 0.087 0.057 0.047 0.082 0.031 0.095 0.327 0.119 0.098 0.018 13 G 0.066 0.064 0.052 0.045 0.064 0.041 0.038 0.259 0.134 0.180 0.056 14 R 0.049 0.171 0.104 0.017 0.132 0.031 0.058 0.227 0.101 0.085 0.024 15 R 0.090 0.079 0.052 0.041 0.094 0.075 0.160 0.238 0.078 0.056 0.036 16 H 0.056 0.095 0.109 0.174 0.097 0.083 0.069 0.114 0.066 0.099 0.039 17 G 0.022 0.101 0.059 0.197 0.061 0.092 0.093 0.190 0.101 0.073 0.010 18 N 0.015 0.020 0.029 0.071 0.019 0.086 0.188 0.126 0.156 0.267 0.024 19 L 0.019 0.470 0.314 0.019 0.124 0.006 0.012 0.010 0.012 0.009 0.004 20 V 0.202 0.172 0.017 0.001 0.569 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.032 21 A 0.096 0.159 0.009 0.001 0.716 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.011 22 V 0.304 0.031 0.001 0.001 0.630 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.026 23 L 0.135 0.100 0.009 0.003 0.720 0.004 0.004 0.005 0.002 0.003 0.016 24 L 0.476 0.037 0.003 0.001 0.367 0.001 0.001 0.004 0.003 0.014 0.094 25 V 0.055 0.405 0.068 0.019 0.300 0.036 0.023 0.039 0.012 0.017 0.026 26 D 0.304 0.205 0.056 0.003 0.271 0.002 0.001 0.010 0.003 0.011 0.134 27 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.433 0.510 0.037 0.004 28 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.841 0.141 0.004 0.001 29 C 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.910 0.058 0.013 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.920 0.044 0.015 0.001 31 R 0.008 0.003 0.004 0.001 0.003 0.002 0.020 0.700 0.224 0.021 0.014 32 R 0.001 0.009 0.006 0.003 0.002 0.014 0.112 0.766 0.082 0.005 0.001 33 R 0.001 0.664 0.315 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 34 G 0.042 0.006 0.006 0.008 0.009 0.003 0.004 0.004 0.004 0.450 0.464 35 L 0.095 0.438 0.041 0.004 0.370 0.007 0.005 0.008 0.005 0.009 0.017 36 K 0.148 0.156 0.012 0.004 0.643 0.005 0.004 0.004 0.002 0.004 0.018 37 V 0.567 0.036 0.003 0.001 0.359 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.027 38 E 0.106 0.238 0.014 0.002 0.611 0.005 0.004 0.005 0.001 0.002 0.011 39 R 0.372 0.074 0.018 0.004 0.312 0.002 0.001 0.003 0.002 0.014 0.197 40 M 0.023 0.061 0.295 0.378 0.040 0.092 0.037 0.044 0.019 0.007 0.005 41 S 0.001 0.013 0.028 0.209 0.002 0.188 0.260 0.223 0.069 0.006 0.001 42 K 0.007 0.095 0.063 0.223 0.016 0.069 0.089 0.136 0.124 0.155 0.026 43 T 0.060 0.136 0.048 0.034 0.198 0.008 0.016 0.041 0.061 0.239 0.159 44 V 0.089 0.142 0.004 0.001 0.761 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 45 Y 0.321 0.030 0.002 0.001 0.626 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 46 T 0.316 0.109 0.032 0.014 0.391 0.012 0.009 0.007 0.006 0.015 0.088 47 V 0.112 0.197 0.101 0.104 0.131 0.068 0.070 0.041 0.066 0.048 0.063 48 D 0.039 0.115 0.085 0.052 0.085 0.057 0.133 0.076 0.136 0.177 0.046 49 W 0.126 0.176 0.106 0.008 0.233 0.003 0.011 0.019 0.057 0.198 0.062 50 V 0.022 0.468 0.294 0.009 0.183 0.004 0.005 0.006 0.004 0.003 0.003 51 P 0.085 0.489 0.094 0.003 0.266 0.002 0.003 0.010 0.009 0.009 0.028 52 P 0.022 0.017 0.004 0.001 0.080 0.002 0.005 0.240 0.594 0.028 0.007 53 E 0.004 0.005 0.004 0.001 0.006 0.005 0.056 0.656 0.236 0.024 0.003 54 C 0.020 0.017 0.003 0.001 0.030 0.004 0.032 0.399 0.169 0.310 0.014 55 I 0.104 0.033 0.004 0.004 0.094 0.005 0.015 0.383 0.194 0.089 0.076 56 A 0.010 0.043 0.020 0.010 0.046 0.028 0.102 0.509 0.199 0.029 0.004 57 E 0.198 0.037 0.008 0.002 0.172 0.002 0.039 0.205 0.087 0.174 0.077 58 V 0.160 0.278 0.034 0.011 0.346 0.017 0.033 0.034 0.019 0.032 0.035 59 R 0.089 0.421 0.136 0.008 0.286 0.002 0.004 0.011 0.003 0.012 0.027 60 R 0.088 0.138 0.035 0.010 0.226 0.013 0.022 0.186 0.175 0.069 0.038 61 E 0.021 0.200 0.192 0.046 0.063 0.022 0.039 0.247 0.145 0.017 0.009 62 S 0.022 0.015 0.013 0.009 0.022 0.023 0.156 0.505 0.165 0.058 0.013 63 L 0.015 0.336 0.104 0.022 0.076 0.016 0.044 0.241 0.082 0.055 0.010 64 G 0.039 0.028 0.037 0.070 0.034 0.040 0.023 0.163 0.096 0.314 0.157 65 R 0.040 0.209 0.136 0.028 0.097 0.035 0.045 0.220 0.095 0.067 0.028 66 S 0.087 0.206 0.080 0.012 0.166 0.008 0.034 0.240 0.096 0.040 0.031 67 L 0.050 0.071 0.043 0.019 0.085 0.016 0.033 0.256 0.209 0.188 0.029