# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.154 0.149 0.158 0.200 0.180 0.133 0.026 2 L 0.076 0.077 0.128 0.219 0.272 0.199 0.030 3 T 0.152 0.203 0.198 0.208 0.159 0.069 0.011 4 S 0.370 0.307 0.181 0.101 0.030 0.008 0.002 5 S 0.439 0.326 0.129 0.068 0.027 0.008 0.002 6 L 0.147 0.241 0.263 0.214 0.103 0.027 0.004 7 E 0.278 0.322 0.209 0.127 0.049 0.013 0.002 8 D 0.230 0.312 0.251 0.133 0.053 0.017 0.003 9 A 0.054 0.077 0.111 0.209 0.294 0.225 0.030 10 V 0.087 0.214 0.259 0.238 0.138 0.055 0.008 11 S 0.188 0.277 0.210 0.163 0.094 0.054 0.014 12 T 0.103 0.147 0.176 0.232 0.209 0.111 0.022 13 G 0.084 0.098 0.144 0.240 0.246 0.160 0.029 14 R 0.197 0.314 0.241 0.156 0.067 0.022 0.004 15 R 0.202 0.249 0.204 0.192 0.114 0.035 0.003 16 H 0.132 0.189 0.191 0.249 0.171 0.063 0.004 17 G 0.214 0.237 0.205 0.203 0.114 0.025 0.001 18 N 0.338 0.427 0.168 0.054 0.010 0.002 0.001 19 L 0.110 0.339 0.295 0.187 0.058 0.010 0.001 20 V 0.005 0.026 0.079 0.229 0.361 0.276 0.024 21 A 0.001 0.006 0.019 0.080 0.274 0.509 0.111 22 V 0.001 0.001 0.005 0.026 0.103 0.466 0.398 23 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.365 0.592 24 L 0.001 0.009 0.057 0.179 0.239 0.319 0.198 25 V 0.001 0.004 0.011 0.044 0.180 0.513 0.248 26 D 0.003 0.051 0.160 0.326 0.271 0.152 0.037 27 V 0.001 0.007 0.022 0.120 0.341 0.441 0.067 28 E 0.041 0.283 0.270 0.212 0.145 0.046 0.003 29 C 0.020 0.136 0.284 0.348 0.164 0.046 0.002 30 L 0.007 0.032 0.071 0.191 0.401 0.285 0.012 31 R 0.012 0.086 0.202 0.386 0.251 0.060 0.003 32 R 0.185 0.433 0.214 0.111 0.043 0.012 0.001 33 R 0.069 0.230 0.361 0.237 0.082 0.018 0.002 34 G 0.064 0.170 0.177 0.225 0.220 0.129 0.015 35 L 0.013 0.047 0.133 0.272 0.356 0.165 0.015 36 K 0.021 0.091 0.198 0.342 0.245 0.097 0.007 37 V 0.006 0.012 0.024 0.076 0.227 0.538 0.117 38 E 0.014 0.047 0.095 0.221 0.302 0.265 0.057 39 R 0.039 0.122 0.198 0.276 0.239 0.114 0.011 40 M 0.036 0.093 0.163 0.314 0.297 0.090 0.006 41 S 0.240 0.403 0.221 0.102 0.028 0.006 0.001 42 K 0.205 0.424 0.224 0.106 0.033 0.008 0.001 43 T 0.035 0.195 0.317 0.308 0.117 0.028 0.002 44 V 0.006 0.014 0.041 0.153 0.362 0.372 0.053 45 Y 0.007 0.024 0.063 0.149 0.319 0.365 0.073 46 T 0.003 0.006 0.016 0.042 0.127 0.511 0.295 47 V 0.004 0.016 0.045 0.140 0.284 0.375 0.137 48 D 0.018 0.077 0.142 0.211 0.239 0.237 0.077 49 W 0.037 0.110 0.174 0.239 0.238 0.165 0.037 50 V 0.020 0.073 0.141 0.253 0.286 0.192 0.034 51 P 0.051 0.113 0.145 0.223 0.230 0.200 0.038 52 P 0.115 0.175 0.210 0.234 0.175 0.079 0.012 53 E 0.246 0.380 0.214 0.105 0.040 0.013 0.002 54 C 0.055 0.128 0.187 0.274 0.236 0.110 0.010 55 I 0.033 0.040 0.086 0.232 0.354 0.237 0.018 56 A 0.201 0.353 0.228 0.144 0.056 0.015 0.002 57 E 0.263 0.373 0.241 0.091 0.026 0.005 0.001 58 V 0.134 0.163 0.214 0.278 0.175 0.035 0.001 59 R 0.398 0.336 0.174 0.071 0.017 0.002 0.001 60 R 0.552 0.253 0.122 0.056 0.015 0.002 0.001 61 E 0.662 0.216 0.081 0.031 0.009 0.001 0.001 62 S 0.677 0.208 0.081 0.027 0.006 0.001 0.001 63 L 0.589 0.177 0.104 0.083 0.038 0.009 0.001 64 G 0.672 0.204 0.073 0.033 0.014 0.004 0.001 65 R 0.592 0.215 0.110 0.059 0.018 0.005 0.001 66 S 0.698 0.182 0.069 0.035 0.013 0.004 0.001 67 L 0.660 0.167 0.081 0.056 0.026 0.008 0.001