# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.55178 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.001 0.026 0.608 0.002 0.033 0.029 0.001 0.001 0.011 0.144 0.113 0.007 0.024 2 L 0.001 0.057 0.542 0.002 0.036 0.034 0.001 0.001 0.012 0.174 0.106 0.012 0.021 3 T 0.001 0.031 0.603 0.003 0.028 0.025 0.001 0.001 0.011 0.185 0.090 0.008 0.014 4 S 0.001 0.022 0.361 0.001 0.037 0.050 0.001 0.001 0.005 0.409 0.095 0.011 0.008 5 S 0.001 0.024 0.681 0.001 0.016 0.074 0.001 0.001 0.003 0.151 0.034 0.002 0.015 6 L 0.001 0.002 0.042 0.001 0.082 0.830 0.001 0.001 0.001 0.010 0.031 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 8 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.053 0.918 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 9 A 0.001 0.002 0.014 0.001 0.033 0.924 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.002 10 V 0.001 0.003 0.019 0.001 0.031 0.873 0.001 0.001 0.001 0.009 0.057 0.001 0.002 11 S 0.002 0.005 0.036 0.001 0.032 0.741 0.001 0.001 0.002 0.029 0.144 0.003 0.005 12 T 0.002 0.008 0.128 0.002 0.038 0.535 0.001 0.001 0.003 0.073 0.195 0.005 0.010 13 G 0.001 0.017 0.249 0.002 0.055 0.429 0.001 0.001 0.003 0.113 0.115 0.006 0.010 14 R 0.002 0.015 0.232 0.003 0.118 0.333 0.001 0.001 0.004 0.090 0.163 0.017 0.022 15 R 0.004 0.024 0.126 0.003 0.155 0.263 0.001 0.001 0.005 0.079 0.302 0.006 0.031 16 H 0.002 0.035 0.211 0.006 0.089 0.132 0.001 0.001 0.004 0.196 0.294 0.015 0.013 17 G 0.001 0.006 0.244 0.007 0.048 0.037 0.001 0.001 0.001 0.196 0.445 0.004 0.010 18 N 0.003 0.010 0.212 0.019 0.027 0.011 0.001 0.001 0.002 0.432 0.263 0.008 0.013 19 L 0.004 0.012 0.508 0.006 0.014 0.009 0.002 0.001 0.014 0.316 0.052 0.038 0.026 20 V 0.024 0.007 0.501 0.048 0.005 0.003 0.025 0.007 0.061 0.148 0.017 0.012 0.141 21 A 0.180 0.005 0.079 0.021 0.001 0.002 0.204 0.102 0.155 0.021 0.002 0.199 0.029 22 V 0.250 0.002 0.015 0.001 0.001 0.002 0.281 0.213 0.111 0.002 0.001 0.013 0.108 23 L 0.232 0.001 0.011 0.024 0.001 0.012 0.277 0.300 0.085 0.003 0.001 0.041 0.011 24 L 0.266 0.001 0.024 0.003 0.001 0.011 0.251 0.262 0.109 0.003 0.002 0.019 0.048 25 V 0.104 0.010 0.189 0.002 0.001 0.024 0.092 0.094 0.281 0.024 0.004 0.113 0.063 26 D 0.011 0.008 0.622 0.002 0.003 0.064 0.005 0.005 0.101 0.066 0.008 0.009 0.097 27 V 0.001 0.001 0.056 0.001 0.022 0.859 0.001 0.001 0.004 0.021 0.030 0.001 0.003 28 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 29 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 31 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.022 0.793 0.001 0.001 0.001 0.005 0.170 0.001 0.001 33 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.196 0.001 0.001 0.001 0.018 0.775 0.001 0.001 34 G 0.001 0.001 0.081 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.054 0.830 0.001 0.001 35 L 0.001 0.008 0.873 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.005 0.043 0.010 0.010 0.032 36 K 0.024 0.035 0.247 0.001 0.001 0.024 0.006 0.001 0.029 0.012 0.004 0.512 0.104 37 V 0.067 0.013 0.077 0.006 0.006 0.050 0.020 0.002 0.021 0.006 0.003 0.036 0.693 38 E 0.062 0.002 0.151 0.236 0.021 0.079 0.012 0.001 0.015 0.038 0.027 0.301 0.052 39 R 0.078 0.007 0.075 0.011 0.042 0.043 0.020 0.004 0.029 0.056 0.141 0.058 0.435 40 M 0.023 0.009 0.089 0.019 0.027 0.038 0.009 0.001 0.006 0.068 0.555 0.089 0.067 41 S 0.003 0.003 0.245 0.026 0.010 0.006 0.001 0.001 0.002 0.168 0.503 0.014 0.019 42 K 0.006 0.003 0.322 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.416 0.170 0.038 0.021 43 T 0.032 0.008 0.374 0.005 0.003 0.001 0.017 0.003 0.055 0.108 0.018 0.103 0.274 44 V 0.187 0.005 0.126 0.015 0.001 0.001 0.137 0.029 0.114 0.020 0.001 0.067 0.299 45 Y 0.178 0.005 0.036 0.034 0.001 0.001 0.230 0.082 0.111 0.006 0.001 0.272 0.043 46 T 0.176 0.005 0.027 0.006 0.001 0.001 0.316 0.104 0.122 0.001 0.001 0.040 0.200 47 V 0.116 0.002 0.078 0.097 0.002 0.003 0.192 0.192 0.192 0.005 0.004 0.052 0.065 48 D 0.107 0.002 0.139 0.019 0.006 0.002 0.081 0.079 0.272 0.047 0.023 0.133 0.089 49 W 0.029 0.015 0.331 0.007 0.014 0.003 0.017 0.014 0.165 0.152 0.025 0.031 0.198 50 V 0.007 0.023 0.492 0.008 0.015 0.006 0.002 0.001 0.021 0.300 0.026 0.069 0.028 51 P 0.001 0.007 0.842 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.005 0.083 0.007 0.002 0.037 52 P 0.001 0.001 0.034 0.001 0.387 0.470 0.001 0.001 0.001 0.012 0.094 0.001 0.001 53 E 0.001 0.003 0.014 0.001 0.338 0.559 0.001 0.001 0.001 0.010 0.071 0.002 0.002 54 C 0.001 0.002 0.006 0.001 0.304 0.644 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.001 0.002 55 I 0.001 0.003 0.013 0.001 0.111 0.845 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.001 0.005 56 A 0.001 0.001 0.010 0.008 0.103 0.844 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.003 0.003 57 E 0.002 0.001 0.007 0.001 0.078 0.856 0.001 0.001 0.004 0.009 0.031 0.003 0.007 58 V 0.005 0.004 0.028 0.001 0.029 0.860 0.003 0.002 0.007 0.016 0.020 0.005 0.021 59 R 0.004 0.020 0.079 0.013 0.018 0.692 0.003 0.004 0.020 0.034 0.070 0.027 0.016 60 R 0.007 0.015 0.151 0.013 0.033 0.517 0.003 0.005 0.026 0.088 0.080 0.012 0.051 61 E 0.002 0.008 0.323 0.008 0.032 0.206 0.001 0.001 0.014 0.237 0.126 0.031 0.012 62 S 0.001 0.018 0.425 0.003 0.057 0.126 0.001 0.001 0.010 0.127 0.197 0.004 0.030 63 L 0.001 0.027 0.368 0.003 0.056 0.091 0.001 0.001 0.007 0.227 0.194 0.015 0.010 64 G 0.001 0.016 0.464 0.003 0.050 0.048 0.001 0.001 0.004 0.156 0.225 0.007 0.023 65 R 0.001 0.021 0.574 0.001 0.024 0.032 0.001 0.001 0.003 0.206 0.109 0.013 0.013 66 S 0.001 0.022 0.839 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 0.001 0.063 0.027 0.003 0.018 67 L 0.001 0.009 0.777 0.002 0.036 0.042 0.001 0.001 0.001 0.085 0.038 0.005 0.006