# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.55178 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.065 0.074 0.039 0.106 0.122 0.129 0.163 0.113 0.098 0.060 0.031 2 L 0.035 0.024 0.014 0.034 0.040 0.056 0.116 0.132 0.165 0.204 0.181 3 T 0.085 0.117 0.069 0.157 0.133 0.108 0.142 0.079 0.062 0.031 0.018 4 S 0.261 0.123 0.059 0.113 0.117 0.095 0.103 0.063 0.037 0.020 0.008 5 S 0.182 0.482 0.078 0.129 0.059 0.031 0.020 0.008 0.005 0.004 0.003 6 L 0.049 0.041 0.034 0.110 0.165 0.197 0.195 0.094 0.066 0.035 0.015 7 E 0.651 0.146 0.073 0.072 0.031 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 8 D 0.032 0.107 0.190 0.371 0.171 0.078 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 9 A 0.027 0.014 0.017 0.022 0.025 0.042 0.111 0.156 0.201 0.220 0.166 10 V 0.011 0.015 0.046 0.113 0.178 0.225 0.216 0.096 0.060 0.027 0.012 11 S 0.023 0.074 0.502 0.186 0.090 0.058 0.038 0.014 0.008 0.004 0.002 12 T 0.021 0.052 0.042 0.130 0.143 0.167 0.207 0.106 0.063 0.047 0.023 13 G 0.152 0.037 0.023 0.031 0.031 0.040 0.098 0.120 0.162 0.171 0.136 14 R 0.094 0.133 0.067 0.215 0.176 0.126 0.097 0.042 0.025 0.014 0.009 15 R 0.032 0.041 0.056 0.077 0.072 0.088 0.129 0.118 0.143 0.127 0.118 16 H 0.062 0.085 0.049 0.130 0.131 0.140 0.181 0.089 0.064 0.040 0.029 17 G 0.245 0.113 0.061 0.116 0.086 0.084 0.114 0.065 0.055 0.037 0.024 18 N 0.309 0.199 0.119 0.179 0.100 0.050 0.026 0.009 0.005 0.003 0.002 19 L 0.005 0.019 0.018 0.100 0.129 0.156 0.249 0.147 0.095 0.057 0.026 20 V 0.001 0.004 0.007 0.024 0.057 0.107 0.203 0.199 0.189 0.130 0.078 21 A 0.001 0.002 0.005 0.013 0.023 0.043 0.184 0.219 0.207 0.170 0.133 22 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.022 0.080 0.170 0.237 0.272 0.198 23 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.050 0.129 0.253 0.319 0.235 24 L 0.002 0.005 0.013 0.028 0.029 0.043 0.117 0.160 0.213 0.212 0.179 25 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.013 0.073 0.143 0.264 0.287 0.201 26 D 0.001 0.018 0.015 0.114 0.132 0.132 0.222 0.167 0.117 0.058 0.024 27 V 0.001 0.002 0.004 0.014 0.034 0.065 0.167 0.170 0.237 0.178 0.129 28 E 0.268 0.109 0.118 0.219 0.143 0.074 0.045 0.014 0.007 0.002 0.001 29 C 0.004 0.017 0.009 0.105 0.144 0.204 0.276 0.137 0.071 0.026 0.007 30 L 0.002 0.003 0.008 0.009 0.007 0.008 0.026 0.073 0.193 0.319 0.353 31 R 0.002 0.004 0.012 0.075 0.158 0.244 0.286 0.125 0.057 0.022 0.014 32 R 0.014 0.050 0.458 0.248 0.127 0.057 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 33 R 0.021 0.029 0.011 0.071 0.113 0.222 0.317 0.127 0.053 0.028 0.008 34 G 0.337 0.169 0.061 0.144 0.072 0.054 0.059 0.038 0.033 0.020 0.013 35 L 0.004 0.009 0.009 0.019 0.029 0.050 0.125 0.153 0.216 0.211 0.173 36 K 0.040 0.196 0.174 0.342 0.148 0.061 0.028 0.006 0.003 0.001 0.001 37 V 0.009 0.007 0.006 0.011 0.013 0.019 0.069 0.122 0.224 0.253 0.268 38 E 0.049 0.060 0.055 0.231 0.201 0.167 0.134 0.052 0.030 0.013 0.008 39 R 0.043 0.074 0.079 0.167 0.138 0.135 0.143 0.087 0.072 0.040 0.021 40 M 0.025 0.035 0.046 0.117 0.106 0.152 0.193 0.118 0.096 0.067 0.045 41 S 0.228 0.131 0.072 0.154 0.116 0.075 0.081 0.053 0.039 0.026 0.025 42 K 0.062 0.091 0.059 0.147 0.121 0.116 0.157 0.106 0.080 0.044 0.017 43 T 0.114 0.191 0.107 0.312 0.174 0.072 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.033 0.098 0.229 0.295 0.329 45 Y 0.001 0.007 0.010 0.090 0.208 0.266 0.253 0.104 0.042 0.013 0.006 46 T 0.002 0.016 0.013 0.030 0.037 0.050 0.143 0.172 0.234 0.163 0.140 47 V 0.002 0.001 0.001 0.009 0.020 0.041 0.140 0.191 0.235 0.201 0.159 48 D 0.358 0.208 0.060 0.220 0.097 0.031 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 49 W 0.011 0.040 0.017 0.103 0.119 0.138 0.240 0.146 0.109 0.056 0.021 50 V 0.011 0.024 0.007 0.041 0.057 0.072 0.123 0.151 0.166 0.164 0.184 51 P 0.037 0.198 0.032 0.162 0.184 0.151 0.135 0.048 0.030 0.014 0.008 52 P 0.033 0.031 0.017 0.093 0.143 0.159 0.218 0.130 0.100 0.050 0.025 53 E 0.617 0.187 0.042 0.107 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 C 0.001 0.008 0.004 0.034 0.061 0.117 0.257 0.215 0.165 0.095 0.042 55 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.028 0.064 0.145 0.175 0.211 0.184 0.178 56 A 0.078 0.125 0.244 0.274 0.144 0.075 0.044 0.009 0.004 0.001 0.001 57 E 0.031 0.101 0.141 0.351 0.196 0.105 0.054 0.013 0.004 0.001 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.050 0.118 0.233 0.293 0.287 59 R 0.014 0.035 0.037 0.137 0.194 0.224 0.214 0.078 0.041 0.017 0.009 60 R 0.050 0.143 0.390 0.222 0.106 0.050 0.026 0.008 0.004 0.001 0.001 61 E 0.099 0.078 0.048 0.129 0.135 0.160 0.192 0.087 0.043 0.022 0.008 62 S 0.486 0.154 0.044 0.079 0.051 0.042 0.056 0.036 0.027 0.017 0.009 63 L 0.110 0.126 0.044 0.122 0.110 0.110 0.145 0.094 0.069 0.048 0.023 64 G 0.438 0.175 0.067 0.106 0.068 0.052 0.042 0.023 0.016 0.008 0.004 65 R 0.276 0.129 0.072 0.131 0.099 0.084 0.086 0.051 0.036 0.023 0.013 66 S 0.251 0.189 0.055 0.111 0.086 0.067 0.077 0.057 0.051 0.037 0.020 67 L 0.305 0.110 0.037 0.101 0.095 0.083 0.083 0.066 0.059 0.039 0.022