# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.55178 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.046 0.029 0.067 0.034 0.155 0.235 0.434 2 L 0.057 0.035 0.039 0.022 0.191 0.157 0.499 3 T 0.046 0.031 0.016 0.010 0.185 0.065 0.646 4 S 0.035 0.038 0.010 0.023 0.418 0.091 0.384 5 S 0.027 0.045 0.009 0.019 0.162 0.027 0.711 6 L 0.001 0.001 0.108 0.857 0.002 0.025 0.007 7 E 0.001 0.001 0.106 0.874 0.002 0.014 0.003 8 D 0.001 0.001 0.119 0.864 0.001 0.007 0.008 9 A 0.005 0.001 0.057 0.913 0.002 0.014 0.007 10 V 0.020 0.002 0.022 0.897 0.007 0.041 0.010 11 S 0.046 0.002 0.014 0.856 0.008 0.059 0.014 12 T 0.066 0.003 0.014 0.674 0.025 0.176 0.043 13 G 0.133 0.016 0.019 0.248 0.141 0.312 0.130 14 R 0.113 0.023 0.050 0.243 0.155 0.207 0.208 15 R 0.174 0.058 0.051 0.127 0.128 0.224 0.238 16 H 0.076 0.024 0.042 0.032 0.129 0.360 0.336 17 G 0.040 0.006 0.026 0.011 0.238 0.475 0.204 18 N 0.039 0.007 0.028 0.006 0.397 0.336 0.187 19 L 0.185 0.022 0.012 0.002 0.280 0.062 0.437 20 V 0.369 0.011 0.002 0.001 0.090 0.014 0.512 21 A 0.950 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.039 22 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 23 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 24 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 25 V 0.940 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.045 26 D 0.520 0.009 0.004 0.005 0.029 0.004 0.429 27 V 0.009 0.001 0.199 0.734 0.007 0.015 0.036 28 E 0.001 0.001 0.259 0.712 0.008 0.012 0.007 29 C 0.001 0.001 0.214 0.765 0.002 0.013 0.005 30 L 0.002 0.001 0.048 0.930 0.003 0.013 0.003 31 R 0.001 0.001 0.022 0.952 0.002 0.022 0.001 32 R 0.001 0.001 0.012 0.919 0.003 0.063 0.001 33 R 0.001 0.001 0.008 0.284 0.014 0.686 0.007 34 G 0.008 0.001 0.004 0.026 0.047 0.874 0.041 35 L 0.263 0.012 0.002 0.018 0.035 0.013 0.657 36 K 0.901 0.016 0.002 0.008 0.010 0.002 0.062 37 V 0.900 0.006 0.007 0.018 0.009 0.003 0.057 38 E 0.822 0.004 0.020 0.022 0.026 0.010 0.096 39 R 0.752 0.004 0.036 0.022 0.051 0.025 0.111 40 M 0.457 0.023 0.042 0.018 0.108 0.117 0.236 41 S 0.313 0.007 0.015 0.003 0.189 0.115 0.358 42 K 0.279 0.003 0.009 0.003 0.271 0.100 0.336 43 T 0.843 0.005 0.006 0.002 0.032 0.027 0.085 44 V 0.964 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 45 Y 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 46 T 0.974 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.018 47 V 0.823 0.002 0.009 0.003 0.015 0.008 0.140 48 D 0.609 0.002 0.014 0.002 0.160 0.034 0.178 49 W 0.500 0.026 0.017 0.002 0.095 0.040 0.319 50 V 0.271 0.054 0.001 0.001 0.340 0.002 0.331 51 P 0.069 0.006 0.001 0.001 0.050 0.001 0.872 52 P 0.004 0.002 0.431 0.405 0.013 0.120 0.024 53 E 0.002 0.002 0.335 0.544 0.010 0.101 0.006 54 C 0.003 0.002 0.381 0.537 0.005 0.039 0.033 55 I 0.002 0.001 0.092 0.874 0.003 0.014 0.014 56 A 0.005 0.001 0.069 0.891 0.005 0.021 0.009 57 E 0.008 0.001 0.053 0.879 0.005 0.045 0.008 58 V 0.043 0.010 0.028 0.793 0.021 0.056 0.049 59 R 0.115 0.032 0.027 0.583 0.035 0.102 0.106 60 R 0.081 0.011 0.047 0.417 0.078 0.136 0.231 61 E 0.035 0.008 0.061 0.202 0.180 0.219 0.294 62 S 0.024 0.011 0.077 0.105 0.158 0.296 0.330 63 L 0.029 0.020 0.084 0.097 0.142 0.324 0.304 64 G 0.028 0.011 0.054 0.040 0.179 0.288 0.400 65 R 0.048 0.021 0.040 0.027 0.269 0.141 0.455 66 S 0.069 0.041 0.015 0.016 0.092 0.047 0.719 67 L 0.028 0.006 0.008 0.010 0.035 0.013 0.899