# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.55178 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.153 0.133 0.185 0.132 0.121 0.038 0.141 0.051 0.031 0.014 0.001 2 L 0.180 0.148 0.211 0.273 0.034 0.070 0.049 0.008 0.023 0.003 0.001 3 T 0.052 0.340 0.318 0.044 0.185 0.028 0.005 0.004 0.016 0.009 0.001 4 S 0.438 0.050 0.104 0.353 0.033 0.012 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 5 S 0.013 0.234 0.377 0.013 0.251 0.042 0.003 0.001 0.061 0.005 0.001 6 L 0.973 0.002 0.004 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 D 0.962 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.969 0.002 0.010 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 V 0.948 0.010 0.008 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 S 0.935 0.013 0.011 0.031 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 T 0.502 0.034 0.023 0.425 0.008 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 13 G 0.319 0.023 0.096 0.052 0.065 0.007 0.095 0.248 0.010 0.086 0.001 14 R 0.450 0.160 0.216 0.077 0.038 0.036 0.008 0.002 0.010 0.003 0.001 15 R 0.385 0.195 0.193 0.126 0.023 0.042 0.010 0.004 0.021 0.002 0.001 16 H 0.148 0.134 0.166 0.353 0.042 0.036 0.054 0.007 0.055 0.004 0.001 17 G 0.175 0.055 0.130 0.046 0.169 0.008 0.059 0.164 0.007 0.187 0.001 18 N 0.187 0.083 0.124 0.462 0.035 0.039 0.039 0.007 0.017 0.005 0.002 19 L 0.022 0.284 0.451 0.050 0.069 0.043 0.041 0.005 0.033 0.001 0.001 20 V 0.014 0.429 0.491 0.012 0.017 0.023 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 21 A 0.003 0.710 0.242 0.001 0.020 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 22 V 0.003 0.857 0.091 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 23 L 0.008 0.607 0.297 0.001 0.004 0.062 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 24 L 0.011 0.605 0.179 0.003 0.021 0.110 0.004 0.001 0.065 0.001 0.001 25 V 0.032 0.637 0.167 0.007 0.051 0.063 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 26 D 0.020 0.085 0.378 0.009 0.034 0.379 0.003 0.001 0.086 0.003 0.003 27 V 0.974 0.002 0.004 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.983 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 C 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.988 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 R 0.967 0.003 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.286 0.004 0.009 0.699 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 G 0.017 0.001 0.004 0.007 0.002 0.001 0.191 0.730 0.001 0.046 0.001 35 L 0.024 0.287 0.625 0.014 0.027 0.016 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 36 K 0.020 0.425 0.438 0.007 0.012 0.074 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 37 V 0.032 0.396 0.490 0.002 0.005 0.058 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 38 E 0.456 0.320 0.068 0.090 0.017 0.031 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 39 R 0.072 0.490 0.239 0.019 0.134 0.021 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 40 M 0.125 0.374 0.195 0.129 0.068 0.026 0.029 0.004 0.045 0.003 0.001 41 S 0.065 0.182 0.321 0.065 0.233 0.022 0.028 0.028 0.018 0.038 0.001 42 K 0.173 0.265 0.261 0.124 0.126 0.009 0.014 0.009 0.011 0.008 0.001 43 T 0.038 0.366 0.442 0.060 0.028 0.049 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 44 V 0.007 0.694 0.237 0.004 0.019 0.021 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 45 Y 0.011 0.793 0.099 0.006 0.039 0.020 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 46 T 0.006 0.378 0.566 0.002 0.005 0.037 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 47 V 0.035 0.629 0.153 0.014 0.046 0.041 0.002 0.001 0.079 0.001 0.001 48 D 0.256 0.282 0.287 0.079 0.034 0.041 0.008 0.002 0.007 0.004 0.001 49 W 0.038 0.498 0.126 0.107 0.152 0.021 0.028 0.003 0.023 0.003 0.001 50 V 0.004 0.730 0.189 0.001 0.016 0.007 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 51 P 0.008 0.004 0.935 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 52 P 0.980 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 53 E 0.974 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 54 C 0.934 0.003 0.003 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.969 0.006 0.011 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 A 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.935 0.005 0.003 0.050 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 V 0.894 0.020 0.015 0.064 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 59 R 0.823 0.036 0.036 0.079 0.004 0.011 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 60 R 0.637 0.061 0.085 0.164 0.012 0.018 0.011 0.003 0.008 0.002 0.001 61 E 0.505 0.116 0.161 0.118 0.040 0.013 0.016 0.004 0.024 0.004 0.001 62 S 0.502 0.054 0.202 0.119 0.017 0.048 0.028 0.006 0.019 0.003 0.003 63 L 0.326 0.123 0.182 0.298 0.025 0.017 0.010 0.002 0.014 0.002 0.001 64 G 0.221 0.048 0.162 0.089 0.109 0.015 0.055 0.171 0.007 0.122 0.001 65 R 0.245 0.229 0.262 0.163 0.043 0.023 0.010 0.003 0.018 0.002 0.001 66 S 0.142 0.205 0.393 0.070 0.089 0.035 0.019 0.010 0.024 0.011 0.001 67 L 0.391 0.156 0.221 0.118 0.044 0.031 0.012 0.005 0.015 0.006 0.001