# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.55178 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.164 0.138 0.082 0.018 0.251 0.009 0.026 0.055 0.048 0.113 0.095 2 L 0.158 0.147 0.033 0.007 0.207 0.010 0.025 0.103 0.107 0.112 0.092 3 T 0.075 0.339 0.198 0.017 0.198 0.011 0.009 0.034 0.025 0.056 0.037 4 S 0.032 0.083 0.052 0.037 0.080 0.084 0.110 0.234 0.136 0.125 0.026 5 S 0.083 0.385 0.274 0.003 0.145 0.001 0.001 0.035 0.010 0.041 0.022 6 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.631 0.331 0.023 0.003 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.900 0.088 0.003 0.001 8 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.859 0.096 0.033 0.001 9 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.892 0.070 0.021 0.001 10 V 0.009 0.012 0.003 0.001 0.013 0.003 0.018 0.772 0.120 0.044 0.006 11 S 0.018 0.031 0.016 0.006 0.033 0.012 0.107 0.549 0.089 0.123 0.015 12 T 0.032 0.251 0.115 0.032 0.113 0.012 0.028 0.141 0.073 0.181 0.022 13 G 0.089 0.078 0.052 0.049 0.088 0.029 0.028 0.197 0.136 0.184 0.069 14 R 0.083 0.192 0.061 0.019 0.196 0.032 0.059 0.176 0.090 0.066 0.026 15 R 0.163 0.098 0.062 0.046 0.157 0.045 0.083 0.150 0.063 0.062 0.074 16 H 0.054 0.104 0.097 0.164 0.062 0.076 0.076 0.102 0.093 0.126 0.046 17 G 0.017 0.149 0.162 0.223 0.042 0.077 0.036 0.090 0.089 0.095 0.020 18 N 0.029 0.036 0.032 0.020 0.035 0.031 0.062 0.165 0.239 0.297 0.052 19 L 0.116 0.273 0.137 0.006 0.330 0.005 0.018 0.025 0.023 0.037 0.030 20 V 0.206 0.178 0.014 0.001 0.578 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 21 A 0.189 0.106 0.007 0.002 0.676 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 22 V 0.198 0.043 0.001 0.001 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 23 L 0.136 0.038 0.001 0.001 0.814 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 24 L 0.256 0.039 0.001 0.001 0.652 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.043 25 V 0.150 0.192 0.029 0.009 0.309 0.008 0.017 0.042 0.007 0.071 0.165 26 D 0.263 0.270 0.043 0.002 0.307 0.001 0.001 0.015 0.003 0.020 0.076 27 V 0.003 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.524 0.438 0.016 0.002 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.892 0.093 0.003 0.001 29 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.044 0.007 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.929 0.057 0.006 0.001 31 R 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.838 0.138 0.008 0.001 32 R 0.001 0.006 0.005 0.002 0.002 0.008 0.098 0.796 0.068 0.014 0.001 33 R 0.001 0.593 0.353 0.014 0.015 0.001 0.004 0.006 0.002 0.010 0.001 34 G 0.048 0.012 0.019 0.089 0.008 0.023 0.011 0.042 0.018 0.405 0.324 35 L 0.091 0.421 0.037 0.003 0.384 0.002 0.004 0.023 0.008 0.009 0.018 36 K 0.054 0.438 0.065 0.001 0.411 0.001 0.002 0.017 0.005 0.003 0.004 37 V 0.556 0.046 0.009 0.003 0.255 0.005 0.012 0.041 0.013 0.009 0.050 38 E 0.100 0.181 0.065 0.060 0.277 0.072 0.083 0.082 0.032 0.023 0.024 39 R 0.313 0.142 0.053 0.009 0.293 0.006 0.014 0.050 0.023 0.035 0.062 40 M 0.066 0.191 0.058 0.078 0.157 0.091 0.130 0.118 0.043 0.044 0.025 41 S 0.202 0.137 0.091 0.053 0.181 0.012 0.006 0.009 0.019 0.150 0.140 42 K 0.037 0.333 0.124 0.037 0.151 0.058 0.068 0.079 0.048 0.049 0.017 43 T 0.315 0.111 0.010 0.001 0.449 0.001 0.004 0.004 0.006 0.022 0.077 44 V 0.285 0.103 0.010 0.002 0.559 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.031 45 Y 0.084 0.268 0.036 0.001 0.599 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 46 T 0.443 0.059 0.009 0.001 0.397 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.080 47 V 0.122 0.259 0.077 0.034 0.324 0.040 0.032 0.029 0.024 0.026 0.032 48 D 0.100 0.188 0.042 0.010 0.415 0.013 0.057 0.072 0.036 0.026 0.040 49 W 0.230 0.130 0.097 0.007 0.223 0.005 0.008 0.021 0.026 0.131 0.124 50 V 0.015 0.535 0.329 0.013 0.090 0.001 0.006 0.005 0.002 0.002 0.003 51 P 0.002 0.673 0.291 0.005 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 52 P 0.005 0.027 0.006 0.001 0.015 0.004 0.011 0.478 0.435 0.013 0.005 53 E 0.004 0.007 0.005 0.002 0.006 0.006 0.017 0.766 0.149 0.033 0.006 54 C 0.004 0.013 0.004 0.002 0.006 0.001 0.007 0.632 0.116 0.213 0.002 55 I 0.006 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.762 0.164 0.048 0.003 56 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.008 0.865 0.110 0.004 0.001 57 E 0.003 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.015 0.872 0.070 0.024 0.002 58 V 0.010 0.005 0.002 0.001 0.010 0.003 0.016 0.798 0.104 0.047 0.004 59 R 0.011 0.027 0.008 0.006 0.022 0.008 0.032 0.692 0.125 0.063 0.007 60 R 0.020 0.075 0.042 0.009 0.058 0.013 0.054 0.387 0.153 0.174 0.015 61 E 0.026 0.234 0.167 0.016 0.102 0.015 0.062 0.264 0.073 0.029 0.012 62 S 0.060 0.071 0.038 0.016 0.068 0.017 0.076 0.354 0.145 0.120 0.036 63 L 0.031 0.315 0.131 0.048 0.113 0.030 0.073 0.100 0.062 0.076 0.020 64 G 0.050 0.067 0.062 0.067 0.054 0.044 0.028 0.096 0.092 0.316 0.123 65 R 0.054 0.237 0.115 0.022 0.143 0.018 0.054 0.137 0.097 0.091 0.032 66 S 0.073 0.342 0.152 0.014 0.211 0.007 0.015 0.080 0.040 0.041 0.025 67 L 0.081 0.129 0.042 0.012 0.129 0.019 0.043 0.250 0.186 0.072 0.037