# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.55178 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.185 0.150 0.138 0.166 0.170 0.149 0.042 2 L 0.135 0.128 0.131 0.180 0.197 0.174 0.055 3 T 0.232 0.226 0.194 0.169 0.109 0.056 0.013 4 S 0.376 0.275 0.170 0.104 0.050 0.019 0.005 5 S 0.446 0.314 0.144 0.065 0.022 0.007 0.002 6 L 0.187 0.159 0.185 0.224 0.166 0.068 0.011 7 E 0.401 0.277 0.162 0.097 0.045 0.016 0.002 8 D 0.302 0.329 0.217 0.104 0.034 0.011 0.002 9 A 0.133 0.104 0.141 0.239 0.237 0.131 0.015 10 V 0.114 0.154 0.211 0.225 0.178 0.102 0.016 11 S 0.358 0.337 0.158 0.086 0.039 0.019 0.004 12 T 0.233 0.219 0.216 0.177 0.100 0.046 0.008 13 G 0.116 0.125 0.156 0.206 0.215 0.150 0.032 14 R 0.193 0.307 0.233 0.148 0.068 0.040 0.011 15 R 0.111 0.167 0.179 0.236 0.221 0.078 0.007 16 H 0.105 0.150 0.237 0.276 0.182 0.046 0.004 17 G 0.327 0.329 0.194 0.104 0.037 0.008 0.001 18 N 0.402 0.390 0.154 0.044 0.009 0.001 0.001 19 L 0.044 0.110 0.200 0.346 0.235 0.062 0.004 20 V 0.006 0.019 0.064 0.181 0.377 0.317 0.035 21 A 0.002 0.005 0.015 0.057 0.208 0.537 0.176 22 V 0.001 0.002 0.004 0.012 0.055 0.327 0.599 23 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.253 0.701 24 L 0.003 0.012 0.038 0.113 0.198 0.314 0.323 25 V 0.003 0.011 0.026 0.073 0.155 0.404 0.328 26 D 0.012 0.035 0.057 0.104 0.163 0.375 0.253 27 V 0.019 0.035 0.066 0.144 0.256 0.376 0.105 28 E 0.096 0.215 0.219 0.217 0.142 0.086 0.025 29 C 0.057 0.149 0.216 0.276 0.189 0.101 0.013 30 L 0.033 0.043 0.073 0.202 0.365 0.261 0.023 31 R 0.138 0.284 0.292 0.190 0.077 0.017 0.001 32 R 0.461 0.341 0.137 0.047 0.013 0.002 0.001 33 R 0.375 0.309 0.196 0.092 0.025 0.004 0.001 34 G 0.290 0.297 0.206 0.137 0.055 0.015 0.001 35 L 0.139 0.142 0.169 0.226 0.213 0.102 0.009 36 K 0.148 0.357 0.293 0.143 0.047 0.011 0.001 37 V 0.036 0.044 0.084 0.263 0.361 0.195 0.016 38 E 0.089 0.272 0.299 0.223 0.090 0.025 0.002 39 R 0.200 0.358 0.247 0.133 0.050 0.011 0.001 40 M 0.246 0.235 0.247 0.195 0.068 0.009 0.001 41 S 0.463 0.279 0.155 0.075 0.023 0.004 0.001 42 K 0.356 0.340 0.197 0.083 0.021 0.003 0.001 43 T 0.219 0.372 0.238 0.123 0.037 0.009 0.001 44 V 0.018 0.051 0.107 0.235 0.354 0.214 0.021 45 Y 0.015 0.057 0.133 0.257 0.294 0.214 0.031 46 T 0.023 0.072 0.135 0.201 0.251 0.259 0.059 47 V 0.022 0.038 0.065 0.158 0.321 0.319 0.077 48 D 0.137 0.282 0.232 0.180 0.097 0.056 0.017 49 W 0.043 0.111 0.174 0.246 0.241 0.152 0.034 50 V 0.010 0.033 0.077 0.187 0.299 0.336 0.058 51 P 0.034 0.136 0.199 0.225 0.209 0.149 0.048 52 P 0.035 0.112 0.200 0.270 0.221 0.136 0.027 53 E 0.104 0.366 0.302 0.150 0.057 0.017 0.004 54 C 0.006 0.019 0.065 0.232 0.406 0.252 0.020 55 I 0.010 0.032 0.088 0.276 0.392 0.191 0.012 56 A 0.107 0.434 0.301 0.120 0.031 0.005 0.001 57 E 0.046 0.210 0.379 0.288 0.068 0.008 0.001 58 V 0.013 0.024 0.063 0.231 0.437 0.221 0.009 59 R 0.070 0.199 0.310 0.294 0.111 0.016 0.001 60 R 0.525 0.349 0.091 0.027 0.007 0.001 0.001 61 E 0.338 0.315 0.223 0.097 0.024 0.003 0.001 62 S 0.583 0.243 0.103 0.052 0.016 0.003 0.001 63 L 0.520 0.237 0.133 0.076 0.027 0.006 0.001 64 G 0.716 0.176 0.063 0.032 0.011 0.002 0.001 65 R 0.611 0.218 0.101 0.050 0.016 0.003 0.001 66 S 0.605 0.205 0.104 0.059 0.021 0.005 0.001 67 L 0.627 0.187 0.102 0.055 0.022 0.006 0.001