# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.947 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.006 0.009 2 P 0.001 0.023 0.932 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.003 0.007 0.006 0.001 0.013 3 S 0.001 0.026 0.567 0.001 0.040 0.118 0.001 0.001 0.005 0.135 0.085 0.012 0.010 4 S 0.001 0.004 0.302 0.002 0.084 0.213 0.001 0.001 0.002 0.221 0.156 0.004 0.012 5 S 0.002 0.007 0.244 0.004 0.110 0.344 0.001 0.001 0.002 0.126 0.134 0.010 0.017 6 Q 0.006 0.010 0.209 0.003 0.101 0.439 0.001 0.001 0.003 0.080 0.090 0.016 0.042 7 Y 0.008 0.020 0.285 0.006 0.085 0.365 0.001 0.001 0.007 0.081 0.049 0.025 0.070 8 R 0.011 0.027 0.242 0.008 0.080 0.370 0.002 0.001 0.008 0.085 0.074 0.042 0.052 9 R 0.008 0.017 0.199 0.005 0.068 0.417 0.002 0.001 0.006 0.102 0.102 0.017 0.056 10 Y 0.004 0.018 0.338 0.007 0.051 0.260 0.002 0.001 0.008 0.127 0.127 0.023 0.035 11 Q 0.002 0.050 0.356 0.002 0.037 0.130 0.001 0.001 0.007 0.212 0.155 0.016 0.031 12 D 0.001 0.018 0.618 0.002 0.027 0.039 0.001 0.001 0.003 0.207 0.065 0.009 0.012 13 P 0.001 0.007 0.341 0.003 0.068 0.049 0.001 0.001 0.002 0.136 0.381 0.002 0.011 14 H 0.001 0.033 0.226 0.001 0.060 0.037 0.001 0.001 0.002 0.198 0.425 0.008 0.007 15 H 0.001 0.021 0.552 0.001 0.033 0.017 0.001 0.001 0.004 0.307 0.045 0.007 0.012 16 P 0.001 0.021 0.464 0.003 0.050 0.029 0.001 0.001 0.005 0.159 0.245 0.004 0.018 17 S 0.002 0.048 0.367 0.003 0.040 0.026 0.001 0.001 0.008 0.171 0.309 0.008 0.016 18 I 0.001 0.036 0.567 0.002 0.021 0.017 0.001 0.001 0.008 0.244 0.059 0.023 0.021 19 P 0.001 0.037 0.653 0.003 0.016 0.022 0.001 0.001 0.006 0.142 0.081 0.004 0.033 20 T 0.001 0.031 0.597 0.007 0.014 0.025 0.001 0.001 0.004 0.239 0.055 0.018 0.010 21 P 0.001 0.018 0.468 0.005 0.050 0.080 0.001 0.001 0.005 0.162 0.162 0.007 0.042 22 T 0.007 0.019 0.326 0.013 0.085 0.113 0.003 0.001 0.007 0.189 0.171 0.027 0.039 23 T 0.021 0.037 0.278 0.004 0.124 0.165 0.007 0.001 0.013 0.092 0.090 0.071 0.099 24 L 0.061 0.033 0.226 0.010 0.111 0.144 0.014 0.002 0.010 0.067 0.092 0.065 0.164 25 F 0.031 0.018 0.240 0.017 0.085 0.128 0.007 0.001 0.006 0.124 0.160 0.091 0.090 26 S 0.014 0.027 0.288 0.018 0.034 0.121 0.003 0.001 0.004 0.205 0.146 0.037 0.102 27 Q 0.003 0.009 0.422 0.011 0.023 0.104 0.001 0.001 0.002 0.269 0.070 0.056 0.030 28 P 0.002 0.013 0.434 0.020 0.057 0.169 0.001 0.001 0.002 0.099 0.135 0.009 0.059 29 S 0.017 0.034 0.266 0.015 0.098 0.254 0.003 0.003 0.009 0.079 0.137 0.045 0.041 30 L 0.030 0.015 0.169 0.007 0.150 0.314 0.007 0.008 0.016 0.110 0.069 0.021 0.084 31 E 0.037 0.013 0.191 0.008 0.087 0.369 0.009 0.013 0.042 0.058 0.066 0.068 0.041 32 I 0.032 0.034 0.173 0.005 0.085 0.341 0.008 0.012 0.041 0.055 0.100 0.018 0.096 33 L 0.018 0.044 0.234 0.008 0.040 0.257 0.003 0.005 0.028 0.117 0.165 0.038 0.043 34 G 0.005 0.010 0.208 0.004 0.037 0.214 0.001 0.001 0.010 0.224 0.252 0.013 0.020 35 G 0.002 0.010 0.266 0.003 0.052 0.214 0.001 0.001 0.004 0.223 0.207 0.005 0.013 36 G 0.001 0.015 0.279 0.002 0.073 0.328 0.001 0.001 0.005 0.152 0.123 0.010 0.011 37 V 0.001 0.012 0.115 0.001 0.127 0.551 0.001 0.001 0.003 0.070 0.105 0.003 0.012 38 A 0.002 0.005 0.030 0.001 0.230 0.617 0.001 0.001 0.001 0.018 0.089 0.002 0.004 39 E 0.004 0.003 0.052 0.003 0.196 0.578 0.001 0.001 0.002 0.039 0.112 0.004 0.005 40 E 0.004 0.018 0.051 0.002 0.117 0.575 0.001 0.001 0.002 0.051 0.157 0.003 0.020 41 L 0.005 0.014 0.233 0.006 0.069 0.421 0.001 0.001 0.003 0.169 0.047 0.020 0.013 42 P 0.003 0.003 0.156 0.019 0.257 0.218 0.001 0.001 0.001 0.077 0.234 0.004 0.027 43 E 0.049 0.011 0.080 0.007 0.222 0.268 0.003 0.001 0.005 0.036 0.268 0.026 0.024 44 L 0.104 0.013 0.045 0.004 0.208 0.304 0.006 0.003 0.007 0.046 0.176 0.015 0.071 45 A 0.279 0.016 0.074 0.008 0.055 0.231 0.023 0.004 0.015 0.033 0.152 0.061 0.049 46 L 0.301 0.013 0.139 0.011 0.036 0.159 0.019 0.008 0.024 0.047 0.083 0.070 0.092 47 C 0.148 0.034 0.259 0.006 0.024 0.065 0.015 0.008 0.041 0.075 0.088 0.044 0.193 48 C 0.079 0.037 0.317 0.013 0.021 0.026 0.006 0.003 0.022 0.135 0.150 0.089 0.103 49 D 0.008 0.007 0.133 0.020 0.018 0.011 0.001 0.001 0.003 0.266 0.479 0.031 0.024 50 G 0.006 0.004 0.122 0.037 0.015 0.009 0.001 0.001 0.003 0.319 0.441 0.008 0.034 51 T 0.044 0.018 0.252 0.004 0.008 0.011 0.008 0.002 0.025 0.095 0.030 0.387 0.115 52 V 0.101 0.039 0.145 0.012 0.006 0.008 0.021 0.007 0.023 0.021 0.015 0.042 0.560 53 V 0.112 0.040 0.155 0.072 0.005 0.010 0.023 0.007 0.024 0.047 0.018 0.368 0.120 54 E 0.058 0.015 0.261 0.027 0.009 0.015 0.012 0.004 0.012 0.120 0.056 0.103 0.308 55 G 0.013 0.026 0.299 0.012 0.019 0.027 0.002 0.002 0.007 0.283 0.149 0.072 0.089 56 R 0.006 0.018 0.453 0.014 0.034 0.035 0.001 0.001 0.003 0.180 0.150 0.023 0.083 57 S 0.008 0.022 0.219 0.021 0.079 0.104 0.001 0.001 0.004 0.266 0.215 0.029 0.032 58 N 0.016 0.014 0.203 0.020 0.094 0.117 0.001 0.001 0.003 0.218 0.235 0.030 0.048 59 C 0.042 0.016 0.256 0.007 0.095 0.200 0.003 0.002 0.005 0.138 0.124 0.028 0.084 60 R 0.124 0.025 0.178 0.015 0.073 0.183 0.010 0.006 0.011 0.098 0.105 0.095 0.077 61 C 0.144 0.018 0.145 0.011 0.054 0.210 0.009 0.011 0.018 0.055 0.063 0.060 0.203 62 K 0.196 0.023 0.142 0.099 0.032 0.174 0.014 0.014 0.022 0.079 0.043 0.081 0.080 63 A 0.215 0.016 0.110 0.017 0.044 0.181 0.020 0.018 0.030 0.049 0.051 0.072 0.178 64 R 0.336 0.007 0.086 0.079 0.035 0.111 0.026 0.026 0.020 0.058 0.036 0.059 0.121 65 A 0.244 0.012 0.128 0.015 0.041 0.094 0.041 0.042 0.038 0.052 0.044 0.137 0.112 66 V 0.177 0.037 0.111 0.010 0.024 0.049 0.046 0.107 0.043 0.071 0.045 0.043 0.238 67 L 0.023 0.037 0.405 0.009 0.016 0.020 0.006 0.014 0.035 0.122 0.049 0.199 0.065 68 P 0.004 0.005 0.269 0.022 0.032 0.012 0.001 0.001 0.008 0.187 0.383 0.007 0.070 69 G 0.004 0.008 0.139 0.035 0.030 0.010 0.001 0.001 0.004 0.270 0.476 0.015 0.009 70 G 0.021 0.014 0.347 0.026 0.023 0.013 0.003 0.001 0.018 0.256 0.161 0.028 0.089 71 M 0.092 0.011 0.383 0.005 0.004 0.012 0.013 0.004 0.044 0.083 0.019 0.194 0.135 72 R 0.240 0.021 0.116 0.007 0.002 0.014 0.055 0.037 0.060 0.019 0.005 0.085 0.339 73 V 0.265 0.013 0.074 0.009 0.002 0.033 0.074 0.045 0.072 0.014 0.003 0.242 0.155 74 R 0.231 0.010 0.125 0.020 0.002 0.051 0.049 0.034 0.088 0.020 0.006 0.155 0.209 75 L 0.117 0.011 0.141 0.018 0.025 0.164 0.021 0.014 0.043 0.035 0.028 0.052 0.334 76 S 0.105 0.010 0.131 0.085 0.100 0.296 0.011 0.007 0.017 0.057 0.053 0.055 0.070 77 K 0.048 0.007 0.095 0.018 0.118 0.416 0.004 0.001 0.010 0.101 0.065 0.059 0.057 78 T 0.029 0.008 0.112 0.006 0.076 0.499 0.002 0.001 0.005 0.063 0.077 0.029 0.093 79 L 0.047 0.013 0.081 0.007 0.046 0.586 0.003 0.001 0.004 0.053 0.062 0.031 0.065 80 A 0.046 0.005 0.066 0.012 0.051 0.634 0.003 0.001 0.003 0.042 0.086 0.023 0.029 81 G 0.046 0.003 0.056 0.003 0.055 0.631 0.003 0.001 0.004 0.050 0.111 0.016 0.024 82 I 0.062 0.016 0.078 0.003 0.042 0.604 0.005 0.001 0.005 0.050 0.078 0.017 0.039 83 L 0.042 0.024 0.156 0.002 0.028 0.436 0.011 0.001 0.007 0.065 0.152 0.038 0.039 84 R 0.009 0.018 0.502 0.001 0.010 0.180 0.005 0.001 0.014 0.029 0.173 0.014 0.045 85 H 0.001 0.001 0.962 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.006