# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 P 0.009 0.017 0.004 0.054 0.004 0.034 0.878 3 S 0.010 0.014 0.016 0.102 0.219 0.098 0.542 4 S 0.015 0.010 0.052 0.236 0.175 0.127 0.385 5 S 0.038 0.009 0.093 0.244 0.129 0.173 0.313 6 Q 0.056 0.013 0.123 0.277 0.138 0.126 0.268 7 Y 0.093 0.032 0.116 0.306 0.107 0.081 0.264 8 R 0.118 0.017 0.076 0.325 0.092 0.111 0.262 9 R 0.119 0.033 0.077 0.266 0.093 0.171 0.240 10 Y 0.064 0.028 0.063 0.179 0.129 0.133 0.405 11 Q 0.039 0.057 0.048 0.121 0.203 0.125 0.407 12 D 0.016 0.018 0.030 0.040 0.207 0.066 0.622 13 P 0.008 0.007 0.069 0.038 0.141 0.483 0.254 14 H 0.008 0.020 0.090 0.031 0.189 0.444 0.217 15 H 0.009 0.028 0.067 0.017 0.361 0.072 0.445 16 P 0.016 0.017 0.070 0.023 0.146 0.312 0.416 17 S 0.028 0.038 0.069 0.016 0.182 0.287 0.380 18 I 0.034 0.059 0.018 0.009 0.273 0.035 0.572 19 P 0.039 0.039 0.009 0.009 0.130 0.039 0.735 20 T 0.055 0.030 0.011 0.016 0.168 0.034 0.685 21 P 0.081 0.028 0.050 0.051 0.115 0.091 0.583 22 T 0.135 0.026 0.075 0.069 0.120 0.108 0.466 23 T 0.266 0.048 0.075 0.085 0.131 0.070 0.324 24 L 0.310 0.032 0.068 0.082 0.100 0.088 0.319 25 F 0.320 0.026 0.041 0.063 0.102 0.093 0.354 26 S 0.264 0.033 0.024 0.046 0.197 0.077 0.359 27 Q 0.138 0.011 0.020 0.048 0.333 0.049 0.401 28 P 0.119 0.013 0.066 0.104 0.171 0.128 0.399 29 S 0.262 0.030 0.097 0.131 0.087 0.111 0.281 30 L 0.386 0.018 0.103 0.169 0.070 0.073 0.182 31 E 0.473 0.018 0.078 0.183 0.048 0.057 0.144 32 I 0.398 0.031 0.066 0.192 0.077 0.082 0.154 33 L 0.217 0.020 0.061 0.159 0.129 0.202 0.212 34 G 0.088 0.011 0.034 0.097 0.227 0.314 0.230 35 G 0.046 0.008 0.042 0.114 0.310 0.266 0.215 36 G 0.059 0.016 0.076 0.216 0.181 0.147 0.305 37 V 0.029 0.013 0.139 0.564 0.061 0.069 0.126 38 A 0.008 0.003 0.126 0.731 0.030 0.056 0.046 39 E 0.008 0.002 0.131 0.669 0.022 0.135 0.033 40 E 0.007 0.004 0.078 0.718 0.023 0.136 0.034 41 L 0.021 0.009 0.037 0.633 0.095 0.054 0.151 42 P 0.009 0.001 0.088 0.809 0.016 0.048 0.029 43 E 0.007 0.001 0.113 0.792 0.015 0.056 0.016 44 L 0.008 0.002 0.139 0.793 0.007 0.037 0.014 45 A 0.016 0.003 0.163 0.721 0.013 0.065 0.020 46 L 0.032 0.003 0.147 0.627 0.025 0.145 0.022 47 C 0.024 0.005 0.116 0.531 0.052 0.226 0.046 48 C 0.039 0.017 0.032 0.289 0.229 0.173 0.221 49 D 0.026 0.003 0.016 0.068 0.262 0.405 0.220 50 G 0.091 0.009 0.025 0.049 0.243 0.355 0.227 51 T 0.343 0.033 0.017 0.033 0.088 0.032 0.453 52 V 0.631 0.039 0.019 0.033 0.053 0.028 0.197 53 V 0.560 0.040 0.021 0.048 0.063 0.051 0.218 54 E 0.282 0.021 0.030 0.046 0.148 0.205 0.268 55 G 0.087 0.010 0.032 0.032 0.234 0.295 0.310 56 R 0.095 0.015 0.044 0.020 0.207 0.128 0.490 57 S 0.103 0.017 0.077 0.033 0.200 0.330 0.241 58 N 0.101 0.011 0.065 0.035 0.233 0.323 0.232 59 C 0.197 0.029 0.042 0.047 0.158 0.080 0.446 60 R 0.403 0.042 0.035 0.069 0.102 0.075 0.273 61 C 0.627 0.022 0.027 0.048 0.050 0.055 0.170 62 K 0.628 0.023 0.028 0.046 0.053 0.040 0.181 63 A 0.534 0.013 0.053 0.099 0.057 0.053 0.191 64 R 0.472 0.010 0.090 0.122 0.078 0.089 0.140 65 A 0.535 0.010 0.075 0.088 0.074 0.073 0.146 66 V 0.565 0.029 0.046 0.069 0.067 0.054 0.170 67 L 0.432 0.041 0.017 0.027 0.099 0.045 0.338 68 P 0.222 0.010 0.034 0.019 0.216 0.207 0.292 69 G 0.093 0.009 0.024 0.017 0.252 0.455 0.150 70 G 0.186 0.009 0.035 0.028 0.218 0.234 0.289 71 M 0.447 0.010 0.018 0.036 0.116 0.046 0.328 72 R 0.802 0.016 0.007 0.032 0.040 0.013 0.090 73 V 0.773 0.022 0.005 0.054 0.016 0.008 0.122 74 R 0.723 0.015 0.005 0.063 0.022 0.019 0.152 75 L 0.437 0.012 0.027 0.192 0.056 0.091 0.185 76 S 0.160 0.008 0.053 0.315 0.154 0.101 0.210 77 K 0.087 0.005 0.083 0.456 0.151 0.079 0.138 78 T 0.057 0.012 0.069 0.584 0.078 0.075 0.124 79 L 0.038 0.008 0.054 0.734 0.033 0.060 0.072 80 A 0.025 0.003 0.053 0.722 0.040 0.106 0.050 81 G 0.033 0.002 0.051 0.656 0.039 0.162 0.056 82 I 0.064 0.011 0.064 0.536 0.081 0.116 0.127 83 L 0.094 0.014 0.041 0.382 0.109 0.158 0.202 84 R 0.047 0.018 0.022 0.157 0.006 0.274 0.475 85 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997