# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.092 0.208 0.178 0.049 0.186 0.028 0.036 0.075 0.052 0.054 0.041 2 P 0.097 0.237 0.154 0.032 0.178 0.022 0.026 0.084 0.057 0.066 0.047 3 S 0.091 0.218 0.115 0.027 0.202 0.019 0.027 0.104 0.080 0.080 0.037 4 S 0.069 0.110 0.056 0.033 0.116 0.023 0.034 0.195 0.171 0.143 0.049 5 S 0.077 0.112 0.047 0.021 0.143 0.019 0.043 0.243 0.135 0.121 0.040 6 Q 0.099 0.093 0.027 0.014 0.143 0.016 0.036 0.253 0.139 0.130 0.049 7 Y 0.163 0.116 0.031 0.015 0.211 0.014 0.026 0.160 0.097 0.091 0.075 8 R 0.114 0.176 0.059 0.022 0.236 0.022 0.036 0.169 0.092 0.041 0.033 9 R 0.133 0.109 0.035 0.019 0.198 0.022 0.052 0.175 0.105 0.091 0.060 10 Y 0.110 0.137 0.048 0.020 0.221 0.014 0.040 0.158 0.092 0.114 0.047 11 Q 0.075 0.167 0.067 0.032 0.176 0.034 0.061 0.121 0.090 0.131 0.046 12 D 0.146 0.207 0.109 0.021 0.326 0.007 0.010 0.044 0.042 0.043 0.045 13 P 0.032 0.077 0.033 0.020 0.081 0.023 0.084 0.303 0.263 0.067 0.016 14 H 0.066 0.103 0.039 0.015 0.115 0.019 0.058 0.088 0.110 0.330 0.057 15 H 0.146 0.191 0.068 0.015 0.360 0.006 0.009 0.035 0.047 0.067 0.058 16 P 0.059 0.129 0.064 0.026 0.121 0.022 0.048 0.207 0.196 0.088 0.040 17 S 0.052 0.095 0.065 0.017 0.097 0.014 0.049 0.122 0.169 0.286 0.032 18 I 0.071 0.382 0.188 0.013 0.212 0.005 0.013 0.040 0.024 0.033 0.020 19 P 0.104 0.249 0.135 0.032 0.208 0.027 0.045 0.065 0.036 0.050 0.049 20 T 0.037 0.373 0.278 0.034 0.170 0.010 0.012 0.031 0.021 0.021 0.013 21 P 0.148 0.157 0.065 0.016 0.228 0.013 0.030 0.128 0.084 0.069 0.061 22 T 0.084 0.187 0.051 0.015 0.200 0.023 0.049 0.154 0.119 0.085 0.034 23 T 0.157 0.166 0.044 0.010 0.288 0.008 0.023 0.111 0.070 0.065 0.058 24 L 0.169 0.101 0.030 0.018 0.241 0.029 0.050 0.128 0.086 0.081 0.067 25 F 0.104 0.206 0.071 0.030 0.226 0.019 0.031 0.114 0.081 0.074 0.045 26 S 0.100 0.159 0.083 0.031 0.173 0.024 0.044 0.110 0.086 0.133 0.056 27 Q 0.069 0.289 0.215 0.033 0.175 0.009 0.017 0.074 0.047 0.044 0.026 28 P 0.066 0.188 0.095 0.025 0.127 0.027 0.054 0.231 0.110 0.046 0.031 29 S 0.079 0.192 0.069 0.015 0.191 0.010 0.030 0.175 0.121 0.085 0.033 30 L 0.135 0.092 0.019 0.008 0.224 0.008 0.019 0.219 0.170 0.069 0.038 31 E 0.069 0.119 0.033 0.009 0.177 0.013 0.049 0.345 0.128 0.032 0.026 32 I 0.177 0.049 0.018 0.014 0.140 0.023 0.079 0.258 0.091 0.091 0.061 33 L 0.040 0.136 0.123 0.123 0.098 0.070 0.107 0.171 0.059 0.057 0.017 34 G 0.043 0.150 0.137 0.156 0.067 0.075 0.042 0.111 0.057 0.122 0.040 35 G 0.020 0.101 0.132 0.188 0.042 0.074 0.042 0.135 0.078 0.145 0.042 36 G 0.030 0.082 0.115 0.084 0.047 0.034 0.038 0.263 0.097 0.136 0.074 37 V 0.050 0.079 0.031 0.006 0.044 0.004 0.013 0.425 0.219 0.098 0.030 38 A 0.015 0.036 0.009 0.005 0.030 0.008 0.014 0.520 0.298 0.057 0.009 39 E 0.012 0.046 0.020 0.017 0.026 0.016 0.062 0.602 0.176 0.018 0.006 40 E 0.019 0.018 0.019 0.012 0.016 0.011 0.048 0.317 0.143 0.374 0.023 41 L 0.082 0.162 0.036 0.008 0.109 0.006 0.021 0.293 0.123 0.106 0.054 42 P 0.017 0.141 0.033 0.013 0.047 0.020 0.040 0.399 0.238 0.041 0.011 43 E 0.027 0.021 0.016 0.009 0.041 0.016 0.076 0.467 0.251 0.062 0.014 44 L 0.078 0.026 0.018 0.017 0.079 0.025 0.052 0.393 0.213 0.068 0.031 45 A 0.054 0.055 0.012 0.009 0.128 0.020 0.057 0.371 0.208 0.066 0.021 46 L 0.090 0.084 0.012 0.008 0.241 0.012 0.023 0.181 0.159 0.154 0.037 47 C 0.232 0.058 0.025 0.017 0.226 0.015 0.026 0.071 0.058 0.184 0.088 48 C 0.049 0.150 0.179 0.181 0.110 0.063 0.037 0.097 0.047 0.066 0.021 49 D 0.015 0.096 0.094 0.379 0.030 0.056 0.063 0.103 0.063 0.083 0.016 50 G 0.017 0.044 0.056 0.076 0.027 0.021 0.033 0.103 0.152 0.411 0.059 51 T 0.051 0.420 0.096 0.002 0.375 0.001 0.006 0.023 0.011 0.007 0.005 52 V 0.422 0.065 0.008 0.002 0.409 0.003 0.009 0.024 0.007 0.007 0.044 53 V 0.155 0.124 0.078 0.090 0.254 0.099 0.063 0.044 0.012 0.025 0.057 54 E 0.073 0.087 0.054 0.133 0.087 0.121 0.116 0.106 0.063 0.097 0.063 55 G 0.048 0.122 0.230 0.120 0.077 0.028 0.023 0.058 0.050 0.182 0.063 56 R 0.092 0.190 0.109 0.077 0.123 0.042 0.040 0.117 0.075 0.082 0.052 57 S 0.033 0.124 0.105 0.114 0.083 0.103 0.117 0.158 0.082 0.062 0.019 58 N 0.122 0.087 0.051 0.034 0.145 0.017 0.036 0.136 0.106 0.179 0.087 59 C 0.200 0.127 0.040 0.011 0.267 0.010 0.016 0.097 0.073 0.093 0.067 60 R 0.108 0.223 0.066 0.017 0.222 0.020 0.054 0.135 0.062 0.050 0.042 61 C 0.265 0.121 0.026 0.010 0.266 0.011 0.025 0.114 0.047 0.060 0.054 62 K 0.094 0.140 0.070 0.063 0.137 0.067 0.064 0.162 0.069 0.091 0.042 63 A 0.221 0.092 0.028 0.022 0.283 0.014 0.017 0.128 0.065 0.059 0.069 64 R 0.119 0.159 0.080 0.048 0.251 0.030 0.033 0.119 0.058 0.061 0.042 65 A 0.130 0.240 0.047 0.005 0.409 0.006 0.016 0.067 0.020 0.030 0.030 66 V 0.181 0.222 0.039 0.008 0.383 0.008 0.014 0.033 0.014 0.045 0.051 67 L 0.067 0.260 0.387 0.074 0.113 0.018 0.013 0.026 0.010 0.011 0.020 68 P 0.020 0.117 0.203 0.118 0.048 0.105 0.095 0.194 0.064 0.026 0.009 69 G 0.014 0.131 0.161 0.196 0.033 0.050 0.081 0.094 0.062 0.152 0.026 70 G 0.027 0.078 0.100 0.117 0.045 0.039 0.023 0.042 0.043 0.364 0.122 71 M 0.089 0.366 0.059 0.006 0.341 0.006 0.011 0.037 0.023 0.040 0.021 72 R 0.244 0.152 0.026 0.003 0.480 0.004 0.010 0.025 0.012 0.015 0.031 73 V 0.269 0.154 0.022 0.005 0.444 0.007 0.006 0.030 0.010 0.009 0.046 74 R 0.139 0.257 0.071 0.007 0.418 0.006 0.008 0.037 0.010 0.009 0.038 75 L 0.212 0.139 0.059 0.013 0.229 0.010 0.013 0.144 0.069 0.040 0.070 76 S 0.069 0.151 0.052 0.021 0.160 0.018 0.045 0.279 0.140 0.044 0.021 77 K 0.035 0.047 0.018 0.019 0.052 0.016 0.057 0.480 0.204 0.053 0.018 78 T 0.034 0.066 0.027 0.013 0.050 0.013 0.065 0.550 0.119 0.051 0.011 79 L 0.037 0.020 0.013 0.018 0.030 0.024 0.039 0.464 0.180 0.138 0.039 80 A 0.029 0.088 0.056 0.041 0.046 0.039 0.059 0.438 0.142 0.045 0.017 81 G 0.030 0.062 0.079 0.036 0.059 0.012 0.019 0.413 0.158 0.103 0.030 82 I 0.036 0.046 0.019 0.011 0.071 0.019 0.061 0.553 0.145 0.028 0.010 83 L 0.050 0.063 0.025 0.016 0.107 0.023 0.074 0.427 0.130 0.065 0.019 84 R 0.059 0.092 0.033 0.022 0.110 0.029 0.069 0.307 0.118 0.125 0.037 85 H 0.097 0.138 0.078 0.033 0.161 0.019 0.032 0.154 0.083 0.148 0.057