# TARGET T0262 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.733 0.191 0.055 0.017 0.003 0.001 0.001 2 P 0.612 0.215 0.102 0.054 0.016 0.002 0.001 3 S 0.733 0.152 0.058 0.035 0.017 0.005 0.001 4 S 0.684 0.184 0.071 0.037 0.017 0.006 0.001 5 S 0.665 0.177 0.090 0.048 0.016 0.004 0.001 6 Q 0.599 0.237 0.083 0.051 0.022 0.007 0.001 7 Y 0.307 0.229 0.214 0.162 0.069 0.017 0.001 8 R 0.415 0.297 0.162 0.092 0.029 0.005 0.001 9 R 0.510 0.266 0.125 0.068 0.025 0.006 0.001 10 Y 0.286 0.194 0.184 0.212 0.102 0.021 0.001 11 Q 0.471 0.272 0.138 0.079 0.032 0.007 0.001 12 D 0.489 0.261 0.136 0.079 0.029 0.007 0.001 13 P 0.486 0.228 0.139 0.094 0.042 0.011 0.001 14 H 0.455 0.260 0.141 0.089 0.041 0.013 0.001 15 H 0.223 0.206 0.201 0.204 0.120 0.041 0.005 16 P 0.375 0.256 0.163 0.119 0.061 0.023 0.003 17 S 0.328 0.260 0.173 0.131 0.073 0.031 0.005 18 I 0.161 0.164 0.182 0.235 0.171 0.075 0.011 19 P 0.224 0.228 0.193 0.177 0.119 0.051 0.008 20 T 0.247 0.242 0.199 0.171 0.097 0.037 0.006 21 P 0.265 0.220 0.175 0.172 0.106 0.052 0.010 22 T 0.255 0.230 0.179 0.160 0.108 0.056 0.011 23 T 0.180 0.200 0.195 0.188 0.136 0.083 0.018 24 L 0.105 0.102 0.121 0.196 0.235 0.201 0.040 25 F 0.104 0.119 0.148 0.213 0.222 0.160 0.034 26 S 0.215 0.217 0.192 0.182 0.121 0.062 0.011 27 Q 0.203 0.233 0.218 0.184 0.107 0.046 0.008 28 P 0.284 0.226 0.166 0.161 0.108 0.047 0.008 29 S 0.280 0.246 0.185 0.151 0.090 0.041 0.007 30 L 0.217 0.147 0.142 0.192 0.185 0.104 0.014 31 E 0.324 0.282 0.188 0.122 0.058 0.022 0.004 32 I 0.248 0.161 0.158 0.179 0.146 0.092 0.016 33 L 0.239 0.163 0.144 0.172 0.166 0.100 0.017 34 G 0.329 0.234 0.164 0.134 0.081 0.045 0.013 35 G 0.396 0.227 0.146 0.113 0.070 0.037 0.010 36 G 0.318 0.248 0.162 0.131 0.086 0.045 0.011 37 V 0.202 0.181 0.170 0.192 0.145 0.089 0.021 38 A 0.219 0.168 0.157 0.190 0.155 0.092 0.019 39 E 0.285 0.265 0.169 0.137 0.091 0.043 0.010 40 E 0.190 0.204 0.194 0.200 0.135 0.065 0.013 41 L 0.107 0.140 0.166 0.213 0.217 0.133 0.024 42 P 0.212 0.255 0.208 0.179 0.093 0.043 0.011 43 E 0.155 0.206 0.204 0.191 0.137 0.083 0.024 44 L 0.046 0.059 0.077 0.147 0.269 0.316 0.087 45 A 0.043 0.072 0.106 0.188 0.240 0.252 0.099 46 L 0.074 0.102 0.123 0.173 0.196 0.235 0.097 47 C 0.077 0.121 0.146 0.194 0.213 0.191 0.058 48 C 0.096 0.106 0.125 0.205 0.232 0.181 0.056 49 D 0.231 0.288 0.219 0.154 0.074 0.028 0.006 50 G 0.270 0.249 0.181 0.159 0.094 0.042 0.007 51 T 0.224 0.280 0.212 0.166 0.081 0.031 0.005 52 V 0.190 0.154 0.151 0.200 0.186 0.104 0.015 53 V 0.219 0.213 0.192 0.188 0.125 0.056 0.007 54 E 0.233 0.258 0.194 0.162 0.096 0.048 0.008 55 G 0.232 0.268 0.202 0.155 0.097 0.040 0.007 56 R 0.201 0.255 0.211 0.181 0.101 0.044 0.007 57 S 0.231 0.293 0.219 0.159 0.072 0.023 0.003 58 N 0.217 0.364 0.222 0.130 0.050 0.015 0.002 59 C 0.051 0.133 0.213 0.306 0.227 0.065 0.005 60 R 0.130 0.323 0.302 0.182 0.054 0.009 0.001 61 C 0.069 0.139 0.166 0.264 0.256 0.096 0.009 62 K 0.102 0.275 0.312 0.222 0.071 0.016 0.002 63 A 0.051 0.105 0.123 0.227 0.295 0.178 0.021 64 R 0.085 0.215 0.282 0.248 0.125 0.040 0.004 65 A 0.137 0.175 0.155 0.197 0.184 0.130 0.022 66 V 0.186 0.212 0.200 0.183 0.132 0.076 0.012 67 L 0.197 0.180 0.164 0.184 0.153 0.102 0.020 68 P 0.291 0.230 0.169 0.159 0.092 0.045 0.013 69 G 0.433 0.254 0.143 0.089 0.050 0.023 0.007 70 G 0.358 0.243 0.161 0.123 0.068 0.036 0.011 71 M 0.197 0.162 0.152 0.202 0.168 0.095 0.024 72 R 0.210 0.214 0.193 0.185 0.120 0.062 0.015 73 V 0.136 0.112 0.114 0.163 0.215 0.201 0.060 74 R 0.072 0.129 0.181 0.249 0.204 0.126 0.038 75 L 0.059 0.059 0.075 0.165 0.262 0.288 0.092 76 S 0.236 0.191 0.151 0.154 0.144 0.100 0.024 77 K 0.340 0.225 0.158 0.130 0.081 0.051 0.016 78 T 0.244 0.145 0.148 0.166 0.141 0.123 0.034 79 L 0.296 0.123 0.099 0.124 0.168 0.158 0.032 80 A 0.398 0.199 0.158 0.129 0.075 0.035 0.007 81 G 0.402 0.196 0.137 0.132 0.084 0.043 0.005 82 I 0.340 0.164 0.121 0.129 0.133 0.105 0.009 83 L 0.315 0.182 0.156 0.174 0.116 0.051 0.006 84 R 0.496 0.264 0.130 0.076 0.026 0.006 0.001 85 H 0.613 0.197 0.093 0.057 0.031 0.008 0.001