# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.006 0.004 0.004 0.121 0.853 2 P 0.016 0.013 0.014 0.012 0.208 0.736 3 S 0.011 0.017 0.075 0.034 0.388 0.475 4 S 0.009 0.009 0.306 0.093 0.411 0.172 5 S 0.014 0.004 0.355 0.123 0.358 0.146 6 Q 0.034 0.010 0.286 0.186 0.291 0.192 7 Y 0.086 0.040 0.119 0.266 0.223 0.266 8 R 0.166 0.034 0.114 0.246 0.199 0.241 9 R 0.244 0.042 0.112 0.192 0.202 0.208 10 Y 0.222 0.049 0.076 0.148 0.228 0.276 11 Q 0.122 0.040 0.043 0.082 0.321 0.392 12 D 0.020 0.016 0.009 0.007 0.749 0.199 13 P 0.003 0.008 0.073 0.018 0.782 0.116 14 H 0.004 0.013 0.067 0.015 0.784 0.116 15 H 0.004 0.019 0.043 0.005 0.857 0.072 16 P 0.003 0.014 0.061 0.013 0.602 0.307 17 S 0.012 0.072 0.047 0.013 0.511 0.345 18 I 0.012 0.024 0.011 0.003 0.454 0.496 19 P 0.019 0.026 0.005 0.006 0.215 0.730 20 T 0.024 0.021 0.006 0.007 0.258 0.685 21 P 0.036 0.028 0.020 0.037 0.347 0.532 22 T 0.117 0.036 0.044 0.053 0.293 0.456 23 T 0.251 0.040 0.098 0.084 0.258 0.269 24 L 0.286 0.040 0.098 0.096 0.256 0.224 25 F 0.234 0.029 0.052 0.094 0.321 0.270 26 S 0.154 0.023 0.029 0.106 0.330 0.359 27 Q 0.065 0.013 0.018 0.062 0.502 0.340 28 P 0.035 0.008 0.063 0.170 0.515 0.209 29 S 0.074 0.023 0.122 0.155 0.461 0.165 30 L 0.190 0.030 0.197 0.168 0.308 0.108 31 E 0.286 0.018 0.152 0.268 0.167 0.109 32 I 0.242 0.028 0.116 0.286 0.230 0.098 33 L 0.151 0.041 0.044 0.372 0.231 0.161 34 G 0.060 0.009 0.029 0.229 0.347 0.325 35 G 0.024 0.007 0.040 0.379 0.292 0.258 36 G 0.024 0.020 0.048 0.491 0.182 0.235 37 V 0.021 0.023 0.116 0.654 0.112 0.076 38 A 0.011 0.004 0.260 0.538 0.136 0.051 39 E 0.013 0.004 0.277 0.475 0.171 0.060 40 E 0.032 0.014 0.175 0.469 0.202 0.107 41 L 0.039 0.016 0.057 0.108 0.476 0.304 42 P 0.016 0.001 0.271 0.171 0.394 0.146 43 E 0.139 0.006 0.306 0.182 0.289 0.078 44 L 0.275 0.009 0.234 0.247 0.183 0.052 45 A 0.442 0.011 0.083 0.246 0.108 0.112 46 L 0.465 0.024 0.043 0.203 0.101 0.163 47 C 0.483 0.032 0.025 0.060 0.232 0.168 48 C 0.403 0.018 0.020 0.032 0.401 0.126 49 D 0.130 0.004 0.015 0.013 0.670 0.167 50 G 0.214 0.004 0.010 0.008 0.590 0.174 51 T 0.815 0.013 0.004 0.003 0.096 0.069 52 V 0.934 0.014 0.002 0.002 0.020 0.029 53 V 0.887 0.012 0.002 0.004 0.067 0.028 54 E 0.673 0.009 0.003 0.005 0.170 0.140 55 G 0.260 0.011 0.007 0.008 0.364 0.350 56 R 0.272 0.043 0.017 0.012 0.499 0.156 57 S 0.290 0.039 0.039 0.030 0.361 0.241 58 N 0.176 0.022 0.197 0.058 0.436 0.111 59 C 0.253 0.012 0.116 0.050 0.414 0.154 60 R 0.242 0.019 0.098 0.062 0.317 0.261 61 C 0.199 0.030 0.049 0.072 0.330 0.320 62 K 0.188 0.027 0.044 0.050 0.349 0.343 63 A 0.320 0.022 0.088 0.058 0.266 0.246 64 R 0.426 0.019 0.122 0.041 0.194 0.198 65 A 0.669 0.014 0.087 0.023 0.092 0.115 66 V 0.812 0.026 0.025 0.011 0.048 0.078 67 L 0.718 0.032 0.010 0.007 0.113 0.121 68 P 0.343 0.009 0.011 0.008 0.579 0.050 69 G 0.110 0.004 0.011 0.007 0.805 0.063 70 G 0.065 0.004 0.010 0.009 0.832 0.079 71 M 0.565 0.024 0.004 0.007 0.278 0.122 72 R 0.896 0.009 0.001 0.007 0.017 0.070 73 V 0.955 0.003 0.001 0.011 0.009 0.021 74 R 0.935 0.004 0.001 0.023 0.008 0.028 75 L 0.794 0.005 0.004 0.083 0.027 0.087 76 S 0.431 0.004 0.016 0.149 0.155 0.246 77 K 0.267 0.008 0.069 0.255 0.247 0.154 78 T 0.203 0.013 0.121 0.309 0.235 0.118 79 L 0.147 0.009 0.147 0.423 0.206 0.067 80 A 0.098 0.004 0.109 0.621 0.120 0.048 81 G 0.075 0.003 0.097 0.663 0.101 0.062 82 I 0.151 0.007 0.062 0.540 0.122 0.118 83 L 0.121 0.010 0.025 0.604 0.072 0.168 84 R 0.124 0.014 0.006 0.377 0.073 0.406 85 H 0.028 0.003 0.001 0.022 0.039 0.907