# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.009 0.882 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.090 0.004 0.006 0.005 2 P 0.001 0.014 0.929 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.016 0.001 0.005 3 S 0.001 0.022 0.765 0.001 0.022 0.017 0.001 0.001 0.001 0.104 0.063 0.002 0.004 4 S 0.001 0.005 0.273 0.001 0.232 0.165 0.001 0.001 0.001 0.146 0.169 0.002 0.005 5 S 0.001 0.008 0.143 0.003 0.265 0.337 0.001 0.001 0.002 0.084 0.138 0.007 0.011 6 Q 0.003 0.018 0.113 0.004 0.154 0.517 0.001 0.001 0.007 0.057 0.082 0.016 0.026 7 Y 0.012 0.043 0.127 0.008 0.068 0.516 0.003 0.001 0.016 0.056 0.053 0.031 0.067 8 R 0.020 0.029 0.142 0.012 0.054 0.497 0.003 0.002 0.016 0.058 0.074 0.052 0.041 9 R 0.021 0.030 0.168 0.004 0.051 0.413 0.004 0.005 0.019 0.060 0.123 0.024 0.079 10 Y 0.025 0.036 0.223 0.006 0.049 0.211 0.005 0.004 0.008 0.128 0.196 0.042 0.067 11 Q 0.010 0.070 0.300 0.006 0.031 0.111 0.002 0.001 0.005 0.218 0.180 0.030 0.037 12 D 0.001 0.012 0.731 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.210 0.020 0.007 0.005 13 P 0.001 0.005 0.178 0.001 0.043 0.007 0.001 0.001 0.001 0.100 0.660 0.001 0.004 14 H 0.001 0.022 0.108 0.001 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 0.107 0.712 0.002 0.003 15 H 0.001 0.035 0.528 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.377 0.025 0.008 0.003 16 P 0.001 0.008 0.486 0.001 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.115 0.343 0.001 0.016 17 S 0.002 0.032 0.313 0.003 0.031 0.006 0.001 0.001 0.003 0.205 0.383 0.007 0.014 18 I 0.001 0.032 0.546 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.343 0.020 0.043 0.006 19 P 0.001 0.024 0.823 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.071 0.017 0.001 0.054 20 T 0.001 0.053 0.659 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.007 0.148 0.023 0.087 0.009 21 P 0.002 0.032 0.586 0.008 0.034 0.026 0.001 0.001 0.008 0.102 0.113 0.003 0.085 22 T 0.013 0.042 0.375 0.013 0.100 0.065 0.008 0.002 0.016 0.126 0.123 0.090 0.028 23 T 0.038 0.041 0.263 0.006 0.114 0.082 0.011 0.006 0.029 0.126 0.112 0.052 0.119 24 L 0.037 0.059 0.279 0.012 0.106 0.068 0.014 0.007 0.035 0.067 0.139 0.046 0.132 25 F 0.025 0.029 0.293 0.019 0.055 0.058 0.008 0.006 0.013 0.125 0.228 0.087 0.055 26 S 0.016 0.028 0.348 0.012 0.032 0.037 0.004 0.002 0.010 0.252 0.147 0.025 0.088 27 Q 0.001 0.009 0.572 0.004 0.012 0.028 0.001 0.001 0.003 0.290 0.031 0.036 0.012 28 P 0.001 0.013 0.614 0.008 0.027 0.059 0.001 0.001 0.004 0.112 0.118 0.006 0.037 29 S 0.010 0.040 0.347 0.015 0.105 0.165 0.003 0.002 0.008 0.077 0.150 0.027 0.051 30 L 0.026 0.021 0.167 0.016 0.158 0.365 0.007 0.005 0.022 0.068 0.035 0.030 0.081 31 E 0.034 0.007 0.116 0.020 0.100 0.459 0.011 0.013 0.040 0.036 0.038 0.093 0.032 32 I 0.043 0.022 0.061 0.001 0.069 0.483 0.022 0.024 0.064 0.017 0.038 0.019 0.139 33 L 0.021 0.025 0.116 0.018 0.045 0.438 0.010 0.018 0.049 0.046 0.123 0.055 0.036 34 G 0.008 0.011 0.159 0.016 0.031 0.287 0.003 0.005 0.029 0.116 0.281 0.022 0.033 35 G 0.003 0.006 0.145 0.008 0.033 0.258 0.001 0.001 0.007 0.187 0.331 0.008 0.012 36 G 0.004 0.026 0.195 0.001 0.073 0.365 0.002 0.002 0.012 0.098 0.183 0.021 0.017 37 V 0.004 0.021 0.178 0.001 0.078 0.544 0.002 0.005 0.015 0.033 0.084 0.008 0.027 38 A 0.003 0.007 0.083 0.002 0.182 0.594 0.001 0.001 0.004 0.021 0.093 0.004 0.007 39 E 0.001 0.004 0.062 0.001 0.164 0.547 0.001 0.001 0.002 0.039 0.171 0.004 0.004 40 E 0.001 0.003 0.054 0.001 0.112 0.560 0.001 0.001 0.001 0.037 0.226 0.001 0.004 41 L 0.001 0.009 0.409 0.003 0.031 0.258 0.001 0.001 0.002 0.219 0.060 0.004 0.004 42 P 0.001 0.005 0.289 0.003 0.145 0.312 0.001 0.001 0.001 0.080 0.152 0.006 0.007 43 E 0.002 0.004 0.081 0.001 0.187 0.439 0.001 0.001 0.003 0.073 0.191 0.004 0.015 44 L 0.007 0.008 0.107 0.003 0.193 0.469 0.001 0.001 0.005 0.053 0.126 0.012 0.016 45 A 0.013 0.009 0.075 0.011 0.097 0.590 0.004 0.005 0.014 0.028 0.083 0.013 0.059 46 L 0.034 0.010 0.055 0.014 0.059 0.459 0.007 0.016 0.020 0.052 0.181 0.065 0.028 47 C 0.039 0.015 0.119 0.004 0.049 0.246 0.009 0.047 0.058 0.081 0.264 0.020 0.050 48 C 0.020 0.032 0.313 0.004 0.018 0.094 0.010 0.021 0.079 0.104 0.151 0.077 0.078 49 D 0.002 0.007 0.190 0.028 0.015 0.036 0.001 0.003 0.017 0.152 0.522 0.010 0.016 50 G 0.003 0.002 0.101 0.033 0.008 0.010 0.001 0.003 0.015 0.402 0.397 0.015 0.008 51 T 0.057 0.035 0.402 0.013 0.010 0.009 0.024 0.027 0.059 0.092 0.039 0.058 0.175 52 V 0.172 0.080 0.098 0.006 0.007 0.008 0.092 0.085 0.122 0.014 0.010 0.117 0.188 53 V 0.188 0.025 0.151 0.056 0.009 0.011 0.100 0.073 0.089 0.017 0.024 0.144 0.114 54 E 0.087 0.033 0.178 0.035 0.012 0.014 0.053 0.044 0.077 0.078 0.147 0.097 0.146 55 G 0.017 0.017 0.278 0.039 0.010 0.005 0.007 0.003 0.028 0.222 0.217 0.082 0.076 56 R 0.006 0.016 0.467 0.017 0.016 0.005 0.001 0.001 0.009 0.231 0.092 0.037 0.102 57 S 0.009 0.032 0.308 0.030 0.036 0.011 0.002 0.001 0.003 0.255 0.204 0.048 0.062 58 N 0.011 0.019 0.353 0.015 0.047 0.024 0.002 0.001 0.003 0.239 0.190 0.039 0.057 59 C 0.029 0.021 0.334 0.007 0.071 0.089 0.006 0.001 0.006 0.140 0.166 0.025 0.104 60 R 0.118 0.036 0.173 0.016 0.062 0.125 0.029 0.004 0.015 0.073 0.097 0.135 0.117 61 C 0.216 0.014 0.124 0.014 0.044 0.085 0.025 0.004 0.009 0.058 0.081 0.077 0.251 62 K 0.274 0.010 0.125 0.025 0.025 0.050 0.020 0.002 0.009 0.040 0.068 0.213 0.138 63 A 0.228 0.011 0.136 0.016 0.030 0.050 0.011 0.001 0.008 0.058 0.038 0.106 0.307 64 R 0.237 0.005 0.103 0.146 0.041 0.041 0.015 0.002 0.008 0.057 0.047 0.105 0.193 65 A 0.326 0.008 0.067 0.008 0.017 0.020 0.027 0.004 0.008 0.021 0.021 0.326 0.148 66 V 0.251 0.032 0.074 0.012 0.008 0.020 0.045 0.005 0.012 0.026 0.018 0.040 0.457 67 L 0.026 0.011 0.366 0.027 0.003 0.012 0.005 0.001 0.009 0.081 0.013 0.400 0.045 68 P 0.005 0.005 0.220 0.012 0.020 0.028 0.001 0.001 0.005 0.101 0.500 0.010 0.092 69 G 0.005 0.005 0.080 0.013 0.018 0.010 0.001 0.001 0.003 0.182 0.653 0.015 0.015 70 G 0.037 0.014 0.243 0.028 0.029 0.016 0.004 0.001 0.007 0.200 0.252 0.042 0.128 71 M 0.060 0.012 0.440 0.007 0.014 0.031 0.014 0.002 0.022 0.097 0.049 0.134 0.119 72 R 0.278 0.018 0.084 0.010 0.006 0.036 0.066 0.008 0.021 0.026 0.010 0.104 0.333 73 V 0.345 0.010 0.078 0.011 0.003 0.051 0.078 0.009 0.016 0.014 0.006 0.218 0.162 74 R 0.235 0.011 0.095 0.010 0.004 0.169 0.054 0.011 0.029 0.014 0.012 0.151 0.205 75 L 0.162 0.007 0.134 0.038 0.013 0.207 0.035 0.005 0.018 0.026 0.041 0.071 0.245 76 S 0.115 0.004 0.192 0.066 0.022 0.236 0.015 0.002 0.011 0.056 0.073 0.100 0.107 77 K 0.077 0.006 0.116 0.011 0.051 0.379 0.008 0.002 0.009 0.080 0.074 0.105 0.083 78 T 0.073 0.016 0.099 0.009 0.047 0.420 0.014 0.003 0.016 0.039 0.048 0.047 0.169 79 L 0.074 0.014 0.073 0.033 0.063 0.502 0.011 0.005 0.015 0.023 0.048 0.054 0.083 80 A 0.075 0.008 0.057 0.043 0.074 0.498 0.012 0.005 0.014 0.035 0.079 0.030 0.071 81 G 0.082 0.005 0.065 0.012 0.092 0.413 0.011 0.008 0.013 0.048 0.117 0.089 0.046 82 I 0.138 0.010 0.070 0.003 0.086 0.352 0.019 0.012 0.019 0.024 0.102 0.028 0.138 83 L 0.110 0.021 0.166 0.009 0.040 0.241 0.023 0.019 0.025 0.058 0.098 0.104 0.085 84 R 0.053 0.030 0.281 0.017 0.028 0.121 0.010 0.004 0.014 0.131 0.147 0.057 0.108 85 H 0.003 0.009 0.662 0.009 0.008 0.024 0.001 0.001 0.005 0.197 0.032 0.020 0.030