# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.185 0.098 0.036 0.087 0.074 0.080 0.116 0.107 0.101 0.073 0.043 2 P 0.295 0.195 0.058 0.113 0.087 0.071 0.071 0.045 0.033 0.022 0.010 3 S 0.384 0.247 0.066 0.111 0.068 0.045 0.036 0.020 0.013 0.007 0.003 4 S 0.350 0.146 0.047 0.126 0.097 0.074 0.070 0.042 0.028 0.015 0.006 5 S 0.333 0.158 0.106 0.132 0.085 0.061 0.057 0.029 0.021 0.011 0.006 6 Q 0.114 0.111 0.145 0.239 0.142 0.095 0.085 0.037 0.019 0.008 0.003 7 Y 0.042 0.040 0.070 0.092 0.097 0.122 0.193 0.151 0.108 0.062 0.024 8 R 0.041 0.081 0.198 0.229 0.167 0.108 0.088 0.044 0.027 0.012 0.005 9 R 0.060 0.117 0.215 0.224 0.149 0.088 0.077 0.034 0.021 0.010 0.004 10 Y 0.035 0.049 0.094 0.106 0.111 0.125 0.189 0.119 0.095 0.053 0.025 11 Q 0.157 0.166 0.173 0.173 0.124 0.079 0.067 0.030 0.018 0.009 0.004 12 D 0.143 0.195 0.096 0.145 0.119 0.083 0.099 0.057 0.036 0.019 0.007 13 P 0.519 0.165 0.063 0.087 0.060 0.035 0.031 0.017 0.013 0.007 0.003 14 H 0.360 0.177 0.055 0.112 0.091 0.065 0.070 0.034 0.022 0.011 0.005 15 H 0.130 0.110 0.039 0.117 0.115 0.103 0.143 0.105 0.077 0.043 0.020 16 P 0.363 0.151 0.054 0.129 0.098 0.071 0.059 0.034 0.022 0.013 0.006 17 S 0.324 0.245 0.064 0.130 0.085 0.056 0.046 0.024 0.015 0.007 0.003 18 I 0.092 0.049 0.024 0.074 0.082 0.100 0.156 0.157 0.133 0.088 0.045 19 P 0.349 0.204 0.057 0.123 0.088 0.061 0.052 0.028 0.019 0.012 0.007 20 T 0.181 0.233 0.090 0.170 0.119 0.074 0.061 0.034 0.021 0.011 0.005 21 P 0.323 0.109 0.037 0.114 0.107 0.091 0.088 0.056 0.038 0.025 0.014 22 T 0.180 0.182 0.088 0.176 0.129 0.090 0.075 0.034 0.024 0.014 0.008 23 T 0.136 0.182 0.101 0.206 0.130 0.087 0.075 0.039 0.025 0.014 0.007 24 L 0.044 0.033 0.018 0.062 0.084 0.106 0.179 0.153 0.138 0.109 0.074 25 F 0.041 0.060 0.053 0.103 0.112 0.114 0.172 0.120 0.107 0.073 0.046 26 S 0.113 0.131 0.082 0.190 0.138 0.100 0.102 0.056 0.042 0.028 0.019 27 Q 0.095 0.115 0.063 0.177 0.153 0.125 0.113 0.067 0.046 0.029 0.017 28 P 0.243 0.137 0.066 0.130 0.109 0.097 0.088 0.050 0.038 0.026 0.016 29 S 0.198 0.174 0.081 0.176 0.123 0.081 0.078 0.037 0.026 0.016 0.011 30 L 0.046 0.028 0.023 0.052 0.062 0.084 0.158 0.154 0.163 0.132 0.098 31 E 0.117 0.152 0.143 0.236 0.143 0.089 0.060 0.026 0.016 0.009 0.008 32 I 0.032 0.042 0.057 0.083 0.076 0.094 0.151 0.132 0.130 0.112 0.091 33 L 0.031 0.035 0.032 0.076 0.092 0.102 0.144 0.131 0.142 0.117 0.100 34 G 0.160 0.139 0.081 0.119 0.091 0.080 0.101 0.068 0.072 0.051 0.039 35 G 0.221 0.115 0.070 0.152 0.115 0.096 0.090 0.048 0.041 0.030 0.023 36 G 0.145 0.158 0.062 0.129 0.128 0.106 0.103 0.058 0.047 0.035 0.029 37 V 0.065 0.108 0.040 0.100 0.089 0.094 0.116 0.095 0.109 0.096 0.090 38 A 0.115 0.059 0.039 0.076 0.093 0.115 0.152 0.099 0.105 0.078 0.070 39 E 0.331 0.146 0.128 0.146 0.089 0.058 0.052 0.021 0.014 0.008 0.006 40 E 0.100 0.122 0.089 0.180 0.141 0.119 0.108 0.054 0.038 0.026 0.023 41 L 0.014 0.016 0.016 0.029 0.033 0.043 0.081 0.104 0.169 0.222 0.274 42 P 0.198 0.106 0.094 0.128 0.128 0.113 0.122 0.052 0.033 0.016 0.010 43 E 0.199 0.115 0.184 0.198 0.110 0.077 0.066 0.024 0.014 0.008 0.005 44 L 0.013 0.016 0.019 0.044 0.055 0.082 0.187 0.161 0.155 0.151 0.116 45 A 0.038 0.039 0.047 0.096 0.078 0.087 0.112 0.110 0.133 0.132 0.130 46 L 0.028 0.041 0.056 0.072 0.091 0.119 0.164 0.130 0.130 0.098 0.070 47 C 0.021 0.041 0.038 0.089 0.095 0.112 0.172 0.147 0.127 0.091 0.068 48 C 0.043 0.038 0.026 0.056 0.080 0.087 0.154 0.139 0.143 0.121 0.114 49 D 0.230 0.198 0.107 0.223 0.118 0.055 0.036 0.015 0.009 0.005 0.004 50 G 0.321 0.128 0.075 0.142 0.103 0.081 0.069 0.033 0.024 0.015 0.008 51 T 0.184 0.297 0.105 0.186 0.104 0.058 0.037 0.014 0.008 0.004 0.003 52 V 0.041 0.054 0.027 0.074 0.079 0.095 0.150 0.127 0.139 0.115 0.100 53 V 0.049 0.056 0.035 0.084 0.103 0.128 0.168 0.111 0.113 0.077 0.076 54 E 0.172 0.211 0.077 0.181 0.127 0.073 0.073 0.037 0.025 0.014 0.009 55 G 0.355 0.117 0.041 0.118 0.091 0.073 0.072 0.046 0.037 0.028 0.023 56 R 0.131 0.142 0.064 0.173 0.164 0.118 0.094 0.046 0.034 0.021 0.013 57 S 0.246 0.161 0.087 0.143 0.091 0.079 0.088 0.044 0.029 0.019 0.012 58 N 0.180 0.153 0.085 0.217 0.154 0.094 0.066 0.025 0.014 0.008 0.004 59 C 0.093 0.049 0.037 0.046 0.043 0.062 0.146 0.139 0.151 0.133 0.102 60 R 0.049 0.110 0.119 0.307 0.209 0.107 0.055 0.021 0.012 0.006 0.003 61 C 0.047 0.029 0.057 0.048 0.048 0.064 0.151 0.139 0.159 0.145 0.113 62 K 0.029 0.060 0.155 0.307 0.209 0.112 0.072 0.028 0.016 0.008 0.005 63 A 0.039 0.040 0.092 0.059 0.057 0.076 0.177 0.145 0.146 0.105 0.064 64 R 0.037 0.058 0.129 0.284 0.195 0.135 0.082 0.037 0.023 0.013 0.007 65 A 0.050 0.060 0.136 0.070 0.070 0.078 0.149 0.111 0.116 0.094 0.066 66 V 0.053 0.082 0.109 0.172 0.131 0.098 0.117 0.079 0.070 0.050 0.037 67 L 0.043 0.049 0.041 0.061 0.070 0.081 0.143 0.123 0.151 0.129 0.109 68 P 0.171 0.193 0.128 0.165 0.111 0.078 0.064 0.035 0.028 0.016 0.010 69 G 0.382 0.114 0.064 0.109 0.082 0.068 0.076 0.039 0.032 0.021 0.013 70 G 0.236 0.140 0.057 0.127 0.106 0.087 0.086 0.052 0.047 0.035 0.028 71 M 0.042 0.061 0.038 0.091 0.084 0.102 0.151 0.125 0.127 0.102 0.075 72 R 0.066 0.084 0.061 0.151 0.145 0.146 0.140 0.080 0.057 0.039 0.030 73 V 0.086 0.042 0.041 0.063 0.063 0.076 0.137 0.124 0.147 0.124 0.097 74 R 0.075 0.087 0.071 0.197 0.197 0.139 0.114 0.053 0.033 0.020 0.014 75 L 0.029 0.039 0.049 0.058 0.046 0.046 0.089 0.096 0.158 0.187 0.203 76 S 0.073 0.084 0.121 0.158 0.145 0.123 0.133 0.067 0.051 0.028 0.018 77 K 0.167 0.110 0.144 0.188 0.121 0.095 0.088 0.038 0.024 0.014 0.009 78 T 0.073 0.086 0.124 0.133 0.123 0.119 0.140 0.076 0.058 0.042 0.026 79 L 0.035 0.031 0.064 0.058 0.044 0.051 0.116 0.116 0.162 0.168 0.154 80 A 0.043 0.047 0.084 0.096 0.093 0.111 0.164 0.112 0.105 0.085 0.059 81 G 0.057 0.079 0.140 0.141 0.115 0.115 0.134 0.084 0.067 0.045 0.025 82 I 0.043 0.052 0.092 0.089 0.078 0.076 0.132 0.115 0.123 0.110 0.090 83 L 0.036 0.032 0.053 0.062 0.057 0.062 0.113 0.111 0.161 0.167 0.145 84 R 0.051 0.082 0.084 0.154 0.167 0.141 0.136 0.077 0.059 0.032 0.017 85 H 0.087 0.095 0.065 0.113 0.102 0.098 0.130 0.103 0.097 0.070 0.041