# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.003 0.001 0.002 0.016 0.003 0.969 2 P 0.010 0.009 0.005 0.008 0.015 0.016 0.937 3 S 0.025 0.020 0.035 0.036 0.137 0.087 0.661 4 S 0.021 0.005 0.111 0.090 0.168 0.165 0.441 5 S 0.034 0.006 0.155 0.221 0.121 0.172 0.291 6 Q 0.077 0.018 0.123 0.261 0.116 0.122 0.284 7 Y 0.112 0.029 0.105 0.344 0.061 0.079 0.270 8 R 0.162 0.032 0.081 0.322 0.066 0.066 0.270 9 R 0.241 0.027 0.080 0.208 0.101 0.108 0.235 10 Y 0.190 0.036 0.042 0.112 0.155 0.123 0.341 11 Q 0.128 0.073 0.028 0.047 0.273 0.096 0.356 12 D 0.030 0.026 0.007 0.002 0.197 0.014 0.723 13 P 0.007 0.006 0.032 0.005 0.111 0.721 0.119 14 H 0.007 0.028 0.026 0.005 0.183 0.644 0.108 15 H 0.012 0.022 0.014 0.002 0.467 0.028 0.455 16 P 0.016 0.032 0.014 0.002 0.163 0.167 0.607 17 S 0.032 0.085 0.020 0.002 0.281 0.221 0.359 18 I 0.051 0.030 0.003 0.001 0.430 0.015 0.470 19 P 0.045 0.055 0.002 0.002 0.097 0.018 0.781 20 T 0.088 0.051 0.002 0.001 0.199 0.007 0.651 21 P 0.075 0.021 0.062 0.041 0.132 0.215 0.454 22 T 0.127 0.022 0.148 0.064 0.173 0.253 0.213 23 T 0.265 0.040 0.149 0.082 0.101 0.078 0.286 24 L 0.313 0.043 0.107 0.096 0.076 0.076 0.290 25 F 0.299 0.032 0.050 0.054 0.125 0.117 0.323 26 S 0.201 0.038 0.029 0.037 0.215 0.105 0.375 27 Q 0.084 0.010 0.005 0.009 0.412 0.010 0.471 28 P 0.091 0.008 0.039 0.028 0.147 0.135 0.553 29 S 0.167 0.030 0.106 0.096 0.153 0.243 0.206 30 L 0.357 0.020 0.115 0.132 0.089 0.063 0.223 31 E 0.581 0.012 0.050 0.145 0.058 0.030 0.124 32 I 0.603 0.039 0.043 0.164 0.026 0.042 0.084 33 L 0.381 0.027 0.027 0.176 0.065 0.128 0.196 34 G 0.111 0.008 0.019 0.112 0.223 0.274 0.254 35 G 0.037 0.009 0.027 0.093 0.264 0.343 0.227 36 G 0.056 0.015 0.066 0.161 0.254 0.221 0.227 37 V 0.082 0.018 0.179 0.385 0.078 0.111 0.147 38 A 0.045 0.013 0.347 0.424 0.034 0.088 0.049 39 E 0.021 0.008 0.299 0.375 0.045 0.216 0.037 40 E 0.027 0.013 0.174 0.337 0.075 0.272 0.101 41 L 0.041 0.016 0.051 0.100 0.258 0.033 0.501 42 P 0.034 0.004 0.279 0.130 0.085 0.201 0.267 43 E 0.094 0.011 0.348 0.085 0.129 0.269 0.065 44 L 0.357 0.023 0.248 0.105 0.051 0.118 0.099 45 A 0.590 0.018 0.060 0.126 0.064 0.059 0.082 46 L 0.630 0.021 0.024 0.140 0.018 0.052 0.114 47 C 0.551 0.024 0.010 0.085 0.019 0.072 0.238 48 C 0.359 0.035 0.013 0.037 0.054 0.315 0.186 49 D 0.047 0.001 0.007 0.004 0.098 0.793 0.050 50 G 0.105 0.002 0.011 0.003 0.339 0.411 0.128 51 T 0.556 0.038 0.015 0.008 0.105 0.057 0.222 52 V 0.872 0.019 0.008 0.005 0.029 0.013 0.054 53 V 0.879 0.019 0.008 0.005 0.013 0.009 0.067 54 E 0.745 0.024 0.010 0.010 0.037 0.053 0.121 55 G 0.328 0.007 0.019 0.010 0.183 0.186 0.267 56 R 0.232 0.015 0.037 0.021 0.180 0.134 0.382 57 S 0.211 0.032 0.064 0.044 0.197 0.262 0.190 58 N 0.139 0.017 0.062 0.060 0.163 0.237 0.323 59 C 0.152 0.020 0.056 0.091 0.116 0.089 0.476 60 R 0.237 0.032 0.042 0.147 0.119 0.081 0.343 61 C 0.351 0.025 0.036 0.153 0.118 0.069 0.249 62 K 0.458 0.013 0.029 0.149 0.065 0.073 0.213 63 A 0.533 0.012 0.039 0.119 0.047 0.055 0.195 64 R 0.597 0.008 0.029 0.082 0.112 0.029 0.143 65 A 0.830 0.010 0.010 0.029 0.029 0.014 0.077 66 V 0.806 0.038 0.004 0.024 0.035 0.014 0.079 67 L 0.574 0.026 0.003 0.010 0.034 0.010 0.342 68 P 0.224 0.006 0.013 0.016 0.086 0.405 0.250 69 G 0.065 0.006 0.013 0.006 0.133 0.692 0.086 70 G 0.192 0.007 0.018 0.010 0.291 0.211 0.271 71 M 0.410 0.010 0.008 0.013 0.057 0.032 0.470 72 R 0.877 0.015 0.003 0.011 0.020 0.006 0.068 73 V 0.908 0.006 0.001 0.016 0.007 0.002 0.060 74 R 0.893 0.005 0.002 0.037 0.008 0.005 0.050 75 L 0.729 0.010 0.008 0.101 0.023 0.020 0.110 76 S 0.335 0.007 0.020 0.210 0.091 0.083 0.254 77 K 0.167 0.004 0.054 0.280 0.206 0.174 0.114 78 T 0.185 0.017 0.038 0.442 0.083 0.100 0.136 79 L 0.060 0.006 0.037 0.808 0.017 0.035 0.037 80 A 0.055 0.003 0.051 0.804 0.019 0.046 0.022 81 G 0.066 0.002 0.064 0.787 0.012 0.052 0.017 82 I 0.060 0.004 0.068 0.807 0.010 0.035 0.016 83 L 0.085 0.013 0.050 0.685 0.033 0.088 0.045 84 R 0.071 0.011 0.045 0.434 0.050 0.259 0.130 85 H 0.035 0.008 0.027 0.118 0.119 0.098 0.595