# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.267 0.458 0.003 0.019 0.029 0.011 0.001 0.187 0.001 0.001 2 P 0.147 0.005 0.788 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 3 S 0.219 0.126 0.386 0.094 0.092 0.032 0.011 0.014 0.012 0.013 0.001 4 S 0.426 0.102 0.184 0.131 0.076 0.019 0.015 0.017 0.013 0.016 0.001 5 S 0.547 0.062 0.155 0.139 0.048 0.009 0.011 0.013 0.006 0.009 0.001 6 Q 0.574 0.090 0.105 0.152 0.033 0.017 0.011 0.005 0.010 0.002 0.001 7 Y 0.411 0.212 0.164 0.116 0.030 0.031 0.012 0.003 0.019 0.002 0.001 8 R 0.369 0.294 0.161 0.055 0.046 0.028 0.019 0.002 0.023 0.002 0.001 9 R 0.321 0.324 0.198 0.066 0.037 0.028 0.007 0.002 0.015 0.001 0.001 10 Y 0.203 0.326 0.208 0.108 0.064 0.039 0.020 0.004 0.024 0.002 0.001 11 Q 0.160 0.414 0.184 0.107 0.031 0.041 0.013 0.001 0.048 0.001 0.001 12 D 0.026 0.153 0.450 0.004 0.054 0.032 0.020 0.001 0.253 0.007 0.001 13 P 0.652 0.003 0.235 0.035 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 14 H 0.267 0.097 0.130 0.409 0.020 0.033 0.015 0.011 0.017 0.001 0.001 15 H 0.016 0.196 0.343 0.006 0.026 0.024 0.023 0.001 0.364 0.001 0.001 16 P 0.398 0.005 0.519 0.032 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 17 S 0.167 0.114 0.241 0.314 0.042 0.049 0.024 0.027 0.016 0.005 0.001 18 I 0.013 0.423 0.361 0.003 0.019 0.024 0.007 0.001 0.148 0.001 0.001 19 P 0.090 0.006 0.827 0.011 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 20 T 0.031 0.300 0.496 0.002 0.068 0.014 0.005 0.001 0.080 0.002 0.001 21 P 0.265 0.008 0.569 0.012 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 22 T 0.327 0.182 0.167 0.178 0.085 0.020 0.010 0.009 0.017 0.003 0.001 23 T 0.143 0.418 0.217 0.048 0.110 0.026 0.008 0.002 0.027 0.002 0.001 24 L 0.195 0.345 0.274 0.079 0.019 0.055 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 25 F 0.162 0.380 0.178 0.100 0.087 0.038 0.017 0.004 0.030 0.004 0.001 26 S 0.144 0.193 0.270 0.184 0.073 0.059 0.031 0.014 0.021 0.008 0.002 27 Q 0.035 0.296 0.298 0.003 0.046 0.015 0.018 0.001 0.286 0.003 0.001 28 P 0.247 0.004 0.612 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 29 S 0.342 0.156 0.266 0.098 0.048 0.042 0.014 0.012 0.016 0.004 0.002 30 L 0.256 0.356 0.189 0.066 0.067 0.028 0.009 0.003 0.023 0.003 0.001 31 E 0.293 0.333 0.212 0.037 0.032 0.044 0.010 0.001 0.034 0.001 0.001 32 I 0.299 0.256 0.276 0.047 0.012 0.074 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 33 L 0.229 0.180 0.269 0.203 0.018 0.048 0.018 0.002 0.030 0.001 0.001 34 G 0.114 0.045 0.108 0.047 0.138 0.006 0.127 0.225 0.008 0.181 0.001 35 G 0.224 0.033 0.182 0.077 0.105 0.004 0.054 0.139 0.003 0.178 0.001 36 G 0.305 0.032 0.169 0.048 0.099 0.009 0.024 0.132 0.002 0.177 0.002 37 V 0.750 0.086 0.071 0.050 0.014 0.015 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 38 A 0.878 0.018 0.038 0.043 0.006 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 39 E 0.913 0.014 0.011 0.051 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 E 0.551 0.046 0.064 0.295 0.010 0.016 0.007 0.002 0.008 0.001 0.001 41 L 0.196 0.156 0.370 0.015 0.022 0.022 0.017 0.002 0.196 0.003 0.001 42 P 0.602 0.006 0.340 0.013 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 43 E 0.715 0.055 0.141 0.044 0.015 0.012 0.006 0.004 0.004 0.003 0.001 44 L 0.637 0.097 0.142 0.083 0.014 0.016 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 45 A 0.509 0.190 0.140 0.051 0.049 0.020 0.012 0.003 0.024 0.003 0.001 46 L 0.340 0.195 0.220 0.156 0.028 0.039 0.007 0.002 0.011 0.001 0.001 47 C 0.169 0.221 0.197 0.189 0.081 0.054 0.037 0.016 0.029 0.007 0.001 48 C 0.139 0.414 0.156 0.075 0.068 0.039 0.015 0.003 0.083 0.007 0.001 49 D 0.113 0.042 0.165 0.329 0.021 0.038 0.243 0.016 0.021 0.010 0.003 50 G 0.011 0.015 0.056 0.015 0.175 0.002 0.081 0.502 0.001 0.141 0.001 51 T 0.021 0.479 0.394 0.017 0.062 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 52 V 0.013 0.603 0.302 0.004 0.016 0.038 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 53 V 0.034 0.673 0.131 0.018 0.017 0.071 0.002 0.001 0.053 0.001 0.001 54 E 0.026 0.381 0.359 0.035 0.029 0.061 0.028 0.001 0.079 0.001 0.001 55 G 0.022 0.025 0.060 0.011 0.259 0.005 0.047 0.311 0.002 0.258 0.002 56 R 0.147 0.365 0.217 0.106 0.095 0.022 0.008 0.004 0.028 0.007 0.001 57 S 0.139 0.196 0.286 0.081 0.160 0.017 0.020 0.013 0.008 0.079 0.001 58 N 0.153 0.080 0.092 0.273 0.059 0.066 0.194 0.030 0.045 0.007 0.001 59 C 0.147 0.257 0.259 0.150 0.094 0.035 0.022 0.011 0.017 0.008 0.001 60 R 0.240 0.252 0.185 0.118 0.041 0.064 0.058 0.007 0.032 0.002 0.001 61 C 0.157 0.339 0.234 0.063 0.118 0.034 0.015 0.006 0.026 0.006 0.001 62 K 0.246 0.313 0.206 0.101 0.038 0.043 0.020 0.003 0.027 0.002 0.001 63 A 0.175 0.258 0.390 0.031 0.086 0.027 0.012 0.006 0.010 0.005 0.001 64 R 0.359 0.281 0.116 0.149 0.046 0.019 0.009 0.003 0.019 0.001 0.001 65 A 0.146 0.339 0.198 0.056 0.210 0.016 0.011 0.007 0.008 0.010 0.001 66 V 0.074 0.615 0.158 0.044 0.035 0.027 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 67 L 0.019 0.310 0.482 0.001 0.021 0.026 0.006 0.001 0.132 0.001 0.001 68 P 0.091 0.006 0.805 0.009 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 69 G 0.086 0.023 0.173 0.062 0.106 0.002 0.078 0.325 0.002 0.143 0.001 70 G 0.064 0.015 0.094 0.045 0.102 0.004 0.095 0.343 0.002 0.234 0.002 71 M 0.032 0.414 0.424 0.026 0.069 0.016 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 72 R 0.047 0.364 0.476 0.015 0.016 0.062 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 73 V 0.044 0.709 0.161 0.008 0.024 0.026 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 74 R 0.094 0.471 0.294 0.007 0.013 0.072 0.003 0.001 0.043 0.001 0.001 75 L 0.304 0.158 0.361 0.020 0.010 0.109 0.003 0.001 0.032 0.001 0.002 76 S 0.600 0.081 0.169 0.054 0.040 0.030 0.007 0.006 0.007 0.007 0.001 77 K 0.686 0.066 0.040 0.080 0.039 0.026 0.033 0.011 0.014 0.004 0.001 78 T 0.638 0.130 0.072 0.113 0.016 0.019 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 79 L 0.692 0.103 0.074 0.062 0.011 0.030 0.011 0.002 0.014 0.001 0.001 80 A 0.687 0.046 0.075 0.135 0.019 0.005 0.018 0.006 0.004 0.004 0.001 81 G 0.536 0.019 0.035 0.068 0.082 0.004 0.073 0.152 0.002 0.028 0.001 82 I 0.706 0.099 0.074 0.096 0.010 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 83 L 0.386 0.228 0.206 0.115 0.015 0.028 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 84 R 0.312 0.165 0.184 0.184 0.025 0.049 0.045 0.006 0.026 0.003 0.001 85 H 0.124 0.237 0.266 0.118 0.074 0.042 0.069 0.012 0.049 0.008 0.001