# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.449 0.295 0.008 0.155 0.002 0.007 0.021 0.007 0.006 0.009 2 P 0.033 0.524 0.192 0.008 0.140 0.006 0.011 0.042 0.018 0.013 0.012 3 S 0.059 0.272 0.108 0.011 0.140 0.014 0.041 0.160 0.105 0.063 0.027 4 S 0.051 0.099 0.046 0.009 0.088 0.010 0.018 0.297 0.224 0.123 0.036 5 S 0.035 0.065 0.028 0.007 0.071 0.006 0.021 0.434 0.216 0.100 0.017 6 Q 0.053 0.066 0.019 0.006 0.084 0.010 0.040 0.477 0.127 0.097 0.021 7 Y 0.098 0.097 0.024 0.007 0.152 0.009 0.019 0.315 0.130 0.109 0.039 8 R 0.064 0.125 0.045 0.008 0.168 0.011 0.028 0.343 0.129 0.057 0.023 9 R 0.089 0.129 0.039 0.008 0.188 0.018 0.069 0.248 0.099 0.083 0.031 10 Y 0.109 0.129 0.043 0.010 0.230 0.010 0.050 0.191 0.087 0.104 0.036 11 Q 0.056 0.229 0.126 0.039 0.158 0.041 0.079 0.093 0.058 0.089 0.031 12 D 0.166 0.180 0.085 0.005 0.484 0.002 0.007 0.022 0.013 0.008 0.028 13 P 0.018 0.061 0.023 0.002 0.050 0.009 0.034 0.358 0.384 0.054 0.006 14 H 0.024 0.081 0.067 0.023 0.054 0.019 0.107 0.131 0.130 0.334 0.030 15 H 0.175 0.179 0.083 0.010 0.329 0.006 0.021 0.063 0.038 0.040 0.056 16 P 0.029 0.175 0.073 0.006 0.122 0.009 0.025 0.225 0.254 0.064 0.017 17 S 0.083 0.136 0.063 0.006 0.144 0.009 0.044 0.136 0.133 0.196 0.050 18 I 0.061 0.422 0.192 0.005 0.253 0.002 0.008 0.026 0.011 0.011 0.010 19 P 0.088 0.302 0.158 0.013 0.243 0.013 0.037 0.052 0.028 0.030 0.036 20 T 0.041 0.416 0.296 0.010 0.165 0.004 0.012 0.024 0.013 0.008 0.011 21 P 0.123 0.223 0.074 0.010 0.245 0.012 0.022 0.091 0.088 0.054 0.057 22 T 0.096 0.176 0.052 0.012 0.231 0.022 0.053 0.109 0.127 0.086 0.036 23 T 0.134 0.220 0.071 0.010 0.329 0.008 0.026 0.082 0.044 0.043 0.032 24 L 0.155 0.144 0.034 0.013 0.265 0.023 0.045 0.107 0.073 0.084 0.057 25 F 0.124 0.202 0.066 0.025 0.252 0.022 0.041 0.093 0.057 0.068 0.051 26 S 0.094 0.162 0.121 0.035 0.158 0.022 0.034 0.073 0.067 0.158 0.076 27 Q 0.057 0.371 0.215 0.026 0.197 0.007 0.015 0.059 0.024 0.013 0.017 28 P 0.047 0.214 0.061 0.011 0.139 0.012 0.043 0.280 0.134 0.037 0.023 29 S 0.072 0.183 0.048 0.007 0.140 0.008 0.029 0.252 0.148 0.089 0.025 30 L 0.130 0.068 0.012 0.004 0.182 0.007 0.012 0.281 0.190 0.069 0.044 31 E 0.041 0.102 0.020 0.008 0.133 0.018 0.077 0.422 0.132 0.031 0.018 32 I 0.143 0.077 0.019 0.005 0.139 0.009 0.076 0.297 0.075 0.102 0.058 33 L 0.085 0.133 0.086 0.052 0.126 0.056 0.096 0.117 0.059 0.121 0.068 34 G 0.026 0.133 0.167 0.241 0.052 0.076 0.029 0.057 0.036 0.138 0.045 35 G 0.010 0.105 0.131 0.166 0.028 0.071 0.073 0.125 0.114 0.146 0.030 36 G 0.029 0.073 0.080 0.061 0.044 0.028 0.051 0.263 0.176 0.145 0.049 37 V 0.012 0.044 0.016 0.006 0.024 0.007 0.021 0.365 0.358 0.131 0.015 38 A 0.013 0.030 0.010 0.004 0.026 0.008 0.029 0.457 0.385 0.026 0.012 39 E 0.005 0.029 0.014 0.005 0.011 0.014 0.080 0.557 0.251 0.030 0.005 40 E 0.009 0.020 0.013 0.003 0.012 0.003 0.035 0.151 0.164 0.575 0.013 41 L 0.075 0.239 0.049 0.002 0.124 0.002 0.007 0.338 0.117 0.022 0.026 42 P 0.004 0.073 0.018 0.006 0.020 0.016 0.034 0.598 0.219 0.010 0.003 43 E 0.015 0.013 0.004 0.003 0.021 0.005 0.062 0.618 0.183 0.067 0.009 44 L 0.050 0.036 0.007 0.005 0.067 0.010 0.030 0.470 0.204 0.103 0.019 45 A 0.043 0.092 0.014 0.005 0.157 0.009 0.028 0.396 0.172 0.063 0.021 46 L 0.097 0.161 0.032 0.004 0.197 0.010 0.065 0.263 0.071 0.070 0.030 47 C 0.180 0.063 0.038 0.010 0.172 0.014 0.100 0.120 0.049 0.157 0.098 48 C 0.112 0.167 0.141 0.063 0.178 0.061 0.060 0.065 0.037 0.069 0.047 49 D 0.032 0.129 0.117 0.250 0.063 0.055 0.070 0.097 0.059 0.091 0.038 50 G 0.028 0.054 0.073 0.073 0.037 0.030 0.016 0.061 0.124 0.449 0.056 51 T 0.034 0.450 0.108 0.004 0.298 0.003 0.011 0.041 0.027 0.018 0.006 52 V 0.357 0.093 0.013 0.001 0.395 0.003 0.011 0.028 0.011 0.016 0.070 53 V 0.142 0.118 0.110 0.073 0.238 0.079 0.071 0.042 0.027 0.042 0.058 54 E 0.075 0.098 0.062 0.102 0.123 0.135 0.151 0.112 0.046 0.057 0.040 55 G 0.071 0.107 0.158 0.102 0.081 0.026 0.012 0.042 0.043 0.247 0.110 56 R 0.073 0.185 0.106 0.078 0.161 0.042 0.028 0.093 0.072 0.114 0.048 57 S 0.025 0.143 0.086 0.067 0.085 0.084 0.157 0.227 0.089 0.024 0.013 58 N 0.062 0.050 0.033 0.033 0.059 0.022 0.026 0.120 0.107 0.384 0.104 59 C 0.140 0.215 0.062 0.009 0.282 0.007 0.017 0.121 0.049 0.056 0.041 60 R 0.144 0.170 0.049 0.014 0.228 0.015 0.025 0.178 0.063 0.061 0.055 61 C 0.150 0.183 0.058 0.016 0.263 0.015 0.039 0.165 0.046 0.029 0.035 62 K 0.104 0.128 0.064 0.020 0.174 0.021 0.031 0.258 0.082 0.081 0.036 63 A 0.178 0.116 0.026 0.012 0.247 0.011 0.028 0.199 0.071 0.061 0.051 64 R 0.100 0.119 0.030 0.019 0.194 0.040 0.068 0.223 0.098 0.074 0.034 65 A 0.133 0.230 0.051 0.008 0.391 0.006 0.018 0.079 0.023 0.031 0.032 66 V 0.158 0.185 0.038 0.012 0.366 0.018 0.029 0.063 0.031 0.047 0.053 67 L 0.102 0.207 0.286 0.047 0.169 0.020 0.030 0.072 0.022 0.014 0.030 68 P 0.028 0.104 0.091 0.063 0.053 0.085 0.141 0.263 0.099 0.059 0.015 69 G 0.012 0.191 0.240 0.207 0.037 0.055 0.060 0.043 0.036 0.103 0.017 70 G 0.077 0.040 0.053 0.081 0.053 0.044 0.021 0.034 0.050 0.344 0.202 71 M 0.068 0.371 0.067 0.006 0.350 0.005 0.010 0.053 0.032 0.021 0.017 72 R 0.279 0.104 0.016 0.002 0.427 0.004 0.022 0.050 0.024 0.030 0.041 73 V 0.156 0.238 0.034 0.004 0.484 0.006 0.011 0.034 0.008 0.006 0.019 74 R 0.218 0.205 0.031 0.002 0.444 0.002 0.006 0.040 0.005 0.007 0.039 75 L 0.147 0.091 0.019 0.009 0.155 0.010 0.010 0.292 0.112 0.082 0.072 76 S 0.019 0.082 0.027 0.016 0.052 0.024 0.045 0.627 0.080 0.021 0.007 77 K 0.023 0.035 0.009 0.004 0.046 0.005 0.017 0.694 0.113 0.040 0.013 78 T 0.020 0.030 0.016 0.007 0.028 0.009 0.028 0.789 0.050 0.017 0.005 79 L 0.018 0.008 0.003 0.005 0.016 0.008 0.014 0.779 0.083 0.057 0.010 80 A 0.016 0.027 0.007 0.008 0.027 0.012 0.023 0.763 0.092 0.017 0.007 81 G 0.013 0.010 0.007 0.014 0.017 0.012 0.024 0.784 0.077 0.036 0.007 82 I 0.014 0.019 0.007 0.005 0.034 0.013 0.062 0.714 0.103 0.027 0.004 83 L 0.097 0.044 0.010 0.005 0.092 0.008 0.040 0.493 0.092 0.078 0.041 84 R 0.053 0.099 0.038 0.016 0.109 0.035 0.107 0.269 0.106 0.140 0.029 85 H 0.109 0.188 0.088 0.018 0.202 0.012 0.026 0.144 0.070 0.092 0.050