# TARGET T0262 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0262.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.542 0.217 0.115 0.078 0.035 0.012 0.001 2 P 0.647 0.203 0.083 0.044 0.017 0.005 0.001 3 S 0.704 0.185 0.066 0.032 0.010 0.002 0.001 4 S 0.594 0.233 0.108 0.046 0.015 0.004 0.001 5 S 0.662 0.201 0.082 0.038 0.013 0.003 0.001 6 Q 0.383 0.308 0.187 0.089 0.027 0.006 0.001 7 Y 0.169 0.163 0.202 0.256 0.167 0.041 0.003 8 R 0.247 0.283 0.242 0.152 0.059 0.015 0.002 9 R 0.235 0.334 0.229 0.137 0.051 0.013 0.001 10 Y 0.085 0.105 0.176 0.278 0.256 0.091 0.008 11 Q 0.240 0.267 0.215 0.159 0.085 0.031 0.004 12 D 0.295 0.269 0.206 0.141 0.063 0.023 0.003 13 P 0.342 0.272 0.181 0.125 0.058 0.019 0.002 14 H 0.245 0.258 0.212 0.164 0.086 0.032 0.004 15 H 0.272 0.255 0.205 0.153 0.083 0.028 0.004 16 P 0.369 0.235 0.166 0.122 0.073 0.029 0.005 17 S 0.373 0.284 0.171 0.105 0.047 0.017 0.003 18 I 0.188 0.176 0.206 0.230 0.145 0.050 0.006 19 P 0.410 0.293 0.168 0.088 0.031 0.009 0.001 20 T 0.385 0.274 0.173 0.108 0.045 0.013 0.002 21 P 0.326 0.224 0.189 0.148 0.081 0.029 0.004 22 T 0.252 0.265 0.219 0.150 0.078 0.030 0.005 23 T 0.196 0.242 0.217 0.171 0.105 0.057 0.013 24 L 0.088 0.120 0.146 0.217 0.232 0.163 0.034 25 F 0.052 0.081 0.127 0.218 0.254 0.213 0.056 26 S 0.135 0.219 0.228 0.204 0.127 0.070 0.017 27 Q 0.164 0.271 0.250 0.181 0.091 0.035 0.008 28 P 0.199 0.193 0.200 0.183 0.131 0.073 0.021 29 S 0.193 0.243 0.204 0.158 0.110 0.072 0.019 30 L 0.067 0.078 0.135 0.244 0.268 0.176 0.032 31 E 0.187 0.272 0.224 0.169 0.094 0.045 0.009 32 I 0.154 0.125 0.127 0.176 0.195 0.179 0.044 33 L 0.158 0.138 0.148 0.204 0.191 0.133 0.028 34 G 0.254 0.205 0.175 0.160 0.112 0.073 0.020 35 G 0.291 0.224 0.178 0.158 0.091 0.045 0.012 36 G 0.317 0.217 0.174 0.143 0.094 0.044 0.010 37 V 0.234 0.164 0.133 0.143 0.148 0.136 0.042 38 A 0.123 0.122 0.155 0.215 0.200 0.147 0.038 39 E 0.210 0.294 0.229 0.145 0.072 0.036 0.013 40 E 0.105 0.167 0.199 0.230 0.170 0.099 0.029 41 L 0.022 0.033 0.060 0.151 0.297 0.342 0.096 42 P 0.116 0.180 0.215 0.218 0.147 0.091 0.032 43 E 0.138 0.214 0.217 0.189 0.125 0.091 0.026 44 L 0.031 0.047 0.078 0.148 0.230 0.331 0.136 45 A 0.050 0.074 0.103 0.169 0.223 0.259 0.122 46 L 0.091 0.116 0.122 0.164 0.174 0.222 0.111 47 C 0.105 0.108 0.121 0.188 0.203 0.193 0.082 48 C 0.127 0.135 0.155 0.194 0.201 0.141 0.046 49 D 0.367 0.272 0.166 0.109 0.054 0.025 0.008 50 G 0.317 0.213 0.174 0.149 0.091 0.045 0.011 51 T 0.276 0.250 0.178 0.147 0.093 0.049 0.008 52 V 0.220 0.143 0.146 0.189 0.172 0.107 0.022 53 V 0.285 0.191 0.154 0.175 0.117 0.064 0.014 54 E 0.304 0.265 0.179 0.129 0.071 0.040 0.012 55 G 0.411 0.268 0.146 0.099 0.048 0.022 0.006 56 R 0.366 0.302 0.191 0.093 0.035 0.011 0.003 57 S 0.421 0.242 0.143 0.098 0.058 0.029 0.008 58 N 0.321 0.308 0.210 0.103 0.038 0.015 0.005 59 C 0.141 0.119 0.127 0.205 0.240 0.142 0.026 60 R 0.134 0.244 0.276 0.207 0.092 0.038 0.010 61 C 0.097 0.099 0.124 0.232 0.257 0.164 0.028 62 K 0.185 0.273 0.269 0.174 0.069 0.023 0.006 63 A 0.250 0.156 0.122 0.175 0.168 0.114 0.015 64 R 0.209 0.243 0.243 0.180 0.086 0.033 0.006 65 A 0.304 0.184 0.141 0.167 0.124 0.071 0.010 66 V 0.226 0.190 0.174 0.180 0.130 0.079 0.020 67 L 0.251 0.197 0.160 0.163 0.130 0.079 0.020 68 P 0.454 0.273 0.140 0.075 0.034 0.017 0.008 69 G 0.390 0.241 0.158 0.109 0.063 0.029 0.008 70 G 0.347 0.264 0.177 0.113 0.062 0.027 0.009 71 M 0.139 0.134 0.134 0.179 0.208 0.161 0.044 72 R 0.108 0.185 0.235 0.230 0.152 0.069 0.021 73 V 0.066 0.081 0.104 0.209 0.251 0.230 0.059 74 R 0.060 0.133 0.202 0.242 0.195 0.122 0.046 75 L 0.036 0.040 0.062 0.134 0.226 0.343 0.159 76 S 0.129 0.149 0.178 0.234 0.172 0.103 0.036 77 K 0.133 0.216 0.208 0.183 0.125 0.097 0.038 78 T 0.142 0.115 0.126 0.187 0.183 0.172 0.075 79 L 0.121 0.102 0.111 0.141 0.170 0.234 0.121 80 A 0.226 0.182 0.139 0.149 0.130 0.124 0.050 81 G 0.201 0.158 0.167 0.176 0.132 0.119 0.047 82 I 0.179 0.119 0.096 0.127 0.174 0.232 0.073 83 L 0.193 0.120 0.118 0.163 0.195 0.166 0.046 84 R 0.250 0.240 0.185 0.163 0.105 0.049 0.008 85 H 0.314 0.215 0.203 0.156 0.084 0.024 0.005