# TARGET T0261 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0261.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 136 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.007 0.003 0.004 0.139 0.821 2 E 0.091 0.058 0.006 0.017 0.107 0.720 3 G 0.168 0.117 0.019 0.054 0.206 0.435 4 L 0.083 0.011 0.235 0.158 0.386 0.127 5 E 0.030 0.003 0.312 0.156 0.394 0.104 6 A 0.064 0.011 0.362 0.159 0.338 0.066 7 Y 0.138 0.017 0.122 0.120 0.391 0.211 8 D 0.110 0.010 0.011 0.017 0.173 0.678 9 Y 0.410 0.024 0.006 0.015 0.105 0.440 10 H 0.639 0.017 0.002 0.019 0.036 0.286 11 L 0.581 0.063 0.002 0.027 0.035 0.292 12 P 0.156 0.013 0.011 0.181 0.115 0.524 13 P 0.003 0.001 0.156 0.783 0.036 0.022 14 E 0.005 0.001 0.187 0.754 0.045 0.008 15 Q 0.003 0.002 0.228 0.676 0.081 0.010 16 I 0.009 0.007 0.100 0.694 0.147 0.042 17 A 0.032 0.007 0.040 0.615 0.250 0.056 18 Q 0.020 0.003 0.018 0.422 0.324 0.213 19 E 0.039 0.019 0.002 0.033 0.528 0.379 20 G 0.029 0.009 0.001 0.014 0.210 0.736 21 V 0.038 0.022 0.003 0.019 0.297 0.621 22 E 0.024 0.015 0.003 0.015 0.179 0.763 23 P 0.043 0.035 0.006 0.037 0.144 0.735 24 R 0.049 0.010 0.045 0.117 0.243 0.537 25 D 0.052 0.009 0.148 0.127 0.300 0.363 26 M 0.076 0.012 0.251 0.128 0.294 0.239 27 A 0.125 0.013 0.270 0.094 0.284 0.215 28 R 0.303 0.015 0.185 0.073 0.200 0.225 29 L 0.692 0.007 0.083 0.044 0.088 0.086 30 M 0.830 0.005 0.017 0.028 0.048 0.072 31 V 0.878 0.015 0.005 0.016 0.040 0.046 32 V 0.774 0.024 0.005 0.012 0.064 0.120 33 Y 0.346 0.021 0.014 0.010 0.408 0.200 34 R 0.049 0.008 0.056 0.010 0.739 0.138 35 E 0.015 0.006 0.084 0.009 0.798 0.088 36 G 0.018 0.022 0.064 0.009 0.811 0.076 37 P 0.025 0.026 0.052 0.017 0.619 0.261 38 F 0.044 0.037 0.036 0.027 0.463 0.394 39 R 0.081 0.031 0.032 0.030 0.410 0.416 40 V 0.162 0.066 0.048 0.038 0.476 0.210 41 A 0.227 0.027 0.043 0.061 0.388 0.254 42 H 0.248 0.012 0.064 0.132 0.357 0.187 43 K 0.248 0.010 0.038 0.176 0.335 0.192 44 R 0.289 0.048 0.031 0.276 0.150 0.207 45 V 0.172 0.015 0.106 0.469 0.146 0.092 46 R 0.076 0.004 0.102 0.613 0.122 0.083 47 D 0.107 0.011 0.106 0.555 0.129 0.093 48 L 0.091 0.006 0.093 0.616 0.115 0.079 49 P 0.054 0.004 0.179 0.507 0.168 0.088 50 E 0.048 0.006 0.222 0.462 0.169 0.093 51 F 0.036 0.010 0.175 0.210 0.311 0.258 52 L 0.023 0.025 0.011 0.040 0.268 0.634 53 R 0.007 0.011 0.006 0.005 0.724 0.247 54 P 0.007 0.002 0.067 0.009 0.840 0.074 55 G 0.025 0.001 0.025 0.003 0.879 0.068 56 D 0.407 0.007 0.022 0.002 0.493 0.068 57 V 0.954 0.003 0.001 0.001 0.010 0.033 58 L 0.990 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 59 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 60 F 0.965 0.002 0.001 0.001 0.016 0.016 61 N 0.361 0.005 0.003 0.002 0.450 0.179 62 E 0.038 0.003 0.005 0.005 0.738 0.212 63 S 0.125 0.013 0.007 0.012 0.610 0.233 64 K 0.460 0.026 0.005 0.041 0.175 0.293 65 V 0.677 0.021 0.001 0.041 0.034 0.226 66 I 0.785 0.013 0.003 0.039 0.038 0.122 67 P 0.610 0.007 0.013 0.079 0.067 0.224 68 A 0.588 0.005 0.063 0.077 0.095 0.172 69 R 0.726 0.006 0.074 0.036 0.086 0.072 70 L 0.788 0.003 0.052 0.030 0.081 0.045 71 L 0.720 0.005 0.021 0.068 0.099 0.087 72 A 0.732 0.015 0.011 0.068 0.105 0.070 73 R 0.713 0.013 0.008 0.060 0.133 0.072 74 K 0.424 0.013 0.013 0.087 0.340 0.123 75 P 0.142 0.009 0.035 0.115 0.611 0.087 76 T 0.066 0.017 0.046 0.104 0.663 0.104 77 G 0.071 0.002 0.005 0.007 0.568 0.347 78 G 0.519 0.005 0.001 0.002 0.138 0.336 79 K 0.939 0.010 0.001 0.001 0.008 0.042 80 V 0.985 0.002 0.001 0.001 0.002 0.011 81 E 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 82 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 83 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 84 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 85 V 0.927 0.004 0.001 0.001 0.024 0.043 86 R 0.856 0.010 0.003 0.001 0.058 0.071 87 E 0.743 0.011 0.007 0.002 0.137 0.099 88 R 0.337 0.037 0.011 0.005 0.388 0.221 89 S 0.063 0.012 0.008 0.005 0.830 0.082 90 P 0.024 0.002 0.018 0.027 0.882 0.048 91 G 0.090 0.005 0.012 0.024 0.778 0.089 92 L 0.554 0.030 0.008 0.025 0.289 0.093 93 W 0.847 0.008 0.004 0.018 0.034 0.089 94 E 0.939 0.008 0.006 0.012 0.013 0.022 95 A 0.949 0.002 0.006 0.010 0.013 0.019 96 L 0.910 0.004 0.005 0.014 0.027 0.040 97 L 0.798 0.026 0.004 0.014 0.054 0.105 98 G 0.480 0.021 0.016 0.017 0.237 0.228 99 P 0.134 0.005 0.163 0.017 0.492 0.189 100 A 0.038 0.008 0.324 0.009 0.492 0.127 101 R 0.053 0.025 0.239 0.009 0.521 0.153 102 K 0.084 0.029 0.046 0.004 0.412 0.425 103 A 0.070 0.060 0.016 0.004 0.267 0.583 104 P 0.063 0.053 0.011 0.002 0.771 0.100 105 P 0.057 0.012 0.014 0.002 0.850 0.064 106 G 0.055 0.001 0.008 0.001 0.870 0.066 107 T 0.703 0.006 0.003 0.001 0.256 0.031 108 R 0.945 0.012 0.001 0.001 0.013 0.029 109 L 0.964 0.007 0.001 0.001 0.011 0.017 110 L 0.951 0.006 0.001 0.001 0.016 0.026 111 L 0.790 0.016 0.003 0.001 0.102 0.087 112 L 0.089 0.005 0.012 0.008 0.828 0.059 113 S 0.009 0.001 0.026 0.031 0.893 0.040 114 P 0.019 0.006 0.024 0.052 0.853 0.046 115 K 0.097 0.027 0.025 0.196 0.516 0.139 116 D 0.263 0.020 0.008 0.188 0.120 0.401 117 L 0.393 0.030 0.017 0.338 0.092 0.131 118 A 0.383 0.014 0.023 0.319 0.097 0.164 119 P 0.414 0.008 0.026 0.379 0.074 0.100 120 V 0.405 0.004 0.029 0.429 0.069 0.063 121 P 0.416 0.003 0.024 0.438 0.067 0.051 122 G 0.401 0.005 0.017 0.457 0.061 0.060 123 L 0.374 0.005 0.017 0.458 0.060 0.086 124 Q 0.310 0.004 0.019 0.524 0.064 0.079 125 A 0.227 0.004 0.015 0.596 0.062 0.095 126 E 0.226 0.005 0.016 0.530 0.082 0.142 127 V 0.291 0.008 0.020 0.430 0.114 0.137 128 V 0.294 0.009 0.026 0.346 0.160 0.165 129 A 0.218 0.011 0.028 0.242 0.311 0.190 130 V 0.105 0.006 0.040 0.163 0.519 0.166 131 E 0.070 0.004 0.035 0.083 0.599 0.210 132 E 0.249 0.011 0.025 0.036 0.444 0.235 133 D 0.616 0.008 0.008 0.024 0.137 0.206 134 G 0.865 0.007 0.003 0.015 0.031 0.079 135 V 0.920 0.005 0.003 0.012 0.018 0.043 136 R 0.890 0.004 0.006 0.019 0.033 0.047 137 L 0.828 0.006 0.007 0.019 0.060 0.080 138 L 0.468 0.015 0.017 0.040 0.282 0.179 139 R 0.097 0.009 0.025 0.034 0.614 0.221 140 F 0.016 0.003 0.023 0.029 0.669 0.260 141 Q 0.011 0.007 0.040 0.094 0.557 0.292 142 G 0.020 0.009 0.042 0.285 0.340 0.304 143 D 0.029 0.025 0.033 0.513 0.112 0.288 144 L 0.004 0.001 0.010 0.962 0.011 0.012 145 V 0.001 0.001 0.007 0.983 0.007 0.002 146 A 0.001 0.001 0.010 0.978 0.009 0.002 147 H 0.001 0.001 0.009 0.980 0.009 0.001 148 L 0.001 0.001 0.009 0.971 0.015 0.003 149 E 0.001 0.001 0.018 0.955 0.020 0.005 150 E 0.001 0.001 0.019 0.868 0.067 0.044 151 V 0.005 0.003 0.018 0.548 0.164 0.262 152 G 0.005 0.002 0.005 0.020 0.182 0.785 153 E 0.028 0.005 0.007 0.008 0.215 0.737 154 V 0.269 0.042 0.008 0.004 0.215 0.462 155 P 0.199 0.018 0.004 0.001 0.121 0.657 156 L 0.152 0.020 0.002 0.001 0.085 0.740 157 P 0.080 0.006 0.002 0.001 0.062 0.849 158 P 0.224 0.016 0.014 0.007 0.104 0.634 159 Y 0.358 0.026 0.033 0.012 0.161 0.410 160 I 0.353 0.029 0.039 0.020 0.206 0.353 161 K 0.262 0.045 0.025 0.022 0.203 0.443 162 A 0.101 0.030 0.015 0.025 0.360 0.469 163 K 0.020 0.011 0.010 0.017 0.482 0.458 164 I 0.012 0.011 0.006 0.007 0.486 0.479 165 P 0.011 0.014 0.013 0.013 0.515 0.434 166 M 0.017 0.012 0.103 0.127 0.370 0.370 167 E 0.064 0.008 0.175 0.187 0.306 0.259 168 R 0.193 0.017 0.174 0.205 0.221 0.190 169 Y 0.477 0.053 0.046 0.141 0.117 0.166 170 Q 0.575 0.014 0.020 0.168 0.086 0.137 171 T 0.628 0.005 0.015 0.176 0.074 0.102 172 V 0.536 0.010 0.030 0.210 0.081 0.133 173 Y 0.539 0.019 0.040 0.187 0.096 0.119 174 A 0.558 0.011 0.031 0.149 0.105 0.145 175 R 0.357 0.028 0.016 0.079 0.250 0.271 176 R 0.138 0.035 0.010 0.020 0.723 0.074 177 P 0.089 0.010 0.008 0.007 0.803 0.083 178 G 0.049 0.005 0.007 0.002 0.845 0.092 179 S 0.309 0.029 0.007 0.002 0.524 0.130 180 V 0.602 0.085 0.006 0.003 0.125 0.180 181 A 0.482 0.063 0.016 0.006 0.177 0.256 182 A 0.389 0.026 0.029 0.008 0.250 0.299 183 P 0.214 0.010 0.068 0.008 0.357 0.343 184 T 0.122 0.009 0.116 0.011 0.520 0.221 185 A 0.133 0.009 0.175 0.015 0.453 0.214 186 G 0.198 0.023 0.138 0.013 0.430 0.198 187 L 0.212 0.014 0.104 0.012 0.454 0.203 188 H 0.312 0.024 0.025 0.013 0.296 0.330 189 F 0.172 0.044 0.008 0.013 0.243 0.521 190 T 0.040 0.006 0.001 0.027 0.093 0.833 191 P 0.002 0.001 0.005 0.930 0.023 0.039 192 E 0.002 0.001 0.004 0.955 0.023 0.014 193 L 0.001 0.001 0.003 0.981 0.011 0.005 194 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 195 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 197 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 198 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 199 E 0.001 0.001 0.004 0.980 0.011 0.005 200 M 0.002 0.001 0.011 0.640 0.111 0.235 201 G 0.004 0.001 0.001 0.002 0.103 0.889 202 V 0.057 0.001 0.001 0.001 0.132 0.809 203 E 0.556 0.007 0.001 0.001 0.061 0.376 204 L 0.974 0.003 0.001 0.001 0.004 0.018 205 R 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 206 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 207 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 208 T 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 209 L 0.953 0.002 0.001 0.001 0.011 0.033 210 H 0.926 0.004 0.001 0.001 0.022 0.046 211 V 0.817 0.007 0.001 0.001 0.061 0.114 212 G 0.641 0.006 0.001 0.001 0.110 0.241 213 P 0.608 0.006 0.004 0.001 0.126 0.254 214 G 0.529 0.006 0.015 0.002 0.179 0.267 215 T 0.658 0.011 0.011 0.003 0.130 0.187 216 F 0.570 0.022 0.008 0.003 0.122 0.276 217 R 0.414 0.023 0.003 0.002 0.150 0.408 218 P 0.202 0.019 0.008 0.003 0.266 0.502 219 V 0.085 0.023 0.023 0.011 0.293 0.566 220 K 0.062 0.043 0.015 0.012 0.260 0.607 221 G 0.052 0.032 0.017 0.024 0.240 0.634 222 D 0.032 0.016 0.012 0.044 0.301 0.594 223 P 0.024 0.010 0.087 0.424 0.343 0.111 224 E 0.017 0.004 0.120 0.396 0.404 0.059 225 K 0.054 0.021 0.141 0.306 0.418 0.059 226 H 0.118 0.027 0.199 0.175 0.375 0.107 227 E 0.186 0.052 0.140 0.109 0.378 0.136 228 M 0.274 0.022 0.127 0.041 0.359 0.178 229 H 0.290 0.007 0.030 0.014 0.308 0.352 230 A 0.401 0.007 0.024 0.011 0.223 0.334 231 E 0.665 0.009 0.011 0.005 0.114 0.197 232 P 0.843 0.018 0.009 0.003 0.046 0.082 233 Y 0.876 0.003 0.004 0.001 0.035 0.082 234 A 0.908 0.006 0.002 0.001 0.027 0.057 235 I 0.710 0.021 0.001 0.001 0.047 0.220 236 P 0.182 0.009 0.001 0.007 0.091 0.711 237 E 0.002 0.001 0.024 0.900 0.042 0.031 238 E 0.001 0.001 0.015 0.947 0.030 0.007 239 V 0.001 0.001 0.009 0.983 0.006 0.001 240 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 241 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 242 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 243 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 244 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 245 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 246 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.007 0.005 247 K 0.004 0.001 0.005 0.977 0.008 0.006 248 A 0.008 0.001 0.009 0.937 0.026 0.018 249 E 0.009 0.003 0.021 0.759 0.070 0.138 250 G 0.008 0.001 0.001 0.005 0.158 0.827 251 R 0.057 0.001 0.002 0.002 0.215 0.724 252 R 0.692 0.014 0.001 0.001 0.100 0.191 253 V 0.945 0.004 0.001 0.001 0.017 0.032 254 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 255 A 0.960 0.003 0.001 0.002 0.009 0.025 256 V 0.753 0.002 0.002 0.011 0.069 0.163 257 G 0.339 0.004 0.003 0.037 0.226 0.390 258 T 0.128 0.019 0.007 0.174 0.310 0.363 259 T 0.045 0.018 0.019 0.721 0.116 0.081 260 V 0.030 0.006 0.020 0.865 0.040 0.039 261 V 0.006 0.001 0.009 0.972 0.008 0.004 262 R 0.006 0.001 0.008 0.968 0.012 0.006 263 A 0.007 0.001 0.007 0.966 0.012 0.007 264 L 0.016 0.001 0.007 0.950 0.020 0.008 265 E 0.014 0.001 0.013 0.937 0.027 0.009 266 S 0.013 0.002 0.013 0.914 0.040 0.018 267 A 0.013 0.002 0.018 0.880 0.050 0.038 268 Y 0.044 0.045 0.025 0.669 0.122 0.096 269 R 0.022 0.014 0.026 0.314 0.567 0.057 270 E 0.010 0.002 0.018 0.166 0.723 0.080 271 G 0.008 0.002 0.012 0.026 0.860 0.092 272 V 0.037 0.005 0.006 0.011 0.759 0.182 273 G 0.313 0.031 0.004 0.008 0.162 0.482 274 V 0.632 0.099 0.004 0.005 0.081 0.179 275 V 0.652 0.030 0.008 0.005 0.150 0.156 276 A 0.474 0.037 0.023 0.007 0.261 0.199 277 G 0.255 0.017 0.036 0.007 0.469 0.217 278 E 0.257 0.020 0.034 0.005 0.492 0.192 279 G 0.155 0.020 0.024 0.005 0.563 0.233 280 E 0.169 0.019 0.035 0.004 0.569 0.203 281 T 0.284 0.016 0.034 0.004 0.444 0.217 282 R 0.527 0.018 0.035 0.007 0.256 0.156 283 L 0.716 0.027 0.015 0.008 0.104 0.129 284 F 0.691 0.025 0.011 0.012 0.100 0.161 285 I 0.512 0.050 0.011 0.017 0.143 0.267 286 R 0.199 0.040 0.009 0.008 0.630 0.114 287 P 0.063 0.008 0.015 0.009 0.809 0.096 288 P 0.039 0.006 0.011 0.004 0.874 0.066 289 Y 0.144 0.036 0.019 0.011 0.722 0.068 290 T 0.426 0.023 0.015 0.027 0.259 0.250 291 F 0.711 0.017 0.013 0.031 0.107 0.120 292 K 0.809 0.016 0.006 0.035 0.047 0.086 293 V 0.725 0.031 0.008 0.074 0.041 0.121 294 V 0.469 0.007 0.026 0.301 0.073 0.123 295 D 0.454 0.005 0.036 0.310 0.100 0.096 296 A 0.364 0.017 0.054 0.316 0.156 0.093 297 L 0.368 0.028 0.068 0.267 0.206 0.063 298 F 0.342 0.009 0.089 0.205 0.298 0.057 299 T 0.192 0.008 0.075 0.153 0.447 0.125 300 N 0.061 0.009 0.125 0.057 0.587 0.160 301 F 0.058 0.019 0.060 0.049 0.513 0.300 302 H 0.026 0.023 0.054 0.021 0.458 0.417 303 L 0.015 0.028 0.006 0.021 0.374 0.556 304 P 0.006 0.003 0.007 0.094 0.308 0.582 305 R 0.002 0.001 0.014 0.841 0.077 0.064 306 S 0.004 0.001 0.008 0.925 0.046 0.017 307 T 0.005 0.002 0.008 0.954 0.017 0.014 308 L 0.003 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 309 L 0.003 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 310 M 0.003 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 311 L 0.010 0.001 0.002 0.983 0.003 0.002 312 V 0.008 0.001 0.004 0.974 0.009 0.005 313 A 0.004 0.001 0.006 0.947 0.025 0.018 314 A 0.006 0.001 0.007 0.885 0.059 0.043 315 F 0.007 0.002 0.009 0.855 0.084 0.043 316 L 0.003 0.003 0.012 0.698 0.126 0.158 317 G 0.002 0.003 0.010 0.224 0.135 0.627 318 R 0.002 0.001 0.013 0.816 0.078 0.090 319 E 0.001 0.001 0.006 0.939 0.034 0.020 320 R 0.001 0.001 0.004 0.974 0.011 0.010 321 T 0.001 0.001 0.002 0.981 0.005 0.011 322 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 323 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 324 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 325 Y 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.009 326 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 327 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 328 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 329 V 0.001 0.001 0.011 0.980 0.007 0.001 330 A 0.001 0.001 0.017 0.961 0.019 0.003 331 E 0.001 0.001 0.011 0.927 0.035 0.026 332 G 0.013 0.002 0.008 0.385 0.206 0.386 333 Y 0.131 0.011 0.005 0.111 0.158 0.586 334 R 0.650 0.010 0.004 0.025 0.081 0.230 335 F 0.921 0.005 0.001 0.008 0.015 0.049 336 Y 0.917 0.003 0.001 0.007 0.018 0.053 337 S 0.816 0.006 0.002 0.009 0.031 0.136 338 L 0.594 0.005 0.015 0.013 0.142 0.231 339 G 0.297 0.013 0.033 0.011 0.412 0.233 340 D 0.126 0.016 0.071 0.015 0.552 0.218 341 A 0.275 0.011 0.042 0.015 0.387 0.270 342 M 0.480 0.017 0.022 0.014 0.202 0.266 343 L 0.545 0.034 0.009 0.013 0.124 0.274 344 I 0.345 0.036 0.007 0.020 0.093 0.499 345 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.981