# TARGET T0261 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0261.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.2898 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.007 0.008 0.014 0.171 0.774 2 E 0.078 0.023 0.016 0.026 0.220 0.638 3 G 0.076 0.035 0.028 0.019 0.247 0.594 4 L 0.079 0.045 0.139 0.034 0.391 0.313 5 E 0.112 0.009 0.180 0.038 0.390 0.271 6 A 0.130 0.010 0.301 0.060 0.303 0.196 7 Y 0.174 0.044 0.071 0.067 0.285 0.358 8 D 0.184 0.026 0.043 0.026 0.312 0.409 9 Y 0.205 0.017 0.015 0.010 0.230 0.523 10 H 0.151 0.033 0.010 0.007 0.202 0.597 11 L 0.087 0.057 0.002 0.004 0.149 0.701 12 P 0.027 0.012 0.003 0.009 0.108 0.841 13 P 0.002 0.001 0.171 0.790 0.025 0.011 14 E 0.005 0.001 0.313 0.636 0.038 0.008 15 Q 0.006 0.001 0.332 0.618 0.038 0.005 16 I 0.028 0.008 0.070 0.796 0.058 0.039 17 A 0.027 0.009 0.039 0.797 0.063 0.066 18 Q 0.036 0.006 0.030 0.568 0.138 0.221 19 E 0.034 0.011 0.021 0.265 0.202 0.466 20 G 0.016 0.013 0.019 0.117 0.233 0.603 21 V 0.020 0.016 0.019 0.027 0.256 0.663 22 E 0.029 0.013 0.014 0.022 0.236 0.686 23 P 0.037 0.015 0.036 0.033 0.315 0.565 24 R 0.035 0.021 0.075 0.033 0.355 0.480 25 D 0.054 0.017 0.093 0.032 0.401 0.403 26 M 0.031 0.006 0.508 0.096 0.278 0.083 27 A 0.124 0.006 0.259 0.069 0.381 0.161 28 R 0.292 0.006 0.172 0.062 0.300 0.167 29 L 0.657 0.012 0.038 0.055 0.089 0.148 30 M 0.822 0.012 0.010 0.036 0.039 0.081 31 V 0.897 0.006 0.005 0.013 0.018 0.061 32 V 0.823 0.016 0.004 0.011 0.032 0.114 33 Y 0.578 0.023 0.005 0.007 0.252 0.134 34 R 0.144 0.008 0.010 0.004 0.684 0.151 35 E 0.039 0.007 0.012 0.007 0.794 0.141 36 G 0.050 0.013 0.007 0.008 0.753 0.170 37 P 0.129 0.019 0.010 0.036 0.366 0.440 38 F 0.318 0.051 0.020 0.069 0.198 0.345 39 R 0.413 0.039 0.027 0.136 0.180 0.206 40 V 0.472 0.028 0.032 0.153 0.171 0.143 41 A 0.415 0.009 0.050 0.158 0.213 0.155 42 H 0.224 0.010 0.059 0.272 0.271 0.164 43 K 0.226 0.017 0.051 0.131 0.335 0.239 44 R 0.239 0.023 0.055 0.089 0.208 0.386 45 V 0.331 0.025 0.113 0.147 0.182 0.202 46 R 0.258 0.025 0.119 0.141 0.209 0.248 47 D 0.141 0.029 0.167 0.188 0.279 0.197 48 L 0.011 0.004 0.502 0.314 0.121 0.049 49 P 0.005 0.001 0.651 0.242 0.082 0.019 50 E 0.007 0.001 0.516 0.368 0.092 0.015 51 F 0.029 0.013 0.310 0.378 0.155 0.115 52 L 0.060 0.152 0.048 0.278 0.178 0.284 53 R 0.044 0.013 0.038 0.046 0.826 0.033 54 P 0.037 0.004 0.017 0.022 0.882 0.038 55 G 0.010 0.001 0.010 0.005 0.942 0.032 56 D 0.455 0.024 0.006 0.003 0.476 0.037 57 V 0.971 0.010 0.001 0.002 0.005 0.013 58 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 F 0.955 0.003 0.001 0.010 0.009 0.021 61 N 0.389 0.005 0.019 0.018 0.256 0.314 62 E 0.124 0.007 0.063 0.034 0.511 0.261 63 S 0.092 0.009 0.113 0.047 0.510 0.228 64 K 0.221 0.018 0.056 0.067 0.361 0.277 65 V 0.275 0.039 0.019 0.047 0.156 0.464 66 I 0.381 0.021 0.016 0.029 0.174 0.378 67 P 0.441 0.011 0.045 0.047 0.196 0.260 68 A 0.547 0.011 0.077 0.044 0.152 0.168 69 R 0.728 0.009 0.070 0.040 0.073 0.080 70 L 0.768 0.006 0.041 0.060 0.054 0.070 71 L 0.724 0.006 0.027 0.069 0.077 0.097 72 A 0.774 0.007 0.012 0.031 0.066 0.109 73 R 0.758 0.020 0.006 0.019 0.076 0.122 74 K 0.520 0.028 0.010 0.012 0.308 0.122 75 P 0.168 0.013 0.020 0.008 0.693 0.098 76 T 0.059 0.010 0.024 0.008 0.787 0.112 77 G 0.072 0.008 0.009 0.002 0.728 0.180 78 G 0.318 0.010 0.005 0.003 0.282 0.382 79 K 0.789 0.010 0.002 0.001 0.049 0.149 80 V 0.959 0.002 0.001 0.001 0.011 0.027 81 E 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 82 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 83 L 0.987 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 84 L 0.978 0.001 0.001 0.003 0.004 0.015 85 V 0.940 0.001 0.001 0.007 0.014 0.037 86 R 0.884 0.004 0.002 0.008 0.040 0.063 87 E 0.706 0.009 0.005 0.007 0.127 0.146 88 R 0.277 0.034 0.009 0.008 0.284 0.388 89 S 0.036 0.008 0.004 0.002 0.911 0.040 90 P 0.007 0.001 0.020 0.006 0.939 0.027 91 G 0.007 0.001 0.030 0.016 0.923 0.023 92 L 0.208 0.038 0.037 0.027 0.668 0.023 93 W 0.632 0.017 0.014 0.082 0.087 0.168 94 E 0.874 0.006 0.014 0.053 0.024 0.029 95 A 0.877 0.002 0.014 0.069 0.017 0.022 96 L 0.879 0.004 0.005 0.054 0.019 0.039 97 L 0.685 0.014 0.006 0.060 0.057 0.179 98 G 0.326 0.014 0.012 0.043 0.243 0.361 99 P 0.158 0.009 0.073 0.064 0.407 0.289 100 A 0.077 0.022 0.182 0.048 0.467 0.204 101 R 0.099 0.042 0.112 0.037 0.490 0.220 102 K 0.098 0.027 0.033 0.021 0.330 0.491 103 A 0.092 0.044 0.009 0.008 0.262 0.584 104 P 0.076 0.024 0.008 0.004 0.792 0.095 105 P 0.052 0.008 0.010 0.004 0.854 0.072 106 G 0.024 0.003 0.010 0.003 0.891 0.068 107 T 0.461 0.028 0.007 0.003 0.420 0.080 108 R 0.854 0.010 0.002 0.003 0.027 0.103 109 L 0.958 0.004 0.002 0.004 0.012 0.021 110 L 0.957 0.003 0.002 0.005 0.009 0.023 111 L 0.882 0.005 0.002 0.005 0.033 0.073 112 L 0.569 0.013 0.004 0.006 0.129 0.279 113 S 0.179 0.016 0.010 0.006 0.341 0.449 114 P 0.063 0.017 0.072 0.011 0.556 0.280 115 K 0.058 0.018 0.207 0.016 0.536 0.164 116 D 0.057 0.016 0.245 0.016 0.542 0.125 117 L 0.079 0.037 0.088 0.020 0.534 0.241 118 A 0.088 0.029 0.027 0.013 0.447 0.396 119 P 0.081 0.045 0.023 0.018 0.420 0.412 120 V 0.070 0.033 0.024 0.013 0.628 0.231 121 P 0.067 0.012 0.035 0.017 0.650 0.218 122 G 0.092 0.010 0.048 0.024 0.550 0.275 123 L 0.429 0.026 0.017 0.017 0.263 0.248 124 Q 0.699 0.008 0.004 0.014 0.064 0.212 125 A 0.889 0.002 0.002 0.011 0.028 0.068 126 E 0.945 0.001 0.001 0.012 0.013 0.028 127 V 0.959 0.001 0.001 0.016 0.007 0.017 128 V 0.936 0.001 0.001 0.021 0.011 0.030 129 A 0.919 0.002 0.001 0.011 0.018 0.048 130 V 0.846 0.012 0.003 0.009 0.039 0.091 131 E 0.552 0.017 0.026 0.011 0.357 0.037 132 E 0.271 0.010 0.046 0.009 0.618 0.046 133 D 0.055 0.001 0.036 0.007 0.849 0.052 134 G 0.261 0.007 0.009 0.002 0.610 0.111 135 V 0.581 0.010 0.002 0.002 0.081 0.325 136 R 0.877 0.009 0.001 0.002 0.030 0.081 137 L 0.949 0.003 0.001 0.002 0.013 0.033 138 L 0.945 0.004 0.002 0.004 0.011 0.034 139 R 0.849 0.005 0.004 0.008 0.040 0.093 140 F 0.411 0.009 0.006 0.027 0.151 0.396 141 Q 0.088 0.005 0.008 0.047 0.241 0.610 142 G 0.028 0.006 0.018 0.273 0.326 0.349 143 D 0.013 0.007 0.022 0.686 0.138 0.135 144 L 0.004 0.002 0.014 0.944 0.019 0.017 145 V 0.005 0.001 0.009 0.958 0.014 0.013 146 A 0.003 0.001 0.010 0.963 0.014 0.010 147 H 0.003 0.001 0.011 0.968 0.011 0.006 148 L 0.001 0.001 0.007 0.977 0.009 0.005 149 E 0.001 0.001 0.009 0.975 0.009 0.006 150 E 0.001 0.001 0.007 0.964 0.013 0.015 151 V 0.002 0.001 0.008 0.892 0.032 0.065 152 G 0.004 0.002 0.006 0.049 0.139 0.800 153 E 0.038 0.015 0.018 0.023 0.170 0.736 154 V 0.124 0.026 0.018 0.014 0.168 0.650 155 P 0.073 0.016 0.015 0.015 0.127 0.753 156 L 0.020 0.007 0.003 0.004 0.057 0.909 157 P 0.018 0.006 0.007 0.006 0.102 0.860 158 P 0.028 0.008 0.081 0.055 0.290 0.536 159 Y 0.047 0.016 0.152 0.050 0.318 0.417 160 I 0.102 0.050 0.115 0.115 0.282 0.336 161 K 0.086 0.024 0.059 0.070 0.399 0.363 162 A 0.044 0.010 0.056 0.057 0.453 0.380 163 K 0.041 0.013 0.028 0.037 0.415 0.465 164 I 0.057 0.030 0.007 0.013 0.312 0.581 165 P 0.015 0.008 0.002 0.005 0.138 0.832 166 M 0.024 0.008 0.179 0.255 0.303 0.231 167 E 0.086 0.006 0.202 0.121 0.417 0.169 168 R 0.246 0.007 0.208 0.105 0.312 0.122 169 Y 0.656 0.015 0.018 0.061 0.089 0.161 170 Q 0.748 0.012 0.007 0.060 0.053 0.120 171 T 0.788 0.005 0.004 0.062 0.037 0.104 172 V 0.773 0.008 0.008 0.053 0.044 0.114 173 Y 0.709 0.013 0.013 0.073 0.097 0.094 174 A 0.613 0.011 0.012 0.032 0.160 0.172 175 R 0.247 0.021 0.011 0.036 0.280 0.405 176 R 0.134 0.029 0.008 0.016 0.546 0.265 177 P 0.085 0.018 0.018 0.065 0.592 0.222 178 G 0.075 0.019 0.024 0.025 0.673 0.184 179 S 0.263 0.032 0.034 0.015 0.542 0.114 180 V 0.452 0.026 0.035 0.015 0.227 0.245 181 A 0.713 0.031 0.026 0.013 0.113 0.103 182 A 0.565 0.010 0.015 0.007 0.152 0.251 183 P 0.448 0.006 0.035 0.012 0.189 0.310 184 T 0.520 0.017 0.047 0.017 0.137 0.262 185 A 0.563 0.020 0.081 0.037 0.117 0.181 186 G 0.671 0.014 0.083 0.046 0.084 0.101 187 L 0.590 0.007 0.138 0.084 0.112 0.070 188 H 0.465 0.021 0.061 0.092 0.179 0.181 189 F 0.182 0.021 0.012 0.052 0.269 0.465 190 T 0.025 0.005 0.002 0.046 0.169 0.752 191 P 0.001 0.001 0.013 0.968 0.013 0.005 192 E 0.001 0.001 0.013 0.982 0.004 0.001 193 L 0.001 0.001 0.019 0.974 0.005 0.001 194 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 195 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 196 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 197 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 198 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 199 E 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.002 200 M 0.001 0.001 0.006 0.934 0.014 0.046 201 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.968 202 V 0.045 0.006 0.006 0.003 0.093 0.847 203 E 0.525 0.009 0.008 0.003 0.072 0.383 204 L 0.873 0.004 0.012 0.004 0.028 0.080 205 R 0.935 0.001 0.004 0.002 0.017 0.041 206 F 0.976 0.001 0.002 0.001 0.007 0.014 207 L 0.974 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 208 T 0.955 0.002 0.001 0.004 0.012 0.027 209 L 0.901 0.005 0.002 0.006 0.022 0.064 210 H 0.758 0.009 0.006 0.006 0.074 0.147 211 V 0.556 0.030 0.007 0.006 0.150 0.249 212 G 0.238 0.023 0.012 0.004 0.534 0.189 213 P 0.107 0.012 0.017 0.008 0.704 0.151 214 G 0.069 0.010 0.026 0.005 0.761 0.129 215 T 0.230 0.028 0.035 0.007 0.577 0.124 216 F 0.422 0.037 0.060 0.014 0.263 0.204 217 R 0.509 0.024 0.057 0.018 0.202 0.191 218 P 0.495 0.018 0.043 0.011 0.204 0.229 219 V 0.407 0.047 0.018 0.010 0.180 0.338 220 K 0.220 0.036 0.010 0.009 0.236 0.489 221 G 0.083 0.018 0.004 0.005 0.219 0.670 222 D 0.044 0.015 0.009 0.012 0.318 0.602 223 P 0.014 0.005 0.341 0.143 0.427 0.070 224 E 0.024 0.003 0.317 0.105 0.477 0.073 225 K 0.029 0.008 0.340 0.155 0.370 0.097 226 H 0.107 0.052 0.051 0.114 0.246 0.429 227 E 0.148 0.068 0.024 0.078 0.156 0.527 228 M 0.063 0.031 0.156 0.231 0.302 0.217 229 H 0.063 0.015 0.096 0.119 0.390 0.318 230 A 0.041 0.007 0.088 0.039 0.485 0.341 231 E 0.083 0.011 0.029 0.020 0.352 0.505 232 P 0.242 0.026 0.035 0.021 0.226 0.451 233 Y 0.449 0.041 0.042 0.026 0.190 0.252 234 A 0.492 0.068 0.025 0.019 0.124 0.272 235 I 0.186 0.036 0.005 0.015 0.136 0.622 236 P 0.052 0.005 0.002 0.032 0.108 0.801 237 E 0.001 0.001 0.024 0.961 0.010 0.005 238 E 0.001 0.001 0.034 0.947 0.013 0.004 239 V 0.001 0.001 0.016 0.976 0.006 0.002 240 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 241 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 242 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 243 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 244 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 245 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 246 A 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 247 K 0.001 0.001 0.008 0.980 0.011 0.001 248 A 0.001 0.001 0.013 0.956 0.028 0.002 249 E 0.001 0.001 0.021 0.826 0.103 0.049 250 G 0.003 0.002 0.004 0.011 0.288 0.692 251 R 0.023 0.002 0.001 0.001 0.117 0.857 252 R 0.806 0.006 0.001 0.001 0.036 0.150 253 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 254 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 255 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 256 V 0.893 0.002 0.002 0.010 0.022 0.071 257 G 0.429 0.003 0.010 0.032 0.135 0.392 258 T 0.159 0.008 0.032 0.245 0.193 0.364 259 T 0.054 0.009 0.042 0.702 0.078 0.115 260 V 0.023 0.005 0.028 0.880 0.032 0.032 261 V 0.012 0.001 0.019 0.934 0.023 0.011 262 R 0.013 0.001 0.023 0.925 0.032 0.007 263 A 0.009 0.001 0.022 0.938 0.026 0.004 264 L 0.004 0.001 0.020 0.952 0.017 0.006 265 E 0.003 0.001 0.027 0.950 0.013 0.006 266 S 0.003 0.001 0.032 0.940 0.015 0.009 267 A 0.005 0.001 0.043 0.887 0.025 0.039 268 Y 0.012 0.008 0.053 0.703 0.079 0.144 269 R 0.029 0.014 0.074 0.353 0.396 0.134 270 E 0.029 0.006 0.046 0.260 0.508 0.151 271 G 0.023 0.003 0.023 0.046 0.635 0.269 272 V 0.085 0.008 0.015 0.010 0.546 0.336 273 G 0.302 0.025 0.010 0.009 0.208 0.446 274 V 0.564 0.067 0.008 0.007 0.100 0.254 275 V 0.540 0.035 0.007 0.006 0.144 0.269 276 A 0.416 0.031 0.012 0.007 0.204 0.329 277 G 0.215 0.022 0.020 0.006 0.425 0.312 278 E 0.151 0.020 0.031 0.008 0.546 0.244 279 G 0.120 0.008 0.046 0.007 0.580 0.239 280 E 0.209 0.018 0.050 0.009 0.448 0.266 281 T 0.368 0.029 0.022 0.004 0.280 0.297 282 R 0.537 0.010 0.009 0.002 0.162 0.280 283 L 0.901 0.007 0.003 0.001 0.029 0.059 284 F 0.968 0.006 0.001 0.001 0.009 0.016 285 I 0.946 0.009 0.001 0.001 0.011 0.032 286 R 0.703 0.008 0.002 0.002 0.111 0.173 287 P 0.196 0.006 0.005 0.003 0.319 0.471 288 P 0.106 0.012 0.018 0.012 0.476 0.377 289 Y 0.135 0.024 0.029 0.049 0.418 0.345 290 T 0.198 0.013 0.032 0.144 0.277 0.336 291 F 0.217 0.012 0.023 0.462 0.112 0.175 292 K 0.415 0.007 0.013 0.421 0.045 0.099 293 V 0.316 0.006 0.008 0.615 0.022 0.034 294 V 0.350 0.004 0.007 0.553 0.037 0.050 295 D 0.341 0.003 0.015 0.508 0.066 0.067 296 A 0.389 0.005 0.029 0.435 0.089 0.052 297 L 0.304 0.011 0.030 0.463 0.125 0.067 298 F 0.202 0.012 0.042 0.495 0.151 0.099 299 T 0.083 0.010 0.029 0.605 0.120 0.153 300 N 0.049 0.008 0.032 0.344 0.169 0.396 301 F 0.044 0.017 0.030 0.444 0.168 0.297 302 H 0.050 0.029 0.029 0.318 0.237 0.338 303 L 0.019 0.021 0.013 0.219 0.237 0.492 304 P 0.008 0.008 0.015 0.291 0.191 0.486 305 R 0.002 0.002 0.020 0.907 0.030 0.040 306 S 0.001 0.001 0.008 0.974 0.008 0.009 307 T 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.002 308 L 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 309 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 310 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 311 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 312 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 313 A 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 314 A 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 315 F 0.001 0.001 0.010 0.983 0.003 0.003 316 L 0.001 0.001 0.011 0.955 0.009 0.024 317 G 0.001 0.002 0.009 0.700 0.028 0.261 318 R 0.001 0.001 0.010 0.939 0.015 0.035 319 E 0.001 0.001 0.006 0.979 0.007 0.007 320 R 0.001 0.001 0.008 0.982 0.004 0.005 321 T 0.001 0.001 0.004 0.989 0.002 0.003 322 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 323 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 324 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 325 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 326 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 327 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 328 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.003 329 V 0.002 0.001 0.009 0.966 0.013 0.009 330 A 0.004 0.001 0.020 0.921 0.045 0.010 331 E 0.006 0.001 0.018 0.821 0.092 0.062 332 G 0.011 0.004 0.010 0.138 0.218 0.618 333 Y 0.074 0.020 0.004 0.011 0.212 0.679 334 R 0.403 0.013 0.003 0.007 0.106 0.468 335 F 0.834 0.015 0.004 0.003 0.037 0.107 336 Y 0.821 0.017 0.005 0.003 0.037 0.118 337 S 0.732 0.007 0.013 0.004 0.114 0.130 338 L 0.426 0.009 0.015 0.013 0.298 0.240 339 G 0.225 0.008 0.018 0.007 0.448 0.293 340 D 0.452 0.013 0.022 0.013 0.310 0.190 341 A 0.676 0.013 0.046 0.031 0.125 0.109 342 M 0.778 0.008 0.039 0.053 0.063 0.059 343 L 0.825 0.006 0.026 0.060 0.026 0.057 344 I 0.642 0.012 0.013 0.106 0.035 0.191 345 L 0.299 0.008 0.004 0.026 0.061 0.602