# TARGET T0257 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.021 0.442 0.011 0.024 0.031 0.005 0.001 0.012 0.144 0.068 0.128 0.097 2 A 0.025 0.028 0.374 0.014 0.007 0.012 0.007 0.002 0.037 0.044 0.019 0.017 0.416 3 V 0.037 0.006 0.186 0.242 0.002 0.003 0.003 0.001 0.008 0.093 0.006 0.386 0.028 4 D 0.147 0.005 0.193 0.055 0.002 0.005 0.014 0.001 0.022 0.032 0.005 0.032 0.487 5 M 0.468 0.002 0.066 0.010 0.002 0.006 0.046 0.003 0.023 0.012 0.004 0.251 0.107 6 F 0.693 0.002 0.016 0.005 0.001 0.003 0.065 0.005 0.009 0.002 0.001 0.028 0.172 7 I 0.698 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.054 0.009 0.005 0.001 0.001 0.182 0.040 8 K 0.830 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.045 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.100 9 I 0.444 0.009 0.053 0.002 0.001 0.002 0.031 0.002 0.034 0.008 0.006 0.363 0.044 10 G 0.013 0.005 0.107 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.221 0.585 0.015 0.040 11 D 0.001 0.003 0.074 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.240 0.664 0.001 0.003 12 V 0.015 0.041 0.368 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.004 0.212 0.130 0.139 0.077 13 K 0.025 0.105 0.169 0.005 0.026 0.005 0.004 0.001 0.003 0.196 0.255 0.023 0.182 14 G 0.012 0.012 0.242 0.042 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 0.297 0.245 0.081 0.026 15 E 0.010 0.025 0.510 0.010 0.019 0.023 0.001 0.001 0.001 0.175 0.076 0.008 0.142 16 S 0.014 0.076 0.342 0.003 0.044 0.089 0.002 0.001 0.001 0.120 0.120 0.128 0.060 17 K 0.010 0.053 0.187 0.004 0.079 0.219 0.001 0.001 0.001 0.151 0.178 0.019 0.100 18 D 0.007 0.021 0.178 0.008 0.250 0.317 0.001 0.001 0.001 0.056 0.122 0.010 0.029 19 K 0.005 0.007 0.098 0.006 0.280 0.191 0.001 0.001 0.001 0.115 0.269 0.015 0.013 20 T 0.003 0.008 0.121 0.012 0.131 0.129 0.001 0.001 0.001 0.180 0.382 0.008 0.024 21 H 0.002 0.042 0.461 0.002 0.050 0.135 0.001 0.001 0.001 0.145 0.102 0.017 0.044 22 A 0.002 0.008 0.099 0.002 0.035 0.198 0.001 0.001 0.001 0.114 0.530 0.004 0.009 23 E 0.004 0.001 0.095 0.009 0.039 0.059 0.001 0.001 0.001 0.131 0.647 0.009 0.007 24 E 0.075 0.023 0.289 0.003 0.034 0.058 0.017 0.002 0.018 0.059 0.040 0.018 0.364 25 I 0.298 0.022 0.138 0.018 0.008 0.048 0.078 0.019 0.063 0.017 0.008 0.199 0.084 26 D 0.432 0.007 0.052 0.004 0.001 0.008 0.068 0.010 0.086 0.011 0.001 0.107 0.212 27 V 0.230 0.006 0.090 0.048 0.005 0.015 0.049 0.044 0.144 0.006 0.003 0.064 0.295 28 L 0.274 0.003 0.060 0.308 0.003 0.016 0.040 0.022 0.054 0.029 0.005 0.109 0.076 29 A 0.349 0.005 0.071 0.012 0.006 0.015 0.051 0.018 0.064 0.016 0.006 0.123 0.264 30 W 0.368 0.004 0.081 0.011 0.007 0.012 0.062 0.016 0.032 0.022 0.007 0.144 0.234 31 S 0.209 0.010 0.136 0.044 0.015 0.019 0.050 0.011 0.052 0.039 0.028 0.191 0.195 32 W 0.099 0.008 0.167 0.038 0.047 0.049 0.020 0.016 0.053 0.112 0.151 0.059 0.180 33 G 0.130 0.012 0.172 0.026 0.053 0.034 0.014 0.002 0.024 0.100 0.218 0.124 0.091 34 M 0.069 0.036 0.299 0.020 0.063 0.038 0.010 0.002 0.021 0.101 0.112 0.043 0.187 35 S 0.037 0.043 0.332 0.041 0.042 0.035 0.005 0.002 0.022 0.178 0.102 0.083 0.081 36 Q 0.015 0.015 0.391 0.024 0.022 0.032 0.005 0.003 0.016 0.203 0.024 0.141 0.111 37 S 0.014 0.033 0.499 0.012 0.017 0.029 0.004 0.002 0.016 0.066 0.039 0.028 0.240 38 G 0.034 0.170 0.365 0.013 0.018 0.041 0.006 0.005 0.022 0.100 0.045 0.100 0.081 39 S 0.010 0.068 0.546 0.007 0.016 0.029 0.002 0.002 0.021 0.138 0.026 0.029 0.106 40 M 0.005 0.013 0.220 0.014 0.082 0.091 0.001 0.001 0.007 0.226 0.301 0.012 0.026 41 H 0.004 0.020 0.150 0.004 0.074 0.066 0.001 0.001 0.006 0.180 0.469 0.013 0.014 42 M 0.005 0.047 0.308 0.003 0.058 0.041 0.001 0.001 0.006 0.266 0.217 0.013 0.035 43 G 0.003 0.047 0.358 0.004 0.025 0.026 0.001 0.001 0.005 0.264 0.240 0.012 0.014 44 G 0.003 0.038 0.315 0.002 0.021 0.015 0.001 0.001 0.003 0.320 0.260 0.006 0.017 45 G 0.002 0.056 0.330 0.004 0.022 0.010 0.001 0.001 0.003 0.344 0.202 0.008 0.018 46 G 0.002 0.035 0.365 0.004 0.041 0.011 0.001 0.001 0.003 0.267 0.234 0.018 0.018 47 G 0.003 0.051 0.377 0.006 0.048 0.008 0.001 0.001 0.003 0.223 0.238 0.014 0.027 48 A 0.008 0.030 0.321 0.007 0.056 0.010 0.001 0.001 0.004 0.255 0.230 0.022 0.056 49 G 0.017 0.014 0.237 0.036 0.027 0.013 0.002 0.002 0.005 0.315 0.202 0.074 0.056 50 K 0.038 0.037 0.365 0.030 0.014 0.014 0.004 0.002 0.013 0.192 0.059 0.059 0.172 51 V 0.059 0.026 0.308 0.006 0.009 0.009 0.013 0.008 0.025 0.049 0.019 0.214 0.255 52 N 0.100 0.035 0.217 0.032 0.007 0.009 0.018 0.040 0.034 0.048 0.025 0.211 0.224 53 V 0.103 0.028 0.192 0.021 0.009 0.006 0.018 0.008 0.030 0.041 0.045 0.109 0.389 54 Q 0.113 0.009 0.266 0.105 0.005 0.004 0.014 0.007 0.026 0.094 0.042 0.233 0.083 55 D 0.124 0.004 0.171 0.179 0.005 0.004 0.019 0.002 0.022 0.140 0.043 0.058 0.229 56 L 0.413 0.003 0.056 0.003 0.001 0.003 0.086 0.026 0.060 0.013 0.005 0.197 0.134 57 S 0.444 0.002 0.013 0.001 0.001 0.002 0.242 0.115 0.043 0.002 0.001 0.050 0.085 58 F 0.371 0.003 0.025 0.004 0.001 0.006 0.218 0.098 0.056 0.002 0.002 0.092 0.123 59 T 0.323 0.005 0.084 0.078 0.001 0.007 0.109 0.025 0.066 0.017 0.006 0.119 0.159 60 K 0.062 0.010 0.209 0.038 0.002 0.018 0.053 0.006 0.061 0.068 0.013 0.234 0.226 61 Y 0.016 0.010 0.521 0.015 0.006 0.020 0.012 0.003 0.044 0.041 0.012 0.031 0.270 62 I 0.013 0.061 0.460 0.020 0.017 0.052 0.009 0.003 0.066 0.111 0.016 0.095 0.077 63 D 0.003 0.049 0.446 0.006 0.061 0.128 0.003 0.001 0.026 0.142 0.040 0.012 0.083 64 K 0.001 0.005 0.134 0.003 0.098 0.284 0.001 0.001 0.006 0.151 0.302 0.006 0.009 65 S 0.001 0.018 0.152 0.001 0.043 0.379 0.001 0.001 0.004 0.133 0.258 0.004 0.008 66 T 0.001 0.007 0.273 0.001 0.015 0.447 0.001 0.001 0.003 0.220 0.025 0.002 0.006 67 P 0.001 0.001 0.015 0.001 0.007 0.951 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.001 0.001 68 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 73 C 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.001 0.001 74 S 0.001 0.002 0.016 0.001 0.014 0.775 0.001 0.001 0.001 0.015 0.174 0.002 0.001 75 S 0.001 0.002 0.024 0.001 0.018 0.215 0.001 0.001 0.001 0.035 0.704 0.001 0.001 76 G 0.001 0.001 0.092 0.001 0.018 0.019 0.001 0.001 0.001 0.126 0.742 0.001 0.001 77 K 0.001 0.012 0.498 0.001 0.048 0.024 0.001 0.001 0.004 0.266 0.115 0.011 0.020 78 H 0.001 0.132 0.478 0.003 0.048 0.013 0.001 0.001 0.012 0.092 0.075 0.034 0.110 79 Y 0.002 0.016 0.619 0.041 0.027 0.005 0.001 0.001 0.013 0.128 0.030 0.038 0.080 80 P 0.009 0.009 0.245 0.153 0.041 0.005 0.002 0.001 0.014 0.222 0.117 0.113 0.069 81 Q 0.163 0.013 0.104 0.018 0.017 0.002 0.041 0.003 0.053 0.043 0.033 0.055 0.456 82 A 0.418 0.003 0.060 0.009 0.004 0.001 0.076 0.003 0.032 0.006 0.003 0.297 0.088 83 K 0.657 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.066 0.001 0.016 0.001 0.001 0.028 0.214 84 L 0.725 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.032 0.001 0.005 0.001 0.001 0.180 0.042 85 T 0.818 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.026 0.001 0.004 0.001 0.001 0.042 0.100 86 I 0.679 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.090 0.181 87 R 0.652 0.001 0.018 0.022 0.001 0.001 0.013 0.001 0.004 0.003 0.001 0.115 0.168 88 K 0.415 0.010 0.048 0.014 0.002 0.002 0.010 0.001 0.006 0.014 0.004 0.135 0.342 89 A 0.113 0.009 0.224 0.009 0.008 0.003 0.006 0.001 0.005 0.052 0.034 0.118 0.420 90 G 0.010 0.008 0.134 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.263 0.394 0.087 0.081 91 G 0.001 0.003 0.048 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.702 0.007 0.009 92 E 0.002 0.002 0.145 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.493 0.304 0.016 0.029 93 N 0.010 0.012 0.469 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.029 0.140 0.092 94 Q 0.023 0.036 0.213 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.034 0.005 0.021 0.653 95 V 0.060 0.007 0.161 0.086 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.024 0.003 0.561 0.088 96 E 0.210 0.005 0.059 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.013 0.002 0.090 0.596 97 Y 0.571 0.001 0.023 0.024 0.001 0.001 0.034 0.001 0.002 0.003 0.001 0.143 0.197 98 L 0.801 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.071 99 I 0.872 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.087 100 I 0.837 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.029 101 T 0.774 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.030 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 0.172 102 L 0.455 0.001 0.019 0.006 0.004 0.005 0.027 0.003 0.008 0.003 0.004 0.251 0.215 103 K 0.145 0.003 0.036 0.388 0.016 0.004 0.003 0.001 0.005 0.083 0.173 0.063 0.080 104 E 0.021 0.001 0.027 0.436 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.161 0.237 0.072 0.031 105 V 0.213 0.001 0.084 0.003 0.002 0.001 0.022 0.017 0.018 0.042 0.008 0.181 0.408 106 L 0.370 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.078 0.093 0.074 0.002 0.001 0.248 0.110 107 V 0.275 0.003 0.020 0.021 0.001 0.001 0.073 0.151 0.088 0.002 0.001 0.030 0.336 108 S 0.151 0.001 0.016 0.664 0.001 0.001 0.025 0.027 0.024 0.004 0.001 0.068 0.019 109 S 0.258 0.004 0.041 0.046 0.001 0.001 0.123 0.033 0.118 0.014 0.004 0.148 0.208 110 V 0.281 0.007 0.071 0.010 0.004 0.003 0.086 0.049 0.076 0.022 0.003 0.065 0.324 111 S 0.073 0.010 0.150 0.006 0.002 0.002 0.035 0.033 0.125 0.020 0.003 0.472 0.068 112 T 0.053 0.019 0.147 0.009 0.005 0.004 0.020 0.017 0.072 0.027 0.013 0.026 0.589 113 G 0.046 0.045 0.402 0.079 0.019 0.010 0.013 0.007 0.042 0.092 0.048 0.119 0.079 114 G 0.008 0.038 0.482 0.013 0.035 0.009 0.002 0.001 0.016 0.238 0.074 0.029 0.056 115 S 0.002 0.028 0.337 0.003 0.059 0.012 0.001 0.001 0.005 0.259 0.258 0.009 0.027 116 G 0.001 0.022 0.293 0.002 0.062 0.009 0.001 0.001 0.002 0.269 0.321 0.010 0.011 117 G 0.001 0.011 0.197 0.001 0.055 0.008 0.001 0.001 0.001 0.289 0.422 0.004 0.012 118 E 0.001 0.010 0.162 0.006 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 0.286 0.467 0.008 0.010 119 D 0.004 0.021 0.323 0.008 0.022 0.009 0.001 0.001 0.001 0.372 0.169 0.017 0.053 120 R 0.006 0.030 0.589 0.005 0.007 0.007 0.001 0.001 0.002 0.155 0.022 0.099 0.078 121 L 0.015 0.037 0.491 0.008 0.011 0.008 0.003 0.001 0.003 0.053 0.040 0.053 0.276 122 T 0.100 0.018 0.268 0.040 0.022 0.015 0.007 0.001 0.007 0.052 0.049 0.099 0.321 123 E 0.219 0.008 0.113 0.035 0.007 0.010 0.007 0.001 0.007 0.043 0.009 0.405 0.138 124 N 0.295 0.003 0.045 0.016 0.002 0.005 0.015 0.001 0.006 0.012 0.003 0.045 0.553 125 V 0.384 0.001 0.032 0.017 0.001 0.002 0.010 0.001 0.004 0.004 0.001 0.459 0.086 126 T 0.538 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.003 0.001 0.041 0.380 127 L 0.570 0.001 0.012 0.009 0.001 0.002 0.018 0.001 0.003 0.003 0.001 0.285 0.095 128 N 0.550 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.022 0.001 0.006 0.003 0.001 0.140 0.254 129 F 0.315 0.002 0.032 0.035 0.005 0.001 0.016 0.001 0.007 0.006 0.004 0.065 0.510 130 A 0.227 0.001 0.034 0.305 0.006 0.001 0.010 0.001 0.005 0.029 0.006 0.299 0.077 131 Q 0.299 0.002 0.036 0.040 0.004 0.001 0.010 0.001 0.006 0.018 0.004 0.107 0.473 132 V 0.359 0.002 0.040 0.005 0.001 0.001 0.034 0.001 0.009 0.006 0.001 0.249 0.293 133 Q 0.452 0.001 0.027 0.028 0.001 0.001 0.032 0.001 0.011 0.005 0.001 0.145 0.297 134 V 0.588 0.001 0.018 0.048 0.001 0.001 0.030 0.001 0.005 0.002 0.001 0.150 0.156 135 D 0.665 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.042 0.002 0.008 0.002 0.001 0.119 0.147 136 Y 0.670 0.004 0.012 0.006 0.001 0.001 0.037 0.001 0.006 0.002 0.001 0.067 0.194 137 Q 0.234 0.001 0.073 0.004 0.001 0.001 0.011 0.002 0.025 0.006 0.001 0.515 0.127 138 P 0.087 0.010 0.154 0.011 0.002 0.001 0.007 0.001 0.027 0.022 0.017 0.023 0.637 139 Q 0.061 0.063 0.270 0.091 0.012 0.003 0.002 0.001 0.010 0.178 0.114 0.135 0.059 140 K 0.011 0.016 0.295 0.007 0.018 0.002 0.001 0.001 0.003 0.380 0.167 0.050 0.052 141 A 0.002 0.020 0.301 0.002 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.363 0.249 0.005 0.029 142 D 0.004 0.034 0.209 0.003 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 0.300 0.345 0.041 0.022 143 G 0.003 0.016 0.267 0.004 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.421 0.214 0.010 0.031 144 A 0.002 0.062 0.434 0.003 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.276 0.166 0.008 0.017 145 K 0.005 0.060 0.309 0.004 0.039 0.019 0.001 0.001 0.001 0.239 0.266 0.021 0.035 146 D 0.004 0.023 0.210 0.010 0.044 0.015 0.001 0.001 0.001 0.250 0.401 0.017 0.024 147 G 0.003 0.014 0.324 0.019 0.033 0.019 0.001 0.001 0.001 0.330 0.222 0.010 0.026 148 G 0.016 0.027 0.374 0.008 0.026 0.046 0.002 0.002 0.004 0.261 0.116 0.064 0.053 149 P 0.042 0.045 0.346 0.012 0.022 0.054 0.007 0.003 0.016 0.103 0.065 0.037 0.247 150 V 0.089 0.033 0.278 0.016 0.009 0.041 0.015 0.010 0.047 0.061 0.018 0.292 0.092 151 K 0.118 0.028 0.170 0.023 0.012 0.046 0.029 0.026 0.086 0.049 0.025 0.067 0.320 152 Y 0.162 0.020 0.188 0.048 0.016 0.051 0.034 0.014 0.078 0.053 0.044 0.175 0.118 153 G 0.185 0.019 0.255 0.013 0.015 0.042 0.027 0.011 0.045 0.050 0.038 0.120 0.180 154 W 0.095 0.037 0.280 0.010 0.022 0.068 0.018 0.013 0.041 0.098 0.040 0.113 0.166 155 N 0.036 0.035 0.396 0.009 0.039 0.130 0.007 0.005 0.017 0.099 0.036 0.042 0.149 156 I 0.010 0.008 0.102 0.010 0.227 0.389 0.002 0.001 0.002 0.060 0.147 0.006 0.035 157 R 0.012 0.005 0.089 0.004 0.215 0.345 0.003 0.001 0.004 0.049 0.229 0.024 0.021 158 Q 0.004 0.010 0.100 0.003 0.156 0.213 0.001 0.001 0.004 0.099 0.384 0.009 0.018 159 N 0.002 0.010 0.270 0.004 0.028 0.108 0.001 0.001 0.003 0.215 0.335 0.009 0.017 160 V 0.003 0.029 0.484 0.002 0.012 0.094 0.001 0.001 0.003 0.180 0.108 0.044 0.039 161 Q 0.002 0.071 0.665 0.001 0.004 0.054 0.002 0.001 0.009 0.019 0.034 0.014 0.125 162 A 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006