# TARGET T0257 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30.9458 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.193 0.149 0.091 0.134 0.087 0.078 0.084 0.058 0.054 0.041 0.033 2 A 0.135 0.068 0.046 0.083 0.090 0.105 0.150 0.102 0.094 0.076 0.051 3 V 0.072 0.057 0.038 0.099 0.105 0.116 0.186 0.122 0.100 0.067 0.039 4 D 0.052 0.079 0.082 0.207 0.175 0.138 0.096 0.061 0.050 0.037 0.024 5 M 0.020 0.021 0.031 0.063 0.066 0.076 0.149 0.151 0.166 0.150 0.107 6 F 0.012 0.020 0.038 0.144 0.153 0.155 0.173 0.124 0.087 0.056 0.037 7 I 0.002 0.003 0.011 0.014 0.020 0.034 0.105 0.152 0.252 0.246 0.163 8 K 0.012 0.063 0.094 0.333 0.266 0.124 0.071 0.023 0.010 0.003 0.002 9 I 0.003 0.003 0.005 0.008 0.010 0.018 0.074 0.133 0.263 0.248 0.235 10 G 0.183 0.199 0.117 0.276 0.138 0.054 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 11 D 0.352 0.329 0.070 0.154 0.056 0.022 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 12 V 0.004 0.003 0.001 0.006 0.009 0.016 0.054 0.110 0.212 0.264 0.321 13 K 0.191 0.559 0.073 0.124 0.039 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.092 0.074 0.024 0.095 0.112 0.129 0.177 0.127 0.093 0.054 0.022 15 E 0.253 0.146 0.042 0.136 0.108 0.094 0.097 0.046 0.036 0.022 0.019 16 S 0.086 0.103 0.073 0.123 0.138 0.117 0.174 0.086 0.058 0.028 0.013 17 K 0.186 0.239 0.102 0.216 0.109 0.068 0.042 0.017 0.010 0.007 0.004 18 D 0.033 0.085 0.071 0.134 0.153 0.171 0.193 0.077 0.046 0.024 0.012 19 K 0.580 0.105 0.164 0.103 0.029 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 20 T 0.258 0.183 0.280 0.191 0.062 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.006 0.009 0.024 0.027 0.033 0.101 0.319 0.226 0.146 0.077 0.032 22 A 0.005 0.018 0.097 0.230 0.314 0.209 0.093 0.023 0.008 0.003 0.001 23 E 0.045 0.062 0.753 0.083 0.029 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 24 E 0.002 0.012 0.081 0.250 0.264 0.223 0.115 0.034 0.013 0.005 0.002 25 I 0.003 0.002 0.009 0.003 0.004 0.009 0.080 0.164 0.279 0.283 0.165 26 D 0.007 0.029 0.138 0.429 0.272 0.095 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 27 V 0.001 0.007 0.090 0.017 0.019 0.031 0.105 0.128 0.224 0.236 0.143 28 L 0.006 0.017 0.030 0.145 0.191 0.171 0.218 0.120 0.066 0.024 0.012 29 A 0.030 0.043 0.027 0.040 0.043 0.073 0.235 0.176 0.159 0.113 0.061 30 W 0.019 0.033 0.052 0.131 0.132 0.112 0.126 0.119 0.119 0.096 0.062 31 S 0.096 0.148 0.081 0.157 0.133 0.115 0.115 0.066 0.047 0.025 0.016 32 W 0.050 0.048 0.027 0.088 0.100 0.116 0.165 0.143 0.122 0.094 0.047 33 G 0.186 0.154 0.068 0.151 0.117 0.092 0.089 0.056 0.043 0.027 0.017 34 M 0.027 0.023 0.014 0.034 0.034 0.045 0.108 0.130 0.181 0.201 0.204 35 S 0.052 0.057 0.046 0.108 0.099 0.104 0.139 0.113 0.109 0.090 0.084 36 Q 0.021 0.031 0.029 0.092 0.113 0.142 0.166 0.128 0.114 0.091 0.074 37 S 0.076 0.085 0.062 0.120 0.105 0.095 0.131 0.104 0.087 0.075 0.059 38 G 0.127 0.046 0.037 0.077 0.084 0.089 0.137 0.105 0.114 0.105 0.078 39 S 0.117 0.081 0.035 0.095 0.080 0.081 0.123 0.095 0.097 0.096 0.099 40 M 0.051 0.040 0.030 0.075 0.070 0.083 0.121 0.116 0.139 0.141 0.134 41 H 0.102 0.063 0.035 0.086 0.084 0.096 0.139 0.103 0.107 0.089 0.097 42 M 0.060 0.037 0.023 0.045 0.037 0.045 0.084 0.107 0.163 0.184 0.215 43 G 0.094 0.062 0.025 0.070 0.078 0.085 0.111 0.105 0.123 0.116 0.131 44 G 0.164 0.126 0.060 0.132 0.099 0.080 0.087 0.066 0.069 0.061 0.056 45 G 0.246 0.112 0.048 0.121 0.110 0.101 0.095 0.055 0.046 0.036 0.031 46 G 0.090 0.070 0.043 0.129 0.120 0.107 0.117 0.093 0.091 0.076 0.065 47 G 0.156 0.139 0.052 0.119 0.107 0.100 0.103 0.063 0.063 0.050 0.048 48 A 0.108 0.049 0.028 0.073 0.065 0.071 0.102 0.103 0.135 0.130 0.134 49 G 0.138 0.090 0.030 0.100 0.117 0.128 0.143 0.086 0.068 0.054 0.046 50 K 0.117 0.177 0.108 0.268 0.149 0.080 0.047 0.021 0.014 0.009 0.008 51 V 0.017 0.009 0.006 0.018 0.029 0.049 0.104 0.118 0.186 0.229 0.236 52 N 0.097 0.202 0.099 0.283 0.163 0.077 0.049 0.015 0.008 0.004 0.003 53 V 0.011 0.007 0.006 0.016 0.023 0.032 0.090 0.130 0.201 0.224 0.260 54 Q 0.124 0.137 0.102 0.276 0.161 0.098 0.065 0.020 0.009 0.004 0.003 55 D 0.054 0.178 0.085 0.333 0.186 0.096 0.049 0.012 0.005 0.002 0.001 56 L 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.044 0.098 0.207 0.286 0.347 57 S 0.035 0.123 0.088 0.374 0.230 0.094 0.041 0.009 0.004 0.001 0.001 58 F 0.002 0.003 0.003 0.008 0.010 0.016 0.086 0.159 0.273 0.264 0.176 59 T 0.012 0.052 0.038 0.318 0.275 0.169 0.081 0.029 0.015 0.006 0.004 60 K 0.017 0.024 0.013 0.047 0.066 0.085 0.183 0.185 0.197 0.126 0.057 61 Y 0.040 0.052 0.036 0.220 0.220 0.166 0.143 0.065 0.039 0.015 0.005 62 I 0.018 0.030 0.024 0.052 0.052 0.066 0.166 0.173 0.200 0.145 0.073 63 D 0.033 0.054 0.034 0.175 0.169 0.151 0.155 0.105 0.071 0.037 0.015 64 K 0.143 0.139 0.098 0.189 0.142 0.114 0.094 0.043 0.024 0.011 0.004 65 S 0.017 0.034 0.023 0.057 0.059 0.071 0.139 0.171 0.201 0.151 0.077 66 T 0.007 0.037 0.016 0.066 0.082 0.106 0.202 0.183 0.159 0.093 0.049 67 P 0.098 0.077 0.058 0.146 0.141 0.128 0.131 0.080 0.069 0.047 0.026 68 N 0.052 0.068 0.078 0.205 0.202 0.169 0.144 0.048 0.022 0.008 0.004 69 L 0.001 0.002 0.009 0.016 0.012 0.015 0.065 0.134 0.256 0.282 0.206 70 M 0.001 0.001 0.008 0.018 0.027 0.051 0.158 0.169 0.217 0.200 0.150 71 M 0.004 0.014 0.227 0.227 0.174 0.139 0.106 0.054 0.034 0.015 0.007 72 A 0.001 0.005 0.024 0.041 0.087 0.205 0.324 0.172 0.089 0.040 0.013 73 C 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.013 0.068 0.141 0.253 0.298 0.208 74 S 0.002 0.005 0.011 0.024 0.047 0.087 0.214 0.185 0.192 0.133 0.100 75 S 0.054 0.166 0.220 0.264 0.141 0.072 0.048 0.018 0.010 0.004 0.002 76 G 0.238 0.090 0.049 0.131 0.112 0.108 0.122 0.064 0.044 0.026 0.015 77 K 0.265 0.249 0.076 0.175 0.094 0.056 0.046 0.020 0.011 0.005 0.003 78 H 0.107 0.218 0.053 0.215 0.171 0.111 0.075 0.026 0.015 0.006 0.003 79 Y 0.005 0.009 0.006 0.028 0.048 0.080 0.151 0.174 0.207 0.155 0.138 80 P 0.416 0.188 0.058 0.180 0.081 0.041 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 81 Q 0.081 0.147 0.094 0.413 0.180 0.064 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.041 0.128 0.253 0.316 0.253 83 K 0.003 0.038 0.048 0.494 0.287 0.109 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.082 0.287 0.341 0.260 85 T 0.004 0.030 0.027 0.463 0.324 0.112 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.033 0.086 0.259 0.337 0.276 87 R 0.004 0.031 0.035 0.396 0.309 0.147 0.058 0.013 0.005 0.001 0.001 88 K 0.012 0.030 0.013 0.081 0.109 0.143 0.258 0.169 0.121 0.051 0.013 89 A 0.036 0.063 0.049 0.220 0.191 0.133 0.133 0.083 0.055 0.027 0.009 90 G 0.379 0.347 0.053 0.110 0.052 0.027 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 91 G 0.644 0.148 0.024 0.078 0.040 0.026 0.019 0.010 0.006 0.003 0.001 92 E 0.485 0.265 0.041 0.096 0.048 0.029 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 93 N 0.238 0.343 0.084 0.167 0.082 0.044 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 94 Q 0.190 0.135 0.056 0.207 0.161 0.108 0.081 0.036 0.018 0.007 0.002 95 V 0.051 0.069 0.060 0.169 0.218 0.180 0.138 0.059 0.036 0.015 0.005 96 E 0.055 0.079 0.153 0.328 0.182 0.096 0.076 0.021 0.007 0.002 0.001 97 Y 0.001 0.005 0.017 0.082 0.117 0.183 0.213 0.165 0.111 0.077 0.029 98 L 0.002 0.003 0.009 0.015 0.022 0.041 0.178 0.246 0.226 0.176 0.083 99 I 0.003 0.028 0.101 0.496 0.239 0.089 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 100 I 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.009 0.051 0.100 0.259 0.320 0.249 101 T 0.012 0.072 0.107 0.495 0.226 0.060 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.049 0.097 0.239 0.291 0.306 103 K 0.024 0.081 0.123 0.448 0.232 0.069 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 104 E 0.103 0.326 0.081 0.285 0.122 0.058 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.012 0.041 0.119 0.259 0.306 0.247 106 L 0.012 0.067 0.024 0.219 0.268 0.221 0.131 0.036 0.015 0.005 0.003 107 V 0.001 0.002 0.002 0.006 0.007 0.009 0.038 0.105 0.234 0.275 0.322 108 S 0.004 0.009 0.007 0.058 0.109 0.180 0.268 0.164 0.113 0.055 0.033 109 S 0.047 0.133 0.044 0.224 0.188 0.113 0.110 0.066 0.041 0.022 0.013 110 V 0.003 0.004 0.003 0.019 0.026 0.040 0.094 0.125 0.205 0.244 0.236 111 S 0.080 0.158 0.090 0.281 0.189 0.093 0.065 0.023 0.012 0.005 0.004 112 T 0.078 0.077 0.028 0.104 0.109 0.115 0.188 0.117 0.086 0.064 0.033 113 G 0.181 0.181 0.060 0.184 0.124 0.084 0.077 0.040 0.033 0.022 0.014 114 G 0.184 0.073 0.023 0.073 0.081 0.089 0.134 0.093 0.100 0.085 0.065 115 S 0.272 0.250 0.065 0.140 0.084 0.055 0.056 0.029 0.023 0.015 0.010 116 G 0.347 0.199 0.055 0.144 0.096 0.067 0.046 0.020 0.014 0.008 0.004 117 G 0.486 0.174 0.054 0.106 0.065 0.046 0.032 0.015 0.011 0.007 0.004 118 E 0.377 0.175 0.078 0.148 0.093 0.048 0.041 0.019 0.012 0.006 0.003 119 D 0.264 0.159 0.075 0.168 0.117 0.086 0.071 0.030 0.017 0.008 0.004 120 R 0.097 0.217 0.093 0.217 0.171 0.101 0.062 0.022 0.012 0.006 0.003 121 L 0.076 0.052 0.030 0.099 0.104 0.116 0.172 0.131 0.103 0.072 0.045 122 T 0.072 0.082 0.070 0.186 0.215 0.157 0.119 0.048 0.032 0.014 0.005 123 E 0.086 0.053 0.095 0.135 0.111 0.118 0.192 0.104 0.059 0.031 0.018 124 N 0.042 0.062 0.129 0.298 0.207 0.136 0.071 0.029 0.014 0.008 0.003 125 V 0.015 0.015 0.056 0.030 0.025 0.036 0.127 0.165 0.202 0.203 0.127 126 T 0.034 0.109 0.236 0.394 0.155 0.048 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 127 L 0.008 0.010 0.037 0.016 0.020 0.036 0.141 0.148 0.232 0.200 0.152 128 N 0.039 0.145 0.260 0.380 0.127 0.034 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 129 F 0.006 0.009 0.012 0.015 0.022 0.040 0.173 0.153 0.235 0.193 0.143 130 A 0.100 0.086 0.158 0.278 0.172 0.106 0.066 0.019 0.009 0.003 0.002 131 Q 0.040 0.141 0.146 0.328 0.194 0.096 0.040 0.009 0.003 0.001 0.001 132 V 0.002 0.002 0.008 0.008 0.010 0.019 0.079 0.142 0.243 0.262 0.224 133 Q 0.014 0.072 0.120 0.440 0.254 0.071 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 134 V 0.007 0.015 0.032 0.041 0.067 0.092 0.221 0.191 0.179 0.108 0.048 135 D 0.092 0.219 0.161 0.350 0.129 0.035 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 136 Y 0.002 0.003 0.003 0.006 0.013 0.031 0.133 0.151 0.253 0.248 0.157 137 Q 0.061 0.224 0.126 0.329 0.165 0.056 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 138 P 0.126 0.157 0.071 0.156 0.148 0.111 0.117 0.051 0.033 0.020 0.010 139 Q 0.038 0.081 0.052 0.146 0.136 0.135 0.157 0.093 0.066 0.055 0.041 140 K 0.179 0.200 0.086 0.234 0.151 0.075 0.045 0.015 0.008 0.004 0.003 141 A 0.244 0.092 0.072 0.125 0.104 0.107 0.109 0.054 0.042 0.031 0.020 142 D 0.249 0.274 0.099 0.165 0.091 0.042 0.040 0.017 0.012 0.008 0.004 143 G 0.395 0.175 0.051 0.089 0.061 0.055 0.062 0.032 0.031 0.027 0.021 144 A 0.208 0.178 0.064 0.189 0.119 0.076 0.068 0.034 0.027 0.020 0.017 145 K 0.272 0.175 0.090 0.159 0.101 0.074 0.060 0.026 0.021 0.013 0.009 146 D 0.336 0.179 0.082 0.189 0.099 0.053 0.033 0.014 0.009 0.005 0.002 147 G 0.399 0.162 0.063 0.126 0.088 0.063 0.047 0.022 0.015 0.009 0.006 148 G 0.111 0.118 0.047 0.121 0.127 0.129 0.136 0.081 0.065 0.041 0.024 149 P 0.171 0.206 0.075 0.188 0.125 0.079 0.067 0.034 0.027 0.017 0.011 150 V 0.025 0.018 0.013 0.050 0.070 0.093 0.171 0.160 0.158 0.132 0.110 151 K 0.052 0.105 0.074 0.206 0.203 0.139 0.105 0.053 0.034 0.018 0.010 152 Y 0.016 0.030 0.028 0.087 0.104 0.125 0.190 0.161 0.132 0.086 0.041 153 G 0.152 0.084 0.077 0.172 0.138 0.118 0.115 0.059 0.043 0.026 0.016 154 W 0.006 0.012 0.017 0.033 0.048 0.071 0.166 0.172 0.195 0.166 0.113 155 N 0.016 0.106 0.060 0.142 0.109 0.100 0.139 0.099 0.094 0.075 0.058 156 I 0.007 0.006 0.008 0.019 0.038 0.072 0.170 0.164 0.208 0.174 0.134 157 R 0.293 0.127 0.184 0.166 0.093 0.052 0.047 0.017 0.011 0.006 0.003 158 Q 0.028 0.076 0.097 0.230 0.192 0.150 0.125 0.049 0.031 0.014 0.007 159 N 0.011 0.011 0.020 0.020 0.019 0.032 0.083 0.121 0.195 0.247 0.242 160 V 0.064 0.065 0.148 0.179 0.168 0.147 0.131 0.052 0.027 0.013 0.006 161 Q 0.125 0.121 0.514 0.147 0.054 0.021 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 162 A 0.043 0.034 0.034 0.069 0.095 0.147 0.243 0.125 0.097 0.071 0.043