# TARGET T0257 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.005 0.006 0.002 0.022 0.008 0.948 2 A 0.155 0.016 0.008 0.005 0.038 0.030 0.748 3 V 0.372 0.016 0.011 0.007 0.197 0.024 0.373 4 D 0.670 0.016 0.011 0.007 0.048 0.017 0.231 5 M 0.929 0.003 0.003 0.004 0.006 0.006 0.049 6 F 0.978 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.014 7 I 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 8 K 0.963 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.028 9 I 0.926 0.010 0.001 0.001 0.008 0.002 0.052 10 G 0.375 0.011 0.011 0.006 0.130 0.291 0.177 11 D 0.060 0.006 0.013 0.004 0.193 0.652 0.072 12 V 0.182 0.080 0.014 0.019 0.132 0.104 0.470 13 K 0.136 0.066 0.019 0.036 0.163 0.253 0.327 14 G 0.111 0.022 0.016 0.050 0.361 0.263 0.177 15 E 0.157 0.034 0.039 0.267 0.147 0.156 0.199 16 S 0.194 0.023 0.070 0.269 0.120 0.126 0.198 17 K 0.144 0.025 0.121 0.230 0.141 0.134 0.205 18 D 0.075 0.021 0.138 0.232 0.120 0.142 0.272 19 K 0.016 0.003 0.147 0.154 0.057 0.560 0.063 20 T 0.018 0.006 0.067 0.074 0.094 0.647 0.094 21 H 0.040 0.030 0.069 0.027 0.101 0.064 0.669 22 A 0.055 0.011 0.166 0.033 0.133 0.384 0.219 23 E 0.093 0.006 0.141 0.016 0.161 0.473 0.111 24 E 0.533 0.024 0.037 0.007 0.074 0.040 0.285 25 I 0.885 0.005 0.001 0.001 0.009 0.003 0.097 26 D 0.966 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.021 27 V 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 28 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 29 A 0.923 0.002 0.001 0.002 0.011 0.004 0.057 30 W 0.781 0.008 0.005 0.004 0.040 0.016 0.146 31 S 0.580 0.011 0.010 0.005 0.065 0.024 0.304 32 W 0.204 0.014 0.095 0.024 0.145 0.307 0.210 33 G 0.119 0.016 0.086 0.020 0.182 0.406 0.170 34 M 0.293 0.024 0.072 0.019 0.162 0.156 0.274 35 S 0.288 0.029 0.029 0.023 0.180 0.090 0.361 36 Q 0.323 0.028 0.015 0.014 0.249 0.047 0.325 37 S 0.253 0.018 0.013 0.013 0.156 0.057 0.492 38 G 0.275 0.058 0.017 0.018 0.201 0.053 0.380 39 S 0.208 0.032 0.018 0.014 0.114 0.038 0.576 40 M 0.174 0.033 0.071 0.040 0.167 0.197 0.319 41 H 0.201 0.034 0.072 0.035 0.152 0.214 0.291 42 M 0.134 0.037 0.080 0.029 0.238 0.262 0.219 43 G 0.087 0.035 0.039 0.027 0.250 0.257 0.305 44 G 0.051 0.027 0.029 0.017 0.286 0.385 0.206 45 G 0.051 0.035 0.021 0.008 0.267 0.327 0.290 46 G 0.125 0.038 0.013 0.008 0.233 0.077 0.505 47 G 0.221 0.090 0.015 0.006 0.122 0.141 0.405 48 A 0.253 0.049 0.023 0.009 0.241 0.222 0.203 49 G 0.290 0.019 0.012 0.004 0.337 0.088 0.248 50 K 0.430 0.019 0.014 0.003 0.146 0.028 0.360 51 V 0.727 0.018 0.003 0.001 0.046 0.011 0.193 52 N 0.730 0.036 0.004 0.001 0.033 0.013 0.183 53 V 0.652 0.019 0.011 0.002 0.089 0.023 0.204 54 Q 0.335 0.011 0.023 0.004 0.320 0.113 0.194 55 D 0.466 0.006 0.027 0.002 0.120 0.114 0.264 56 L 0.915 0.004 0.002 0.001 0.010 0.010 0.058 57 S 0.965 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 58 F 0.947 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.037 59 T 0.816 0.005 0.003 0.002 0.026 0.006 0.143 60 K 0.709 0.013 0.013 0.004 0.070 0.023 0.168 61 Y 0.502 0.029 0.018 0.016 0.101 0.036 0.298 62 I 0.260 0.021 0.026 0.028 0.234 0.066 0.364 63 D 0.074 0.005 0.044 0.078 0.239 0.208 0.351 64 K 0.020 0.012 0.045 0.172 0.176 0.472 0.102 65 S 0.029 0.043 0.024 0.324 0.182 0.190 0.208 66 T 0.021 0.007 0.009 0.291 0.140 0.053 0.479 67 P 0.003 0.002 0.012 0.879 0.024 0.051 0.030 68 N 0.002 0.001 0.010 0.928 0.010 0.041 0.009 69 L 0.001 0.001 0.007 0.957 0.005 0.021 0.008 70 M 0.002 0.001 0.007 0.959 0.005 0.010 0.016 71 M 0.002 0.001 0.011 0.960 0.004 0.017 0.005 72 A 0.002 0.001 0.016 0.940 0.004 0.034 0.004 73 C 0.002 0.003 0.012 0.918 0.010 0.046 0.008 74 S 0.004 0.003 0.007 0.775 0.024 0.169 0.019 75 S 0.004 0.002 0.008 0.289 0.127 0.500 0.070 76 G 0.005 0.002 0.009 0.027 0.280 0.427 0.250 77 K 0.057 0.020 0.008 0.010 0.347 0.068 0.490 78 H 0.156 0.129 0.007 0.004 0.079 0.023 0.603 79 Y 0.117 0.008 0.050 0.006 0.170 0.030 0.619 80 P 0.139 0.008 0.053 0.003 0.496 0.087 0.215 81 Q 0.656 0.012 0.035 0.001 0.072 0.053 0.170 82 A 0.905 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.086 83 K 0.989 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 84 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 85 T 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 86 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 87 R 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.043 88 K 0.848 0.010 0.001 0.001 0.018 0.002 0.121 89 A 0.401 0.005 0.004 0.002 0.108 0.085 0.396 90 G 0.080 0.009 0.007 0.002 0.346 0.363 0.193 91 G 0.015 0.004 0.007 0.001 0.582 0.317 0.074 92 E 0.026 0.003 0.005 0.001 0.650 0.115 0.201 93 N 0.198 0.024 0.008 0.001 0.222 0.029 0.518 94 Q 0.656 0.035 0.004 0.001 0.050 0.011 0.242 95 V 0.754 0.009 0.005 0.001 0.032 0.003 0.196 96 E 0.776 0.010 0.011 0.001 0.046 0.003 0.154 97 Y 0.910 0.004 0.004 0.001 0.009 0.002 0.072 98 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 99 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 100 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 101 T 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 102 L 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.040 103 K 0.757 0.008 0.007 0.001 0.114 0.045 0.069 104 E 0.590 0.004 0.008 0.001 0.110 0.036 0.252 105 V 0.806 0.002 0.001 0.001 0.033 0.009 0.150 106 L 0.969 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.016 107 V 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 108 S 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 109 S 0.955 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.034 110 V 0.795 0.004 0.001 0.001 0.026 0.003 0.169 111 S 0.570 0.010 0.003 0.001 0.068 0.010 0.338 112 T 0.317 0.020 0.029 0.011 0.134 0.098 0.391 113 G 0.140 0.049 0.044 0.015 0.222 0.152 0.378 114 G 0.080 0.023 0.030 0.013 0.320 0.112 0.422 115 S 0.042 0.009 0.031 0.011 0.194 0.251 0.462 116 G 0.026 0.013 0.042 0.009 0.270 0.419 0.221 117 G 0.024 0.006 0.048 0.007 0.322 0.349 0.243 118 E 0.046 0.009 0.042 0.007 0.374 0.284 0.239 119 D 0.140 0.018 0.021 0.005 0.348 0.109 0.359 120 R 0.405 0.031 0.005 0.003 0.139 0.012 0.405 121 L 0.602 0.017 0.003 0.002 0.028 0.007 0.341 122 T 0.801 0.013 0.008 0.001 0.033 0.007 0.136 123 E 0.828 0.006 0.008 0.001 0.032 0.002 0.122 124 N 0.921 0.003 0.004 0.001 0.011 0.001 0.060 125 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 126 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 127 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 128 N 0.942 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.048 129 F 0.804 0.003 0.009 0.002 0.028 0.020 0.134 130 A 0.787 0.004 0.013 0.002 0.093 0.038 0.063 131 Q 0.903 0.004 0.007 0.001 0.019 0.009 0.056 132 V 0.944 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.044 133 Q 0.954 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.033 134 V 0.971 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 135 D 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 136 Y 0.918 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.066 137 Q 0.790 0.008 0.001 0.001 0.018 0.002 0.181 138 P 0.601 0.013 0.003 0.003 0.072 0.018 0.290 139 Q 0.303 0.022 0.013 0.007 0.181 0.087 0.388 140 K 0.093 0.027 0.026 0.008 0.206 0.150 0.490 141 A 0.055 0.015 0.036 0.013 0.280 0.401 0.201 142 D 0.039 0.015 0.026 0.010 0.265 0.547 0.098 143 G 0.057 0.023 0.021 0.005 0.339 0.272 0.282 144 A 0.077 0.072 0.022 0.004 0.221 0.146 0.458 145 K 0.110 0.068 0.030 0.007 0.214 0.366 0.206 146 D 0.063 0.014 0.022 0.007 0.230 0.516 0.148 147 G 0.081 0.012 0.013 0.004 0.346 0.220 0.324 148 G 0.273 0.028 0.008 0.007 0.251 0.050 0.384 149 P 0.627 0.067 0.010 0.007 0.056 0.015 0.218 150 V 0.792 0.021 0.005 0.004 0.022 0.005 0.150 151 K 0.797 0.009 0.007 0.007 0.024 0.008 0.148 152 Y 0.808 0.012 0.012 0.011 0.028 0.015 0.115 153 G 0.784 0.008 0.009 0.014 0.037 0.017 0.131 154 W 0.786 0.019 0.005 0.015 0.040 0.006 0.129 155 N 0.662 0.028 0.003 0.018 0.022 0.004 0.263 156 I 0.158 0.006 0.095 0.440 0.053 0.080 0.167 157 R 0.080 0.005 0.089 0.539 0.078 0.145 0.065 158 Q 0.065 0.004 0.099 0.511 0.077 0.159 0.084 159 N 0.077 0.008 0.046 0.339 0.179 0.152 0.201 160 V 0.128 0.012 0.025 0.282 0.147 0.168 0.237 161 Q 0.098 0.030 0.020 0.204 0.007 0.152 0.490 162 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.994