# TARGET T0257 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30.9458 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.205 0.141 0.218 0.115 0.128 0.026 0.083 0.026 0.042 0.015 0.001 2 A 0.381 0.124 0.239 0.121 0.045 0.027 0.023 0.015 0.009 0.012 0.004 3 V 0.126 0.496 0.182 0.054 0.087 0.023 0.007 0.002 0.021 0.003 0.001 4 D 0.206 0.244 0.229 0.192 0.042 0.052 0.010 0.001 0.020 0.001 0.002 5 M 0.016 0.656 0.065 0.023 0.218 0.006 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 6 F 0.007 0.773 0.124 0.005 0.034 0.025 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 7 I 0.004 0.817 0.127 0.002 0.023 0.012 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 8 K 0.007 0.500 0.317 0.004 0.011 0.114 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 9 I 0.057 0.387 0.334 0.042 0.015 0.073 0.006 0.001 0.082 0.001 0.001 10 G 0.182 0.030 0.064 0.033 0.106 0.003 0.035 0.065 0.002 0.478 0.001 11 D 0.122 0.099 0.152 0.293 0.075 0.044 0.168 0.008 0.030 0.002 0.007 12 V 0.087 0.292 0.480 0.046 0.030 0.031 0.008 0.001 0.021 0.001 0.002 13 K 0.138 0.215 0.464 0.102 0.009 0.050 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 14 G 0.046 0.053 0.105 0.032 0.321 0.003 0.022 0.109 0.004 0.304 0.001 15 E 0.228 0.179 0.302 0.145 0.079 0.030 0.007 0.007 0.017 0.005 0.002 16 S 0.189 0.310 0.237 0.080 0.137 0.012 0.007 0.007 0.009 0.012 0.001 17 K 0.225 0.240 0.254 0.097 0.116 0.028 0.011 0.005 0.013 0.010 0.001 18 D 0.159 0.149 0.431 0.072 0.038 0.095 0.009 0.002 0.041 0.002 0.002 19 K 0.759 0.047 0.055 0.098 0.011 0.012 0.010 0.002 0.006 0.001 0.001 20 T 0.538 0.083 0.148 0.144 0.028 0.017 0.018 0.007 0.014 0.003 0.001 21 H 0.425 0.083 0.117 0.295 0.012 0.030 0.010 0.003 0.024 0.001 0.001 22 A 0.723 0.047 0.131 0.054 0.008 0.007 0.017 0.002 0.006 0.004 0.001 23 E 0.491 0.018 0.038 0.352 0.012 0.012 0.056 0.013 0.006 0.002 0.001 24 E 0.119 0.363 0.332 0.107 0.038 0.021 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 25 I 0.007 0.684 0.232 0.007 0.019 0.016 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 26 D 0.008 0.305 0.535 0.001 0.002 0.109 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 27 V 0.013 0.687 0.210 0.001 0.006 0.053 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 28 L 0.055 0.585 0.172 0.034 0.021 0.084 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 29 A 0.012 0.463 0.182 0.009 0.264 0.036 0.013 0.004 0.015 0.002 0.001 30 W 0.051 0.570 0.142 0.028 0.149 0.030 0.005 0.002 0.020 0.003 0.001 31 S 0.078 0.476 0.166 0.063 0.125 0.036 0.010 0.003 0.033 0.009 0.001 32 W 0.127 0.235 0.186 0.176 0.148 0.017 0.067 0.010 0.026 0.007 0.001 33 G 0.060 0.047 0.095 0.070 0.124 0.013 0.147 0.351 0.009 0.084 0.001 34 M 0.075 0.485 0.290 0.036 0.050 0.038 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 35 S 0.156 0.382 0.164 0.118 0.094 0.036 0.016 0.005 0.021 0.008 0.001 36 Q 0.062 0.447 0.221 0.037 0.076 0.038 0.019 0.001 0.097 0.002 0.001 37 S 0.155 0.124 0.542 0.078 0.029 0.033 0.010 0.005 0.009 0.004 0.009 38 G 0.108 0.127 0.140 0.078 0.283 0.013 0.047 0.097 0.012 0.094 0.001 39 S 0.084 0.300 0.309 0.084 0.126 0.038 0.012 0.003 0.035 0.007 0.002 40 M 0.283 0.167 0.239 0.168 0.052 0.040 0.019 0.007 0.018 0.005 0.002 41 H 0.177 0.239 0.189 0.195 0.083 0.044 0.029 0.009 0.028 0.007 0.001 42 M 0.106 0.271 0.245 0.211 0.079 0.025 0.019 0.006 0.034 0.003 0.001 43 G 0.061 0.054 0.163 0.041 0.174 0.006 0.034 0.148 0.005 0.313 0.001 44 G 0.089 0.120 0.270 0.127 0.164 0.015 0.056 0.069 0.014 0.072 0.003 45 G 0.068 0.055 0.142 0.081 0.133 0.012 0.100 0.201 0.008 0.200 0.002 46 G 0.076 0.109 0.302 0.085 0.196 0.010 0.052 0.059 0.011 0.099 0.002 47 G 0.123 0.057 0.222 0.050 0.159 0.010 0.025 0.095 0.004 0.249 0.006 48 A 0.180 0.149 0.225 0.259 0.106 0.014 0.028 0.012 0.014 0.009 0.003 49 G 0.030 0.014 0.056 0.030 0.179 0.002 0.046 0.252 0.002 0.389 0.001 50 K 0.066 0.355 0.351 0.052 0.090 0.041 0.012 0.002 0.024 0.002 0.005 51 V 0.040 0.522 0.320 0.017 0.054 0.023 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 52 N 0.019 0.585 0.241 0.016 0.061 0.054 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 53 V 0.081 0.577 0.169 0.028 0.049 0.053 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 54 Q 0.358 0.320 0.048 0.090 0.131 0.010 0.010 0.001 0.025 0.007 0.001 55 D 0.115 0.253 0.213 0.179 0.072 0.077 0.045 0.002 0.033 0.001 0.009 56 L 0.019 0.657 0.199 0.019 0.075 0.012 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 57 S 0.012 0.721 0.172 0.004 0.035 0.030 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 58 F 0.015 0.686 0.197 0.007 0.026 0.046 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 59 T 0.116 0.593 0.151 0.043 0.054 0.021 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 60 K 0.092 0.438 0.293 0.004 0.105 0.028 0.018 0.002 0.018 0.002 0.001 61 Y 0.442 0.149 0.220 0.054 0.007 0.090 0.006 0.001 0.025 0.001 0.005 62 I 0.577 0.167 0.128 0.040 0.031 0.033 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 63 D 0.580 0.051 0.097 0.113 0.026 0.087 0.012 0.003 0.025 0.006 0.001 64 K 0.806 0.010 0.011 0.142 0.005 0.012 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 65 S 0.716 0.012 0.029 0.221 0.005 0.006 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 66 T 0.877 0.006 0.020 0.016 0.007 0.014 0.010 0.004 0.041 0.005 0.001 67 P 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 N 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 C 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.917 0.007 0.008 0.061 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 75 S 0.204 0.005 0.021 0.740 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 76 G 0.020 0.001 0.018 0.016 0.007 0.003 0.190 0.722 0.002 0.023 0.001 77 K 0.193 0.248 0.429 0.055 0.027 0.031 0.004 0.001 0.009 0.002 0.001 78 H 0.114 0.200 0.311 0.171 0.016 0.098 0.051 0.006 0.028 0.002 0.002 79 Y 0.019 0.213 0.461 0.001 0.026 0.026 0.006 0.001 0.246 0.001 0.001 80 P 0.784 0.001 0.123 0.029 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 81 Q 0.032 0.545 0.079 0.102 0.222 0.006 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 82 A 0.001 0.771 0.110 0.004 0.089 0.006 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 83 K 0.001 0.815 0.109 0.001 0.016 0.031 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 84 L 0.001 0.804 0.141 0.001 0.028 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 85 T 0.001 0.838 0.084 0.001 0.022 0.029 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 86 I 0.001 0.755 0.175 0.001 0.028 0.029 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 87 R 0.009 0.788 0.098 0.005 0.043 0.029 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 88 K 0.021 0.505 0.371 0.007 0.035 0.037 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 89 A 0.124 0.362 0.253 0.107 0.064 0.029 0.013 0.003 0.040 0.004 0.001 90 G 0.062 0.064 0.203 0.089 0.191 0.007 0.133 0.077 0.012 0.160 0.001 91 G 0.034 0.011 0.072 0.026 0.054 0.002 0.027 0.335 0.002 0.436 0.001 92 E 0.153 0.161 0.420 0.131 0.050 0.021 0.031 0.011 0.012 0.010 0.002 93 N 0.046 0.150 0.402 0.071 0.078 0.077 0.126 0.014 0.027 0.008 0.002 94 Q 0.083 0.466 0.282 0.056 0.048 0.035 0.009 0.002 0.018 0.001 0.001 95 V 0.014 0.697 0.214 0.004 0.019 0.017 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 96 E 0.064 0.198 0.676 0.011 0.003 0.041 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 97 Y 0.010 0.695 0.123 0.010 0.122 0.012 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 98 L 0.003 0.757 0.145 0.003 0.073 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 99 I 0.002 0.800 0.138 0.002 0.016 0.026 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 100 I 0.001 0.822 0.092 0.001 0.052 0.015 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 101 T 0.002 0.724 0.220 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 102 L 0.011 0.223 0.560 0.002 0.013 0.167 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 103 K 0.745 0.029 0.006 0.211 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 E 0.018 0.239 0.017 0.120 0.431 0.006 0.148 0.002 0.017 0.001 0.001 105 V 0.004 0.838 0.098 0.003 0.043 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 106 L 0.004 0.713 0.193 0.001 0.008 0.051 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 107 V 0.006 0.713 0.169 0.007 0.018 0.053 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 108 S 0.040 0.494 0.103 0.059 0.260 0.018 0.003 0.002 0.017 0.003 0.001 109 S 0.011 0.436 0.141 0.021 0.318 0.030 0.024 0.001 0.013 0.003 0.001 110 V 0.034 0.577 0.215 0.043 0.079 0.027 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 111 S 0.024 0.432 0.262 0.018 0.177 0.033 0.006 0.002 0.038 0.008 0.001 112 T 0.134 0.369 0.284 0.110 0.040 0.029 0.006 0.002 0.022 0.001 0.002 113 G 0.115 0.092 0.204 0.137 0.143 0.011 0.054 0.142 0.017 0.083 0.001 114 G 0.077 0.113 0.413 0.032 0.140 0.012 0.026 0.047 0.013 0.125 0.002 115 S 0.152 0.121 0.440 0.166 0.032 0.024 0.024 0.006 0.015 0.011 0.009 116 G 0.022 0.010 0.090 0.037 0.073 0.003 0.095 0.381 0.002 0.286 0.001 117 G 0.129 0.068 0.274 0.053 0.099 0.010 0.040 0.159 0.007 0.159 0.002 118 E 0.248 0.120 0.218 0.240 0.050 0.022 0.058 0.013 0.012 0.018 0.002 119 D 0.101 0.177 0.209 0.164 0.123 0.041 0.125 0.028 0.020 0.010 0.002 120 R 0.019 0.652 0.211 0.016 0.046 0.015 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 121 L 0.014 0.139 0.769 0.005 0.006 0.056 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 122 T 0.013 0.774 0.067 0.018 0.116 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 123 E 0.003 0.730 0.067 0.003 0.186 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 124 N 0.002 0.844 0.084 0.002 0.053 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 125 V 0.001 0.877 0.052 0.001 0.053 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 126 T 0.001 0.880 0.086 0.001 0.009 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 127 L 0.002 0.877 0.069 0.001 0.028 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 128 N 0.003 0.755 0.117 0.004 0.045 0.043 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 129 F 0.019 0.526 0.224 0.008 0.153 0.039 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 130 A 0.319 0.296 0.139 0.152 0.065 0.012 0.004 0.001 0.007 0.005 0.001 131 Q 0.015 0.612 0.149 0.024 0.150 0.013 0.014 0.001 0.021 0.001 0.001 132 V 0.005 0.665 0.249 0.005 0.022 0.027 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 133 Q 0.005 0.754 0.172 0.003 0.021 0.024 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 134 V 0.007 0.816 0.091 0.005 0.048 0.014 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 135 D 0.011 0.642 0.263 0.007 0.029 0.031 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 136 Y 0.022 0.614 0.195 0.020 0.086 0.029 0.006 0.001 0.024 0.003 0.001 137 Q 0.004 0.518 0.166 0.001 0.040 0.013 0.005 0.001 0.253 0.001 0.001 138 P 0.073 0.007 0.787 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 139 Q 0.177 0.259 0.287 0.134 0.053 0.056 0.007 0.004 0.020 0.002 0.001 140 K 0.076 0.198 0.400 0.037 0.111 0.070 0.035 0.006 0.049 0.016 0.001 141 A 0.610 0.077 0.102 0.142 0.024 0.016 0.007 0.006 0.010 0.006 0.001 142 D 0.138 0.043 0.127 0.574 0.018 0.017 0.053 0.003 0.024 0.001 0.001 143 G 0.017 0.003 0.039 0.018 0.027 0.001 0.041 0.677 0.001 0.176 0.001 144 A 0.173 0.088 0.628 0.052 0.015 0.023 0.004 0.005 0.006 0.005 0.001 145 K 0.447 0.170 0.165 0.106 0.035 0.016 0.013 0.008 0.018 0.021 0.001 146 D 0.108 0.029 0.170 0.360 0.015 0.025 0.263 0.004 0.021 0.003 0.002 147 G 0.020 0.003 0.057 0.027 0.024 0.001 0.044 0.760 0.001 0.063 0.001 148 G 0.034 0.098 0.482 0.005 0.189 0.001 0.003 0.012 0.007 0.168 0.001 149 P 0.035 0.023 0.850 0.010 0.003 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 150 V 0.018 0.693 0.164 0.014 0.066 0.025 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 151 K 0.051 0.608 0.239 0.025 0.024 0.033 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 152 Y 0.027 0.604 0.095 0.027 0.193 0.013 0.011 0.003 0.025 0.001 0.001 153 G 0.030 0.268 0.101 0.014 0.425 0.008 0.012 0.046 0.008 0.087 0.001 154 W 0.033 0.611 0.139 0.017 0.171 0.011 0.002 0.001 0.013 0.002 0.001 155 N 0.019 0.117 0.364 0.009 0.051 0.312 0.009 0.001 0.112 0.004 0.002 156 I 0.917 0.010 0.019 0.035 0.002 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 157 R 0.948 0.003 0.006 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 Q 0.669 0.011 0.021 0.275 0.005 0.001 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 159 N 0.142 0.012 0.061 0.186 0.009 0.036 0.501 0.036 0.013 0.002 0.001 160 V 0.398 0.286 0.175 0.084 0.012 0.021 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 161 Q 0.261 0.149 0.392 0.087 0.008 0.055 0.013 0.002 0.031 0.002 0.001 162 A 0.324 0.126 0.364 0.095 0.028 0.029 0.011 0.005 0.012 0.005 0.001