# TARGET T0257 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.220 0.094 0.027 0.260 0.015 0.028 0.090 0.055 0.063 0.036 2 A 0.259 0.161 0.041 0.012 0.331 0.010 0.015 0.045 0.021 0.040 0.065 3 V 0.116 0.276 0.065 0.024 0.354 0.032 0.032 0.041 0.019 0.022 0.021 4 D 0.352 0.055 0.017 0.010 0.340 0.015 0.019 0.050 0.038 0.024 0.079 5 M 0.183 0.184 0.039 0.024 0.398 0.020 0.013 0.051 0.031 0.024 0.033 6 F 0.247 0.106 0.014 0.004 0.467 0.004 0.008 0.023 0.017 0.038 0.070 7 I 0.212 0.168 0.013 0.004 0.500 0.005 0.005 0.011 0.012 0.025 0.045 8 K 0.266 0.163 0.066 0.010 0.371 0.003 0.005 0.009 0.008 0.025 0.074 9 I 0.121 0.164 0.167 0.123 0.114 0.064 0.041 0.063 0.047 0.044 0.052 10 G 0.010 0.071 0.060 0.226 0.028 0.139 0.189 0.121 0.105 0.041 0.010 11 D 0.055 0.041 0.057 0.095 0.054 0.041 0.025 0.040 0.083 0.412 0.096 12 V 0.147 0.238 0.100 0.033 0.292 0.015 0.023 0.046 0.025 0.039 0.042 13 K 0.049 0.043 0.023 0.091 0.055 0.197 0.221 0.075 0.057 0.135 0.055 14 G 0.036 0.087 0.204 0.375 0.073 0.033 0.013 0.034 0.026 0.085 0.034 15 E 0.181 0.136 0.064 0.024 0.190 0.015 0.016 0.105 0.061 0.106 0.102 16 S 0.120 0.198 0.111 0.032 0.245 0.017 0.028 0.117 0.044 0.033 0.055 17 K 0.127 0.130 0.038 0.011 0.179 0.009 0.019 0.282 0.097 0.069 0.038 18 D 0.180 0.070 0.015 0.008 0.174 0.023 0.045 0.275 0.107 0.059 0.045 19 K 0.052 0.104 0.037 0.051 0.086 0.062 0.077 0.347 0.126 0.038 0.019 20 T 0.072 0.069 0.049 0.036 0.084 0.032 0.078 0.239 0.086 0.187 0.069 21 H 0.173 0.120 0.064 0.028 0.162 0.021 0.036 0.114 0.063 0.132 0.086 22 A 0.091 0.182 0.039 0.030 0.170 0.055 0.051 0.187 0.104 0.055 0.036 23 E 0.055 0.069 0.065 0.087 0.105 0.047 0.055 0.171 0.058 0.257 0.032 24 E 0.310 0.090 0.024 0.019 0.354 0.009 0.018 0.040 0.015 0.060 0.061 25 I 0.215 0.140 0.010 0.003 0.603 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.019 26 D 0.091 0.216 0.024 0.002 0.647 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.008 27 V 0.655 0.011 0.001 0.001 0.294 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 28 L 0.065 0.142 0.017 0.076 0.257 0.277 0.109 0.030 0.005 0.009 0.014 29 A 0.330 0.076 0.018 0.002 0.462 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.095 30 W 0.293 0.098 0.019 0.015 0.325 0.027 0.024 0.057 0.035 0.037 0.071 31 S 0.182 0.131 0.067 0.049 0.267 0.034 0.051 0.044 0.027 0.069 0.080 32 W 0.117 0.205 0.078 0.099 0.173 0.045 0.039 0.073 0.071 0.052 0.047 33 G 0.109 0.066 0.049 0.048 0.121 0.018 0.016 0.039 0.065 0.295 0.174 34 M 0.216 0.138 0.021 0.013 0.294 0.018 0.025 0.061 0.065 0.082 0.068 35 S 0.171 0.113 0.046 0.028 0.287 0.021 0.048 0.054 0.052 0.114 0.063 36 Q 0.131 0.238 0.165 0.078 0.232 0.021 0.014 0.032 0.024 0.029 0.037 37 S 0.136 0.179 0.067 0.016 0.263 0.016 0.035 0.109 0.063 0.063 0.054 38 G 0.095 0.174 0.073 0.047 0.167 0.046 0.074 0.097 0.077 0.092 0.060 39 S 0.127 0.227 0.114 0.028 0.312 0.009 0.011 0.039 0.037 0.049 0.047 40 M 0.066 0.070 0.027 0.022 0.092 0.026 0.052 0.226 0.256 0.124 0.039 41 H 0.068 0.101 0.070 0.041 0.098 0.028 0.053 0.100 0.102 0.277 0.062 42 M 0.087 0.173 0.113 0.086 0.138 0.037 0.043 0.094 0.064 0.104 0.061 43 G 0.037 0.100 0.176 0.211 0.062 0.075 0.053 0.078 0.053 0.111 0.043 44 G 0.038 0.114 0.126 0.170 0.069 0.102 0.092 0.096 0.058 0.101 0.033 45 G 0.045 0.080 0.113 0.135 0.065 0.064 0.044 0.080 0.072 0.235 0.067 46 G 0.076 0.123 0.108 0.081 0.125 0.050 0.056 0.131 0.083 0.115 0.053 47 G 0.113 0.074 0.089 0.068 0.130 0.043 0.053 0.114 0.075 0.168 0.071 48 A 0.071 0.154 0.080 0.063 0.133 0.051 0.088 0.102 0.084 0.134 0.039 49 G 0.061 0.101 0.110 0.135 0.105 0.039 0.025 0.061 0.052 0.238 0.073 50 K 0.142 0.290 0.075 0.010 0.353 0.005 0.011 0.035 0.026 0.025 0.027 51 V 0.223 0.199 0.028 0.006 0.440 0.009 0.013 0.027 0.012 0.009 0.035 52 N 0.206 0.119 0.025 0.005 0.442 0.006 0.029 0.033 0.018 0.048 0.069 53 V 0.280 0.117 0.038 0.035 0.236 0.020 0.012 0.024 0.030 0.098 0.110 54 Q 0.020 0.184 0.133 0.180 0.091 0.139 0.105 0.079 0.040 0.023 0.007 55 D 0.291 0.074 0.012 0.004 0.292 0.004 0.010 0.027 0.045 0.106 0.134 56 L 0.264 0.139 0.011 0.003 0.508 0.001 0.002 0.005 0.005 0.016 0.047 57 S 0.159 0.150 0.027 0.003 0.581 0.010 0.015 0.012 0.004 0.010 0.028 58 F 0.437 0.048 0.011 0.007 0.306 0.002 0.002 0.010 0.007 0.025 0.147 59 T 0.065 0.154 0.060 0.163 0.167 0.146 0.103 0.060 0.027 0.038 0.017 60 K 0.085 0.301 0.155 0.024 0.301 0.004 0.006 0.040 0.019 0.025 0.041 61 Y 0.202 0.090 0.019 0.007 0.242 0.011 0.041 0.222 0.060 0.032 0.075 62 I 0.063 0.140 0.061 0.032 0.154 0.041 0.073 0.218 0.069 0.097 0.050 63 D 0.132 0.107 0.042 0.019 0.256 0.025 0.030 0.197 0.105 0.045 0.042 64 K 0.007 0.036 0.028 0.017 0.018 0.013 0.046 0.440 0.298 0.088 0.010 65 S 0.021 0.071 0.039 0.013 0.036 0.018 0.087 0.290 0.121 0.273 0.031 66 T 0.026 0.252 0.080 0.008 0.089 0.005 0.014 0.370 0.117 0.028 0.010 67 P 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.791 0.176 0.010 0.002 68 N 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.912 0.067 0.006 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.904 0.083 0.008 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.898 0.092 0.004 0.001 71 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.915 0.070 0.001 0.001 72 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.023 0.901 0.057 0.010 0.001 73 C 0.009 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.039 0.785 0.117 0.032 0.007 74 S 0.003 0.006 0.004 0.011 0.004 0.035 0.124 0.607 0.143 0.060 0.003 75 S 0.003 0.441 0.116 0.062 0.034 0.040 0.140 0.116 0.022 0.022 0.002 76 G 0.023 0.014 0.013 0.008 0.010 0.004 0.003 0.012 0.033 0.727 0.155 77 K 0.068 0.378 0.151 0.024 0.159 0.011 0.030 0.067 0.064 0.025 0.024 78 H 0.172 0.190 0.047 0.018 0.228 0.013 0.018 0.029 0.052 0.137 0.096 79 Y 0.172 0.204 0.052 0.019 0.278 0.013 0.012 0.037 0.095 0.058 0.060 80 P 0.008 0.022 0.029 0.028 0.022 0.161 0.376 0.183 0.134 0.035 0.002 81 Q 0.363 0.064 0.012 0.003 0.316 0.001 0.004 0.010 0.023 0.086 0.117 82 A 0.187 0.099 0.004 0.001 0.694 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 83 K 0.211 0.029 0.003 0.001 0.740 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 84 L 0.341 0.032 0.001 0.001 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 85 T 0.233 0.043 0.002 0.002 0.697 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 86 I 0.433 0.027 0.002 0.001 0.491 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 87 R 0.137 0.236 0.027 0.006 0.543 0.007 0.006 0.003 0.001 0.004 0.031 88 K 0.240 0.182 0.032 0.005 0.449 0.004 0.003 0.004 0.002 0.010 0.069 89 A 0.188 0.130 0.154 0.078 0.116 0.060 0.038 0.072 0.046 0.043 0.075 90 G 0.013 0.072 0.173 0.287 0.028 0.125 0.095 0.108 0.056 0.034 0.007 91 G 0.012 0.146 0.160 0.354 0.028 0.072 0.055 0.058 0.037 0.061 0.017 92 E 0.028 0.071 0.085 0.072 0.042 0.038 0.018 0.032 0.045 0.452 0.118 93 N 0.081 0.370 0.103 0.014 0.270 0.016 0.038 0.035 0.026 0.026 0.020 94 Q 0.446 0.090 0.016 0.003 0.321 0.004 0.008 0.010 0.012 0.022 0.067 95 V 0.097 0.358 0.071 0.024 0.374 0.024 0.016 0.009 0.006 0.008 0.013 96 E 0.438 0.047 0.009 0.003 0.429 0.003 0.008 0.008 0.004 0.010 0.041 97 Y 0.327 0.099 0.012 0.017 0.447 0.016 0.007 0.004 0.004 0.009 0.057 98 L 0.207 0.123 0.005 0.002 0.641 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 99 I 0.430 0.021 0.001 0.001 0.513 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 100 I 0.300 0.099 0.005 0.001 0.580 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 101 T 0.343 0.086 0.017 0.001 0.481 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.064 102 L 0.471 0.054 0.008 0.004 0.308 0.002 0.001 0.003 0.005 0.011 0.134 103 K 0.001 0.002 0.002 0.055 0.001 0.377 0.475 0.065 0.018 0.004 0.001 104 E 0.337 0.040 0.010 0.006 0.318 0.001 0.002 0.005 0.010 0.161 0.111 105 V 0.210 0.081 0.003 0.001 0.698 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 106 L 0.077 0.124 0.011 0.001 0.778 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 107 V 0.673 0.006 0.001 0.001 0.203 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 108 S 0.014 0.034 0.006 0.160 0.049 0.571 0.146 0.008 0.002 0.008 0.003 109 S 0.313 0.063 0.009 0.001 0.491 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.106 110 V 0.313 0.123 0.012 0.010 0.408 0.009 0.007 0.007 0.007 0.020 0.084 111 S 0.090 0.308 0.147 0.008 0.403 0.004 0.005 0.004 0.002 0.006 0.023 112 T 0.307 0.105 0.040 0.019 0.224 0.031 0.042 0.075 0.054 0.024 0.080 113 G 0.059 0.099 0.069 0.102 0.111 0.070 0.093 0.094 0.081 0.174 0.047 114 G 0.068 0.134 0.135 0.156 0.104 0.084 0.045 0.059 0.048 0.113 0.055 115 S 0.060 0.122 0.121 0.091 0.113 0.063 0.079 0.124 0.088 0.110 0.031 116 G 0.065 0.106 0.126 0.111 0.091 0.053 0.051 0.121 0.082 0.134 0.059 117 G 0.043 0.081 0.075 0.131 0.062 0.124 0.094 0.131 0.106 0.120 0.035 118 E 0.056 0.126 0.073 0.101 0.097 0.069 0.089 0.105 0.090 0.136 0.059 119 D 0.130 0.060 0.038 0.029 0.113 0.021 0.030 0.042 0.079 0.332 0.125 120 R 0.060 0.393 0.234 0.028 0.197 0.009 0.016 0.017 0.014 0.018 0.014 121 L 0.267 0.212 0.049 0.006 0.345 0.005 0.011 0.017 0.012 0.018 0.059 122 T 0.170 0.213 0.051 0.023 0.342 0.027 0.027 0.031 0.031 0.041 0.044 123 E 0.245 0.154 0.030 0.008 0.460 0.011 0.015 0.021 0.011 0.017 0.028 124 N 0.429 0.055 0.005 0.003 0.433 0.004 0.003 0.004 0.003 0.008 0.053 125 V 0.194 0.136 0.008 0.003 0.626 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.022 126 T 0.369 0.046 0.005 0.001 0.522 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.044 127 L 0.260 0.167 0.019 0.006 0.500 0.005 0.003 0.005 0.003 0.004 0.027 128 N 0.360 0.069 0.016 0.009 0.347 0.011 0.014 0.007 0.007 0.038 0.122 129 F 0.321 0.081 0.035 0.044 0.273 0.009 0.004 0.011 0.028 0.053 0.142 130 A 0.029 0.162 0.081 0.103 0.123 0.132 0.186 0.092 0.058 0.028 0.007 131 Q 0.405 0.045 0.006 0.002 0.408 0.002 0.004 0.006 0.007 0.038 0.077 132 V 0.263 0.103 0.006 0.004 0.587 0.004 0.002 0.002 0.001 0.004 0.024 133 Q 0.298 0.038 0.006 0.004 0.562 0.007 0.008 0.005 0.002 0.011 0.060 134 V 0.316 0.112 0.018 0.009 0.480 0.004 0.002 0.003 0.001 0.008 0.048 135 D 0.211 0.137 0.020 0.006 0.551 0.004 0.005 0.005 0.003 0.016 0.043 136 Y 0.312 0.128 0.025 0.006 0.422 0.003 0.004 0.003 0.002 0.013 0.081 137 Q 0.060 0.417 0.172 0.011 0.319 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.011 138 P 0.245 0.201 0.081 0.013 0.280 0.016 0.020 0.041 0.018 0.019 0.066 139 Q 0.038 0.147 0.054 0.068 0.100 0.155 0.185 0.126 0.061 0.048 0.019 140 K 0.075 0.212 0.195 0.100 0.117 0.029 0.018 0.038 0.041 0.105 0.071 141 A 0.108 0.086 0.098 0.062 0.109 0.039 0.048 0.169 0.127 0.093 0.062 142 D 0.028 0.200 0.194 0.120 0.078 0.047 0.064 0.089 0.053 0.102 0.024 143 G 0.038 0.148 0.117 0.182 0.080 0.056 0.026 0.053 0.038 0.184 0.078 144 A 0.070 0.150 0.195 0.092 0.100 0.054 0.033 0.095 0.064 0.098 0.049 145 K 0.070 0.133 0.130 0.070 0.088 0.070 0.089 0.150 0.090 0.068 0.042 146 D 0.058 0.143 0.119 0.115 0.117 0.044 0.055 0.090 0.052 0.145 0.063 147 G 0.093 0.096 0.082 0.112 0.099 0.037 0.024 0.049 0.048 0.234 0.127 148 G 0.064 0.224 0.179 0.094 0.162 0.041 0.037 0.070 0.039 0.058 0.032 149 P 0.219 0.212 0.044 0.006 0.353 0.005 0.015 0.047 0.031 0.029 0.040 150 V 0.214 0.234 0.051 0.007 0.394 0.006 0.008 0.022 0.014 0.017 0.033 151 K 0.264 0.108 0.027 0.009 0.364 0.027 0.038 0.068 0.023 0.019 0.054 152 Y 0.128 0.092 0.044 0.068 0.177 0.042 0.048 0.097 0.056 0.148 0.102 153 G 0.089 0.123 0.102 0.114 0.187 0.032 0.027 0.112 0.048 0.120 0.045 154 W 0.173 0.158 0.035 0.012 0.339 0.014 0.016 0.084 0.043 0.065 0.062 155 N 0.243 0.152 0.047 0.011 0.393 0.005 0.009 0.048 0.017 0.019 0.055 156 I 0.072 0.043 0.012 0.005 0.079 0.004 0.010 0.358 0.277 0.097 0.044 157 R 0.021 0.043 0.024 0.020 0.036 0.038 0.109 0.514 0.150 0.037 0.008 158 Q 0.039 0.126 0.057 0.043 0.073 0.041 0.088 0.288 0.091 0.127 0.027 159 N 0.089 0.068 0.040 0.028 0.102 0.014 0.019 0.147 0.095 0.258 0.138 160 V 0.069 0.155 0.087 0.026 0.136 0.017 0.029 0.245 0.144 0.062 0.030 161 Q 0.092 0.161 0.055 0.009 0.197 0.013 0.047 0.259 0.077 0.056 0.033 162 A 0.101 0.160 0.067 0.035 0.168 0.033 0.065 0.191 0.070 0.071 0.039